Pigz是一款快速压缩文件的工具,它能够使用多个CPU核心进行压缩,使得压缩速度得到了极大的提升。在本文中,我们将介绍如何在Linux上使用Pigz来更快地压缩文件。...安装Pigz 在开始使用Pigz之前,我们需要先安装它。在大多数Linux发行版中,Pigz可以通过包管理器来安装。...例如,在Ubuntu中,可以使用以下命令来安装Pigz: sudo apt-get install pigz 输出: 图片 安装完成后,您可以使用以下命令来检查Pigz是否正确安装: pigz --version...输出: 图片 如果输出了Pigz的版本信息,说明Pigz已经成功安装。...压缩文件 要使用Pigz压缩文件,可以使用以下命令: pigz 文件名 例如,要压缩名为wljslmz.txt的文件,可以使用以下命令: pigz wljslmz.txt 输出: 图片 Pigz将会在同一目录下生成一个名为
names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2 下载NCBI的TaxonKit软件,http://bioinf.shenwei.me/taxonkit/download/,linux...也可一并cp到~/.taxonkit下 cp taxdump/* ~/.taxonkit 3 下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux...采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少,很可能是该库的accession与NT/NR库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #从taxonomy数据库中的...nucl_wgs.accession2taxid提取accession号 pigz -dc prot.accession2taxid.gz \ | csvtk grep -t -f taxid -P $...这种从NT库中还原的nt.fa序列里面有很多重复的头文件,例如 所以使用的话,还需要写个perl把这些序列拆开,最终形成nt.anmail.fa.gz 8 如果直接想构建子库,那么没必要搞序列,直接运行
因此在linux 编辑的文本,在windows 显示会是没有换行的。...$ unzip -q shiyanlou.zip -d ziptest 参数-l 不会解压,只会输出zip 中的文件。...gzip -d SRR1039510_1.fastq.gz 参考:详解pigz使用方法-良许Linux教程网[1]还有有个多线程的gzip 工具,pigz,常用参数如下: -p n: 压缩时使用的核心数量...taz tb2 tbz tbz2 tgz tlz txz xpi xz zip zst zstd dtrx 的重要选项包括: -l:列出存档中的文件...参考资料 [1] 详解pigz使用方法-良许Linux教程网: https://www.lxlinux.net/4877.html [2] dtrx: 懒人的存档提取之道 · LinuxTOY: https
Version: 4.19.90-2211.5.0.0178.22.uel20.aarch64 Operating System: UnionTech OS Server 20 OSType: linux...File Descriptors: 29 Goroutines: 46 System Time: 2023-04-12T16:10:25.33362426+08:00 $ uname -a Linux...BUG_REPORT_URL="https://bbs.chinauos.com/" VERSION_CODENAME=fuyu PLATFORM_ID="platform:uel20" 排查 卡住的过程中,...-2.4-7.uel20.01.aarch64 $ rpm -V pigz # -V 查看包也没被修改 注意看其中有个 env 设置不使用 PIGZ 而是使用 gzip,然后启动 Docker Daemon...--debug 后续 UOS 这个系统需要授权才能使用 yum 安装升级,访问 repo 里的 url 会报错 401,让客户联系 UOS 厂商升级 pigz 包发现是最新的版本,只能使用 MOBY_DISABLE_PIGZ
添加密钥 curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add - sudo apt-key fingerprint...添加docker源仓库 sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release...[Y/n] Get:1 https://download.docker.com/linux/ubuntu bionic/stable amd64 docker-ce amd64 18.06.1~ce~3.../archives/pigz_2.4-1_amd64.deb ... Unpacking pigz (2.4-1) ......Setting up pigz (2.4-1) ... Setting up docker-ce (18.06.1~ce~3-0~ubuntu) ...
