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    【免费】站长线下课:用STAR去Mapping~~~~

    结合小站之前的教程这一步应该插在STAR Mapping之后从零到壹:10元~Mapping神器STAR的安装及用随便选一个样本,在样本文件夹里找到bam文件,然后用samtools index建立baibam与bai要在一个目录下,载入到IGV软件中,就是视频那个样子啦。位置信息是chr12:123,406,542-123,416,558首先看是不是链特异性,右键选color alignments by first-of-pair strand如视频那样,红蓝分布,就是链特异性再看是什么样的链特异性在链特异性那个样本右键选color alignments by read strand鼠标放在红或者蓝的read上,看信息。显示first of pair那个read的箭头方向与基因的方向相反,这就提示是dUTP建库的方法。知道这些有啥用呢?在STAR运行结束后的ReadsPerGene.out.tab文件中非链特异性的要选第二列那个数而dUTP链特异性建库要选第四列那个数所以批量处理counts数教程中"站长,Mapping之后counts怎么合并成一个表?"df.use <- data.frame(v1 = df.read 这句代码中V4就是第四列,选择这个是针对dUTP链特异性建库测序的,如果是非链特异性建库图中那个位置应该改成V2就可以啦~~

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    vsftpd如何用PAM去认证用户

    vsftpd可能是世界上最好的ftpd。它在linux世界非常流行,安全,性能高。 本文的目的是让PgSQL存储你的vsftp的虚拟用户和密码,通过一个叫做pam的来认证。 零、简述PAM原理。 如果你已经对pam有所了解,请跳过,我知道的可能还不如你多。你不感兴趣也请跳过,因为不看这个也可配置。 代码: 用户 vsftpd PAM模块 用户和密码数据库 vsftpd用了一种很聪明同时也是unix/linux规范的方法来认证用户,就是PAM。大家对于PAM,也许有些陌生,但是一直在用。所谓PAM,英文是:Pluggable Authentication Modules,可拔插认证模块(不知道这样翻译对不对)。看见plug这个关键字,就知道是很灵活的。 现在几乎所有daemon程序一般都是用PAM来进行认证的,包括telnet/sshd/imapd,甚至你的login,都是用PAM。在 fbsd 4上的朋友,你可以打ps -ax|grep pam,你会发现login了多少个控制台,就会有多少个写着pam的进程。 PAM的最大好处是灵活。它不管你的用户和密码用什么数据格式存储(数据库也好,通常用的密码文件也好),只要有相应的PAM模块就可以存储。比如说,大家不仅可以用vsftpd + PgSQL做用户登陆验证,只要你喜欢你还可以用MySQL,Oracle,LDAP数据库存储用户数据,只要有相应的PAM就可以。所有的daemon 都可以用一个后台数据库来做用户验证登陆,包括telnet/sshd等等。 pam的配置机制在不同版本的freebsd上有差异。 freebsd-4放在/etc/pam.conf,一个文件记录所有pam服务。 freebsd-5放在/etc/pam.d,/usr/local/etc/pam.d。每个pam服务由一个独立的文件记录。 本文不打算详细叙述PAM的配置。PAM的配置不是很难,毕竟,只是要你配置一些参数,不是叫你开发一个pam模块出来。而且本文的篇幅所限,偶刚刚知道的一点东西希望能够起到抛砖引玉的作用。等偶对pam再玩得深入和熟一点的时候,再写一篇关于深入一点关于pam的东东? 准备开始:提要 简单讲讲要用到的配置文件的作用。 引用: /etc/pam.conf #pam服务的配置 /etc/pam_pgsql.conf #pam_pgsql.so的配置 /usr/local/etc/vsftpd.conf #vsftpd的配置 一、安装vsftpd,PostgreSQL,pam_pgsql。 我都是使用port来安装的,请大家用port/package来安装,不要自己下载源码来编译,否则可能根据本文的方法可能无法正常使用。其中vsftpd和pam-pgsql一定要用port/package来安装。 以下是他们的port目录: 引用: /usr/ports/ftp/vsftpd /usr/ports/databases/postgresql7 /usr/ports/security/pam-pgsql 安装:只要cd进去,然后make install就OK了。 二、PostgreSQL安装(如果你已经有了PostgreSQL,不需要看这一节) 简单提提用port来装PostgreSQL的过程,因为BSD版上的装PgSQL的方法都是自己下载源码编译的。我是用port来编译安装,因为这是fbsd推荐的安装方法,而且安装的软件会根据bsd的hier(目录结构)来安装,比较便于管理。 当用port来安装好PostgreSQL,默认的数据库管理用户是pgsql(port里头的安装程序自动添加的),其他系统默认的是postgres。初始化PostgreSQL的程序如下: 1、初始数据库。请先用root登陆或者su到root。然后,打命令: 代码: # su pgsql # initdb 正常初始化的应该有以下提示: 引用:

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