缺乏足够的物理内存(RAM)的系统的运行速度将显着降低,因为进程在RAM和交换之间移动。如果Linux系统开始运行缓慢,则首先解决的任务之一是释放物理内存。
今年2月,韩国政府正式起草战略,计划要全面采用基于Linux的开源操作系统Open OS来取代Windows 7。5月德国慕尼黑又一次抛弃了 Windows,举市“迁向” Linux,拥抱开源。此外,也有传俄罗斯亦有意淘汰Windows让Linux上位,就是为了保护自己的信息安全。
linux小白到大神的成长之路:了解linux系统目录,sys,tmp,usr,var!
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什么是宝塔面板?宝塔面板的作用和功能是什么?宝塔面板是一款服务器管理软件,支持Windows和Linux系统,可以通过Web端轻松管理服务器,提升运维效率,该软件内置了创建管理网站、FTP、数据库、可视化文件管理器、可视化软件管理器等等。安装宝塔的目的就是更简单的管理网站服务器。解决对服务器技术不太懂的或者想用更简单的方法来管理服务器的人们。为了更好的服务这些群体,宝塔会在软件立项层面就引入交互体验。有Linux和Windows版本的。主机教程网下面给大家介绍一下。
看到我们生信技能树的教学群有学员提问这样的图如何绘制: 其实我们讲解过,绘图代码本身搜索即可拿到,关键词 ggpubr paired boxplot ,输入到 https://cn.bing.com
曾记得我在读研的时候,参加了中国统计年会(2013年),在会上很多领域内的专家都谈及了大数据一词,然而那个时候的我并没有那么敏感。短短5年过去了,大数据行业发展之迅速,技术迭代之成熟,迫使自己不断地学习新的技能。对于大数据领域,有哪些必备技能需要掌握呢?
越来越多的朋友在用VPS、云服务器甚至独立服务器,大家也都在使用各种软件,配置各种各样的环境,目前Linux系统下的环境按照操作方式分为两种:通过命令行操作的环境 和 可视化操纵环境。
想想电影黑客帝国中的画面,估计会令很多人都叹为观止,其实最简单的只要会使用Linux操作系统就可以是简单的实现电脑屏幕的字符串雨了!是不是很高大上呢!
S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解,因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数,需要细致的讲解)
AppNode 是一款 Linux 服务器集群管理软件,它基于 Web 页面实现对 Linux 服务器的可视化管理。不但可以帮助不熟悉 Linux 命令的用户无障碍地管理他们的 Linux 服务器,也可以帮助 Linux 运维人员提升运维管理效率。
👋大家好!我是你们的老朋友Java学术趴。相毕大家对Windows玩的已经是非常的熟练,那么小编今天给大家带大家搞一搞Linux系统,小编用一个星期的时间给大家整了一些Linux干货,由于内容太多,小编分开发。话不多说,直接进入今天的主题:Linux系统。Linux,全称GNU/Linux,是一种免费使用和自由传播的类UNIX操作系统,其内核由林纳斯·本纳第克特·托瓦兹于1991年10月5日首次发布,它主要受到Minix和Unix思想的启发,是一个基于POSIX的多用户、多任务支持多线程和多CPU的操作系
去年,我们的Volume I成功发表40篇论文,获得60000多次阅读和下载量,效果良好,所以Frontier出版社主动联系我们积极筹办Volume II,现已开放在线投稿,欢迎赐稿主题为“计算表观遗传学”,与细胞重编程,人类疾病,细胞分化相关的计算表观遗传学方向的研究者不要错失良机。
耶鲁大学Krishnaswamy Lab 致力于计算机科学、应用数学、计算生物学和信号处理的交叉应用,开发能够从大型生物医学数据集中进行探索性分析、科学推理和预测的表征学习和深度学习方法。已经在各种生物、细胞和疾病系统的单细胞RNA测序、fMRI和电子健康记录生成的数据集上验证了他们的方法。我们的技术通常将来自图谱理论、manifold learning、信号处理和拓扑的数学先验融入到机器学习和深度学习框架中,以便忠实地对底层系统进行去噪和建模,以获得预测性的洞察力。目前,我们的方法被广泛应用于数据去噪、可视化、建模、动力学等领域。
有感而发,这里简单的整理了一下我们《生信技能树》团队七八年的资源的十分之一推荐给大家。
见Y叔的网络在线书籍《clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study》的 Chapter 12 Visualization of Functional Enrichment Result , 自己简单搜索就可以直达这个在线书籍的链接:
发现AUCell包使用了 GSE60361 数据集的单细胞转录组表达矩阵,是直接读取文本文件文件,代码具有学习价值,值得反复分享,如下:
在简书上偶然看到的,链接是 再见FTP/SFTP!是时候拥抱下一代文件传输利器Croc了 - 简书 (jianshu.com)
设置防火墙规则:firewall-cmd –zone=public –add-port=6379/tcp –permanent
为什么要用Linux系统 个人认为,Linux操作系统和类Linux操作系统的命令行界面是最适合进行生物信息分析的操作系统。原因有三点: 长期运行的稳定性 多数软件只有Linux版本 强大的Bash命令简化繁琐的操作,尤其是大大简化重复性工作 但对于初学者来说,接触和理解Linux操作系统需要一些时间和摸索。陡然从可视化点选操作的Windows进入到只有命令行界面的Linux,最大的陌生感是不知道做什么,不知道文件在哪?本文希望能通过几个示例帮助大家适应Linux系统。 如何获取Linux系统 如果自己的单
前段时间想着将个人博客站设置https,在实践的过程中出了不少错误,而且发现现在的服务端不利于快速维护。所以考虑再三直接重新搞了一个服务器。在此记录过程。
但是接下来大家又想问,同样的想比较两个分组的免疫评分的差异,但是免疫评分的工具太多了,比如有一个2019的综述文章:《Comprehensive evaluation of transcriptome-based cell-type quantification methods for immuno-oncology》比较了常见的免疫细胞比例推断工具的表现,另外一个2018的综述《Quantifying tumor-infiltrating immune cells from transcriptomics data》提到工具更多,起码十几款了。大家也不可能一一研读,下载,测试,使用它。但是又确实看到了大量数据挖掘文章都使用了这些免疫评分信息啊,比如:新鲜出炉(2021年6月)的文章:《Identification of a Ferroptosis- Related LncRNA Signature as a Novel Prognosis Model for Lung Adenocarcinoma》 ,就对比了 ESTIMATE, TIMER, MCP counter, CIBERSORTx,和ssGSEA ,如下所示:
mayfly-go号称Web版Linux、数据库、Redis、MongoDB统一管理操作平台,是一款开源的可视化管理工具。
这个单细胞文献的项目的10x数据分析表达量矩阵,以及配套代码,甚至全部的图表,都是在公开可以学习的!它的价值对初学者来说,不可限量。每个人都可以下载它,打开代码,一行行学习和解读,甚至可以出一个自己的系列笔记。
因为现阶段传统bulk转录组测序项目成为了标准品,无论大家在哪个公司测序都是几百块钱一个样品,简单的3分组的6个样品,就包括了定量和普通差异分析服务,因为都是流程化的。但是有一些情况下是大家并不想自己重新收集样品或者联系公司做转录组测序服务,而是希望可以直接分析已经发表的文献里面的数据,找到一些感兴趣的基因和通路。我们也提供了大量的教学视频和代码,见:
我们的转录组数据分析流程的脚本当然并不能是每次都对每个项目运行全部的环节的每个步骤,通常情况下就是选择性的跑几个步骤即可。有一些小伙伴也许会把流程里面的每个步骤拆分成为多个脚本,这样就绕过选择了。但如果全部是拆分,我们脚本管理起来难度很大。
vi编译器 是Unix和Linux系统的御用标准编辑器,在任何版本的Unix和Linux的操作系统下,vi编辑器功能完全相同,类似于windows系统的“记事本”。
Aid Learning FrameWork是一个在Android手机上运行的带图形界面的Linux系统,用于AI编程。这意味着当它安装时,你的Android手机拥有一个可以在其中运行AI程序的Linux系统。现在我们有力地支持Caffe,Tensorflow,Mxnet,ncnn,Keras,cv2,Git / SSH这些框架。此外,我们提供了一个名为Aid_code的AI编码开发工具。它可以通过在我们的框架上使用Python来为您提供可视化的AI编程体验!
首先fastq测序数据质量控制表格就发现质量差的可怜,而且居然有GC含量的双峰,如下:
最近粉丝反馈清华的conda镜像总是有莫名其妙的错误,可能是因为在我们大力宣传下导致绝大部分小伙伴优先选择它造成了网络拥堵吧。其实镜像的出现,就是为了缓解单一站点服务器的网络压力,多点分发,也不能说逮着一只羊使劲的薅羊毛。我们也需要适当的切换其它镜像,这里我分享两个我测试还可以的镜像哈。
因为自己的文学修养不够,但是这个词语看起来就让人不舒服,刻意去查了一下,意思是:指自己还糊里糊涂,却要去教别人明白事理。
数据分析我们一般希望是从fastq的测序数据文件开始,但是因为并不是常规肿瘤外显子,所以使用agilent的v6不管用,很多流程都需要其panel对应的个性化的bed文件。但是找那些公司索取的时候,居然说是保密的???
