一般来说, 假如大家有一些R包安装非常困难,或者某个数据分析的流程基于了一系列R包,我们会使用conda来安装R语言及其配套的R包,比如:singlecelltk和singlecellsignalr,很简单的几句话代码,主要是安装适合自己用户的R语言环境及相关的R包:
写在前面: 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中,我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。学习R语言必然会安装各种各样的包,很多人在这一步就遇到了困难, 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决方案。 当然,你不一定现在就会遇到,但是如果你遇到了,请记住
写在前面: 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源,为了博人眼球,而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了,R包本来就是免费的,你只是不会下载而已,所以重新发下这篇优秀的文章,教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包,一定要在写文章的时候引用,尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
运行最后library代码,报错提示缺啥就安装啥,安装方法有 BiocManager::install('xx') 或 install.packages('xx'),逐一尝试,没有明显的 ERROR 关键词就不要管。
不满意Jupyter Notebook只有Python 2环境,还打算让它支持Python 3与R?没问题,本文一步步帮助你实现这个愿望。
这个时候,你无需理会你的服务器的R语言版本或者R包啦,因为你每次都会 conda activate r 激活你自己的R语言环境哦。我们在这个环境里面安装了 bioconductor的 singlecelltk和singlecellsignalr,因为它们本身就会依赖大量的其它R语言包,所以理论上这个时候你的这个 conda activate r 小环境,已经是比较好的可以用来做单细胞转录组数据分析的啦!
忽略提示。先从第一行开始,一行行run,每run一行观察左下角窗口的输出信息,没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
当我们使用服务器分析数据,我们使用miniconda,如果在自己的电脑上使用anaconda。Anaconda安装网上有很多教程,也可以在淘宝上买个安装服务(至少节省一上午时间)。
上课有给练习服务器账号,后续会通知。第三周上课会讲到服务器相关的知识,到时候你先用我们提供的服务器账号进行练习,等上完课后,再用自己的账号去处理真实项目数据。
R语言是用于统计分析,图形表示和报告的编程语言和软件环境。 R语言由Ross Ihaka和Robert Gentleman在新西兰奥克兰大学创建,目前由R语言开发核心团队开发。
生物R包网站Bioconductor-安装方式BiocManager::install("包名")
在R语言中可以使用png()等函数生成图片,例如: png(“aa.png”)可以生成图片。
深感遗憾,我以前的教程还特意选择了他,比如下面的安装最新版R语言: sudo vi /etc/apt/sources.list# deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ xenial/sudo apt-get updatesudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9sudo apt-get updatesudo apt-get in
function()是创造函数的函数,括号里是形式参数,有默认值就写上,例如这里的m=2
打开conda官方网站,查看版本和下载链接:https://repo.anaconda.com/miniconda/
如果你平常会用到Ubuntu、conda、R语言、Python、Julia, 那你肯定为安装各种包、库、软件而烦恼过!
这个是R语言的控制台,Console的名词意思就是操作台、控制台,我们在Source里面写好的命令,点击运行后,都会在这个窗口中运行命令,并且显示结果。
Note! 提醒大家一下,如果大家需要经常使用Bioconductor上的包进行生信分析的话,即使你是M1的用户,也推荐你选择intel版本的R
如上图所示:在Rgui和Rstudio中都遇到了一个问题,使用install.packages()出现错误,阅读error发现是无法连接到镜像的包集合中。其大概原因是因为镜像连接问题,无法下载R语言所需要的包。
提示:R-project网站 https://www.r-project.org/
在很多场合这两者都可以混用,比如要用管道的形式结合很多命令进行处理的时候,在最开始使用cat或者less没有区别(如果文件非常大的话,cat的处理速度会比less稍微快一些)。其次是cat没法控制输出的数量,会把文件从头到尾给你打印一遍。而less却可以自由翻动,less的单行显示和打印行号的功能相对于cat都要好用一些。
第一步:安装R语言及Rstudio 首先根据操作系统来安装R语言软件 最好是安装最新版 Download R for Windows from CRAN Download R for macOS from CRAN Download R for Linux from CRAN Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it. 这个很容易,就跟下载QQ
如果你的用户名不幸是中文的,那就必须改为英文,否则无法安装Rstudio,中文处理方法,参考
学习R语言最快的方式就是找代码、打代码。那么我们代码往哪里打呢,安装R软件中其实有很多需要我们注意的地方,比如路径不能有中文名什么的(这里我强烈建议大家的电脑用户名最好也是英文,自己的英文名什么的)等。
R语言和plink软件都是常用的软件,随着对软件的熟悉,就不用自己写代码了,直接改代码了,既然改代码,就在一个环境下运行就行了,不想来回切换R和Bash。问题来了:如何在R语言中运行plink软件。
5.添加镜像(镜像网站就相当于主网站的副本,conda主体在国外,因而在国内下载速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。)
学习生信时,最常用的可视化软件就是R,可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio,究竟什么是R和Rstudio?
