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如何在HPC集群使用Jupyter Lab

在 PBS 任务递交系统的 HPC 集群上,我们需要在登录节点上用 qsub 命令递交任务,把计算任务投递到计算节点中运算。...思路其实非常简单,可以先用 qsub 命令投递一个交互式任务,然后在交互式 shell 中打开 Jupyter Lab,设置好端口转发;也可以直接投递一个创建 Jupyter Lab 的任务,然后设置端口转发...投递交互式任务 使用 qsub 的 -I 可以创建交互式作业,这样你就能在终端上直接交互式使用计算节点。...Shell 如果是在 Mac 或者 Linux 中操作,本地新建一个设置了端口转发规则的 SSH 连接即可: ssh -N -f -L localhost:port:computingNode:port...192.168.1.100 参考 在HPC的节点上使用jupyter notebook:https://www.cnblogs.com/leezx/p/12009741.html 远程访问电脑或集群中的

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《Python分布式计算》 第6章 超级计算机群使用Python (Distributed Computing with Python)典型的HPC群任务规划器使用HTCondor运行Python任务

HTCondor机群交互的方法是使用Distributed Resource Management Application API (DRMAA),它内置于多数HTCondor安装包,被打包成一个共享库(例如,Linux...每个集群都有一个唯一的识别符,集群中的每个进程都有一个0到N-1之间的识别符,N是集群的总进程数(任务实例的数量)。我们的例子中,只提交一个任务,它的识别符是60.0。...例如,我们可以进行一些试验,我们请求运行64位Linux、大于64GB内存的机器,倾向于快速机器: Requirements = (Target.Memory > 64) && (Target.Arch...== "X86_64") && (Target.OpSys == "LINUX") Rank = Target.KFlops 笔记:对于Requirements和Rank的可能的值,你可以查看附录A...在有多个任务队列/规划器的安装版本上,我们可以指定队列和规划器,可以用命令行(即qsub –q queue@scheduler_name)或用文件中的指令(即,#PBS –q queue@scheduler_name

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    跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析

    (4) docs -包含分析中的markdown和html,以及生成的图形。 这个存储库可以在Github上获得,可以作为一个workflowr运行,以生成一个链接了所有代码和图形的网页。...bed_to_granges.sh --将前面步骤生成的bed文件转换为R中的Granges。 gc_count ts.sh --为每个GC层的片段计数创建一个表。用于在片段级进行GC校正。...https://github.com/cancer-genomics/PlasmaToolsHiseq.hg19 以precess.sh和fastp.sh为例来欣赏下代码,很规范和整洁,qsub任务提交...fastp.sh qsub -hold_jid_ad fastp.sh align.sh qsub -hold_jid_ad align.sh post_alignment.sh qsub -hold_jid_ad...一个缺少文件的处理 在学习使用的过程中,发现code/preprocessing/01-bed-to-granges.r中缺少cytosine_ref.rds这么个文件,如果对基因组不太熟悉可能不太好解决

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    【Linux】关于Linux中的权限

    而Linux的文件类型和后缀无关(后缀名可以作为提示,用户可以使用后缀区分文件类型),但是对linux来说区分文件和文件本身的后缀是无关的(但是gcc等工具对文件后缀可能有要求)。...开始之前,我们输入ll指令,来看看前面10个字符代表什么意思: 在linux中,是通过ll显示的众多属性列中的第一列的第一个字符来区分文件类型的。...则无法用ls等命令查看目录中的文件内容....可写权限: 如果目录没有可写权限, 则无法在目录中创建文件, 也无法在目录中删除文件 所以这也是为什么系统规定目录的起始权限从777开始,所有的目录被创建出来,一般都要能够被进入 换句话来讲, 就是只要用户具有目录的写权限..., 用户就可以删除目录中的文件, 而不论这个用户是否有这个文件的写权限。

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    linux udp编程_linux中socket编程

