在 PBS 任务递交系统的 HPC 集群上，我们需要在登录节点上用 qsub 命令递交任务，把计算任务投递到计算节点中运算。...思路其实非常简单，可以先用 qsub 命令投递一个交互式任务，然后在交互式 shell 中打开 Jupyter Lab，设置好端口转发；也可以直接投递一个创建 Jupyter Lab 的任务，然后设置端口转发...投递交互式任务 使用 qsub 的 -I 可以创建交互式作业，这样你就能在终端上直接交互式使用计算节点。...Shell 如果是在 Mac 或者 Linux 中操作，本地新建一个设置了端口转发规则的 SSH 连接即可： ssh -N -f -L localhost:port:computingNode:port...192.168.1.100 参考 在HPC的节点上使用jupyter notebook：https://www.cnblogs.com/leezx/p/12009741.html 远程访问电脑或集群中的
(4) docs -包含分析中的markdown和html，以及生成的图形。 这个存储库可以在Github上获得，可以作为一个workflowr运行，以生成一个链接了所有代码和图形的网页。...bed_to_granges.sh --将前面步骤生成的bed文件转换为R中的Granges。 gc_count ts.sh --为每个GC层的片段计数创建一个表。用于在片段级进行GC校正。...https://github.com/cancer-genomics/PlasmaToolsHiseq.hg19 以precess.sh和fastp.sh为例来欣赏下代码，很规范和整洁，qsub任务提交...fastp.sh qsub -hold_jid_ad fastp.sh align.sh qsub -hold_jid_ad align.sh post_alignment.sh qsub -hold_jid_ad...一个缺少文件的处理 在学习使用的过程中，发现code/preprocessing/01-bed-to-granges.r中缺少cytosine_ref.rds这么个文件，如果对基因组不太熟悉可能不太好解决
HTCondor机群交互的方法是使用Distributed Resource Management Application API (DRMAA)，它内置于多数HTCondor安装包，被打包成一个共享库（例如，Linux...每个集群都有一个唯一的识别符，集群中的每个进程都有一个0到N-1之间的识别符，N是集群的总进程数（任务实例的数量）。我们的例子中，只提交一个任务，它的识别符是60.0。...例如，我们可以进行一些试验，我们请求运行64位Linux、大于64GB内存的机器，倾向于快速机器： Requirements = (Target.Memory > 64) && (Target.Arch...== "X86_64") && (Target.OpSys == "LINUX") Rank = Target.KFlops 笔记：对于Requirements和Rank的可能的值，你可以查看附录A...在有多个任务队列/规划器的安装版本上，我们可以指定队列和规划器，可以用命令行（即qsub –q queue@scheduler_name）或用文件中的指令（即，#PBS –q queue@scheduler_name
Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别 发布者：IT人在线 ｜ 发表时间：2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite
You could submit a task to PBS with qsub from command line, e.g., qsub -q -N ...1gb,walltime=01:00:00 \ -o -e or through a qsub...One simple qsub script is like ( modified from this script [2]) #!...Frequently used PBS commands copied from this page [3] #qsub #submit a job, see man qsub...deactivate save the codes above to a script named install_ggplot.sh and then run chmod u+x install_ggplot.sh qsub
extern "C" _declspec(dllexport) double qAdd(double a, double b); extern "C" _declspec(dllexport) double qSub...double); typedef double(*SUBPROC)(double, double); // GetProcAddress第二个参数有两种方法： // 1、通过DLL中的函数名...// 2、通过Depend工具中Ordinal索引值来查看 - 编译不通过放弃(而且确实不好用) ADDPROC MyAdd = (ADDPROC)GetProcAddress(handle...typedef double(*SUBPROC)(double, double); // GetProcAddress第二个参数有两种方法： // 1、通过DLL中的函数名...// 2、通过Depend工具中Ordinal索引值来查看 ADDPROC MyAdd = (ADDPROC)GetProcAddress(handle, "qAdd