(原网址http://www.bio-info-trainee.com/3727.html)
觉得jupyter+R挺配的,可以每块代码直接在下面输出结果,适合R语言学习。我觉得我就是因为这个工具+生信技能树的R语言入门教程而入门的R语言。当然,入门一门语言很可能不能靠一本书,而是需要多本书才能实现。
R是GNU的一个开源工具,具有S语言血统,擅长统计计算和统计制图。由Revolution Analytics发起的一个开源项目RHadoop将R语言与Hadoop结合在一起,很好发挥了R语言特长。广大R语言爱好者借助强大工具RHadoop,可以在大数据领域大展拳脚,这对R语言程序员来说无疑是个喜讯。作者从一个程序员的角度对R语言和Hadoop做了一次详细的讲解。 以下为原文: 前言 写过几篇关于RHadoop的技术性文章,都是从统计的角度,介绍如何让R语言利用Hadoop处理大数据。今天决定反过来,从计算机
R语言的工作空间其实就是你当下R语言的工作环境,它包括任何你已经定义了的对象。当一个R进程结束时,用户可以将当前的工作空间保存下来,在下次启动R时就会自动加载,非常方便省事。R语言是一个交互式界面,上翻和下翻键可以用来查看历史指令。这里我建议大家使用RStudio,因为RStudio提供非常强大的R语言高度可视化操作界面,你可以在RStudio里写R代码,也可以写Python代码,同时可以使用Rmarkdown来写自己的文档。
提高下载安装包的速度。如下分别为bioconductor与CRAN选择了清华的镜像源
R:为什么选择我?而不是其他高级语言,比如Python,Java,C,C++....那么多编程语言?
还有一种像Linux一样直接修改R中的相当于Linux中的.bashrc/环境文件一样的R的环境文件.Rprofile即可
有奖转发活动 回复“抽奖”参与《2015年数据分析/数据挖掘工具大调查》有奖活动。 R是GNU的一个开源工具,具有S语言血统,擅长统计计算和统计制图。由Revolution Analytics发起的一个开源项目RHadoop将R语言与Hadoop结合在一起,很好发挥了R语言特长。广大R语言爱好者借助强大工具RHadoop,可以在大数据领域大展拳脚,这对R语言程序员来说无疑是个喜讯。作者从一个程序员的角度对R语言和Hadoop做了一次详细的讲解。 以下为原文: 前言 写过几篇关于RHadoop的技术性文章
恰好看到了无法在线下载安装GitHub包?其实答案就隐藏在报错里面,正好之前也遇到了相似的报错,然后就整理一下笔记分享给大家叭!
现如今,R语言是统计领域广泛使用的工具,是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,是用于统计计算和统计绘图的优秀工具。而RStudio是R的集成开发环境,用它进行R编程的学习和实践会更加轻松和方便。下面就教大家如何下载并安装R和RStudio,比较简单。R的维护工作由一个国际化的开发者团队负责。R软件的官方下载页面叫作The Comprehensive R Archive Network,即CRAN。
大数据文摘作品,转载要求见文末 原作者 | Daniel Jeffries 编译 | 刘云南,一针,Saint,Yawei Xia 今天我们将建立我们自己的深度学习终极大杀器。 我们会搜集最好的精华,并且把他们组合成数字终结者。 我们也会讨论如何把最新的深度学习软件架构一步步安装到Ubuntu Linux 16.04中。 在这台机器上运行神经网络就像热激光束穿过黄油一样快捷流畅。你不用花超过129,000美元来购买 Nvidia’s DGX-1,这个AI超级计算机可以放在一个盒子里。我马上要给你展示它的性能
上一期的答疑互动也是彩蛋多多,现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。接下来的8月7号就是最新一期的直播互动授课啦,有需要的朋友赶快上车哈:
1.依次安装R语言、Rstudio、Rtools,Rstudio相当与VS code,直接bing搜索R,不选镜像,选择原网站的download R,跳转到https://cloud.r-project.org/,点击`Download R for Windows`
不可以语音连线,可以打字提问。文字能梳理提问的思路,必要时还需要辅助图文并茂参考文献这样的话我们才能更好的回答学术问题
大家应该很熟悉windows下的R语言,并且也知道如何安装R包。但是呢,如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用的包怎么能让我们在windows下体验下呢。那么,作为神一样的R语言简直无所不能,他们开发了Rtool,这个工具不仅是为创建R包用的,同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
教程将提供: 1、所有与教程有关的R的所有脚本、教程所用的教学数据。 2、赠送网易云课程等价值课程。 3、提供免费共享云服务器工具镜像,并享受VIP级的答疑服务。 课程目录: 1、Linux命令与服务器将不是学习生信的障碍——如何建立适合转录组分析的便宜云服务器。 2、如何高速下载SRA数据(RNA-seq原始数据)。 3、这些数据能用吗?(数据的质量与链特异性检测)。 4、STAR分析转录组的流程。 5、相关Linux批量处理数据命令介绍。 6、DEseq2统计分析差异基因。 7、测序数据怎样进行GSEA分析。 8、热图与火山图,GO与KEGG的可视化。
应后台有人询问Mac苹果版本的安装和更新,故写写mac版本R语言的安装。因用苹果版本的R语言已经有三个月,总体感觉非常NICE,相比于Windows版本,更喜欢MAC,运行速度较快。
这个对初学者来说,的确很难理解,如果你参加学习班的话,就有讲师和助教团队协助解决了(感兴趣的可以点击下面两个课程)
但是这个过程中,总有学员抱怨到自己的C盘空间不够, 我们的R语言会不会耗费磁盘空间。我们通常是先安慰一下,R仅仅是几十个M而已,各种R包通常是几个M,不会太耗费磁盘空间的。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云