担子菌门 （Basidiomycota R.T. Moore 1980）真菌是以食药用菌为代表的大型真菌最主要构成，也包括植物病原菌锈菌和黑粉菌，还有酵母菌等，其物种数占真菌界1/3，四万余种。
本文介绍由浙江大学基础医学院的郭国骥、韩晓平和良渚实验室的王晶晶共同通讯发表在 Nature Genetics 的研究成果：目前研究人员在生成和分析基因组方面做了大量努力，但大多数物种仍缺乏预测基因调控和细胞命运决定的遗传模型。在该研究中，作者利用自主构建的高通量单细胞测序平台Microwell-seq绘制了斑马鱼、果蝇和蚯蚓的全身单细胞转录组图谱，并探究了八种代表性的后生动物细胞类型的跨物种可比性，揭示了脊椎动物细胞类型保守的调控程序。作者开发了一种基于深度学习的模型Nvwa，用于在单细胞分辨率下预测基因表达和识别调控序列。作者还系统地比较了细胞类型特异性转录因子，以揭示脊椎动物和无脊椎动物细胞类型的保守遗传调控。该工作有助于为研究不同生物系统的调控语法提供宝贵的资源和新的策略。
本文介绍了人工智能决策系统的发展背景，分析了传统决策系统的痛点，并重点介绍了基于人工智能和大数据技术的智能决策系统的架构设计和实现。该系统可以为各行业提供智能化、精准化、个性化的决策支持，具有广泛的应用前景。
结直肠癌(CRC)进展的遗传模型定义了驱动人类结肠上皮发育不良和恶性肿瘤的突变事件的累积序列。这种传统的腺瘤-癌轨迹涉及驱动基因APC、KRAS和TP53的改变，导致染色体不稳定(CIN)。另外，来自所谓的serrated pathway的sporadic CRC的一个subset更可能是BRAF驱动的微卫星不稳定(MSI-H)，主要是由于MLH1的双等位基因高甲基化，导致高突变。几十年来的研究已经产生了更多的CRC亚型，阐明了侵袭和转移的替代途径，以及恶性病变前的特征及其临床预后。最近，单细胞和空间分子分析的出现以高分辨率揭示了不同程度的肿瘤内异质性，这表明先前提出的沿常规或锯齿状途径的线性肿瘤进展不能完全解释全球癌症相关死亡的第二大原因的进化动力学。此外，来自空间分辨分析的分层分子信息可用于建立与基因和蛋白质表达或细胞“状态”相关的模型，以跨肿瘤区域的克隆身份。以这种方式对肿瘤系统地理学进行探索，可以在考虑区域异质性的同时，对进化关系进行更深入的分析。
在单个器官中系统地识别和定位所有的分子细胞类型，以建立一个完整的分子细胞图谱很困难。该研究使用scRNA-seq，对所有肺组织间室和循环血液中的约75,000个人类细胞进行测序，定义了人类肺部58个细胞群的基因表达谱和解剖位置。通过比较人类和小鼠的数据，揭示了细胞类型及特异性表达基因在器官进化过程中的广泛可塑性。
PseudoChecker： an integrated online platform for gene inactivation inference
脑科学这个词听起来让人感觉很神秘，大家伙儿日常也几乎接触不到。毕竟很多人从小接受的教育都是学好数理化，走遍天下都不怕。如今社会里什么金融、互联网又火的一塌糊涂，这么算起来脑科学的确是小众冷门的领域了。
这句话大概可以总结两层意思，一方面人工智能让更多的企业面对更广阔的商业前景，另一方面是如果要运用人工智能创造价值，就必须拥抱技术，实现真正的落地。
---- 新智元报道 编辑：好困 拉燕 【新智元导读】一个模型即可破译非编码DNA的进化历史和未来？ 今天，机器学习再次登上Nature的封面！ 这次，来自麻省理工学院和英属哥伦比亚大学等机构的研究人员构建了一个深度学习神经网络模型——「神谕」。 利用数亿次实验观测结果进行训练之后，「神谕」可以预测酵母中的非编码DNA序列的突变会如何影响基因表达。 论文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-022-04506-6#Abs1 此外，研究人员还提出了一种
