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    Linux_生物信息学常见文件格式

    Linux_生物信息学常见文件格式• fastafasta:一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。...缩写为 fa特征: 两部分, id行和序列行.id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2 …序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN 或 20种氨基酸• fastqfastq...为序列信息,如 ATCG • 第三行:以 + 开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息(保留行) • 第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同• gff/gtfgff:基因组注释文件...通常格式染色体ID或是contig ID 2 source 注释的来源。...gtf:基因注释文件 ,总共有 9 列。列 名称 含义 1 seqname 序列的名字。通常格式染色体ID或是contig ID 2 source 注释的来源。

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    MIT 6.828 操作系统工程 2018 fall lab1 part3 内核 笔记 and 中文注释源代码阅读

    mit 6.828 lab 代码和笔记,以及中文注释源代码已放置在github中: https://github.com/yunwei37/xv6-labs Part 3: The Kernel 内核...使用虚拟内存解决位置依赖性 内核的链接地址(由objdump打印)与加载地址之间存在(相当大的)差异;操作系统内核通常喜欢被链接并在很高的虚拟地址(例如0xf0100000)上运行,以便将处理器虚拟地址空间的下部留给用户程序使用...(内核代码期望在其上运行的链接地址)映射到物理地址0x00100000(引导加载程序将内核加载到物理内存中)。...所以此时要把页面向上滚动一行,即把原来的179号行放到现在的0~78行上,然后把79号行换成一行空格(当然并非完全都是空格,0号字符上要显示你输入的字符int c)。...empty) uint16_t n_desc; // description field uintptr_t n_value; // value of symbol }; 参考 的注释部分

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    linux系统的进程管理

    :基于0.11内核(修正版V3.0).pdf P299~P300 链接:Linux内核完全注释:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf 提取码:ygz8 2、task_struct 进程的状态...>state = TASK_RUNNING; /* do this last, just in case */ 返回新创建进程的 pid return last_pid; 具体详细内容参考Linux内核完全注释...:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf P242~P252 和 P325~P333 链接:Linux内核完全注释:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf 提取码:ygz8 进程被创建到了链表中...:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf P281~P302 链接:Linux内核完全注释:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf 提取码:ygz8 四、进程的退出 linux内核代码中以...:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf P319~P325 链接:Linux内核完全注释:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf 提取码:ygz8

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    为什么要阅读Linux内核源码以及如何阅读Linux内核源码

    获取内核源码: https://www.kernel.org/ 阅读linux内核,常用下面两种方法: bochs+linux0.11+书(linux内核完全注释、linux内核完全剖析、linux内核设计的艺术...《linux内核完全剖析》《linux内核完全注释》是引导你横向阅读的书,《linux内核设计的艺术》是引导你纵向阅读的书。...《linux内核情景分析》中的内核版本是2.4.X,现代内核版本还是推荐横向阅读,纵向几乎不可能。...市面上能见到的其它的Linux内核的图书,《Linux设备驱动程序》、《Linux内核源代码完全注释》以及新出的《Linux内核分析及编程》等。   ...《Linux内核源代码完全注释》(机械工业出版社)是同济大学的博士生赵炯的著作,讲解0.1Linux内核,我没买也没看,有看过的朋友说一说。

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    Linux内核学习(一)

    前言: 大家好,今天给大家分享一下我个人学习Linux内核的总结,由于新的内核版本太过于庞大,说实话,啃不动,然借鉴前人的建议,故开始从早期的Linux0.11版本开始学习。...为了鲜明的对比早期版本的精简和后期版本的复杂,我们大体从它的目录来做一个对比就可知了: 0.01版本内核目录: 0.11版本内核目录: 前期的版本差别不大,但随着时代的发展,内核功能也扩展的越来越多...,所以就变的复杂起来了: 2.6内核版本目录 上面内核版本的源码可以从下面下载: 在线浏览早期内核源码: http://lxr.linux.no/linux-old 0.11版本的内核源码下载: https...0.11版本Linux内核的组成: 在0.11版本的Linux,它主要是由五个模块组成: 进程调度模块 进程间通信模块 内存管理模块 文件系统模块 网络接口模块 图片参考Linux内核0.11完全注释...文章资料相关参考: Linux内核0.11完全注释 https://www.bilibili.com/video/BV1tQ4y1d7mo?