而Linux的文件类型和后缀无关（后缀名可以作为提示，用户可以使用后缀区分文件类型），但是对linux来说区分文件和文件本身的后缀是无关的（但是gcc等工具对文件后缀可能有要求）。...开始之前，我们输入ll指令，来看看前面10个字符代表什么意思： 在linux中，是通过ll显示的众多属性列中的第一列的第一个字符来区分文件类型的。...则无法用ls等命令查看目录中的文件内容....可写权限: 如果目录没有可写权限, 则无法在目录中创建文件, 也无法在目录中删除文件 所以这也是为什么系统规定目录的起始权限从777开始，所有的目录被创建出来，一般都要能够被进入 换句话来讲, 就是只要用户具有目录的写权限..., 用户就可以删除目录中的文件, 而不论这个用户是否有这个文件的写权限。
方法1：whereis python 查看所有python的路径，不止一个 方法2：which python 查看当前使用的python路径
转载请注明：转载自 祥的博客 原文链接：http://blog.csdn.net/humanking7/article/details/78585004 ---- 问题提出 发现Matlab中，在一个Simulink...这也是很明显的事情，每个mexw32文件都会共用一些函数，而这些函数编译成的目标文件都会在mexw32中，这些拥有相同函数的的mexw32在Simulink的环境下可以单独运行，但如果合在一起进行编译，...extern "C" _declspec(dllexport) double qAdd(double a, double b); extern "C" _declspec(dllexport) double qSub...dllexport) double _stdcall qAdd(double a, double b); extern "C" _declspec(dllexport) double _stdcall qSub...Step2.2 源文件代码 #include "qShareDll.h" double qAdd(double a, double b) { return a + b; } double qSub
linux基础（通配符的使用） 你好！...这里是面向新手的linux入门指南，这节课我会整理我所知道的linux中的通配符，希望和大家一起学习 通配符的概念 首先通配符绝对不是正则表达式，通配符基础只有4个： ** * ，?...：表示代替单个字符 符号[list]：表示匹配 list 中的任意单一字符 【0，9】—-代表范围中所有字符 {0，9}—-其中打出来的字符 {string1,string2,…}：表示匹配 sring1
在安装完VirtualBox中的Linux以后，网络默认是NAT的 在看过帮助手册以后，发现可以使用NAT的形式登录进VirTualBox中的linux 6.4.1....connections to an ssh server on the guest requires the following three commands: VBoxManage setextradata "Linux...Guest" "VBoxInternal/Devices/pcnet/0/LUN#0/Config/guestssh/Protocol" TCP VBoxManage setextradata "Linux...Guest" "VBoxInternal/Devices/pcnet/0/LUN#0/Config/guestssh/GuestPort" 22 VBoxManage setextradata "Linux...设置完成以后，直接就可以ssh hostip -p 2222就可以登录进VirtualBox中的Linux了
在前面的文件中，我们介绍了linux网络编程中与IP相关的知识和常用的函数总结，本文针对具体的UDP通信，来详细的介绍UDP通信的使用，包括UDP通信中的点对点通信，多播，广播等。...2、在上面的通信框架中，客户端并没有使用bind的操作，确实如此，因为客户端一般作为通信的发起者，都是主动往外发送数据，如1中的描述，这个过程由系统聪明的帮我们记录的端口信息，当服务端有数据回复的时候，...3、关于服务端的bind操作，在存在组播，多播等多种通信方式的情况下，也还有一些需要注意的点，这个我们在下面的章节中描述 二、UDP通信的基本函数说明 在UDP中，完成一个基本的通信涉及到的几个函数如下...IP信息，addr_size存放addr数据的长度，但是，在实际使用中，这样调用后，我们打印addr中的信息，确实一个错误的IP信息或者0.0.0.0这样的地址信息，这是什么原因呢，在那个男人的中的描述...但是我们在实际的使用中，通常只是某些主机对通信数据感兴趣，而不是整个局域网上的所有主机都需要这个数据，这种情况就需要组播登场了。 3.1、组播中的IP地址 组播的地址是特定的，D类地址用于多播。
service vsftpd restart # 关闭ftp服务 service vsftpd stop ---- 配置FTP服务 多数的VSFTPD配置项都在/etc/vsftpd.conf配置文件中。...这个文件本身已经有非常良好的文档说明了，因此，在本节中，我只强调一些你可能进行修改的重要选项。...使用man页面查看所有可用的选项和基本的 文档说明： man vsftpd.conf 根据文件系统层级标准，FTP共享文件默认位于/srv/ftp目录中。...write_enable=YES 允许本地（系统）用户登录： 为了允许文件/etc/passwd中记录的用户可以登录ftp服务，“local_enable”标记必须设置为YES。...在配置文件中增加/修改下面配置开启根目录限制（Chroot Jail）: chroot_list_enable=YES chroot_list_file=/etc/vsftpd.chroot_list
