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使用IGV看序列比对情况

文件格式 IGV推荐使用格式是:BAM以及SAM格式。 除了BAM,GOBY、VCF、PSL、BED、TDF等格式IGV也支持。...Sort和Index BAM文件在载入IGV前,需要进行sort 和index。Index会生成一个以“.fai”结尾的辅助文件,这个文件会根据文件名自动关联序列比对数据(.bam),导入IGV中。...当IGV窗口放大到reads 可视化阈值大小(默认为30KB)时,这个track会以灰色条形图显示每个位点的测序深度。如果某核苷酸与参考序列不同(超过20%reads)时,IGV会标出不同的颜色。...结构变异(Structural Variants) IGV使用颜色和其他的标记来显示变异:SNP、SV、异倍体(aneuploidy)。 IGV使用reads透明度来表示其质量。...本文简单介绍了使用igv查看序列比对的情况,还有其他模式如Bisulfite Mode,详细可看原文网页(http://software.broadinstitute.org/software/igv/

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Linux运维人员怎样使用screen

今天小编为大家分享的文章是关于Linux运维利器-screen的使用介绍,相信很多Linux运维人员对此都有所了解,下面跟小编一起来看一看文章内容吧。...Linux是一个多用户多进程的操作系统,Linux的远程操作我们常常使用是的ssh进行远程的。我们可以登录打开不通的终端,但是每一个终端都是一个环节变量。...一、分析,意外关闭终端程序挂掉的原因 Linux/Unix中,几个相关概念: 进程组(process group):一个或多个进程的集合,每一个进程组有唯一一个进程组ID,即进程组长进程的ID。...随你怎样,只要别杀掉screen会话。 是不是很方便?更进一步,其实我们可以利用screen这种功能来管理你的远程会话,保存你所有的工作内容。...使用C-a A给窗口起名字。使用C-a w可以看到这些窗口名字,可能名字出现的位置不同。 使用putty: 使用telnet: 更多Screen功能 Screen提供了丰富强大的定制功能。

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    怎样Linux使用动态和静态库

    为了检查一个应用在启动时需要哪些库,你可以使用 ldd 命令,它会打印出给定文件所需的动态库: $ ldd my_app linux-vdso.so.1 (0x00007ffd1299c000...这是使用某种特定的编程方法实现的。 当一个应用使用可以在运行时改变的插件时,就会使用动态加载。 查看 dlopen 手册页 获取更多信息。...-64.so.2 (0x00007fe50928e000) 这是个不错的例子,但是如果你在编写给其他人用的库,它是怎样工作的呢?...怎样处理多种架构 通常来说,32 位和 64 位版本的应用有不同的库。...虽然刚开始会有点困惑,但是理解 Linux 库的依赖管理是一种对操作系统掌控感的表现。在其他应用程序中运行这些步骤,以熟悉常见的库,然后继续学习怎样解决任何你可能遇到的库的挑战。

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    怎样使用Carthage

    正文 CocoaPods发展到现在基本上已经是ios开发的标准依赖工具,我们只需要安装好pod后在项目中新建一个Podfile文件并且写入你需要的三方框架,就能很方便得使用第三方框架,搞技术的都喜欢造轮子...Carthage的优点有两点: 去中心化 不修改项目配置 对于第一点 也就是不再像CocoaPods那样统一管理所有的项目,一旦CocoaPods停了 就没法使用了 它的机制是把项目下载下来(现在一般都在...但生成的库(iOS)就有9M多,并且生成的是多个平台的(iOS,Mac,tvOS,watchOS))一共37M,我的天 所以对我来说 我是拒绝用Carthage的 但是既然学了 就记录一下该怎么用它 使用方法...3.3 然后执行 carthage update 它会在你的工程目录里生成一个Carthage的文件夹,里面有帮你自动生成的framework 一个Cartfile.resolved文件 来记录正在使用的第三方库的版本...直接把framework拖到工程里就可以使用或者添加framework的search path 让你的项目支持Carthage 具体的方法可以参考这篇文章 Carthage使用心得-让自己的项目支持Carthage

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    保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南(图文详解)

    一步一步教你用基因组浏览器(图文) 这次我们一起科研论文中常用到的桌面级基因组浏览器 IGV,优势在于可以离线使用,方便大家直接查看本地文件,而且渲染速度相较在线基因组浏览器网站要快不少。...软件下载 IGV 官网下载: http://software.broadinstitute.org/software/igv/download 这里以下载预装 Java 的 Windows 版本 IGV...由于大部分数据是通过服务器跑出的结果,所以也有小伙伴有在 Linux 服务器端使用的需求。...这里推荐几种方式: 配合远程控制软件来使用,国产推荐 Todesk,向日葵 目前有部分单位禁止使用远程软件,推荐结合 Jupyter 来使用 建立 FTP 来通过 url 访问 建议最好安装在固态硬盘所在分区...其实今天和大家一起探讨的只是冰山一角的 igv 使用技巧,如果小伙伴们有其他的使用方法,欢迎一起讨论。

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    怎样使用深度纹理

    . - nVidia 使用预定义的D3DFMT_D16 和D3DFMT_D24S8 格式.GeForce3 和之后的芯片都支持这个. 大多数情况下16位的格式应该满足多数需要了....强烈建议尽可能选择16位的Shadow map, 因为它具有更好的性能, 而且被广泛支持. * 要检测这些格式的有效性, 可使用CheckDeviceFormat() API..... * 当渲染完成后深度纹理可以当作是一张普通纹理通过SetTexture() 来使用. * ATi和nVidia的深度纹理实现的主要不同是在shader的使用上. - 从ATi深度纹理进行采样会返回深度值...为所有投影物体 保持alpha测试开着(或使用一个texkill shader)会让早期的Z优势失效, 因为pixel shader可能会在深度比较之前执行....所有阴影渲染也可以使用同一个灵活的shader, 但这需要付出额外的步骤:) Nick European Developer Relations, ATI Technologies MrT@ati.com

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    怎样Hack Linux的内核符号?

