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    PNAS:整合抑郁症的分子、细胞和皮层神经影像特征

    抑郁症产生于生物系统的复杂相互作用,跨越基因和分子到细胞、脑网络和行为。为了确定不同的神经生物学过程是如何联合起来导致抑郁症的,我们需要一种多尺度的方法,包括对大脑结构和功能的测量,以及遗传和细胞特异性的转录数据。在这里,我们研究了三个群组影像数据集中与抑郁和负性情绪相关的大脑解剖(皮层厚度)和功能(功能变异、全脑功能连接),包括:英国生物银行(UK Biobank)、大脑基因组超结构项目(Brain Genomics Superstruct Project)和Meta分析增强神经影像数据库(ENIGMA;总被试数n≥23,723)。整合的分析包括皮层基因表达、死后患者转录数据、抑郁症全基因组关联分析(GWAS)和单细胞基因转录。在这三个独立的数据集中,抑郁和负面情绪的神经影像相关物是一致的。将体外基因下调与体内神经影像联系起来,我们发现抑郁症影像表型的转录组相关物追踪了抑郁症患者死后皮层样本中的基因下调。对单细胞和Allen人脑图谱表达数据的综合分析显示,抑郁症体内影像和体外皮层基因失调的细胞相关物是生长抑素(SST)中间神经元和星形胶质细胞。GWAS驱动的抑郁症多基因风险富集在中间神经元的表达基因,而不是胶质细胞,这为我们的观察提供了一致的证据。为了强调多尺度方法的转化潜力,与抑郁症相关的大脑功能和结构的转录相关物富集于抑郁症相关的分子通路。这些发现将特定的基因、细胞类别和生物学通路与抑郁症的体内神经影像表型联系了起来。

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    Flink状态后端和CheckPoint 调优

    RocksDB 是嵌入式的 Key-Value 数据库,在 Flink 中被用作 RocksDBStateBackend 的底层存储。如下图所示,RocksDB 持久化的 SST文件在本地文件系统上通过多个层级进行组织,不同层级之间会通过异步Compaction 合并重复、过期和已删除的数据。在 RocksDB 的写入过程中,数据经过序列化后写入到WriteBuffer,WriteBuffer 写满后转换为 Immutable Memtable 结构,再通过 RocksDB 的flush 线程从内存 flush 到磁盘上;读取过程中,会先尝试从 WriteBuffer 和 Immutable Memtable 中读取数据,如果没有找到,则会查询 Block Cache,如果内存中都没有的话,则会按层级查找底层的 SST 文件,并将返回的结果所在的 Data Block 加载到 BlockCache,返回给上层应用。

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    Google Earth Engine——AVHRR探路者5.3版海面温度数据集(PFV53)是由NOAA国家海洋学数据中心和迈阿密大学罗森斯蒂尔海洋与大气科学学院合作制作的全球每日两次的4公里数据

    The AVHRR Pathfinder Version 5.3 Sea Surface Temperature dataset (PFV53) is a collection of global, twice-daily 4km sea surface temperature data produced in a partnership by the NOAA National Oceanographic Data Center and the University of Miami's Rosenstiel School of Marine and Atmospheric Science. PFV53 was computed from data from the AVHRR instruments on board NOAA's polar orbiting satellite series using an entirely modernized system based on SeaDAS. PFV53 data are nearly 100% compliant with the GHRSST Data Specification Version 2.0 for L3C products and only deviate from that standard in that 'sses_bias', 'sses_standard_deviation', and 'sst_dtime' variables are empty and hence not included into EE assets. PFV53 data were collected through the operational periods of the NOAA-7 through NOAA-19 Polar Operational Environmental Satellites (POES), and are available from 1981 to 2014. Additional information is available at the [NOAA Pathfinder site] (NODC Pathfinder SST Data).

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    领券