对 lncRNA 而言，由于lncRNA的功能主要还是通过影响其它基因来实现的。所以 lncRNA 在不同的位置影响的功能肯定也是不一样的。...所以在研究 lncRNA 的时候，知道 lncRNA 的定位还是很有必要的。今天就给大家介绍几个预测lncRNA定位的数据库。...拿这个网站自带的示例来具体操作一遍，提交就可以得到结果。 （其中第二步邮箱只是为了保存数据结果，以后查看更方便，这里暂时不选择了） ? 提交后，我们就可以知道这个序列在每个定位的具体评分了。 ?...>>>> iLoc-LncRNA iLoc-LncRNA 也是一样， （http://lin-group.cn/server/iLoc-LncRNA/predictor.php），我们只需要输入基因序列即可...依旧拿网站自带的example示例，输入后提交即可。 ? ? 自制的有可能有效的方法 PS：这个方法是之前在看另外一个数据库的时候想到的。至于有没有效，我觉得可以尝试一下。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。...MultiQC，基于Python的小工具很好地解决了这个繁琐的事情，其强大的功能主要体现在以下三个方面： 能将测序数据的多个QC结果整合成一个HTLM网页交互式报告，同时也能导出pdf文件； 支持多种分析类型的质控结果查看...，如：RNAseq、Whole-Genome Seq、Bisulfite Seq、Hi-C和MultiQC_NGI； 支持整合68种软件分析的结果，而且支持的软件还在持续增加，也可以自己写作一个插件；...软件用法： multiqc * -o ./ -n file 2.
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 拿到原始数据后我们首先采用fastqc程序进行质控，看原始数据质量情况，fastqc会生成一个html结果报告，根据图形化界面，我们可以判断下机数据情况是否符合分析要求...二、fastqc的用法 安装完成以后，可以使用fastqc -h来查看软件的帮助文档。...软件用法： ? image-20210502172118975 2....当某些tail出现暖色，在后续的分析种把该tail测序结果全部去除。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 比较不同样本的转录本定量信息需要先将转录本信息储存为相同的格式，一般组装软件的输出结果都是gtf或gff。...一、软件安装 使用conda安装 conda install gffcompare 二、gffcompare的用法 安装完成以后，可以使用gffcompare -h来查看软件的帮助文档。 1....软件用法： ? 2....另外 “i,o,u,x” 的分类符合lncRNA的特征，可用于lncRNA的识别过程。因此，**“i，j，o，u，x”**这5类转录本表示可能是新的转录本，符合lncRNA的要求，保留作为后续分析。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 一、软件原理 LncFinder是一种新的lncRNA识别工具。基于六聚体的对数距离，多尺度结构信息和从快速离散傅立叶变换获得的理化特征。...二、输入格式 fasta格式序列 三、软件使用 该软件既可以在本地运行，也提供了在线版本。 1....without secondary structure-based features library(LncFinder) demo_DNA.seq <- seqinr::read.fasta("~/lncRNA_project...svm.model = "human", parallel.cores = 1) write.table (result_1, file ="~/lncRNA_project
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 seqtk在生信届被誉为序列处理的瑞士军刀，其出自生信大神李恒之手，李恒是SAMtools、BWA、MAQ等著名生信软件的核心作者。...seqtk基于C语言编写的软件，运行速度极快，极大的提高工作效率。seqtk日常序列的处理包括，比如：fq转换为fa，格式化序列，截取序列，随机抽取序列等。...一、软件安装 使用conda安装 conda install -y seqtk 二、seqtk的用法 安装完成以后，可以使用 seqtk 来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法： ? 2....1. seq 序列常规转换 将fastq转换成fasta： seqtk seq -a Sample_R1.fq.gz > Sample_R1.fa 将fastq序列做反向互补分析： seqtk
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 bamCoverage是deeptools下的一个工具，主要用于BAM转换为bigWig deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如...的用法 安装完成以后，可以使用bamCoverage -h来查看软件的帮助文档。...软件用法： ?...批量运行 ls /home/data/lihe/lncRNA_project/04.mapping/*.bam > 1 ls /home/data/lihe/lncRNA_project/04.mapping
