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blast+本地化中blastp操作(基于PDB库)—linux

blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库...ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz...master ncbi-blast-2.9.0+]$ source ~/.bashrc #刷新你的环境配置文件,使得系统识别你刚加入的环境变量(也可以关闭当前终端再次打开,系统自动刷新环境配置文件) blastp...): blastp –query name.fasta –out name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs...e-value值; -max_target_seqs:找到最大的目标的数目,也可以用-num_descriptions,tabular格式输出结果的条数; -num_threads :线程数,并行运行

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    2️⃣ 双序列比对(2):BLAST详细操作:web版和linux

    图1 BLAST blastn:核酸搜核酸数据库 blastp:蛋白质搜蛋白质数据库 blastx:DNA用所有可能的阅读框翻译成翻译成蛋白后搜蛋白数据库 tblastn:查询的蛋白序列搜索核酸数据库中...---- 二: LINUX下BLAST的安装与运行 优点:速度快,灵活性大,可自己配置库 缺点:序列数据库下载量大,并且更新麻烦,需要重新下载 1 安装配置BLAST 1.1 利用conda安装,关于...deltablast makeblastdb rpsblast tblastx blastdbcheck blastp...要进行序列比对,得有以下几个条件 第一,有查询序列,并有特定格式 第二,有目标序列库,蛋白库还是DNA库 第三,确定查询工具,blastn,blastp,blastx,tblastx,tblastn...查看update_blastdb.pl是否还在运行:执行ps -aef | grep update_blastdb.pl | grep -v update_blastdb.pl 命令,如过没有结果,则说明没有运行

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    快速学习-Linux运行级别

    三、运行级别 运行模式也可以称之为运行级别(Running Level)。 在linux中存在一个进程:init (initialize,初始化),进程id是1。...查看进程:#ps -ef|grep init 该进程存在一个对应的配置文件:inittab(系统运行级别配置文件,位置/etc/inittab) 文件的主要内容: 根据上述的描述,可以得知,Centos6.5...中存在7种运行级别/模式。...0 — 表示关机级别(不要将默认的运行级别设置成这个值) 1 — 单用户模式(找回root密码的) 2 — 多用户模式,不带NFS(Network File Syetem) 3 — 多用户模式,完全的多用户模式...这些命令其实都是调用的init进程,将数字(运行级别)传递给进程,进程去读配置文件执行对应的操作。

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    Linux 运行jar包命令

    方式一: java -jar shareniu.jar 特点:当前ssh窗口被锁定,可按CTRL + C打断程序运行,或直接关闭窗口,程序退出 那如何让窗口不锁定?...方式二 java -jar shareniu.jar & &代表在后台运行。 特定:当前ssh窗口不被锁定,但是当窗口关闭时,程序中止运行。 继续改进,如何让窗口关闭时,程序仍然运行?...方式三 nohup java -jar shareniu.jar & nohup 意思是不挂断运行命令,当账户退出或终端关闭时,程序仍然运行 当用 nohup 命令执行作业时,缺省情况下该作业的所有输出被重定向到...可通过jobs命令查看后台运行任务 jobs 那么就会列出所有后台执行的作业,并且每个作业前面都有个编号。 如果想将某个作业调回前台控制,只需要 fg + 编号即可。

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    Linux定时运行作业

    Linux运行定时作业的方法 当使用shell脚本时,你可能想在某个特定的时间运行shell脚本,Linux系统中提供了多个在特定时间运行shell脚本的方法:at命令和cron表。...2. at命令 at命令允许指定Linux系统何时运行脚本,at命令会将作业提交到队列中,指定shell何时运行该作业。at的守护进程atd会以后台模式运行,检查作业队列来运行作业。...中,如果要在预设时间执行shell脚本,at命令非常好用,但如果需要定期执行shell任务,例如每天一次、每周一次,则需要Linux的cron程序来安排定期执行的作业。...$ crontab -l crontab: no crontab for *** cron时间表是假设Linux系统是7*24小时运行的,如果到了时间系统关机,则作业不会被执行,开机后,cron程序不会执行错过的作业...参考文献 Linux命令行与shell脚本编程

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    Linux jar 运行与关闭

    最近在做一个项目,由于项目团队很多人,分工给我打包了一个jar服务器端的文件,然后用本地测试可以,然后再服务器运行,由于服务器是Linux的,这就体现了java的可移植性强的优点,但是执行运行命令后,关闭...ssh窗口再次我请求数据的时候,程序自动关闭了,后来查阅资料才知道,这是Linux的原因。...一些简单的操作linux jar包命令 1、执行jar包的命令和在windows操作系统上是一样的,都是java -jar xxxx.jar。...2、将jar程序设置成后台运行,并且将标准输出的日志重定向至文件consoleMsg.log。...nohup java -jar arserver-0.0.1-SNAPSHOT.jar >consoleMsg.log 2>&1 & 3、如果想杀掉运行中的jar程序,查看进程命令为: ps aux|

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