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    【Linux 内核】CFS 调度器 ① ( CFS 完全公平调度器概念 | CFS 调度器虚拟时钟 Virtual Runtime 概念 | 四种进程优先级 | 五种调度类 )

    文章目录 一、CFS 调度器概念 ( 完全公平调度器 ) 二、CFS 调度器虚拟时钟概念 ( Virtual Runtime ) 三、进程优先级 ( 调度优先级 | 静态优先级 | 正常优先级 | 实时优先级...Fair Scheduler ) 是 " 完全公平调度器 " , " 完全公平调度算法 " 对每个 进程 都是 公平 的 , " 完全公平调度算法 " 是 基于时间片轮询 的 调度算法 , 每个进程 都会获得一段...虚拟时钟 会增加 n 时长 , 其它 没有执行的进程 虚拟时钟 值保持不变 ; 三、进程优先级 ( 调度优先级 | 静态优先级 | 正常优先级 | 实时优先级 ) ---- 参考 【Linux 内核...const struct sched_class *sched_class; 源码地址 : linux-5.6.18\include\linux\sched.h#680 上述可设置的调度类参考 【Linux 内核...调度器 ⑦ ( 调度器类型 | 停机调度类 stop_sched_class | 限期调度类 dl_sched_class | 实时调度类 | 公平调度类 | 空闲调度类 ) 博客 , 在 Linux 内核

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    Linux内核源码分析方法

    按照搜索出的信息流动方向,我们完全可以定位到需要分析的源码文件。源码定位这一步并非十分关键,因为我们不需要找出所有源码文件,我们可以把部分工作推迟到分析代码的过程中。...通过不断的注释,不断的查阅资料,不断的修改注释的含义。 ? 当我们把所有涉及的源码文件简单注释完毕后我们可以达到如下效果: 1.基本弄清了源码中代码元素存在的含义。...第四步:详细注释 完成代码的简单注释后,可以认为对模块的分析工作完成了一半了,剩下的内容就是对代码的深入分析和彻底理解。简单注释总是不能将代码元素的具体含义描述的十分精确,因此详细注释是十分有必要的。...我们甚至可以把这一步称为函数详细注释,因为函数之外的代码元素的含义基本上在简单注释中已经比较明确了。而函数本身的执行流程、算法等是这部分注释和分析的主要任务。...通过这一步的注释,我们基本上能完全把握待分析代码整体的实现机制了。而所有的分析工作可以认为完成了80%。

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    Tensorflow入门教程(八)——构建原型内核和高级可视化

    这一篇我会说一说用Python来构建原型内核和常用可视化方法。 我们都知道Python效率是很低的,为了提高计算的效率,Tensorflow中的内核操作完全是用C++编写的。...但是用C++编写Tensorflow内核是一件非常痛苦的事情。...所以我们在花费数小时来实现内核之前,首先应该尽快进行Python的原型设计,虽然这效率不高,但是这会提高编写C++版本Tensorflow内核效率。...如果我们尝试新的想法,一旦用Python验证工作了,我们肯定会迫不及待地把它写成一个C++内核版本。...为了可视化预测,必须找到一种方法向图像添加注释,而现有操作几乎不可能。最简单的方法是在Python中执行绘图,并将其包装在Python操作中。 ?