与RNA测序转录本差异分析相比，基因水平的差异表达分析更稳健，并且在实验上更可行。...dds2 <- DESeq(dds) #4 提取差异分析结果，trt组对untrt组的差异分析结果 tmp <- results(dds2,contrast=c("group_list",...我们只看看lncRNA共表达mRNAmap到的基因富集分析情况，作者还对所有差异表达的mRNA进行了分析 library(clusterProfiler) library(ggthemes) library...的一些基础知识 LNCipedia进不去 询问曾老师：这是软件给的编号 文章作者也没给出对应的ENSEMBL id 看看mRNA算了 > aut_hub_mrna <- c("SWT1","AXIN2...联合分析下游的全部内容，我们部分复现了作者的流程并联系一些参考资料和其它手段进行了学习、解读，但这篇文章只对目前已知lncRNA定量，不涉及鉴定的新lncRNA的流程，毕竟这是人的数据，下周我们将一起看看
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据...--help来查看软件的帮助文档。...软件用法： ? 2. 常用参数： -T # 不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。...k 1 -QT -l 200m \ -i ~/miniconda3/envs/lncRNA/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。...使用conda安装 conda install bedtools 二、bedtools window 的用法 安装完成以后，可以使用bedtools window -h来查看软件的帮助文档。...软件用法： ? 2. 常用参数： ?...image-20210505132248543 三、输入文件 bed/gff/vcf文件 四、软件运行命令 与bedtools intersect类似，window 在A和B中搜索重叠的特征。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 EMBOOS是一系列处理核酸序列和蛋白质序列的命令行工具的集合. 它包括了序列的提取, 查找, 比对和简单的序列分析等若干小程序....是emboss里的一个工具 功能：把核酸序列翻译为氨基酸序列 官网：http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/transeq.html 一、软件安装...使用conda安装 conda install emboss 二、transeq的用法 安装完成以后，可以使用transeq -h来查看软件的帮助文档。...三、输入文件 fasta格式的核酸序列 ### 四、软件运行命令 ```sh transeq ..
Wappalyzer 工具支持分析目标网站所采用的平台构架、网站环境、服务器配置环境、JavaScript框架、编程语言等参数，同时还可以显示目标站点使用该技术的网站比例，例如有多少网站使用的是Wordpress...、有多少网站使用AddThis第三方服务，其他还有网页服务器、分析工具、CDN、留言系统、控制台、网络空间等等，可以让你从使用比例中得出目前最流行的技术。...，找到不同浏览器适用的扩充功能，目前支援Firefox、Google Chrome和Opera，如果你使用的浏览器不在此列，也可以将下方书签列工具直接拖曳到浏览器里，点选就能开启Wappalyzer的网站分析功能...2.安装完Wappalyzer 后，浏览器网址列右侧会出现一个小图示，开启你要分析、检测的网页后，点选该图示即可看到网站使用的相关技术和服务。...例如显示目标站点使用了第三方的AddThis 按钮、jQuery、CloudFlare 和Google Analytics 及AdSense ，可以找到的资讯相当丰富且完整，点选后能开启网站，找到更详细的使用比例
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 DIAMOND是一种高通量比对程序，可将DNA测序reads文件与蛋白质参考序列文件（如NCBI-nr）进行比较。...(很多下游分析，或者脚本都是基于BLAST的输出结果，diamond能够直接输出和Blast相同的格式不能不说是最大的优点之一) 一、软件安装 使用conda安装 conda install diamond...二、diamond的用法 安装完成以后，可以使用diamond --help来查看软件的帮助文档。...与BLAST的m8格式完全一致，可能因为BLAST太常用了，所以整成一样，好方便下游的其他分析。但DIAMOND输出结果信息中，可以提供很多额外的信息，可以根据需求自由组合。