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Linux:转录组分析1-建立工作目录

转录组测序分析本笔记主要是针对转录组测序分析专题上游分析,需要有Linux基础知识,目标是养成一个良好的分析习惯,熟悉转录组分析上游流程,重点是针对分析的结果能有自己的思考和解读能力。...wget axel -n 100 1.工作目录管理这一部分非常非常非常重要,拥有一个优秀的工作习惯比什么都重要1.1 目录一览## 示例如下:├── database # 数据库存放目录...,包括参考基因组,注释文件,公共数据库等├── project # 项目分析目录 └── Human-16-Asthma-Trans #具体项目 ├── data # 数据存放目录...cd ~## 1.建立数据库目录:在数据库下建立参考基因组数据库,注意命名习惯:参考基因组版本信息mkdir -p database/GRCh38.105## 2.建立项目分析目录mkdir projectcd.../Subjunc# 建立定量目录mkdir -p Expression/featureCounts Expression/Salmon# 查看整个分析目录准备结构tree├── data│   ├──

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Linux笔记【003】| Linux系统目录结构与基本命令

一.Linux系统目录结构 linux的文件系统是采用级层式的树状目录结构,在此结构中最上层是根目录“/”,然后在此目录下再创建其它的目录。在linux世界里。一皆文件。.../media:linux 系统会自动识别一些设备,例如U盘、光驱等等,当识别后,linux会把识别的设备挂载到这个目录下。.../mnt:系统提供该目录是为了让用户临时挂载别的文件系统的,我们可以将光驱挂载在/mnt/上,然后进入该目录就可以查看光驱里的内容了。 /opt: 这是给主机额外安装软件所摆放的目录。...参考:https://www.runoob.com/linux/linux-install.html 二.基本命令 1. ls 命令 用于显示指定工作目录下之内容(列出目前工作目录所含之文件及子目录)...相对路径是指,相对于当前工作路径来说;而绝对路径,其实其本质上也可以理解成相对路径,只不过它相对于盘符根目录“/”。

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Linux】权限 !

Linux 权限 1 什么是权限 关于Linux的权限问题,可以理解为不同级别的工作者,分别拥有不同的能力来管理文件。...1.1 Linux用户 Linux 一般有两种用户 超级用户:可以再linux系统下做任何事情,不受限制 普通用户:在linux下做有限的事情。...要从普通用户user切换到root用户则使用 su root(root可以省略)此时系统会提示输入root用户的口令 2 权限管理 首先 怎么理解权限呢???...-:普通文件 l:软链接(类似Windows的快捷方式) b:块设备文件(例如硬盘、光驱等) p:管道文件 c:字符设备文件(例如屏幕等串口设备) s:套接口文件 基本权限 读(r / 4): Read...与文件权限类似,毕竟在linux里 一皆文件 可执行权限: 如果目录没有可执行权限, 则无法cd到目录中.

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Linux自有服务与软件包管理

工作场景: 公司开发了一个电商网站,由于访问量很大,网站后端由100台服务器组成集群。...,挂载点为 /run/media/zhengyquan/CentOS 7 x86_64文件夹 注:Linux操作系统的中所有存储设备必须先挂载后使用 第三步:使用cd命令,切换到挂载目录 cd /run...问题:为什么当我们直接访问 /run/media/zhengyquan/CentOS\ 7\ x86_64就相当于访问光盘 因为CentOS7的操作系统自动把光驱设备挂载到此目录了,访问这个目录就相当于访问光盘...出现以上问题的主要原因在于我们当前所在的目录为挂载目录。...11.2 挂载 mount 设备文件 挂载目录 提示:光驱的设备文件为/dev/sr0 案例1:把光驱挂载到/mnt/cdrom目录 mkdir /mnt/cdrom mount /dev/sr0 /mnt

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1.达梦数据库安装到Linux,2.初始化建库,3.开启服务,4.本地连接

一、安装 (需要安装dm的光驱文件dm8_20200907_x86_rh6_64_ent_8.1.1.126.iso) 1.1先检查一些Linux的配置参数,防止因为内存太小的问题,安装达梦失败 1.1.1...如果/tmp 目录不能保证 1GB 的存储空间,用户可以扩展/tmp 目录存储空间或者通 过设置环境变量 DM_INSTALL_TMPDIR 指定安装程序的临时目录。...mount_point/dir_name DM_INSTALL_TMPDIR=/mount_point/dir_name export DM_INSTALL_TMPDIR 2.安装 DM 用户应登录或切换到安装系统用户...将 DM 安装光盘放入光驱,然后加载(mount)光驱。(首先要有一个光驱压缩文件,然后在虚拟机设置中添加一个)一般可以通过执行下面的命令来 加载光驱: ?...加载(mount)光驱后,在/mnt/cdrom 目录下存在 DMInstall.bin 文件, DMInstall.bin 文件就是 DM 的安装程序。

