五六年前我就写过GISTIC软件的安装及使用教程，不过那个时候针对的还是SNP6.0这样的拷贝数芯片。...GISTIC软件的使用有两个难点，一是在linux下面安装matlab工作环境，二是如何制作输入文件。...c 安装MCR_Installer 因为GISTIC软件是一个MATLAB程序，在Linux环境下运行需要MCR_Installer。matlab毕竟是收费软件，而且是有界面的。...但是考虑到大多研究者用不起matlab，或者不会用，所以就用linux系统里面安装matlab运行环境来解决这个问题，我们仍然可以把人家写的matlab程序，在linux命令行下面，当做一个脚本来运行！...我们前面下载的GISTIC软件离线包里面是有一个 MCR_Installer 文件夹，里面就有 MCR_Installer压缩包可以解压然后安装。
不同于windows，Linux下软件安装的方式比较多样，有些也比较复杂。...如果系统版本老，安装的软件版本也会比较老。使用新版本有时又会发生冲突。 生物信息学中不少软件不在系统的安装源里面。...make install通常是拷贝make编译出来的可执行文件或者依赖的库文件(如果有的话)到configure时的--prefix指定的目录下。 安装好的软件放入环境变量, 就可以快乐的运行了。...Linux包的安装的通用方式主要这些，后面还会提到两种虚拟安装方式，都是为了简化安装而提出的。...利用Docker安装的软件，可以运行于任何有Docker环境的系统，对可重复性编程和服务器迁移后软件的安装都很有利。
linux系统的软件安装 在GNU/Linux操作系统中，rpm和dpkg是 最为常见的两类 软件包管理工具。...他们分别应用于 RPM 软件包的Linux发行版本和 DEB 软件包的Linux发行版本。...APT 的主要包管理工具为 APT-GET，通过此工具可满足和上述 YUM 相似的功能要求 Mac OSX系统的软件安装 Mac OSX系统是基于linux的，绝大多数特性和功能都喝linux相似。...但是也有很多不一样的地方，比如软件的安装。 brew brew 全称homebrew，是mac osx系统下的包管理器。...源码安装 除了用上面的包管理工具安装软件外，还可以直接下载源码然后解压编译安装。 wget wget 是Linux系统中一个下载文件工具。
https://blog.csdn.net/haluoluo211/article/details/77752331 本文主要内容是使用linux软件安装 以及运行时常出现的一些问题，主要如下：...使用(.so文件not found) .bashrc ---- 比如我在使用caffe的时候为local user安装了caffe但是切换到sudo -i 的时候使用报错 ImportError: libcaffe-nv.so...caffe_test/caffe-caffe-0.15/.build_release/lib/:$LD_LIBRAYA_PATH LD_LIBRARY_PATH: native code libraries (on Linux...（是一个动态链接库管理命令） 1、往/lib和/usr/lib里面加东西，是不用修改/etc/ld.so.conf的， 但是完了之后要调一下ldconfig，不然这个...~/.bashrc pip install 的时候有时候老是出现HTTP time out这时候，可以手动下载对应的 *.whl文件然后安装 ?
