一、基本介绍 vim(Vi IMproved)顾名思义是vi的改进版,那么vi是什么? vi 是一种常用于GNU/Linux下的一款编辑器,随着需求的不断扩充,在vi的基础上做了很多改进,于是vim诞生了。 vim相对于vi的这些优势主要体现在以下几个方面: 1、多级撤消我们知道在vi里,按 u只能撤消上次命令,而在vim里可以无限制的撤消。 2、易用性vi只能运行于unix中,而vim不仅可以运行于unix,windows ,mac等多操作平台。 3、语法加亮vim可以用不同的颜色来加亮你的代码。 4、可视化操作就是说vim不仅可以在终端运行,也可以运行于x window、 mac os、 windows。 5、对vi的完全兼容某些情况下,你可以把vim当成vi来使用。 由此可见vim是一款非常强大、非常受欢迎的一款文本编辑器。 官方网站:http://www.vim.org/ linux下安装vim-minimal软件包 如果是在Linux下,可以安装VIM-Enhance使其扩展为完整版本的VIM
导语用户切换vi基本操作异常处理保存退出移动移动(程序)选中文本(可视模式)删除复制粘贴移动下一行替换缩进查找替换多行注释文件浏览器分屏命令
写在前面 Illumina甲基化芯片目前仍是很多实验室做甲基化项目的首选,尤其是对于大样本研究而言,其性价比相当高。这种芯片的发展主要经历了27K、450K以及850K,目前积累的数据主要是450K芯片的,未来850K可能会成为主流。之前我写过一篇450K芯片预处理的帖子,其中也介绍了这种芯片的基础知识以及流程图和代码,大家可以先看看。芯片的处理流程一般就是:数据读入——数据过滤——数据校正——下游分析。 step1:计算机资源的准备 与测序相比,芯片的处理可能对计算资源的要求是不算高,主要使用的工具就是R
对于一个文本格式的配置文件,可以利用不同的查看方式来获知文件内容,如直接显示整个文件内容,分页查看文件内容,或者只查看文件开头或末尾的部分内容,在Linux操作系统中,分别由不同的命令来实现这些操作。
和windows、Mac一样,linux也是一个操作系统;具有应用场景、权限控制、命令行模式、目录结构。
scp -P <端口号> ~/.ssh/id_rsa.pub <用户名>@<ip地址>:/home/id_rsa.pub
特征: 两部分, id行和序列行. - id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2 ... - 序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN 或 20种氨基酸
通过 yum list 命令可以罗列出当前一共有哪些软件包,由于包的数目可能非常之多, 这里我们需要使用 grep 命令只筛选出我们关注的包,例如:
本次测评CircRNA-seq上游分析的两大最新工具CIRCexplorer3及CIRIquant。CIRCexplorer3是2019年发表在Genomics Proteomics Bioinformatics(2020 IF=7.69)上,目前引用量是22次;CIRIquant2020年发表在nature communications上,目前引用量是54次。
sed 是 Linux三板斧之一,是一种非常强大的文本编辑器。它可以对文本文件进行添加、删除、替换、注释等操作。sed 的基本语法是:
提供信息的可视化是数据分析的重要任务之一,从本章开始会比较详细介绍绘图与可视化有关知识,主要用到的库有matplotlib、numpy、pandas和seaborn。
fastq:一种保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式。FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成: • 第一行:以 @ 开头,之后为序列的标识符以及描述信息 • 第二行:为序列信息,如 ATCG • 第三行:以 + 开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息(保留行) • 第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同
vi/vim 共分为三种模式,分别是命令模式(Command mode),**输入模式(Insert mode)和底线命令模式(**Last line mode)。
1:Linux特点及哲学思想 ①一切皆文件* ②由众多目的的单一应用程序组成:一个程序只做一件事,且做好 ③组合目的的单一的小程序完成复杂的任务 ④尽量避免跟用户交互* ⑤使用文本文件保存配置信息* 程序=指令+数据 程序=指令文件+库+配置文件+帮助文档
叶绿体基因组类的文章通常会有一幅图来展示叶绿体基因组的相似性(Sequence identity plot),出图的工具是mVISTA:mVISTA分为本地版和在线版两种。本文简要介绍使用在线版mVISTA获得Sequence identity plot的步骤。
在一个图形输出窗口中,底层是一个Figure实例,通常称之为画布,包含一些可见和不可见的元素。在画布上的就是图形,图形是一些Axes实例,里面几乎包含了matplotlib的组成元素,例如坐标轴、刻度、标签、线和标记等。