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Linux 基础 之 用户管理

目录 1、环境准备 2、Linux目录结构 3、实操 3.1 vi 和 vim 编辑器 3.2 开机、 重启、和用户登陆注销 1、开启重启命令 2、用户登陆和注销 3.3 用户管理 ---- Linux...记住一句经典的话:在Linux 的世界里,一皆文件,下面给大家整理了一份表格。.../tmp 这个目录是用来存放一些临时文件的 /dev 类似于 windows 的设备管理器,把所有的硬件用文件的形式存储 /media 【重点】 Linux 系统会自动识别一些设备,例如U盘、光驱等等,...接下来演示如何切换用户,在我们当前用户的权限不够,那这个时候我们就可以使用su 用户名,切换到高权限用户,比如root。...当我们要访问root 目录 就会提示权限不足,当我们想切换回root,就 要输入密码,但是从权限高的用户切换到权限低的用户,不需要输入密码。

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第六章 用户和组

而上学或工作后,进入了班级或单位,受班级或单位制度的限制,即标准组。而我们平时在工作中,一般多使用标准组,对于私有组使用较少,但必须知道私有组的存在和原理。...首先,我们先在虚拟机的中光驱中放入光盘:右键 虚拟机标签 ,选“设置”=>找到光驱,指定光盘镜像=>上侧点中:已连接=>确定 ?...: mount /dev/cdrom /media ---挂载光驱, /dev/cdrom 光驱设备 umount /media ---卸载光驱 6.3.2 sudo授权 学会了光盘的挂载...,我们可以试着切换到普通用户身份下,试着挂载光驱看看,会报如下错误: ?...下面切换到普通用户下做验证: su zhang sudo mount /dev/cdrom /media ---使用sudo执行命令,会提示输

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Linux基础(day4)

1.13 单用户模式 1.14 救援模式 1.15 克隆虚拟机 1.16 Linux机器相互登录 1.13 单用户模式 在linux系统中忘记密码时,去更改密码时; (前提:必须是在物理机或服务器上人为操作...那一行,按向右的方向键定位到ro (ro表示read only,只读) 把ro改成rw init=/sysroot/bin/sh (sysroot表示系统所在目录,原系统所在路径) 再按...ctrl+x,就可输入一些命令(安全模式,但还未进入到系统) (内存操作系统) 可用ls命令查看下 再输入chroot /sysroot/ 切换到原来的系统 当这时输入命令出现乱码时...(启动时连接) 然后选择“电源”到“启动时进入BIOS(B)”,让它启动时加载光驱,设置光驱是第一启动对象(默认设置不是先加载光驱) 用方向键去控制,选择到boot,再使用加减号,调整CD-ROM Drive...) 再第三次回车 (就生成密钥对) ls /root/.ssh命令 可查看公钥和私钥 用cat /root/.ssh/id_rsa.pub 公钥内容复制到hf-01上 (若找不到目录,可cd .

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Ubutu系统文件结构

在ubuntu中所有的文件都是基于目录的方式存储的。一都是目录,一都是文件。 2.文件系统结构 /是一目录的起点,如大树的主干。其它的所有目录都是基于树干的枝条或者枝叶。...该目录存放的是Linux的外部设备,如硬盘、分区、键盘、鼠标、usb等。 /etc: 这个目录用来存放所有的系统管理所需要的配置文件和子目录,如passwd、hostname等。.../home: 用户的主目录,在Linux中,每个用户都有一个自己的目录,一般该目录名是以用户的账号命名的。 /lib: 存放共享的库文件,包含许多被/bin和/sbin中程序使用的库文件。.../lost+found: 这个目录一般情况下是空的,当系统非法关机后,这里就存放了一些零散文件。 /media: ubuntu系统自动挂载的光驱、usb设备,存放临时读入的文件。...这里存放所有标志为文件的进程,比较cpuinfo存放cpu当前工作状态的数据。 /root: 该目录为系统管理员,也称作超级权限者的用户主目录