概览整个配置大致分为下面的步骤:检查LInux内核版本,不能太老root权限更新yum清理旧版本。更换Docker镜像地址安装Docker1....检查Linux内核版本建议使用centerOs 7.9 以上的版本,内核基本上可以满足Docker的需求。...清理旧版本如果之前Linux安装过Docker,则需要先进行卸载。...--add-repo http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/centos/docker-ce.repo5....libtool-ltdl.x86_64 0:2.4.2-22.el7_3 pigz.x86
0 root@rancher:~# Tip: 报 sudo: unable to resolve host rancher 是 hosts 文件中没有加入 rancher 的解析,加到 127.0.0.1...1.1ubuntu1 [92.9 kB] Fetched 92.9 kB in 1s (65.2 kB/s) Selecting previously unselected package pigz.../pigz_2.3.1-2_amd64.deb ... Unpacking pigz (2.3.1-2) ......Setting up pigz (2.3.1-2) ... Setting up aufs-tools (1:3.2+20130722-1.1ubuntu1) ......Done The following package was automatically installed and is no longer required: pigz Use 'sudo apt
names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2下载NCBI的TaxonKit软件,http://bioinf.shenwei.me/taxonkit/download/,linux...也可一并cp到~/.taxonkit下 cp taxdump/* ~/.taxonkit 3下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux...采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少,很可能是该库的accession与NT/NR库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #从taxonomy数据库中的...nucl_wgs.accession2taxid提取accession号 pigz -dc prot.accession2taxid.gz \ | csvtk grep -t -f taxid -P $...这种从NT库中还原的nt.fa序列里面有很多重复的头文件,例如 所以使用的话,还需要写个perl把这些序列拆开,最终形成nt.anmail.fa.gz 8 如果直接想构建子库,那么没必要搞序列,直接运行
Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别 发布者:IT人在线 | 发表时间:2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite
CPM 的转化 获取基因有效长度的N种方 下面是他对我们b站转录组视频课程的详细笔记 本节概览: 1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号 2.在linux...中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件 3.使用fasterq-dump/fastq-dump命令将SRA文件转为FASTQ格式,pigz软件多线程压缩(可选) 4.使用fastqc和multiqc...进行测序数据的质控查看5.使用trim-galore去除低质量碱基和接头 承接上节RNA-seq入门实战(零):RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 一、从NCBI获取数据SRR号 数据的文章来源...进入NCBI官网搜索GSE154290,选择相应结果进入 找到Supplementary file 下的SRA Run Select选项 Common Fields下介绍了数据的基本信息,例如表中的...fasterq-dump命令转化格式为fastq,之后用pigz软件多线程压缩为.gz文件节省空间(可略过),再用fastqc和multiqc进行原始数据的质控和质控汇总~ fasterq-dump/
Nr数据库,全称为Non-RedundantProtein Sequence Database,即包含了GenPept、Swissprot、PIR、PDF、PDB以及RefSeq Database中序列的蛋白质数据库...tar -zxvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz echo 'PATH=your_path/blast/ncbi-blast-2.12.0+/bin:$PATH...2.提取对应类群序列,自行进行构建本地nr数据库子库 方法1: blastdbcmd -db nr -entry_batch sequence.seq -out - | pigz -c > blastdbcmd.nr....3193.fa.gz 方法2: # 提取preformatted nr数据库中的所有序列 blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f"...-out - | pigz -c > nr.fa.gz time cat <(echo) <(pigz -dc nr.fa.gz) \ | perl -e 'BEGIN{ $/ = "\n>"
或直接复制6个SRR到服务器的文本中。...示例中,数据量较少,可以直接通过以下命令串行下载。...}.fastq ${id}.sra";echo "pigz -p 8 -f ..../${id}_1.fastq";echo "pigz -p 8 -f ....中运行即可。