Cockpit是一款web界面linux系统管理工具,可以在web上点点点就能实现常见的运维操作,适合linux系统管理员、linux开发用户等
服务器监控工具对于IT基础架构性能、可视化和系统稳定至关重要。合适的工具能够帮助系统管理员面对服务器故障、应用缓慢、停机、内存泄露和配置依赖等挑战。
其中FGFR3--TACC3这个融合基因事件我们比较熟悉了,就拿它为例子讲解如何理解这个融合现象, 首先查看具体信息:
Linux开源是指Linux操作系统的源代码是公开的,任何人都可以查看、修改和分发。这种开源模式使得Linux操作系统具有高度的灵活性和可定制性,同时也促进了技术的创新和共享。Linux开源的精神也影响了其他领域的开源运动,成为了现代软件开发的重要组成部分。
不过,除了服务器,我也在自己的苹果电脑上面试了试,在Mac操作系统还是蛮简单的,本来应该是就一句话安装啦:
生信分析人员如何系统入门linux? linux系统在生物信息学数据处理中的重要性就不用我多说了,鉴于一直有学生问我一些很显而易见的问题,对应系统性的学习并理解了linux系统操作的专业人士来说是显而易见的。 我在这里仅以过来人的角度给大家总结一下linux该如何学,该学什么,该花多少工夫,学习重点是什么? 就我个人这么多年处理生物信息学数据经验来看,可以把linux的学习过程分成三个阶段: 一是把linux系统玩得跟windows系统一样顺畅。 这一阶段的主要目的就是去可视化,熟悉黑白命令行界面。 左右鼠
当晚,我在我们单细胞天地的各个交流群通知了大家记得录屏,毕竟按照往年惯例每次放出的recording都是不全的 , 今天终于在B站看到了全部的超高清录屏,真爽:
最新的EV3机器人主机是一个ARM的Linux系统,之前介绍过通过图形编程软件就可以来控制机器人。对于一些有创造力的玩家来说,喜欢突破束缚,解放自我,完成一些一般人做不到的事情,那么这篇文章就是写给你的,可视化的编程比较简单,但简单也就意味会束缚我们的创造力,当你想完成一个与众不同的东西时,那么枷锁就是你要首先突破的东西。那么 现在让我们开始逾越这道障碍吧。乐高已经放出了全部源码,并且搞了一个ev3dev项目,基于Debian Linux 8.0,把它刷到一个MicroSD卡上就可以把EV3主机变身全功能版
Grafana是一款开源的数据可视化和分析工具,不管你的指标信息存储在哪里,你都可以用它来可视化这些数据。同时它还具有告警功能,当指标超出指定范围时会提醒你。
打开conda官方网站,查看版本和下载链接:https://repo.anaconda.com/miniconda/
Windows操作系统是目前世界上使用最广泛的操作系统,但是在企业级服务应用上则是Linux系统更为专业与出名,也许听到Linux操作系统会觉得陌生,Android 操作系统(安卓)就是基于Linux平台的开源手机操作系统,在个人电脑桌面操作系统有ubuntu、centos、Fedora等都是基于linux。这个号称“全地球人的操作系统”,以其免费、安全、稳定等优点获得人们的广泛好评,我不会从一些敏感或有争议性的观点对两款优秀的操作系统进行对比,如安全性、性能等。 有人说:“Linux虽然应用广泛,但也有很多Windows 能处理的事情 Linux 实现不了。”事实上,Windows 能完成而 Linux 没有实现的功能,那就是Linux不需要实现的功能(也许只是暂时没有这方面的需求)。 Windows 下的某些功能确实是我们需要的,但是Linux 的开发者们和用户也需要这种功能,他们就会去实现这种功能,而且比 Windows 的方式好得多。对于 Windows用户而言,他们不知道自己想要什么,也不明白自己在做什么,更不打算为自己的行为负责。而对于Linux用户,他们知道自己想要什么,也明白自己在做什么,并且会为自己的行为负责。 在使用方式上,Windows用户更倾向于使用图形界面(GUI)进行相关的操作,他们利用鼠标和界面跟可视化的用户图形界面进行交互。而Linux用户更多的是通过键盘和字符界面,借助丰富而强大的命令行就能对系统操纵自如,这里明显可以看出使用Linux的学习成本是远远高于Windows的。 应用程序支持方面,Windows上拥有丰富的应用程序支持,而Linux也不乏力,但是对图形化应用工具而言,Linux上拥有的数量是远不及Windows的。