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    英特尔处理器又曝重大安全漏洞,微软、苹果等受连累 | 热点

    英特尔处理器存在一个底层设计缺陷,要解决这一芯片级漏洞问题,需要重新设计Windows、Linux内核系统。...此次安全漏洞并不是存在于某一批产品中,而是存在于英特尔过去十年生产的处理器中,攻击者可以通过这一漏洞深入到内核访问内存内容。内核的内存空间中包含了用户的各种密码、登陆密钥、磁盘缓存文件等。...要解决这个漏洞,需要使用所谓的内核页表隔离(KPTI)功能,将内核的内存与用户进程完全分离开来。 因此,这需要英特尔将处理器切换到内核模式,进入内核,进行修改。...而修改的代码和数据,以及源代码中的注释则需要操作系统公司进行编辑,对此问题模糊化处理。 The Register 预计微软将于下周二(即1月9日)公开发布这一补丁。...这些变化将出现在即将发布的Linux内核版本中,而且苹果可能在不久的将来也会对macOS做出类似的修改。

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    英特尔曝出重大安全漏洞:亚马逊、微软等众多云服务受影响

    虽然 Linux 内核的修补程序可供所有人查看,但源代码中的注释已被改动以混淆该问题。...一般的解决方法是使用 KPTI隔离,将内核的内存与用户进程完全分开。如果需要执行写入文件或打开网络连接等操作,就必须暂时将处理器的控制权交给内核来执行。...为了尽可能快速高效地从用户模式转换到内核模式并最终回到用户模式,内核需要放置于进程的虚拟内存地址空间中)。当需要内核时,程序进行系统调用,处理器切换到内核模式并进入内核。...在用户模式下,内核的代码和数据不可见,但会在进程的页表中显示。 这些 KPTI 补丁将内核移到了一个完全独立的地址空间,所以它不仅对运行的进程不可见,甚至根本就不存在。...如果将内核的代码随机放置在内存中,攻击者就无法找到他们所需的内部小工具来完全破坏系统。不过处理器漏洞需要用来定位内核中数据和代码的位置,会导致软件被修补得乱七八糟的。

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    嵌入式Linux上机实验_基于IMX6ULL

    基本操作、工具使用》 文档:git clone https://e.coding.net/weidongshan/01_all_series_quickstart.git 《嵌入式Linux应用开发完全手册...要做的事情 去除内核自带的驱动程序 加入我们编写的驱动程序、设备树文件 重新编译内核、设备树 上机测试:使用编译出来的内核、设备树启动板子 2....去除内核自带的驱动程序 修改内核文件:drivers/video/fbdev/Makefile,把内核自带驱动程序mxsfb.c对应的那行注释掉,如下: #obj-$(CONFIG_FB_MXS)...加入新驱动程序、设备树 复制驱动程序: 把11_lcd_drv_imx6ull_ok\lcd_drv.c放到内核源码目录drivers/video/fbdev 备份内核自带设备树文件:arch/arm...重新编译内核、设备树 以下命令在Ubuntu中执行。 5. 上机测试 以下命令在开发板中执行。

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    Linux内核V0.01,仅 8670 行代码

    strongerHuang 微信公众号 | 嵌入式专栏 Linux的诞生和早期发展 1983年,理查德·斯托曼(Richard Stallman)在MIT人工智能实验室(AI Lab)创立了GNU计划,目标是创建一个完全自由的...1991年,芬兰赫尔辛基大学的学生林纳斯·托瓦兹(Linus Torvalds)开始编写一个新的操作系统内核,这个内核最初被称为“Freax”。...他最初的目标只是想学习操作系统内核的开发,并为自己的个人计算机编写一个操作系统。他将这个内核发布在Internet上,并开放源代码。随着全球各地的程序员参与开发,内核变得更加完善和稳定。...然而,在1991年的第一版(V0.01)Linux内核只有8670行代码,包含注释才10239 行,可以说非常的“小巧”。 v0.01系统调用是什么样的?...Linux v0.01 中的 Makefile 仍然有以下注释: # Makefile for the FREAX-kernel. v0.01 支持哪些文件系统?

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