1.4 安装软件的方法RPM（红帽软件包管理器）RPM有点像Windows系统中的控制面板，会建立统一的数据库，详细记录软件信息并能够自动分析依赖关系。...Yum软件仓库便是为了进一步降低软件安装难度和复杂度而设计的技术。Yum软件仓库可以根据用户的要求分析出所需软件包及其相关的依赖关系，然后自动从服务器下载软件包并安装到系统。...软件包组安装指定的软件包组yum groupremove 软件包组移除指定的软件包组yum groupinfo 软件包组查询指定的软件包组信息安装软件用的命令是“yum install软件包名称”，那么现在则是...初始化进程作为Linux系统启动后的第一个正式服务，它需要完成Linux系统中相关的初始化工作，为用户提供合适的工作环境。同学们可以将初始化进程粗犷地理解成从我们按下开机键到看见系统桌面的这个过程。...中运行级别的概念，这两者的区别如表1-3所示。
rna，并指定环境的python版本为python=3 conda create -y -n rna python=3 创建小环境成功后会出现3个done 图片 三、安装软件 图片 1.安装软件的方法...： 图片 安装 conda install 出现三个done 显示安装完成 图片 2.安装特定版本 图片 3.特殊情况 图片 4.查看conda 环境中已经安装的软件 conda...list #基本用法 conda list fast #查看符合正则表达式的软件 conda list -n rna #查看指定环境的软件 5.删除软件 conda remove ...conda remove -n rna #删除指定环境里的软件 6.常用命令 图片 7.安装软件的另一种方式：用yml文件安装 • 导出当前环境: conda env export...envname > env.yml • 导入环境: conda env create -n envname --file env.yml 8.mamba 安装软件更加丝滑 #安装mamba conda
讲的那些东西都算是系统自带的，但是Linux作为一个服务器操作系统，肯定是要安装运行软件来满足我们的业务需要，本章基础软件部分，将从下面几个部分来讲解： Linux基础软件-软件安装(本章节) Linux...-nfs Linux基础软件-lvm Linux基础软件-Selinux&库文件&swap 前面的操作都是基于默认自带的软件，而且我们讲过很多命令，默认最小安装的情况下，都是不自带的，都需要额外安装，那我们应该如何安装这些软件呢...如果你想更新所有的软件包，只要输入 yum update即可。 无论是安装，升级，都必须是基于服务器仓库里面有这个软件才可以的，如果没有则无法安装或升级的。...RPM安装软件 其实前面yum安装的软件格式都是rpm格式的，只是yum是从网上下载的包来安装，而部分包是在网上的仓库里面是没有的，或者没有网络环境就可以使用rpm包进行安装。...4.可以利用yum只下载不安装的特性，把下载的rpm包传递到需要安装的环境里面使用rpm包进行安装。
目录 1 安装 1 安装 1 安装依赖 //一键安装上面四个依赖 yum -y install gcc zlib zlib-devel pcre-devel openssl openssl-devel...2 首先是在linux里面创建一个文件夹，里面专门放Nginx 3 拉取安装包 wget http://nginx.org/download/nginx-1.13.7.tar.gz 4 进行解压...tar -xvf nginx-1.13.7.tar.gz 5 进去解压的文件夹里面 6 执行命令 //执行命令 考虑到后续安装ssl证书 添加两个模块 ....将localhost修改为你服务器的公网ip地址。...reload 11 查看nginx进程是否启动： ps -ef | grep nginx 12 若想使用外部主机访问nginx，需要关闭服务器防火墙或开放nginx服务端口，端口为上一步nginx.conf的配置端口
软件安装 1.1 软件安装方式 在Linux系统中，安装软件的方式主要有四种，这四种安装方式的特点如下： 安装方式 特点 二进制发布包安装 软件已经针对具体平台编译打包发布，只要解压，修改配置即可 rpm...(安装过程需要联网) 源码编译安装 软件以源码工程的形式发布，需要自己编译打包 1.2 安装JDK 上述我们介绍了Linux系统软件安装的四种形式，接下来我们就通过第一种(二进制发布包)形式来安装JDK...，通过ps -ef可以查看当前运行的所有进程的详细信息 =="|"== 在Linux中称为管道符，可以将前一个命令的结果输出给后一个命令作为输入 使用ps命令查看进程时，经常配合管道符和查找命令...运行Tomcat提供的脚本文件 在Tomcat安装目录下有一个bin目录，这个目录中存放的是tomcat的运行脚本文件，其中有一个脚本就是用于停止tomcat服务的。...RPM：全称为 Red-Hat Package Manager，RPM软件包管理器，是红帽Linux用于管理和安装软件的工具。
在Linux中，安装软件通常有三种途径：既可以使用安装包，也可以借助于APT，还可以从源码安装。他们各有特点，操作方式也不尽相同。...Linux下的软件既可以是软件安装包，就像windows一样，也可以是源码包。...而对于安装包而言，不同的Linux发行版所使用的格式不一样，比如RedHat使用的是yum格式安装包，Ubuntu则使用deb格式 以Ubuntu为例，安装软件的第一种方法，就是搜索并找到所需要的deb...但是这种办法一般不推荐使用，因为Linux下软件一般都只包含最精简的代码，不会包含所依赖的库或者其他函数接口程序，这就导致我们直接安装deb包时常常会发现系统缺少它所依赖的其他库或者服务，不得已需要先安装它们...然而，有时我们需要研究、改造软件源码，在Linux世界中绝大多数的软件都遵循GPL开源条款，我们可以获取源代码并编译他们，例如我们获取了jpeg库的源码，在源码顶层目录中编译安装的三部曲如下： .
