Pigz是一款快速压缩文件的工具，它能够使用多个CPU核心进行压缩，使得压缩速度得到了极大的提升。在本文中，我们将介绍如何在Linux上使用Pigz来更快地压缩文件。...安装Pigz 在开始使用Pigz之前，我们需要先安装它。在大多数Linux发行版中，Pigz可以通过包管理器来安装。...例如，在Ubuntu中，可以使用以下命令来安装Pigz： sudo apt-get install pigz 输出： 图片 安装完成后，您可以使用以下命令来检查Pigz是否正确安装： pigz --version...输出： 图片 如果输出了Pigz的版本信息，说明Pigz已经成功安装。...压缩文件 要使用Pigz压缩文件，可以使用以下命令： pigz 文件名 例如，要压缩名为wljslmz.txt的文件，可以使用以下命令： pigz wljslmz.txt 输出： 图片 Pigz将会在同一目录下生成一个名为
names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要，是后续提取子库的基础 2 下载NCBI的TaxonKit软件，http://bioinf.shenwei.me/taxonkit/download/，linux...也可一并cp到~/.taxonkit下 cp taxdump/* ~/.taxonkit 3 下载NCBI的csvtk软件，http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/，linux...采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少，很可能是该库的accession与NT/NR库的accession不一致，前者可能冗余更多，因此该方法可忽略，见仁见智吧，下面给个例子，例如： #从taxonomy数据库中的...nucl_wgs.accession2taxid提取accession号 pigz -dc prot.accession2taxid.gz \ | csvtk grep -t -f taxid -P $...这种从NT库中还原的nt.fa序列里面有很多重复的头文件，例如 所以使用的话，还需要写个perl把这些序列拆开，最终形成nt.anmail.fa.gz 8 如果直接想构建子库，那么没必要搞序列，直接运行
添加密钥 curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add - sudo apt-key fingerprint...添加docker源仓库 sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release...[Y/n] Get:1 https://download.docker.com/linux/ubuntu bionic/stable amd64 docker-ce amd64 18.06.1~ce~3.../archives/pigz_2.4-1_amd64.deb ... Unpacking pigz (2.4-1) ......Setting up pigz (2.4-1) ... Setting up docker-ce (18.06.1~ce~3-0~ubuntu) ...
因此在linux 编辑的文本，在windows 显示会是没有换行的。...$ unzip -q shiyanlou.zip -d ziptest 参数-l 不会解压，只会输出zip 中的文件。...gzip -d SRR1039510_1.fastq.gz 参考：详解pigz使用方法-良许Linux教程网[1]还有有个多线程的gzip 工具，pigz，常用参数如下： -p n: 压缩时使用的核心数量...taz tb2 tbz tbz2 tgz tlz txz xpi xz zip zst zstd dtrx 的重要选项包括： -l：列出存档中的文件...参考资料 [1] 详解pigz使用方法-良许Linux教程网: https://www.lxlinux.net/4877.html [2] dtrx: 懒人的存档提取之道 · LinuxTOY: https
概览整个配置大致分为下面的步骤：检查LInux内核版本，不能太老root权限更新yum清理旧版本。更换Docker镜像地址安装Docker1....检查Linux内核版本建议使用centerOs 7.9 以上的版本，内核基本上可以满足Docker的需求。...清理旧版本如果之前Linux安装过Docker，则需要先进行卸载。...--add-repo http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/centos/docker-ce.repo5....libtool-ltdl.x86_64 0:2.4.2-22.el7_3 pigz.x86
Version: 4.19.90-2211.5.0.0178.22.uel20.aarch64 Operating System: UnionTech OS Server 20 OSType: linux...File Descriptors: 29 Goroutines: 46 System Time: 2023-04-12T16:10:25.33362426+08:00 $ uname -a Linux...BUG_REPORT_URL="https://bbs.chinauos.com/" VERSION_CODENAME=fuyu PLATFORM_ID="platform:uel20" 排查 卡住的过程中，...-2.4-7.uel20.01.aarch64 $ rpm -V pigz # -V 查看包也没被修改 注意看其中有个 env 设置不使用 PIGZ 而是使用 gzip，然后启动 Docker Daemon...--debug 后续 UOS 这个系统需要授权才能使用 yum 安装升级，访问 repo 里的 url 会报错 401，让客户联系 UOS 厂商升级 pigz 包发现是最新的版本，只能使用 MOBY_DISABLE_PIGZ
