anaconda=miniconda+150 high quality packages=conda+Python+base packages
linux很少用图形界面,都是用命令行,使用。可以把服务当成一台没有图形界面的自己的电脑。
前言:在了解完Linux基本指令和Linux权限后,我们有了足够了能力来学习后面的内容,但是在真正进入Linux之前,我们还得要学会使用Linux中的几个开发工具。而我们主要介绍的是以下几个:
通过 yum list 命令可以罗列出当前一共有哪些软件包. 由于包的数目可能非常之多, 这里我们需要使用 grep 命令只筛选出我们关注的包. 例如:
Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器,相当于应用商店,大多软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维
命令:wget 接刚才复制的下载链接,下载网页上的Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh脚本文件
1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
这个工具用于 windows 机器和远端的 Linux 机器通过 XShell 传输文件. 安装完毕之后可以通过拖拽的方式将文件上传过去.
conda相当于是windows系统下的一个应用商店,可以在这个里面下载你想下载的软件,因为在Linux系统中下载软件要通过软件的官网源码安装,这个方式非常的慢而且下载好之后还有配置环境,有些软件是国外开发下载也相当不容易,于是我们使用conda这个“应用商店”就非常方便了
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
1.准备Linux操作系统 (centos演示如果你的是Debian系列的直接从第四步开始)
不同的分析需要的软件/软件版本不同,即环境不同,则需要不同的conda environment
:就是进行不同项目(转录组,基因组组装等等)分析的时候,需要不同的软件和同一软件的不同版本,需要进行conda环境分开互不干扰。
https://www.aliyun.com/daily-act/ecs/activity_selection?source=5176.11533457&userCode=3enjgk6n
输入 uname -a 查看服务器是多少位的(查看过后是x86_64即64-bit) 进入biosoft cd biosoft wget 下载链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
我们在安装一个软件之前,需要先下载对应的软件包,但是这个软件包并不存在于我们本地的计算机磁盘,而是存在于远端服务器上;那么计算机如何知道该软件存在于具体的哪一台服务器上呢?
初学者当安装模式为默认的 Server with GUI 即可,右侧额外的软件包不要选择,可以在后续学习过程中慢慢安装。生成环境一般为Minimal Install(最小化安装)。
为了给客户的测试和开发提供便利,飞凌嵌入式的开发板产品一般都支持多种操作系统,以基于全志T507H处理器设计研发的OKT507-C开发板为例,它支持三种操作系统,分别是:Linux、Android 和 Forlinx Desktop(Ubuntu),这里提到的Forlinx Desktop系统是飞凌嵌入式在Ubuntu base的基础上构建的桌面操作系统,完全兼容Ubuntu18.04,相对传统的Linux系统而言易用性更高。
答:杀死一个进程,应获得这个进程控制的权利,比如获得进程所属账户的权限;或者获得超级账户的权限。如果是peter账户,没有获得jason账户的权限,因此,杀死jason账户下运行的进程是被禁止的。
YUM(全称为 Yellow dog Updater, Modified)是一个在Fedora和RedHat以及CentOS中的Shell前端软件包管理器。基于RPM包管理,能够从指定的服务器自动下载RPM包并且安装,可以自动处理依赖性关系,并且一次安装所有依赖的软件包,无须繁琐地一次次下载、安装。
Conda 是 linux 系统中最方便快捷的下载器,两个版本:建议安装miniconda版
选择对应的64位,.sh是脚本文件后缀;注:64-bit(x86_64)、32-bit(x86)
wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 下载miniconda安装包
【友情提示:可以放到家目录的bashrc下,方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】
yum是一个软件下载安装管理的一个客户端,如类似的小米应用商店,华为应用商城…。Linux中软件包可能会有依赖关系(如我们安装游戏时,除了游戏的可执行程序,可能还安装了一堆的动态库,配置文件等等,都与游戏放在了一起,这些都是由厂商打包好的)— yum会帮我们解决依赖关系的问题(即当我们需要安装A软件时,可能依赖B软件,还依赖C动态库,那么yum会帮我们一并下载)。
where:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