业界的软件标准安装有三步：configure，make，make install，下面是它们的定义： ./configure是用来检测你的安装平台的目标特征的。...make是用来编译的，它从Makefile中读取指令，然后编译。 make install是用来安装的，它也从Makefile中读取指令，安装到指定的位置。.../configure --prefix=/usr/bin/gdb-7.10，意思是将gdb软件安装到/usr/bin/gdb-7.10下面，如果后续要卸载，可以使用make uninstall或者直接将.../usr/bin/gdb-7.10删除即可；同时如果其他机器也需要该软件，只要简单拷贝过去改下环境配置就可以用，而无需再次安装。...注意：要安装到指定位置必须执行make install命令 安装到自定义的目录后，如果需要系统在任意目录都能识别该命令，则需要在PATH环境变量中添加该路径。
对于操作系统而言,如果没有软件和一些任务算法 那么这个系统意义是不大的。而我们使用操作系统目的是为了让一些软件和任务能够运行在系统上,从而帮助我们提高工作的效率。...在Linux系统中常用的软件安装方式有yum rpm gcc（编译源码安装） 这3种方式，以下内容将对着3种安装方式做详细的介绍。...生成缓存 yum makecache ... rpm 方式安装 rpm不会自动分析依赖关系,并且需要准备一个.rpm软件包,所以你在使用rpm安装软件的时候经常会先安装依赖的软件,这么才能安装成功...其实依赖的软件也可以使用yum来安装,rpm对软件的查询提供了很好的支持,当然查询是指已安装的软件,列举几个常用的查询软件的方式。...更新软件包 rpm -U更新软件 卸载软件包 rpm -e 卸载软件包 gcc源码安装方式 使用gcc安装方式必须要保证系统有gcc运行环境。 使用gcc -v来检测机器是否安装gcc环境。
/postgis 里面内容是： version: '3' services: db: image: kartoza/postgis:11.0-2.5 container_name...pg.yml up -d 查看日志 docker logs -f pgadmin 进入容器内部： docker exec -it 容器id /bin/bash 现在 就要进入这个数据库里面...这个命令使用 docker exec 命令在正在运行的容器中执行指定的命令。...-it 参数允许你与容器中的终端进行交互，psql -U your_username -d your_database 是要在容器中执行的命令，用于连接到指定的数据库。...请注意，确保在运行命令之前已经启动了 Docker 容器，并且容器名称与配置文件中的 container_name 值匹配。
_64.sh 在linux环境下复制粘贴点击右键，不动键盘安装的详细过程linux安装脚本运行的代码：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh然后开始安装过程，中间会出现很多的版权信息...，执行代码在教程中有标注，还顺便换了pip和yum的镜像conda的使用查看当前服务器上安装的所有软件conda list实操过程（图片放不上来）(base) bio10@ecm-cefa:~/biosoft...因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档就可以确定已经安装成功。...每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，就可以按照项目定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰...然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不需要学习或者做什么)conda create
Debian 系列（如 Ubuntu） 使用 APT（高级软件包工具） APT是Debian系列发行版的默认包管理工具，通过以下步骤来安装、更新和卸载软件包： 更新软件包列表： sudo apt update...来升级所有已安装的软件包。...使用 dpkg（Debian软件包管理器） 如果您有一个.deb格式的软件包文件，可以使用dpkg命令进行安装： sudo dpkg -i package.deb Red Hat 系列（如 CentOS...使用包管理工具时，尽可能使用官方软件源以确保软件包的可靠性和安全性。 在使用源码编译安装时，可能需要安装相关的开发工具和依赖项。 这只是一个基本的介绍，具体步骤可能会有所不同。...在安装软件包之前，请查阅相关文档和官方指南以获取更详细的信息。希望这篇文章能够为您提供一个入门指南！