今年1月2023 Nucleic Acids Research Database Issue上线，包含178 篇涉及生物学和相关领域的论文：其中90篇论文报告了新数据库；82篇更新了该期先前发表的资源；6篇提供了最近在其他期刊发表的数据库的更新。
今天和大家分享的是2020年1月发表在British journal of haematology （IF=5.518）上的一篇文章：“AML through the prism of molecular genetics”，作者描述了基因组学和分子遗传学是如何改变人们对急性髓系白血病（AML）的理解，并介绍了儿童与成人、偶发与遗传性AML的差异，阐明了目前学界对AML在分子遗传学角度的研究进程，对AML未来的研究潜力作出了肯定，认为人们有机会向髓系恶性肿瘤的个性化更进一步。
为了鉴定内层细胞成分和潜在的脊椎动物同源物，建立了单细胞分辨率的空间分辨图谱。scRNA-seq数据集由10017个有效细胞组成，使用Seurat工作流进行处理。初步定义了scRNA-seq数据集的细胞组成。多种细胞类型，包括免疫细胞、分泌性上皮细胞和血细胞，被发现具有细胞cluster特异性标记。对于Stereo-seq，通过空间条形码DNA纳米球(DNB)检测的表达谱与在文库构建中捕获的单链DNA染色光学图像对齐。根据不同的细胞分布特征，分别在组织密集区和稀疏区采用了方形划分和细胞分离两种细胞分离策略。使用这些方法，我们将DNB点分离成细胞unit，这代表了真实细胞形态的折衷反映。细胞分离后，在6个Stereo-seq切片中获得18371个细胞单位，并进行细胞类型注释。
来源：机器之心本文约2300字，建议阅读9分钟本文介绍了MIT和哈佛大学博德研究所等机构的最新研究。 来自 MIT 和哈佛大学博德研究所等机构的一项研究刚刚登上了 Nature 封面。他们创建了一个数学框架来预测基因组中非编码序列的突变及其对基因表达的影响。研究人员将能够利用这些模型来设计细胞、研发新药、寻找包括癌症和自身免疫性疾病在内的疾病新疗法。 尽管每个人类细胞都包含大量基因，但所谓的「编码」DNA 序列仅占人类整个基因组的 1%。剩下的 99% 由「非编码」DNA 组成，非编码 DNA 不携带构建蛋
选自MIT News 作者：Raleigh McElvery 机器之心编译 编辑：小舟、张倩 来自 MIT 和哈佛大学博德研究所等机构的一项研究刚刚登上了 Nature 封面。他们创建了一个数学框架来预测基因组中非编码序列的突变及其对基因表达的影响。研究人员将能够利用这些模型来设计细胞、研发新药、寻找包括癌症和自身免疫性疾病在内的疾病新疗法。 尽管每个人类细胞都包含大量基因，但所谓的「编码」DNA 序列仅占人类整个基因组的 1%。剩下的 99% 由「非编码」DNA 组成，非编码 DNA 不携带构建蛋白质的
前几天，谷歌发布了一个全新的书籍搜索产品：“Talk to Books”，用户可以通过对话的方式得到一本书籍的推荐，比如输入：“What is thebest programming language？”（什么是最好的编程语言？），就会被推荐《C Programming for Arduino 》。这个产品是典型的知识图谱技术的应用，它让搜索引擎可以理解用户的问题和每一本书的内容，进而进行精准匹配——就像有人在豆瓣给你荐书一样。事实上，知识图谱仍旧在驱动着已有20多年历史的搜索引擎进化。
易生信培训开展了一年了，开了12期课程，固定的课程是二代转录组测序（包含单细胞）、扩增子分析及功能预测和宏基因组数据分析。
当在北戴河阿那亚的剧场里被突然问到类似稀奇古怪的问题，一时发懵的我只想当场掏出手机，给对方来个“百度一下”。