0 root@rancher:~# Tip: 报 sudo: unable to resolve host rancher 是 hosts 文件中没有加入 rancher 的解析，加到 127.0.0.1...1.1ubuntu1 [92.9 kB] Fetched 92.9 kB in 1s (65.2 kB/s) Selecting previously unselected package pigz.../pigz_2.3.1-2_amd64.deb ... Unpacking pigz (2.3.1-2) ......Setting up pigz (2.3.1-2) ... Setting up aufs-tools (1:3.2+20130722-1.1ubuntu1) ......Done The following package was automatically installed and is no longer required: pigz Use 'sudo apt
names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要，是后续提取子库的基础 2下载NCBI的TaxonKit软件，http://bioinf.shenwei.me/taxonkit/download/，linux...也可一并cp到~/.taxonkit下 cp taxdump/* ~/.taxonkit 3下载NCBI的csvtk软件，http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/，linux...采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少，很可能是该库的accession与NT/NR库的accession不一致，前者可能冗余更多，因此该方法可忽略，见仁见智吧，下面给个例子，例如： #从taxonomy数据库中的...nucl_wgs.accession2taxid提取accession号 pigz -dc prot.accession2taxid.gz \ | csvtk grep -t -f taxid -P $...这种从NT库中还原的nt.fa序列里面有很多重复的头文件，例如 所以使用的话，还需要写个perl把这些序列拆开，最终形成nt.anmail.fa.gz 8 如果直接想构建子库，那么没必要搞序列，直接运行
Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别 发布者：IT人在线 ｜ 发表时间：2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite
CPM 的转化 获取基因有效长度的N种方 下面是他对我们b站转录组视频课程的详细笔记 本节概览： 1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号 2.在linux...中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件 3.使用fasterq-dump/fastq-dump命令将SRA文件转为FASTQ格式，pigz软件多线程压缩（可选） 4.使用fastqc和multiqc...进行测序数据的质控查看5.使用trim-galore去除低质量碱基和接头 承接上节RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 一、从NCBI获取数据SRR号 数据的文章来源...进入NCBI官网搜索GSE154290，选择相应结果进入 找到Supplementary file 下的SRA Run Select选项 Common Fields下介绍了数据的基本信息，例如表中的...fasterq-dump命令转化格式为fastq，之后用pigz软件多线程压缩为.gz文件节省空间（可略过），再用fastqc和multiqc进行原始数据的质控和质控汇总~ fasterq-dump/
Nr数据库，全称为Non-RedundantProtein Sequence Database，即包含了GenPept、Swissprot、PIR、PDF、PDB以及RefSeq Database中序列的蛋白质数据库...tar -zxvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz echo 'PATH=your_path/blast/ncbi-blast-2.12.0+/bin:$PATH...2.提取对应类群序列，自行进行构建本地nr数据库子库 方法1： blastdbcmd -db nr -entry_batch sequence.seq -out - | pigz -c > blastdbcmd.nr....3193.fa.gz 方法2： # 提取preformatted nr数据库中的所有序列 blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f"...-out - | pigz -c > nr.fa.gz time cat <(echo) <(pigz -dc nr.fa.gz) \ | perl -e 'BEGIN{ $/ = "\n>"