而在Linux下安装软件难度高于Windows、Android、ios和windows phone下软件安装。下面我就详细讲解Linux下如何安装软件。...Linux下软件的安装大概可以分为如下几种： 1....源码安装 3.2 二进制安装 Linux下二进制格式的软件是指事先已经在各种平台编译安装好相关软件，然后压缩打包，在安装时只需解压或者执行安装可执行文件即可。...二进制软件包的优点是安装简单、容易,缺点是缺乏灵活性，相应的软件包执行在对应平台下安装，离开这个环境软件就无法运行。...下软件的安装受到操作系统安装环境的影响，比如某些软件在安装或者运行过程中需要调用操作系统本身的库文件，或者需要运行系统的某个工具等等，但是系统中不存在这个库文件或者这个工具没有安装，那么安装或者运行软件就会失败
Linux下软件安装的方式主要有源码安装,rpm安装,yum安装,而常用的安装包主要有以下三种： tar包：例如software-1.2.3-1.tar.gz。...注意:大多数Linux应用软件包的命名也有一定的规律，它遵循： 名称-版本-修正版-类型 例如：software-1.2.3-1.tar.gz 软件名称：software 版本号：1.2.3 修正版本...：1 类型：tar.g 常见的安装方法 常见的安装方法之源码安装 源码安装 几乎所有的开源软件都支持在Linux下运行，而这些软件一般都以源码形式发放，只需要Linux安装了gcc、make、automake...由于是本机编译的，只要编译通过，就没有各种库的依赖的问题） 源码安装的缺点 编译麻烦 缺乏自动依赖管理，软件升级麻烦 rpm包安装 rpm包安装的方式 rpm包安装几乎在所有Linux平台上都支持，它就像...Windows下的exe安装文件一样，各种文件已经编译好，并打包，哪个文件在哪个文件夹里面都已经被指定好，所以很方便。
Linux 常用软件安装 htop apt undate apt install htop Oh My Zsh 安装 # 1.安装zsh包 # centOS yum -y install zsh #...master/tools/install.sh)" # 5.查看主题 ls ~/.oh-my-zsh/themes # 6.修改主题，ZSH_THEME="robbyrussell" 改成自己喜欢的主题...plugins/zsh-syntax-highlighting/zsh-syntax-highlighting.zsh >> ~/.zshrc Java 下载 # 解压 tar -zxvf jdk-8u152-linux-x64...jdk1.8.0_152/jre export CLASSPATH=$CLASSPATH:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/jre/lib 配置用户环境变量 /etc/profile，注意将添加的环境变量放在中间...apache-tomcat-8.5.23.tar.gz # 变更目录名 mv apache-tomcat-8.5.23 tomcat # 移动目录 mv tomcat/ /usr/local/ 运行
而一个软件要在Linux上执行，必须是二进制文件，因此当我们拿到软件源码后，需要将它编译成二进制文件才能在Linux上运行。...软件编译过程 将源码编译成可供Linux运行的二进制文件一共需要两步： 1. 使用gcc编译器将源码编译成目标文件 2....Linux源码安装步骤 获取源码 将软件的源码下载至/usr/local/，并解压。...Linux函数库 1. 什么是“Linux函数库”？ 运行在Linux上的软件时常会调用Linux内核的某些功能或其他软件的某些功能，那么这些被软件调用的功能称为Linux的函数库。...软件自身的函数库存放在软件安装目录下的lib中，而Linux的函数库存放在/usr/lib和/usr/include中，linux内核的函数库存放在/lib/modules中。 2.
本节课我们来学习下linux下的软件安装，以及apache nginx mysql php vsftpd的安装 linux软件常用安装有两种，一种是安装包 centos yum rpm，一种是源码编译...rpm –i php.rpm rpm –ivh php.rpm rpm –Uvh php.rpm 升级最新安装 rpm参数 参数说明 -i 安装软件 ...-t 测试安装，不是真的安装 -p 显示安装进度 -f 忽略任何错误 -U 升级安装 -v 检测套件是否正确安装.../configure make && make install 2.卸载 cd php make clean; make uninstall; 四、安装常用服务器软件 1.安装php...stop nginx.service systemctl restart nginx.service systemctl reload nginx.service #设置开机自动运行
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