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Linux是一种基于UNIX的操作系统,最初是由Linus Torvalds引入的。它基于Linux内核,可以运行在由Intel,MIPS,HP,IBM,SPARC和Motorola制造的不同硬件平台上。Linux中另一个受欢迎的元素是它的吉祥物,一个名叫Tux的企鹅形象。
Linux上的文本编辑器vim 图片 命令模式 • 用vim FILENAME进入之后的默认模式 • 可以“上下左右”移动光标 • 可以剪切字符或整行、也可复制、粘贴 移动光标: • 方向键或者hjkl • ^和$:快速到所在行的开头和末尾(用0也可以到开头) • 30j:向下移动30行(数字+方向进行快速移动) • ctrl+f或b:上下翻页(forward/back) • gg:快速回到文档的第一行的第一个字符 • G:快速到文件底部 (或者用 和 ) 撤销动作(后悔药): • u:复原前一个动作(可
上个月组内来了一个新的小伙伴,赶巧那个时候我休假了!当我休完假来的时候,这个新小伙伴成了我同桌,然后就是一起做项目咯。就在昨天我们在配置环境,修改各种配置文件的时候;小伙伴看到我各种vim的快捷指令使用,有点惊讶了:“卧槽,你怎么做到记得这么清楚的?这谁能记得住?教教我呗?”。
添加无指向性注释文本,设置文本的x和y坐标(文本左下角),文本类容,粗细风格和颜色
大家在看高分文章时,总会惊叹于,为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树,而且好看的图也能直接提升文章的档次,冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔,而你每次花了半个月时间做的进化树不是被老板嫌弃配色丑,就是太单调,没有各种辅助的注释信息。然后你默默捧起别人的文章学习时发现他们绝大部分都是用iTOL这个在线工具来进行的系统发育树的美化的。
—————————————– -Xms2048m -Xmx2048m -XX:MaxPermSize=512m -ea -server -Dsun.awt.keepWorkingSetOnMinimize=true
进入vi的命令 vi filename :打开或新建文件,并将光标置于第一行首 vi n filename :打开文件,并将光标置于第n行首 vi filename :打开文件,并将光标置于一行首 v …
matplotlib是python中的绘图工具库,也是平面数据可视化领域应用最广泛的绘图工具之一,接下来我们就从最常用函数的角度向大家介绍matplotlib的具体用法!
通过 yum list 命令可以罗列出当前一共有哪些软件包. 由于包的数目可能非常之多, 这里我们需要使用 grep 命令只筛选出我们关注的包. 例如:
准备数据 x = np.linspace(-1.0,1.0,100) # 在指定的间隔内返回均匀间隔的数字 y = np.sin(x) # 在标准正态分布中随机取100个数 y1 = np.random.randn(100) matplotlib组成元素函数的用法 函数plot-展示变量的变化趋势 ls:线条风格 有四个参数值:'-','--','-.',':' lw:线条宽度 label:标记图形内容胡标签文本 import matplotlib.pyplot as plt import numpy a
ggtext的geom_richtext可以使用Markdown或者html语法来拓展ggplot2的文字图层geom_label用法。最近在使用ggtext时,有一个需要geom_text的效果的需求,但是ggtext的图层效果都是类似于geom_label的,要想使用geom_text效果可以通过参数设置来实现。geom_label和geom_text的视觉区别在于是否有一个边框区域。
JavaWeb学习速查表 整理JavaWeb学习中遇到的问题以及笔记,按分类编排 JSP基本语法 指令标识 - 脚本标识 - JSP注释 - 动作标识 JSP内置对象 JSP内置对象 JSP中的TAG文件与标记 Tag - Tag创建与调用 JSP与JavaBean Java Servlet MVC JSP连接数据库 ---- 指令标识 指令标识用于设定整个JSP页面范围内都有效的相关信息,是被服务器解析执行的,不会产生任何内容输出到网页,对浏览器不可见。 <%@ 指令名 属性1="属性值1" 属性2=
目前我使用的仍然是hg19系统的参考基因组,所以就在gencode数据库里面下载了基于hg19的gtf注释文件,并格式化如下: head ~/reference/gtf/gencode/protein
欢迎进入Shell编程的世界!无论你是初学者还是经验丰富的开发者,掌握Shell脚本编写技巧都能极大地提高你的工作效率和系统管理能力。Shell脚本不仅是操作系统交互的重要工具,也是自动化任务、批处理操作和系统维护的强大助手。在本篇入门指南中,我们将带你一步步编制第一个Shell脚本,从基础语法到实际应用,帮助你打下坚实的编程基础。让我们一起开启这段充满探索与学习的旅程吧!