yum源分为【内置yum源】和【拓展yum源】,其中拓展yum源是需要我们自己去安装的:
在长长的列表里,往下翻(或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest)找到:Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键,复制链接地址用wget -c进行下载
输入以下代码,开始安装,中间出现很多的版权信息,按q跳过,不行就回车;看到问no、yes一律回yes
下面以MySQL为例,演示如何使用rpm安装软件。要安装MySQL需要先到MySQL官方网站下载对应的RPM文件,当然要选择和你使用的Linux系统对应的版本。MySQL现在是Oracle公司旗下的产品,在MySQL被收购后,MySQL的作者重新制作了一个MySQL的分支MariaDB,可以通过yum进行安装。
为什么要用Docker? 如果我们想使用某种pc软件, 那么在互联网上查找并安装软件的流程大致如下图: 那么这就有几个问题要弄清楚: 从哪里获得软件 App Store Linux的包管理 从某些网
Drupal 是使用 PHP 语言编写的开源内容管理框架(CMF),由内容管理系统(CMS)及 PHP 开发框架(Framework)共同构成。Drupal 具备强大的定制化开发能力,您可使用 Drupal 作为个人或团体网站开发平台。本文档介绍如何在腾讯云云服务器(CVM)上手动搭建 Drupal 个人网站。
什么是conda? conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。
除了下面这三个,其它均为第三方系统。这三个是树莓派适配的自己的 Linux 系统。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
在linux上安装软件尤其一键包之类的,都需要很长的时间才能装好,而且会把一些重要的信息显示在最后。虽然说等着就可以,但是这段时间内如果断一下网,密码等信息看不到那就悲剧了。今天就介绍linux下安装一键包软件的必备软件screen,有了这个软件,再也不怕突然断网了,再登录进去就是 一般需要先安装下 yum install screen -y 然后我们创建一个屏幕,为了节省时间,我就创建个bench任务吧,任务可以随意命名 screen -S bench 进入bench屏幕后,执行命令 wget -qO-
按照更新时间查找最新版Linux的miniconda软件,通过命令 uname -a查看服务器是多少位的(我的是x86_64),复制相应的下载链接。
今天是学习的第三天重点学习Linux环境下软件的安装,开始用我不怎么灵光的脑子努力学习,哈哈哈~
Conda用于管理Python的软件包,功能强大,涵盖许多领域。在生信领域,应用最多的是Miniconda。是最方便最快捷的软件下载安装工具。
下载安装包 -- bash 安装 -- 接受协议 -- 选择默认安装路径(回车) -- 重新激活环境 -- 调用帮助文档
我们时常会遇到需要在Mac中使用Window应用的状况,比如一些电商平台的打单软件可能只有Windows版本。借助系统兼容工具CrossOver,则可以便捷地在Mac中跨系统使用Windows系统下的应用和文件。小编这里汇总了CrossOver Mac安装失败,CrossOver Mac乱码等软件下载常见问题解决方案,帮大家快速入门CrossOver的使用。
本期将基于《大数据之脚踏实地学03--Linux的常用文件级命令》的知识,分享如何在Linux系统中安装Java。可能你会问,为什么选择Java安装的分享,而不是Python,或其他工具呢?这是由于Hadoop的运行是依赖于Java的,后期我们还会介绍Hadoop这款工具的安装和使用。安装Java实际上就三个流程,分别是下载、安装和配置环境变量,接下来详细介绍Java的安装过程。
Linux的应用商店—CONDA 在Linux系统如何下载数据分析所需要的软件?答案:用conda。conda最Linux系统方便快捷的软件下载器,没有之一。它的作用就相当于App store,90%以上的软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可 ------微信公众号:生信星球图片Conda的下载Being/Google搜索“miniconda 清华”图片进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,可以看
和苹果的app store, 手机的软件管家一样,linux 也提供了conda(miniconda)这样一个软件中心。
但是Linux不仅仅针对tar类型的压缩包,也支持zip,rar这种Windows下的压缩包。
安装好Ubuntu系统环境后,开发前需要简单配置Ubuntu系统环境以及安装一些必备的开发工具。
在Linux系统中,expect 是一款非常有用的工具,它允许用户自动化与需要用户输入进行交互的程序。本文将深入探讨expect命令的基本语法、使用方法以及一些最佳实践。
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