    在前面的文件中,我们介绍了linux网络编程中与IP相关的知识和常用的函数总结,本文针对具体的UDP通信,来详细的介绍UDP通信的使用,包括UDP通信中的点对点通信,多播,广播等。...2、在上面的通信框架中,客户端并没有使用bind的操作,确实如此,因为客户端一般作为通信的发起者,都是主动往外发送数据,如1中的描述,这个过程由系统聪明的帮我们记录的端口信息,当服务端有数据回复的时候,...3、关于服务端的bind操作,在存在组播,多播等多种通信方式的情况下,也还有一些需要注意的点,这个我们在下面的章节中描述 二、UDP通信的基本函数说明 在UDP中,完成一个基本的通信涉及到的几个函数如下...IP信息,addr_size存放addr数据的长度,但是,在实际使用中,这样调用后,我们打印addr中的信息,确实一个错误的IP信息或者0.0.0.0这样的地址信息,这是什么原因呢,在那个男人的中的描述...但是我们在实际的使用中,通常只是某些主机对通信数据感兴趣,而不是整个局域网上的所有主机都需要这个数据,这种情况就需要组播登场了。 3.1、组播中的IP地址 组播的地址是特定的,D类地址用于多播。

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    Linux 在 linux 中搭建 FTP 服务

    service vsftpd restart # 关闭ftp服务 service vsftpd stop ---- 配置FTP服务 多数的VSFTPD配置项都在/etc/vsftpd.conf配置文件中。...这个文件本身已经有非常良好的文档说明了,因此,在本节中,我只强调一些你可能进行修改的重要选项。...使用man页面查看所有可用的选项和基本的 文档说明: man vsftpd.conf 根据文件系统层级标准,FTP共享文件默认位于/srv/ftp目录中。...write_enable=YES 允许本地(系统)用户登录: 为了允许文件/etc/passwd中记录的用户可以登录ftp服务,“local_enable”标记必须设置为YES。...在配置文件中增加/修改下面配置开启根目录限制(Chroot Jail): chroot_list_enable=YES chroot_list_file=/etc/vsftpd.chroot_list

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    【Linux】进程信号(中)

    在上一个文章中,关于信号的产生,还有没补充完的,所以在这篇文章补充一下 1.信号的产生 硬件异常产生信号 a/=0问题 创建mysignal.cc文件 #include using...当代码除0时,程序运行后就崩溃了,程序运行变为进程,进程运行代码时出现了非法代码,进程退出了 ---- 将内存中的指令数据load到CPU中 状态寄存器中有比特位表示当前计算的状态 CPU中有的寄存器保存未来的计算结果...2是 p作为nullptr,*p取的是内存中的0号地址 *p=100,相当于向0号地址处写入100,但是0号地址并没有申请过, 所以就造成了野指针问题 ---- 运行可执行程序后,发生段错误 --...容我慢慢来说 ---- Linux在系统级别提供了一种能力,可以将一个进程异常的时候, 操作系统可以将该进程在异常的时候,核心代码部分进行核心转储 (将内存中进程的相关数据,全部dump到磁盘中) 一般会在当前进程的运行目录下...1中运行可执行程序,在终端2中发送8号信号干掉进程,并出现core dump即核心转储 ---- 再次使用 ls -l 指令,发现多出来一个 core.2257的文件 即核心转储文件 ---- Term

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    聊聊Linux IO(中)

    由图可见,从系统调用的接口再往下,Linux下的IO栈致大致有三个层次: 1.文件系统层,以 write(2) 为例,内核拷贝了write(2)参数指定的用户态数据到文件系统Cache中,并适时向下层同步...3.设备层,通过DMA与内存直接交互,完成数据和具体设备之间的交互 结合这个图,想想Linux系统编程里用到的Buffered IO、mmap(2)、Direct IO,这些机制怎么和Linux IO栈联系起来呢...假设要去读一个冷文件(Cache中不存在),open(2)打开文件内核后建立了一系列的数据结构,接下来调用read(2),到达文件系统这一层,发现Page Cache中不存在该位置的磁盘映射,然后创建相应的...然后请求继续到达块设备层,在IO队列里排队,接受一系列的调度后到达设备驱动层,此时一般使用DMA方式读取相应的磁盘扇区到Cache中,然后read(2)拷贝数据到用户提供的用户态buffer中去(read...除了传统的Buffered IO可以比较自由的用偏移+长度的方式读写文件之外,mmap(2)和Direct IO均有数据按页对齐的要求,Direct IO还限制读写必须是底层存储设备块大小的整数倍(甚至Linux

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