自ChatGPT惊艳问世后，2023年全球已进入“百模大战”时代。随着模型规模的不断增大，大模型涌现出上下文学习、推理、思维链等类似人类思维方式的多种能力。2023年越来越多的研究者开始把大模型作为AI智能体的核心大脑，并结合已有的工具来解决非常复杂的业务问题。正如OpenAI联合创始人安德烈·卡帕斯所说，在各行各业对数字化实体的打造进程中，将广泛采用AI 智能体的产品形式来开展业务。因此，本文将探讨在2024年基于“大模型+大数据”双引擎驱动的模式，借助大模型智能体来助力数据中台进行升级变革，使业务人员可以“零代码”来构建企业的智能大脑。
目前对肝脏细胞层面的研究较少，今天我们来看一篇单细胞分析肝脏的文章，原文题目为：A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors
《未来简史》作者尤瓦尔·赫拉利曾在演讲中提出：人类将在主动进化中重新定义未来，而智能将转化成进化的基础原则。正如赫拉利所说，人类将面对历史上最重要的一次变革，而人工智能是对人类社会带来巨大变革的重要手段之一。
近日，杭州华大生命科学研究院（以下简称杭州华大）联合昆明理工大学灵长类转化医学研究院、美国艾伦脑科学研究所等国内外多家单位在国际学术期刊《自然·通讯》（Nature Communications）在线发表题为《成年猕猴大脑皮层空间分辨基因调控和疾病易感性图谱》的文章，首次发布了猕猴大脑皮层多组学细胞图谱，为人类神经发育和神经类疾病研究提供重要模型。该研究是杭州华大继今年发布的全球首个高分辨率蝾螈脑再生图谱后又一项在脑科学研究领域的代表性成果。
美国麻省理工学院的科学家在11日出版的《自然·通讯》杂志撰文称，在进行了广泛的比较基因组学研究之后，他们绘制出了新冠病毒迄今最精确完整的基因注释图谱，确认了几种蛋白质编码基因，也发现有些基因并不编码任何蛋白质。此外，他们还分析了新冠病毒不同毒株产生的近2000个突变，从而能更好地评估这些突变的重要性。
利用5kb分辨率的Hi-C基因组互作图谱，科学家识别到了chromatin loop这种染色质结构，文章发表在cell上,标题如下
2月18日，2022年中国医药生物技术十大进展评选结果发布。其中由深圳华大生命科学研究院领衔的多国科研团队发布全球首个非人灵长类动物（猕猴）全身器官细胞图谱（NHPCA）成功入选本次十大进展。
生物信息学（bioinformatics）：综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。
---- 新智元报道 编辑：拉燕 桃子 【新智元导读】若大脑100%被开发，「超体」或成为现实？近日，中国科学家创建了全球首个蝾螈脑再生时空图谱，研究成果登上Science封面。 人类大脑真的仅能开发10%吗？ 电影「超体」中，女主Lucy误打误撞开发了100%的大脑潜能。 伴随着身体的飞快进化，她掌握了越来越多的超能力：瞬间掌握外语，利用脑电波隔空移物，任意改变物体形态... 若想让大脑神经元能够不断开发的一种可能便是我们的大脑细胞拥有再生能力。 目前，全球唯一能再生大脑的生物便是——又呆又
导读：自然语言处理的发展进化带来了新的热潮与研究问题，研究者们在许多不同的任务中推动机器推理（Machine Reasoning）能力的提升。基于一系列领先的科研成果，微软亚洲研究院自然语言计算组将陆续推出一组文章，介绍机器推理在常识问答、事实检测、自然语言推理、视觉常识推理、视觉问答、文档级问答、多轮语义分析和问答等任务上的最新方法和进展。
癌细胞核内部的电子显微照片，染色体用蓝色箭头指示，ecDNA用橙色箭头指示。图片来源：Paul Mischel，UCSD
在硕博期间，你可能感受不到这个话题的意义，但正式步入工作，全盘接触人类的生活，操心吃喝拉撒，生活是必然的，生活也是必须处理和面对的。如果选择科研，你会怎么样在你的科研职业生涯中处理你的生活？怎么摆放家庭的位置？
ChatGPT 是美国人工智能研究实验室 OpenAI 开发的一种全新聊天机器人模型，能够通过学习和理解人类的语言来进行对话，还能根据聊天的上下文进行互动，支持回答问题、承认错误、质疑并拒绝不适当的请求等情境。