I suggest using pigz for compression over gzip as pigz can use multiple processors....So if possible, install pigz on A at DC1 ( google pigz ) We are also going to make use of the "stream...At DC1 on A I run: innobackupex --user=username --password=password --stream=tar ./ | pigz | nc -l 1234...could also just send the file like: innobackupex --user=username --password=password --stream=tar ./ | pigz
Docker 在标准的 Ubuntu 20.04 软件源中可用,但是可能不是最新的版本。我们将会从 Docker 的官方软件源中安装最新的 Docker 软件包。.../ubuntu $(lsb_release -cs) stable" 现在,Docker 软件源被启用了,你可以安装软件源中任何可用的 Docker 版本。...在写作这篇文章的时候,在官方 Docker 软件源中只有一个 Docker 版本(5:19.03.9~3-0~ubuntu-focal)可用: docker-ce/focal 5:19.03.9~3-0...它是一个云端服务,主要用来储存 公有和私有源中的 Docker 镜像。...准备解压 .../0-pigz_2.4-1_amd64.deb ... 正在解压 pigz (2.4-1) ... 正在选中未选择的软件包 containerd.io。
前言 CBL 代表 Common Base Linux,Mariner 的目标是用作微软工程团队的内部 Linux 发行版,以构建云基础设施和边缘产品和服务。...此GitHub 页面中列出了一系列先决条件,大致包括 Docker、RPM 工具、ISO 构建工具和 Golang 等。...make tar wget curl rpm qemu-utils golang-1.15-go genisoimage python-minimal bison gawk parted 2、推荐安装 pigz...,但不是必须,用于更快的压缩操作: sudo apt -y install pigz 3、修复 go 1.15 link: sudo ln -vsf /usr/lib/go-1.15/bin/go...git clone https://gitee.com/luciferlpc/CBL-Mariner.git 下载到本地之后,上传到服务器主机中: 编辑 Vagrantfile 文件,挂载当前目录到主机
而Linux的文件类型和后缀无关(后缀名可以作为提示,用户可以使用后缀区分文件类型),但是对linux来说区分文件和文件本身的后缀是无关的(但是gcc等工具对文件后缀可能有要求)。...开始之前,我们输入ll指令,来看看前面10个字符代表什么意思: 在linux中,是通过ll显示的众多属性列中的第一列的第一个字符来区分文件类型的。...则无法用ls等命令查看目录中的文件内容....可写权限: 如果目录没有可写权限, 则无法在目录中创建文件, 也无法在目录中删除文件 所以这也是为什么系统规定目录的起始权限从777开始,所有的目录被创建出来,一般都要能够被进入 换句话来讲, 就是只要用户具有目录的写权限..., 用户就可以删除目录中的文件, 而不论这个用户是否有这个文件的写权限。
方法1:whereis python 查看所有python的路径,不止一个 方法2:which python 查看当前使用的python路径
Pzstd 通过 Pigz 的测试,我们就在想,是否 Zstd 这样优秀的算法也可以支持并行呢,在官方的 Repo 中,我们十分惊喜地发现了一个“宝藏”。...压缩比的对比 压缩比的对比中 Zstd 和 Pzstd 有一些优势,其中 Brotli 和 LZ4 由于支持的参数限制,比较难测试同级别压缩比下的速度,因此选择了压缩比稍低的参数,但是效率仍然距离 Pigz...在测试案例对比中,时间耗时的顺序为 Pzstd < ISA-L < Pigz < LZ4 < Zstd < Brotli < Gzip (排名越靠前越好),其中压缩和解压缩的时间在整体的耗时上占比较大...,因此备选策略为 Pzstd、ISA-L、Pigz。...System: Host: ****** Kernel: ****** bits: 64 compiler: gcc v: 4.8.5 Console: tty 7 Distro: CentOS Linux
linux基础(通配符的使用) 你好!...这里是面向新手的linux入门指南,这节课我会整理我所知道的linux中的通配符,希望和大家一起学习 通配符的概念 首先通配符绝对不是正则表达式,通配符基础只有4个: ** * ,?...:表示代替单个字符 符号[list]:表示匹配 list 中的任意单一字符 【0,9】—-代表范围中所有字符 {0,9}—-其中打出来的字符 {string1,string2,…}:表示匹配 sring1
查看Linux手册 1.1 man 在Linux中有“成千上万”的指令,我们不可能全部记住,并且也不一定能正确使用,因此学会查看手册是很重要的!...,可以帮助你快速了解系统中的各种命令和函数的用法和功能。...复制文件或目录 2.1 cp 在windows中我们可以ctrl c ,ctrl v 复制粘贴,在Linux中我们也有指令进行该操作。...文件的读写操作 4.1 文件写入 nano 在Linux中如果想在文件里面写入内容,我们可以使用它。...4.2 文件读取 cat 在Linux中如果想把刚刚写入文件里面的内容读取出来,我们可以使用它。
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