但是反之,Linux的管理工具层出不穷,开发和生产支持的底层元件更丰富和稳定(如我们日常访问的网站后台,绝大多数都是奔跑在安装Linux的服务器上)。简言之,Linux的应用,更多是为开发者和生产环境而准备的,而Windows则更倾向于满足其庞大的家庭用户。 想必看完上面两者较量之后,我们对二者的应用场景也有了一些想法。对于应用场景,Linux更受开发者的青睐,由于Linux系统稳定、安全、强大,非常适合作为开发环境或实际生产环境。相反,Windows则聚焦在桌面操作系统上,适合大多数的计算机用户,能提供丰富的软件服务和简单的操作方式。事实上Linux也一直在尝试为众多的家庭用户做出改变,光是桌面环境Linux就有Gnome、Unity等风格,而Windows的Server则一直在追赶着Linux脚步,目前而言Windows Server也在日趋完善之中。 系统个性化方面,开源的Linux系统更容易接受定制。Linux有很多发行版(如Debian、Redhat等),而每一个发行版团队都会对Linux进行维护和软件的更新,更衍生了多个Linux发行版派系。由于Windows是闭源的,并且仅由微软公司所支持和维护,因此在个性化方面稍微欠缺,但是Windows每一个发行版都是跨时代的进步,当然Windows10只能说是仁者见仁智者见智了。 总而言之,Windows和Linux都在为驱动计算机操作系统前进而努力,尽管拥有不同的特性和应用场景,在实际环境中还是会面临抉择操作系统的尴尬场景,这时候就得充分去考虑你的需求了。 事实上,这两款伟大的操作系统都值得我们去尝试,Windows的使用也许已经成为我们的日常行为,但是,我们更应该鼓起勇气去尝试Linux这一开源的操作系统,跟我们一起学习Linux吧!对于Linux的学习,个人的建议是Linux基础书籍阅读 + Linux的实际操作 + 遇到问题时通过搜索引擎和社区寻求解决方案。书籍的话可参考《Linux就该这么学》这本最近非常火热且好评惊人的Linux书籍,而且这本书的知识讲解用的系统是最新的RHEL7,可以说是与时俱进的,非常适合快速入门Linux,章节中不乏真实的应用场景。Linux实操的话,对于新手而言,可以考虑安装桌面版的Linux,如Ubuntu等,对入门的知识点进行了解和实操之后,再安装Server版本的Linux更为合适。搜索引擎的话,更建议是使用Google,如何访问Google,大部分解决方案还是依赖Linux环境下的开源软件。
但是最近频繁看到粉丝留言表明安装clusterProfiler包失败,这个clusterProfiler是大名鼎鼎的Y叔开发,基本上是每个做生物信息学数据分析的人都会使用它的,做超几何分布检验(富集分析),而且内置了很多数据库,好用的函数。
最开始接触电脑的时候,是因为网络游戏,那时候就是只会用开关机和玩游戏,后来自学转行到IT界之后,就慢慢的接触到了Linux系统了。
Redis Desktop Manager – 个人认为是目前最好用的Redis可视化管理工具。
全部bioconductor流程链接在;http://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___GeneExpressionWorkflow
cPanel面板和宝塔面板有什么区别?cPanel面板和宝塔面板都是一种目前比较常用的服务器管理面板,那么,cPanel面板和宝塔面板哪个好呢?让我们一起来详细了解一下cPanel面板和宝塔面板吧
通常来说,作为一个Linux的SA,很有必要掌握一个专门的系统监控工具,以便能随时了解系统资源的占用情况。下面就介绍下一款Linux性能实时监测工具-Netdata,它是Linux系统实时性能监测工具,以web的可视化方式展示系统及应用程序的实时运行状态(包括cpu、内存、硬盘输入/输出、网络等linux性能的数据)。Netdata的web前端响应很快,而且不需要Flash插件。 UI很整洁,保持着 Netdata 应有的特性。第一眼看上去,你能够看到很多图表,幸运的是绝大多数常用的图表数据(像 CPU,R
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