---- 软件准备 mysql安装包 下载地址：http://mirrors.sohu.com/mysql/ 我这里使用MySQL-5.6.26-1.linux_glibc2.5.x86_64.....x86_64.rpm-bundle.tar # 解包后会出现7个文件： MySQL-server-5.6.26-1.linux_glibc2.5.x86_64.rpm MySQL-shared-5.6.26...-1.linux_glibc2.5.x86_64.rpm MySQL-devel-5.6.26-1.linux_glibc2.5.x86_64.rpm MySQL-client-5.6.26-1.linux_glibc2.5....x86_64.rpm MySQL-shared-compat-5.6.26-1.linux_glibc2.5.x86_64.rpm MySQL-embedded-5.6.26-1.linux_glibc2.5...-5.6.26-1.linux_glibc2.5.x86_64.rpm (8) 安装client [root@hadoop01 ~]# rpm -ivh MySQL-client-5.6.26-1.linux_glibc2.5
匹配任意一个字符 [list] 匹配 list 中的任意单一字符 [^list] 匹配 除list 中的任意单一字符以外的字符 [c1-c2] 匹配 c1-c2 中的任意单一字符 如：[0-9] [a-z...] {string1,string2,…} 匹配 string1 或 string2 (或更多)其一字符串 {c1…c2} 匹配 c1-c2 中全部字符 如{1…10} 二.举例 匹配IP地址
负载均值在 uptime 或者 top 命令中可以看到，它们可能会显示成这个样子：load average: 0.09, 0.05, 0.01 很多人会这样理解负载均值：三个数分别代表不同时间段的系统平均负载...如果你的服务器负载超过了 5.00 这个数字，那么你将失去你的睡眠，还得在会议中说明这情况发生的原因，总之千万不要让它发生。 那么多个处理器呢？...那么在单车道 1.00 情况中，说明这桥梁已经被车塞满了。而在双处理器系统中，这意味着多出了一倍的 负载，也就是说还有 50% 的剩余系统资源 - 因为还有另外条车道可以通行。...这使我们有了两个新的法则： 1) 有多少核心即为有多少负荷法则：在多核处理中，你的系统均值不应该高于处理器核心的总数量。...2) 核心的核心法则：核心分布在分别几个单个物理处理中并不重要，其实两颗四核的处理器等于四个双核处理器等于八个单处理器。所以，它应该有八个处理器内核。
Linux中的段 Intel 微处理器的段机制是从8086 开始提出的， 那时引入的段机制解决了从CPU 内部 16 位地址到20 位实地址的转换。...这不仅简化了Linux 内核的设计，而且为把Linux 移植到其他平台创造了 条件，因为很多RISC 处理器并不支持段机制。但是，对段机制相关知识的了解是进入Linux 内核的必经之路。...但内核中也用到LDT，那只是在VM86 模式中运行Wine 时， 即在Linux 上模拟运行Windows 软件或DOS 软件的程序时才使用。...linux的GDT Linux 在启动的过程中设置了段寄存器的值和全局描述符表GDT 的内容，段的定义在include/asm-i386/segment.h 中： #define __KERNEL_CS...而在保护模式下时，由于段基址已经存入了段描述符中，所以段寄存器中再存放段基址是没有意义的，在段寄 存器中存入的是一个叫作选择子的东西– selector。
由图可见，从系统调用的接口再往下，Linux下的IO栈致大致有三个层次： 1.文件系统层，以 write(2) 为例，内核拷贝了write(2)参数指定的用户态数据到文件系统Cache中，并适时向下层同步...3.设备层，通过DMA与内存直接交互，完成数据和具体设备之间的交互 结合这个图，想想Linux系统编程里用到的Buffered IO、mmap(2)、Direct IO，这些机制怎么和Linux IO栈联系起来呢...假设要去读一个冷文件（Cache中不存在），open(2)打开文件内核后建立了一系列的数据结构，接下来调用read(2)，到达文件系统这一层，发现Page Cache中不存在该位置的磁盘映射，然后创建相应的...然后请求继续到达块设备层，在IO队列里排队，接受一系列的调度后到达设备驱动层，此时一般使用DMA方式读取相应的磁盘扇区到Cache中，然后read(2)拷贝数据到用户提供的用户态buffer中去（read...除了传统的Buffered IO可以比较自由的用偏移+长度的方式读写文件之外，mmap(2)和Direct IO均有数据按页对齐的要求，Direct IO还限制读写必须是底层存储设备块大小的整数倍（甚至Linux
在上一个文章中，关于信号的产生，还有没补充完的，所以在这篇文章补充一下 1.信号的产生 硬件异常产生信号 a/=0问题 创建mysignal.cc文件 #include using...当代码除0时，程序运行后就崩溃了，程序运行变为进程，进程运行代码时出现了非法代码，进程退出了 ---- 将内存中的指令数据load到CPU中 状态寄存器中有比特位表示当前计算的状态 CPU中有的寄存器保存未来的计算结果...2是 p作为nullptr，*p取的是内存中的0号地址 *p=100，相当于向0号地址处写入100，但是0号地址并没有申请过， 所以就造成了野指针问题 ---- 运行可执行程序后，发生段错误 --...容我慢慢来说 ---- Linux在系统级别提供了一种能力，可以将一个进程异常的时候， 操作系统可以将该进程在异常的时候，核心代码部分进行核心转储 (将内存中进程的相关数据，全部dump到磁盘中) 一般会在当前进程的运行目录下...1中运行可执行程序，在终端2中发送8号信号干掉进程，并出现core dump即核心转储 ---- 再次使用 ls -l 指令，发现多出来一个 core.2257的文件 即核心转储文件 ---- Term
1、将filename中包含w的行输出来[root@zhoucentos log]# grep w filename wo ai wo jiawo hen haoda jia hao wo shi yi
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