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 一、软件原理 PLEK软件通过序列的kmer构成来区分编码和非编码转录本，不需要通过比对来完成，所以运行速度较快，同时其性能受到测序错误的影响的概率较低...二、软件使用 安装方式如下 wget https://sourceforge.net/projects/plek/files/PLEK.1.2.tar.gz tar xzvf PLEK.1.2.tar.gz...cd PLEK.1.2 python PLEK_setup.py 运行 nohup python PLEK.py \ -fasta ~/lncRNA_project/07.identification.../step2/filter2_transcript_exon.fa \ -out ~/lncRNA_project/07.identification/step3/plek/plek \ -thread
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件，StringTie 可以看 做是cufflinks软件的升级版本，其功能和Cufflinks...这种模式被用于新的差异分析流程中，用以生成一个跨多个RNA-Seq样品的全局的、统一的转录本。...1、 GTF文件： 记录组装的转录本信息 2、 Tab文件： 记录基因丰度信息 3、 GTF文件：完全覆盖与参考注释基因组文件所匹配的转录本信息 4、 *.ctab文件：用于下游Ballgown软件做差异表达分析的输入文件....GTF文件：完全覆盖与参考注释基因组文件所匹配的转录本信息 如果StringTie与 -C 选项一起运行（需要选项-G 4.*.ctab文件：用于下游Ballgown软件做差异表达分析的输入文件
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 在高通量测序分析中用于下游分析的关键信息是比对到每个genomic feature（外显子、基因等）中的read数目，而计数的过程称为read summarization...另一类是GTF/GFF/SAF,其中SAM/BAM可以输入一个或多个 2、SAM/BAM文件和GTF/GFF/SAF文件需要来自同一个参考基因组，即必须参考基因组和GTF/GFF/SAF文件来自同一个网站...软件用法： ? 2....filter5_by_nr.gtf \ -o de-novo_lncRNA_exon.txt ~/lncRNA_project/04.mapping/*.bam 1>counts_exon.log
本周就将尝试复现一篇mRNA、lncRNA联合分析的文章，内容比较简单，和常规分析流程查相差不多，比较适合我过度学习 RNA-Seq Comprehensive Analysis Reveals the...-蛋白质相互作用（PPI）网络进行全面的生物信息学分析。...基本分析流程： 上游mRNA、lncRNA定量 mRNA、lncRNA差异表达分析 差异表达lncRNAs共表达mRNAs的富集分析 共表达网络、PPI 当然这篇文章是曾老师给我找的，曾老师认为文章中的分析可能存在问题...mRNA、lncRNA的定量，获取表达矩阵，下周再进行下游分享 ---- 我最近在学lncRNA包括上游的组装、预测和鉴定，当然这里没有鉴定新lncRNA，只对已知mRNA和lncRNA有个比对、定量...所以还是走这套流程：hisat2+stringtie 作者走的：hisat2+HTSeq 本文参考： LncRNA从入门到精通 「生信技能树」LncRNA数据分析实战(https://www.bilibili.com
所以作者分析可以mRNA和lncRNA在时间，空间以及性别上面的区别。...而且里面详细的列出了数据处理方法，使用到的软件，参数，以及步骤，希望大家仔细研读清楚。...SRA—>FASTQ—>BAM—>COUNTS 这几个步骤而已，中间穿插一些质控的手段，每个步骤选择好合适的软件即可。...时间模块中lncRNA表达与年龄有关，而与组织区域不明显；性别模块中lncRNA表达与性别和年龄都相关。 每个模块就必须做pathway/go等数据库的注释分析咯！...基于组装后的转录本，通过数据库注释去掉编码蛋白质的mRNA以及数据库中收集的已知的lncRNA，对剩余的转录本进行生物信息学分析，最终鉴定出全新的lncRNA，作为后续研究的起点。
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每天被DDoS和CC是不是觉得很头疼，面对这些攻击需要快速丁维攻击的url和IP是一件头疼的事，面对网站access.log那么密密麻麻的访问记录，一条一条的筛选是不可能的，如果可以用一种动画的形式来展示...Logstalgia就是这样的软件，它通过分析Apache、Nginx、Lighttpd等Web服务产生的日志，以可视化展现给管理员，那么下面就来简单介绍怎么使用这款软件。...官方网站 http://logstalgia.io 日志格式 12345678 NCSA通用日志格式（CLF） "％h％l％u％t％”％r％s％b"带虚拟主机的NCSA通用日志格式 "％v％h％l％u
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