来自不同物种的单细胞基因表达数据集越来越多，这为探索跨物种细胞类型之间的进化关系创造了机会。scRNA-seq数据的跨物种整合尤其具有参考价值。2023年10月，《Nature Communications》发表研究论文，对28种基因同源性图谱方法和数据整合算法组合在各种生物环境中的表现进行了基准测试。使用9个已确立的指标，考察了每种策略对已知同源细胞类型进行物种混合和保持生物异质性的能力。同时还开发了一种新的生物学保护指标，以解决维持细胞类型可区分性的问题。
染色体进化是物种形成和演化的重要驱动因素。具有显著核型差异的食肉目动物为染色体进化研究提供了很好的研究素材。
编者按：自然语言处理的发展进化带来了新的热潮与研究问题，研究者们在许多不同的任务中推动机器推理（Machine Reasoning）能力的提升。基于一系列领先的科研成果，微软亚洲研究院自然语言计算组将陆续推出一组文章，介绍机器推理在常识问答、事实检测、自然语言推理、视觉常识推理、视觉问答、文档级问答、多轮语义分析和问答等任务上的最新方法和进展。
今年的“金瑞奖”名单已公布，不少人发现除了网易、阿里这样的拿奖“老手”，还杀出了一匹黑马——华坤道威数据科技。人们不禁好奇，在这个角逐最激烈的大数据产品创新奖中，华坤道威是如何跟“大佬们”并肩站上领奖台的？ 走红不是偶然，数据就是基因 事实上，华坤道威并不是“突然”走红的，早在2000年就从数据分析和市场研究起家，先后服务过宝洁、强生、联合利华、中国联通这样的行业顶尖企业及世界500强公司。十余年的厚积深耕，“用数据说话、凭洞察取胜”早已成了华坤道威的企业基因。 直到大数据时代的来临，这家低调却实力不凡
2020年12月，华大海洋联合中国水产科学研究院长江水产研究所，首次成功破译了鲟形目、匙吻鲟科、现存唯一物种匙吻鲟（Polyodon spathula）的全基因组序列，构建了首个匙吻鲟高质量染色体图谱，揭示了鲟鱼特有的全基因组复制事件、早期脊椎动物的染色体进化和骨骼矿化机制[1]。相关研究成果已发表于生物学顶级期刊《Molecular Biology and Evolution》。
来源于2019的文章：《Oncogenes, tumor suppressor and differentiation genes represent the oldest human gene classes and evolve concurrently》，链接是：https://www.nature.com/articles/s41598-019-52835-w
近年来，单细胞和空间组学技术快速发展，多年被Nature Methods评为年度技术，且在生命科学领域得到广泛应用。为了帮助大家更高效、更快速地了解单细胞空间组技术研究和应用的科研前沿，华大时空联合国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）联合推出《时空月速览》专栏，每月分享单细胞空间组学技术及其在生命科学领域的研究进展，遴选重要研究成果并解读分享。
利用更低分辨率的Hi-C基因组互作图谱，科学家对染色质空间结构的了解不断深入。本文主要介绍TAD这种结构，TAD全称如下
北京时间4月13日晚，由深圳华大生命科学研究院主导，多国科研团队共同参与的首个非人灵长类动物（猕猴）全身器官细胞图谱 “Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis” 发表于国际顶级学术期刊《自然》(Nature)。该图谱将为疾病诊疗、靶向药物开发提供支撑，为人类更好地探究生命的进化提供可能。
