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使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。

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linux的磁盘分区, 挂载命令

|--分区基础知识   说明:     |--1.linux无论有几个分区,分给那一目录使用,       只有一个根目录,一个独立且唯一的文件结构       linux中每个分区都是用来组成整个文件系统的一部分     |--2.linux采用一种叫"载入"的处理方式,它的整个文件系统       中包含一个整套的文件和目录,且将一个分区和一个目录       联系起来,这时要载入的一个分区将使它的存储空间       在一个目录下获得 |--分区的方式   |--1.mbr分区     |--最多支持四个主分区     |--系统只能安装在主分区     |--扩展分区要占一个主分区     |--MBR最大只支持2TB,但拥有最好的兼容性   |--2.gtp分区     |--支持无限多个主分区(windows下最多128分区)     |--最大支持18EB的大容量(1EB=1024PB, 1PB=1024TB)     |--windows7 64位以后支持gtp

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[知识小节]硬件漏洞CPU漏洞 骑士、熔断、幽灵、预兆漏洞基本情况

“骑士”漏洞是我国研究团队发现的首个处理器硬件漏洞,该漏洞是因为现代主流处理器微体系架构设计时采用的动态电源管理模块DVFS存在安全隐患造成的。 DVFS模块的设计初衷是降低处理器的功耗,允许多核处理器根据负载信息采用相应的频率和电压运行。一般说来,高运行频率配备高电压,反之采用低电压。但是,当某一个核出现电压和频率不太匹配的情形,如电压偏低无法满足较高频率运行需求时,系统就会出现短暂“故障”,就像是电压不稳灯泡闪烁一样,有时虽然不会影响系统整体运行,但如果该故障发生在安全等级较高的操作过程中,如加解密程序,会因为故障对系统行为结果的干扰会泄露出重要的系统行为信息,影响系统安全。“骑士”攻击正是利用这一漏洞,采用电压故障精准注入的方式,迫使处理器可信执行区(TEE,如ARM TrustZone、Intel SGX等)内的高安全等级程序运行出现故障,从而逐渐暴露其隐含的秘钥信息或者绕过正常的签名验证功能。 针对“骑士”漏洞的攻击完全是在DVFS允许的电压范围内进行,且攻击过程可以完全使用软件在线、远程实现,不需要额外的硬件单元或者线下辅助。“骑士”漏洞广泛存在于目前主流处理器芯片中,可能严重波及当前大量使用的手机支付、人脸/指纹识别、安全云计算等高价值密度应用的安全,影响面广。 攻击者的进程运行在一个低频率的处理器核心,受害者的进程运行在一个高频率的处理器核心上,攻击者进程提供一个短时间的故障电压,控制好电压的大小,使得这个电压对攻击者进程所在处理器核心没有影响,但是能使受害者进程所在处理器核心产生硬件错误,从而影响受害者进程。 具体的利用细节是,准备一个适当的能够发生电压故障的环境,做三件事,一是将受害者程序运行的处理器核心配置成高频率,其它处理器核心配置成低频率;二是攻击者程序用一个固定、安全的电压初始化处理器;三是清楚目标设备的剩余状态,包括Cache布局、分支预测表、中断向量表和状态寄存器等。 通常情况下,能够被VoltJockey注入错误的函数在受害者程序中只占很小的一部分,我们并不能确定其具体的执行时间,因此,攻击者程序需要在受害者程序产生错误之前对其中间执行过程进行监控,等待能够用来注入错误的函数被执行。 硬件注入攻击的目标是改目标函数的一小部分指令和数据,而且,这部分被影响的代码应该尽可能小。因此,错误注入点应该能被精确控制。到能够产生错误注入之前需要的时间,称为“预延迟”。 故障电压的大小和持续时间,是使产生的硬件错误能够被控制的两个因素。找到恰当的电压和持续时间,使得数据按照预期被改变,从而影响原有的程序流程,是非常重要的。 攻击的最终目的是获取受害者程序的敏感数据,或者篡改受害者进程的函数,而不是使受害者程序所在内核崩溃,因此,需要错误注入完成后,尽快恢复处理器核心电压为修改之前的正常值,确保受害者程序继续执行。

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