说明文案的注释方法 采用类似标签闭合的写法,与HTML统一格式;注释文案两头空格,与CSS注释统一格式。 LOGO NAV101
vim是一款多模式的编辑器,是vi的升级版本,在兼容vi指令的同时,还带有一些新的特性在里面。通过本章学习,我们以后便可以在Linux下用vim来进行编写我们的源代码了。
2024更新的绘图内容同时包含数据+代码+markdown注释文档+文档清单,「小编只分享案例文档不额外回答问题无答疑问。」
• 第三行:以 + 开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息(保留行) • 第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同
末行命令 主要是针对文件进行操作的:保存、退出、保存&退出、搜索&替换、另存、新建、浏览文件
4,Linux不分各种磁盘,文件系统呈现树状,系统目录无法使用,主要可用的是home文件夹
应用Windows日常办公,很多时候为了更快识别自己文件夹的文件,我们常需要对文件进行重命名自己偏好习惯,个位数的文件重命名,无非就是耗费自己一两分钟的时间,点点鼠标,然后重命名,输入文件名即可。
bed格式文件至少包括前3列,分别是:染色体的名字、染色体上的起始位置、染色体上的终止位置。这一步无论用写字板、excel、R等进行处理都可以,文件的后缀名也不重要,因为强行将文件后缀改为bed时,在后面的Linux系统中进行bedtools处理时也会报错。所需的bed格式文件参见下图。
自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始,全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组,从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因组序列信息,并写在 Fasta 格式的文本文件“天书”中,这本天书就叫做参考基因组。
在对同一路径下多个文件做相同处理时,可以循环读取文件夹中的文件,批量读取,处理和写入文件,会大大提高工作效率,在R语言中,处理方法如下所示。
1:Scala的官方网址:http://www.scala-lang.org/ 推荐学习教程:http://www.runoob.com/scala/scala-tutorial.html Scal
linux系统没有C/D/E/F盘,文件系统呈树状。用户是无法访问根目录,大多在home下
关键字提取是从文本文档中检索关键字或关键短语。这些关键词从文本文档的短语中选择出来的并且表征了文档的主题。在本文中,我总结了最常用的自动提取关键字的方法。
前面我布置了一系列学徒作业, 终于开始陆陆续续收到答案啦!下面的教程来自于7月的数据挖掘学员,对应的题目是:仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析
那下载哪个基因组呢?先了解一下: https://bitesizebio.com/38335/get-to-know-your-reference-genome-grch37-vs-grch38/
Alevin 是一个专为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据设计的软件工具,它是Salmon软件的一个组成部分,由Rob Patro及其研究团队开发。其具有以下特性
在 Linux 的世界中,绝大部分的配置文件都是以 ASCII 的纯文本形态存在,因此利用简单的文字编辑软件就能够修改设定了,与微软的 Windows 系统不同的是,如果你用惯了 Microsoft Word 或 Corel Wordperfect 的话,那么除了 X window 里面的图形接口编辑程序,用起来尚可应付外,在 Linux 的文本模式下,会觉得文书编辑程序都没有窗口接口来的直观与方便.
首先转录组数据分析流程如下,之前的课程中已经介绍过文件夹的建立和原始数据的过滤,接下来要进行基因比对——将测序数据与基因文件进行匹配。
《探针注释文件中没有基因名字怎么办?》 https://zhuanlan.zhihu.com/p/356707029 代码如下:
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