I suggest using pigz for compression over gzip as pigz can use multiple processors....So if possible, install pigz on A at DC1 ( google pigz ) We are also going to make use of the "stream...At DC1 on A I run: innobackupex --user=username --password=password --stream=tar ./ | pigz | nc -l 1234...could also just send the file like: innobackupex --user=username --password=password --stream=tar ./ | pigz
或直接复制6个SRR到服务器的文本中。...示例中，数据量较少，可以直接通过以下命令串行下载。...}.fastq ${id}.sra";echo "pigz -p 8 -f ..../${id}_1.fastq";echo "pigz -p 8 -f ....中运行即可。
Docker 在标准的 Ubuntu 20.04 软件源中可用，但是可能不是最新的版本。我们将会从 Docker 的官方软件源中安装最新的 Docker 软件包。.../ubuntu $(lsb_release -cs) stable" 现在，Docker 软件源被启用了，你可以安装软件源中任何可用的 Docker 版本。...在写作这篇文章的时候，在官方 Docker 软件源中只有一个 Docker 版本（5:19.03.9~3-0~ubuntu-focal）可用： docker-ce/focal 5:19.03.9~3-0...它是一个云端服务，主要用来储存 公有和私有源中的 Docker 镜像。...准备解压 .../0-pigz_2.4-1_amd64.deb ... 正在解压 pigz (2.4-1) ... 正在选中未选择的软件包 containerd.io。
而Linux的文件类型和后缀无关（后缀名可以作为提示，用户可以使用后缀区分文件类型），但是对linux来说区分文件和文件本身的后缀是无关的（但是gcc等工具对文件后缀可能有要求）。...开始之前，我们输入ll指令，来看看前面10个字符代表什么意思： 在linux中，是通过ll显示的众多属性列中的第一列的第一个字符来区分文件类型的。...则无法用ls等命令查看目录中的文件内容....可写权限: 如果目录没有可写权限, 则无法在目录中创建文件, 也无法在目录中删除文件 所以这也是为什么系统规定目录的起始权限从777开始，所有的目录被创建出来，一般都要能够被进入 换句话来讲, 就是只要用户具有目录的写权限..., 用户就可以删除目录中的文件, 而不论这个用户是否有这个文件的写权限。
方法1：whereis python 查看所有python的路径，不止一个 方法2：which python 查看当前使用的python路径
前言 CBL 代表 Common Base Linux，Mariner 的目标是用作微软工程团队的内部 Linux 发行版，以构建云基础设施和边缘产品和服务。...此GitHub 页面中列出了一系列先决条件，大致包括 Docker、RPM 工具、ISO 构建工具和 Golang 等。...make tar wget curl rpm qemu-utils golang-1.15-go genisoimage python-minimal bison gawk parted 2、推荐安装 pigz...，但不是必须，用于更快的压缩操作： sudo apt -y install pigz 3、修复 go 1.15 link： sudo ln -vsf /usr/lib/go-1.15/bin/go...git clone https://gitee.com/luciferlpc/CBL-Mariner.git 下载到本地之后，上传到服务器主机中： 编辑 Vagrantfile 文件，挂载当前目录到主机
Pzstd 通过 Pigz 的测试，我们就在想，是否 Zstd 这样优秀的算法也可以支持并行呢，在官方的 Repo 中，我们十分惊喜地发现了一个“宝藏”。...压缩比的对比 压缩比的对比中 Zstd 和 Pzstd 有一些优势，其中 Brotli 和 LZ4 由于支持的参数限制，比较难测试同级别压缩比下的速度，因此选择了压缩比稍低的参数，但是效率仍然距离 Pigz...在测试案例对比中，时间耗时的顺序为 Pzstd < ISA-L < Pigz < LZ4 < Zstd < Brotli < Gzip （排名越靠前越好），其中压缩和解压缩的时间在整体的耗时上占比较大...，因此备选策略为 Pzstd、ISA-L、Pigz。...System: Host: ****** Kernel: ****** bits: 64 compiler: gcc v: 4.8.5 Console: tty 7 Distro: CentOS Linux
linux基础（通配符的使用） 你好！...这里是面向新手的linux入门指南，这节课我会整理我所知道的linux中的通配符，希望和大家一起学习 通配符的概念 首先通配符绝对不是正则表达式，通配符基础只有4个： ** * ，?...：表示代替单个字符 符号[list]：表示匹配 list 中的任意单一字符 【0，9】—-代表范围中所有字符 {0，9}—-其中打出来的字符 {string1,string2,…}：表示匹配 sring1
查看Linux手册 1.1 man 在Linux中有“成千上万”的指令，我们不可能全部记住，并且也不一定能正确使用，因此学会查看手册是很重要的！...，可以帮助你快速了解系统中的各种命令和函数的用法和功能。...复制文件或目录 2.1 cp 在windows中我们可以ctrl c ,ctrl v 复制粘贴，在Linux中我们也有指令进行该操作。...文件的读写操作 4.1 文件写入 nano 在Linux中如果想在文件里面写入内容，我们可以使用它。...4.2 文件读取 cat 在Linux中如果想把刚刚写入文件里面的内容读取出来，我们可以使用它。
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