    本文从一个实际例子出发,阐述了在对二进制形式的Linux固件做自动化安全加固的时遇到的技术难题和解决办法。 Linux内核是不是坚不可摧?答案是NO!...这里有很多核心问题需要解决,其中之一是修复函数使用未导出内核符号问题。 ? 我们都知道Linux是宏内核架构(Monolithic Kernel)。...为了实现内核功能的动态扩展,Linux又引入了内核模块。内核模块将不可避免的使用内核函数。正常情况下,Linux内核代码会将一些基础功能性函数导出。如控制台输出函数printk等。...如果在内核模块中想使用未导出的符号,可以使用Kallsyms提供的kallsyms_lookup_name函数将符号名解析到函数地址,再以函数指针的形式调用即可,如: ?...对于Linux内核模块而言,它本质上也是动态链接库,因此加载模块时必然存在解析符号地址的函数。

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    怎样使用React Context API

    本文将向你展示两个基本的 Web 商店应用程序,一个使用了 Context API 进行构建,另一个则不用。 这个新的API解决了一个严重的问题 ——prop drilling。...两个状态流的示例:一个使用React Context API,另一个不用 重构非常简单 —— 我们不必对组件的结构进行任何修改。...你使用 **context **就像用 props 一样。 它包含我们在 MyProducer 中共享的所有值,我们所需要做的只是去使用它!...而使用新的 Context API,默认情况下你已经有了这个功能。 在巨大的宣传攻势下 Context API 将会使 Redux 变得过时。...如果你只使用 Redux 的这一个功能,现在可以使用 Context API 替换它,并避免在不使用第三方库的情况下进行 prop drilling。

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    Linux 内核参数怎样调优呢

    平时在排查问题以及系统性能优化时,会遇到内核相关的问题,怎样才能优化高性能的内核去转发流量及服务于应用呢,以下是本人的一点建议,可以从这几个方面思路入手!Linux内核参数怎样调优?...Linux 内核参数可以通过修改 /sys/ 或 /proc/ 目录下的系统参数文件来实现, 以下是常见的内核参数调优策略:文件系统缓存大小通过修改 vm.dirty_ratio 和 vm.dirty_background_ratio...参数来调整文件系统缓存大小, 这些参数控制了内核在将脏数据写入磁盘之前可以使用的内存比例;网络连接数通过修改 net.core.somaxconn 参数来调整网络连接数, 这个参数控制了套接字监听队列的最大长度...;内存分配策略通过修改 vm.swappiness 参数来调整内存分配策略, 这个参数控制了内核在内存不足时倾向于使用交换空间的程度;内核调度策略通过修改 kernel.sched_min_granularity_ns

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    怎样配置Linux分析工具:kdump篇

    怎样配置Linux分析工具:kdump篇引言在运维的世界里,服务器的稳定运行是生命的灯塔,一旦遭遇异常重启,便是暴风雨来临的预兆。作为一名运维工程师,深知在这场与故障斗争的战役中,武器的锋利至关重要。...kdump简介kdump,这个名字在Linux运维圈内并不陌生,它是Linux内核崩溃转储机制的一种实现。...以Debian/Ubuntu为例,使用如下命令进行安装:sudo apt-get updatesudo apt-get install kdump对于CentOS/RHEL,可以使用yum或dnf进行安装...下面将详细介绍如何使用crash进行分析:使用crash工具分析首先,我们需要启动crash,指定Linux内核映像文件和转储文件的路径。...高级技巧和注意事项在使用kdump和crash工具时,以下是一些高级技巧和注意事项:高级技巧增加可用的调试信息:确保在捕获转储文件时,使用的内核映像包含调试信息。

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    【说站】怎样正确的学习 Linux

    学习 Linux 对于一个站长来说其实还是很重要的,但是需要正确的学习 Linux,明月目前也就是“东一榔头、西一棒槌”的学习,感觉非常的不系统,今天看到一个专业 Linux 教育团队整理的 Linux...作为一个专门研究 Linux 学习的团队,给大家看一下我们对 Linux 运维学习的总结,欢迎大家拍砖,下面我们团队整理的学习路线: 运维学习阶段,需要分为四个阶段,linux 初级入门-àlinux...第一阶段:初级入门 初级阶段需要把 linux 学习路线搞清楚,任何学习都是循序渐进的,所以学 linux 也是需要有一定的路线。...个人建议学习的路线如下: 1、Linux 基础知识、基本命令(起源、组成、常用命令如 cp、ls、file、mkdir 等常见操作命令) 2、Linux 用户及权限基础 3、Linux 系统进程管理进阶...等进行深入讲解) 4、运维监控 zabbix 详解(主要是 zabbix、cacti、nagios 等监控系统,现在用的比较多的是 zabbix) 5、运维自动化学习(需要学一些开源运维自动化工具的使用

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