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    AWStats简介

    安装 [url]http://sourceforge.net/projects/awstats/[/url] 下载安装包后: GNU/Linux:tar zxf awstats-version.tgz awstats的脚本和静态文件缺省都在wwwroot目录下:将cgi-bin目录下的文件都部署到 cgi-bin/目录下:/home/apache/cgi-bin/awstats/ mv awstats-version/wwwroot/cgi-bin /path/to/apache/cgi-bin/awstats 把图标等文件目录复制到WEB的HTML文件发布目录下,例如:/home/apache/htdocs/ 下发布 更多的批量更新脚本等在tools 目录下,可以一并放到cgi-bin/awstats/ 目录下 升级国内主要 搜索引擎和蜘蛛定义,安装GeoIP的应用库:C [url]http://www.maxmind.com/download/geoip/api/c/[/url] 解包,编译安装 perl -MCPAN -e ‘install “Geo::IP”‘ 或者使用纯Perl包 perl -MCPAN -e ‘install “Geo::IP::PurePerl”‘ 下载GeoIP/GeoIPCityLite包:解包并部署到awstats目录下:

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    转录组分析 | fastqc进行质控与结果解读

    做转录组测序,通常公司是不给分析的,分析也要自己多花钱,当然不同公司收费不一样,有的可能带有简单的分析。之前测序的第一家公司给了简单的分析,后面换了一家测序公司,不给分析。所以我得自己分析啦,在分析的时候顺便写一下教程。分享给大家,要分析转录组数据,首先得知道测序原理【参考文章:illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理】,还有就是了解生信分析中一些文件格式【参考文章:生信中常见的数据文件格式】,当然,还有其他一些生物背景知识,除此以外,还需要会Linux,这个是一个漫长的学习过程。本文就介绍转录组数据分析的第一步分析:质控,主要就是fastqc这个软件的使用和结果解读。

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    linux下文件数、目录数、文件名长度的各种限制

    以下测试都是在没有优化或修改内核的前提下测试的结果 1. 测试目的:ext3文件系统下filename最大字符长度   测试平台:RHEL5U3_x64   测试过程: LENTH=`for i in {1..255};do for x in a;do echo -n $x;done;done` touch $LENTH 当增加到256时,touch报错,File name too long linux系统下ext3文件系统内给文件/目录命名,最长只能支持127个中文字符,英文则可以支持255个字符 2. 测试目的:ext3文件系统下一级子目录的个数限制   测试平台:RHEL5U3_x64   测试过程: [root@fileserver maxdir]# for i in {1..32000};do mkdir $i;done mkdir: cannot create directory `31999': Too many links mkdir: cannot create directory `32000': Too many links ext3文件系统一级子目录的个数为31998(个)。 Linux为了cpu的搜索效率而规定的,要想改变数目大概要重新编译内核.  3. 测试目的:ext3文件系统下单个目录里的最大文件数   测试平台: RHEL5U3_x64   测试过程:   单个目录下的最大文件数似乎没什么特别限制,也是受限于所在文件系统的inode数限制:   df -i或者使用tune2fs -l /dev/sdaX或者dumpe2fs -h /dev/sdaX查看可用inode数,后两个命令    输出结果是一样的,但是跟df所得出的可用inode数会有些误差,至今不明白什么原因。   网上常用两种解决办法:   1) 重新mkfs,ext3默认block大小4096 Bytes,block设置小一些inode数设置大一些   2) 使用loopback文件系统临时解决:       在/usr中(也可以在别处)创建一个大文件,然后做成loopback文件系统,将原来的文件移到这个       文件系统中,并将它mount到/usr下合适的位置。这样可以大大减少你/usr中的文件数目。但是系统       性能会有点损失。 4. 测试目的: 打开文件数限制(文件句柄、文件描述符)   测试平台: RHEL5U3_x64   ulimit -n 65535设置,或者/etc/security/limit.conf里设置用户打开文件数、进程数、CPU等

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    linux inotify-tools 安装

    安装inotify工具inotify-tools 由于inotify特性需要Linux内核的支持,在安装inotify-tools前要先确认Linux系统内核是否达到了2.6.13以上,如果Linux内核低于2.6.13版本,就需要重新编译内核加入inotify的支持,也可以用如下方法判断,内核是否支持inotify: [root@localhost webdata]# uname -r 2.6.18-164.11.1.el5PAE [root@localhost webdata]# ll /proc/sys/fs/inotify 总计 0 -rw-r--r-- 1 root root 0 04-13 19:56 max_queued_events -rw-r--r-- 1 root root 0 04-13 19:56 max_user_instances -rw-r--r-- 1 root root 0 04-13 19:56 max_user_watches 如果有上面三项输出,表示系统已经默认支持inotify,接着就可以开始安装inotify-tools了。 可以到http://inotify-tools.sourceforge.net/下载相应的inotify-tools版本,然后开始编译安装: [root@localhost ~]# tar zxvf inotify-tools-3.14.tar.gz root@localhost ~]# cd inotify-tools-3.14 [root@localhost inotify-tools-3.14]# ./configure [root@localhost inotify-tools-3.14]# make [root@localhost inotify-tools-3.14]# make install [root@localhost inotify-tools-3.14]# ll /usr/local/bin/inotifywa* -rwxr-xr-x 1 root root 37264 04-14 13:42 /usr/local/bin/inotifywait -rwxr-xr-x 1 root root 35438 04-14 13:42 /usr/local/bin/inotifywatch inotify-tools安装完成后,会生成inotifywait和inotifywatch两个指令,其中,inotifywait用于等待文件或文件集上的一个特定事件,它可以监控任何文件和目录设置,并且可以递归地监控整个目录树。 inotifywatch用于收集被监控的文件系统统计数据,包括每个inotify事件发生多少次等信息。