肿瘤微环境（TME）的异质性是阻碍抗癌治疗成功的核心问题之一。了解TME组装的空间结构对于发现肿瘤发生机制和设计新的治疗策略至关重要。今年1月，复旦大学附属中山医院的科研团队在《Clin Transl Med》发表综述文章，回顾了空间组学的技术进步，以及先进的计算方法如何促进多模态空间数据分析；讨论了空间组学研究在精确肿瘤学中的潜在临床转化，并提出了在空间数据解释中将空间生态学原理转移到癌症生物学中。
从今天开始我会给大家带来一个《Office 365开发入门指南》的视频教程。在2018年9月，我出版了这本迄今为止唯一的专门讲解Office 365开发的中文图书，这本书除了较为系统地给大家介绍了Office 365提供给开发人员的全新机遇，并且有大量实例代码外，还有一个比较独特的价值是对比了国际版和国内版的一些差异，这也弥补了官方文档在这方面的空白。该书推出以来，感谢大家的支持，也给了很多反馈，其中有些朋友就提到，希望有一套视频教程便于在移动设备上利用平时碎片化的时间进行学习。于是，在刚刚过去的2019年春节假期，我重新梳理了一下思路，这套课程的录制工作也就提上了日程。
The data analysis strategies which can be adopted in spatial omics data treatment
自从 Roam Research 以来，开启了双向链接的狂潮。如今，出现了很多双向链接笔记软件，比如，Obsidian、Logseq，一些其他类别的笔记软件和文档甚至写作软件也逐步加入了双向链接功能。比如，Notion、FlowUs息流、Capacities 等。
从一年前ChatGPT突然爆火，到不久前文生视频大模型Sora以霸屏之势吸引全球舆论，再到OpenAI发布的王炸GPT-4o，与AI大模型相关的议题越来越多地被大众所讨论，如果说2023年的大模型风暴还集中在“对话”上，那么，今年AI带来的亿点点震撼，就突破了文字乃至图像的范畴！
得到10个细胞群，marker分别是：Pi16+, Col15a1+, Ccl19+, Coch+, Comp+, Cxcl12+, Fbln1+, Bmp4+, Npnt+ and Hhip+
明敏 发自 凹非寺 量子位 报道 | 公众号 QbitAI 上一秒收到“XX信贷”的诈骗短信，下一秒警察蜀黍的温馨提醒就到了。 如此迅速的出警速度，这背后其实还有AI默默助力。 只要NLP识别到用户短信中的“客户、拖欠、信贷”等关键字，手机中的反诈预警系统就会被触发，用户此时就能收到风险提醒。 维护网络安全，AI已经成为了非常重要的角色之一。 该如何更好利用AI，是网安人员们现在更加关注的话题。 在CCF C³第八次活动中，来自学术界和工业界的科技大咖们就深入探讨了这个问题。 这一次，他们齐聚绿盟科技，就知
今年，DeepMind 公布了大约 2.2 亿种蛋白质的预测结构，它几乎涵盖了 DNA 数据库中已知生物体的所有蛋白质。现在，另一家科技巨头 Meta 正在填补另一空白，微生物领域。
Ortiz-Ramírez C, Guillotin B, Xu X, Rahni R, Zhang S, Yan Z, Coqueiro Dias Araujo P, Demesa-Arevalo E, Lee L, Van Eck J, Gingeras TR, Jackson D, Gallagher KL, Birnbaum KD. Ground tissue circuitry regulates organ complexity in maize and Setaria. Science. 2021 Dec 3;374(6572):1247-1252. doi: 10.1126/science.abj2327. Epub 2021 Dec 2.
对未来智能世界怀有憧憬的AI初创企业们，无疑都在沿着各自的路径，为这一问题不断奔走。
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