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Linux基础第二课——系统架构

以上是内网网段 127.0.0.1 这是本地回环网卡 表示本身 查看网络是否连通 windows Linux 都是通过 ping 先ping网关 再ping 其它 查看ip地址 windows:ipconfig...Linux:ifconfig 系统架构 Linux目录从根出发 sudo apt-get install tree 查看当前位于哪个目录下 pwd 防止切换来切换去 不知道位于哪里 cd /...tree -L 1 挂载: . # 系统跟目录 ├── bin #存放常用的命令 ***** ├── boot #系统的启动文件和核心文件都在这个目录 ├── cdrom #光驱 ├──...dev #device 存放我们的设备文件 硬盘 光驱鼠标 **** ├── etc #存放系统的配置文件 ***** ├── home # 用户的家目录 ***** ├── initrd.img...位操作系统的动态链接库 ├── lost+found #如果非法关机 这里会记录一些异常 ├── media #媒体 当用户插入移动设备 比如u盘 系统会自动挂载到这里 ├── mnt # mount 挂载的意思 Linux

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作为一个Linux新人,你必须知道的事

在实际工作中内核抽象了相关细节。 内核是一个资源管理程序。负责将可用的共享资源(CPU时间、磁盘空间、网络连接等)分配得到各个系统进程。 内核就像一个库,提供了一组面向系统的命令。...Linux 的内存管理提供了物理和虚拟映射所使用的硬件机制,也支持当内存被消耗光的时候, 使用被称为“交换”的过程把页面从内存交换到硬盘上。 进程管理:进程实际是某特定应用程序的一个运行实体。...Linux以文件的形式对计算机中的数据和硬件资源进行管理,也就是彻底的一皆文件,反映在Linux的文件类型上就是:普通文件、目录文件(也就是文件夹)、设备文件、链接文件、管道文件、套接字文件(数据通信的接口...这些种类繁多的文件被Linux使用目录树进行管理, 所谓的目录树就是以根目录(/)为主,向下呈现分支状的一种文件结构。...一皆文件和文件目录树的资源管理方式一起构成了Linux的文件体系,让Linux操作系统可以方便使用系统资源。

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备份方式和Linux基础

常见的还有".html ",".css" ,".js ",".jsp" ,".py" 3、Linux中所有内容以文件形式保存 Linux中,一皆文件。.../dev : 设备文件目录,硬盘、光驱、U盘都属于设备文件,/dev/sr0代表光驱设备。注意,次目录下的文件没有办法直接使用,必须先挂载。 /etc : 非常重要,代表系统的配置文件目录。...大部分软件安装完成后,其配置文件都存放在此目录。 /home : 普通用户的家目录,用户登录后会自动切换到目录。每创建一个用户,其在/home下就会生成—个文件夹作为家目录。.../root : 超级管理员的家目录,超级管理员登录后会自动切换到目录。 /media : 挂载目录,早期Linux挂载目录,用于挂载光盘及软盘。...案例一:切换到 /usr/local这个程序目录 cd /usr/local 案例二:当前在/home/xxx下,切换到目录/下 cd ../../ 案例三:当前在某个路径下,如何快速回到自己的家目录

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【精通Linux系列】Linux中的系统文件概述与编辑器详解

作者 :“大数据小禅” 专栏简介 :本专栏主要分享Linux技术,会涉及到常用的Linux命令操作,常用的服务部应用署以及相关运维知识,还有一些Linux系统的深层解析 个人主页 :大数据小禅 目录...linux中一皆文件!...,输入 : 进入 1:在命令行模式中的操作: 2:在底行模式的操作,输入冒号进入底行模式 linux中一皆文件!.../media:挂载光盘使用的 一般在没有挂载之前是空的 (怎么去使用这个光驱呢?...卸载光盘:umount /dev/cdrom 绝对路径:说白了就是完整的路径 相对路径:相对于当前位置路径 ./ 代表的是当前目录的意思 …/ 代表的是上一级目录的意思(cd …)执行 linux高手编辑器

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Linux

/dev : dev是Device(设备)的缩写, 存放的是Linux的外部设备,在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。.../etc: 这个目录用来存放所有的系统管理所需要的配置文件和子目录。 /home:用户的主目录,在Linux中,每个用户都有一个自己的目录,一般该目录名是以用户的账 号命名的。.../media:linux系统会自动识别一些设备,例如U盘、光驱等等,当识别后,linux会把识别的设备挂载到这个目录下。.../mnt:系统提供该目录是为了让用户临时挂载别的文件系统的,我们可以将光驱挂载在/mnt/上, 然后进入该目录就可以查看光驱里的内容了。 /opt:这是给主机额外安装软件所摆放的目录。...- **i** 切换到输入模式,以输入字符。 - **x** 删除当前光标所在处的字符。 - **:** 切换到底线命令模式,以在最底一行输入命令。

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