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    选择设置好ext3日志模式

    Linux是一种开放的、因Internet而产生的操作系统。Internet的发展、以网络为中心的计算模式如电子商务被迅速接受和普及,都为 Linux提供了更巨大的机会,使之成为企业和部门级的首选平台。同时,Linux也以其对新技术的巨大包容能力为自身发展提供了良好的生长和栖息环境。这表现在其内核技术的发展为Linux环境下管理数据、存储数据、分配数据、升级数据提供了高性能的系统技术支持。ext3文件系统就属这类技术中较突出的一种。     日志文件系统     通常在系统运行中写入文件内容的同时,并没有写入文件的元数据(如权限、所有者及创建和访问时间),如果在写入文件内容之后与写入文件元数据之前的时间差里,系统非正常关闭,处于写入过程中的文件系统会非正常卸载,那么文件系统就会处于不一致的状态。当重新启动时,Linux会运行fsck程序,扫描整个文件系统,保证所有的文件块都被正确地分配或使用,找到被损坏的目录项并试图修复它。但是,fsck不保证一定能够修复损坏。出现这种情况时,文件中不一致的元数据会填满已丢失文件的空间,目录项中的文件项可能会丢失,也就造成文件的丢失。     为了尽量减少文件系统的不一致性,缩短操作系统的启动时间,文件系统需追踪引起系统改变的记录,这些记录存放在与文件系统相分离的地方,通常我们叫“日志”。一旦这些日志记录被安全地写入,日志文件系统就可以应用它们清除引起系统改变的记录,并将它们组成一个引起文件系统改变的集,将它们放在数据库的事务处理中,保持在状态下有效数据的正常运行,不与整个系统的性能发生冲突。在任何系统发生崩溃或需要重新启动时,数据就遵从日志文件中的信息记录进行恢复。由于日志文件中有定期的检查点,通常非常整齐。文件系统的设计主要考虑效率和性能方面的问题。     Linux可以支持许多日志文件系统,包括FAT、VFAT、HPFS(OS/2)、NTFS(Windows NT)、UFS、XFS、JFS、ReiserFS、ext2、ext3等。     ext3支持多种日志模式     ext3 是ext2文件系统的高一级版本,完全兼容ext2,与ext2主要区别便是具有快速更新文件的存储功能。计算机自磁盘上读取或写入数据开始就必须保证文件系统中文件与目录的一致性,所有日志文件中的数据均以数据块的形式存放在存储设备中,当磁盘分区时文件系统即被创建,按照文件形式、目录形式支持存储数据和组织数据。Linux的文件和目录采用层次结构文件系统,文件系统一般是在安装系统时通过使用“mount”命令安装上的,用于使用的文件链表存储在文件/etc/fstab中,用于维护而安装的文件链表则存放在/etc/mtab中。     ext3提供多种日志模式,即无论改变文件系统的元数据,还是改变文件系统的数据(包括文件自身的改变),ext3 文件系统均可支持,以下是在/etc/fstab文件引导时激活的三种不同日志模式:     ◆data=journal日志模式      日志中记录包括所有改变文件系统的数据和元数据。它是三种ext3日志模式中最慢的,但它将发生错误的可能性降至最小。使用“data= journal” 模式要求ext3将每个变化写入文件系统2次、写入日志1次,这将降低文件系统的总性能,但它的确是使用者最心爱的模式。由于记录了在ext3中元数据和数据更新情况,当一个系统重新启动的时候,这些日志将起作用。     ◆data=ordered日志模式     仅记录改变文件系统的元数据,且溢出文件数据要补充到磁盘中。这是缺省的ext3日志模式。这种模式降低了在写入文件系统和写入日志之间的冗余,因此速度较快,虽然文件数据的变化情况并不被记录在日志中,但它们必须做,而且由ext3的daemon程序在与之相关的文件系统元数据变化前执行,即在记录元数据前要修改文件系统数据,这将稍微降低系统的性能(速度),然而可确保文件系统中的文件数据与相应文件系统的元数据同步。     ◆data=writeback日志模式      仅记录改变文件系统的元数据,但根据标准文件系统,写程序仍要将文件数据的变化记录在磁盘上,以保持文件系统一致性。这是速度最快的ext3日志模式。因为它只记录元数据的变化,而不需等待与文件数据相关的更新如文件大小、目录信息等情况,对文件数据的更新与记录元数据变化可以不同步,即ext3是支持异步的日志。缺陷是当系统关闭时,更新的数据因不能被写入磁盘而出现矛盾,这一点目前尚不能很好解决。     不同日志模式间有差别,但设置的方法一样方便。可以使用ext3文件系统指定日志模式,由/etc/fstab启动时完成。例如,选择data=writeback日志模式,可以做如下设置:     /dev/hda5 /opt ext3 data=writeback 1 0     在一般情况下,

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