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LncRNA2Target:lncRNA靶基因数据库

lncRNA在基因表达调控中发挥重要作用，研究lncRNA调控的靶基因，有两种研究策略，一种是通过传统的实验手段分析lncRNA结合的蛋白质，从而确定lncRNA与蛋白编码基因的相互作用，常用的手段有以下几种..., 然后检测处理前后差异表达的基因，将差异表达的基因作为该lncRNA的靶基因, 通过芯片或者高通量测序都可以。...LncRNA2Target数据库收集整理了已经发表的lncRNA靶基因数据，最新版本为v2.0, 网址如下 http://123.59.132.21/lncrna2target/index.jsp 涵盖了人和小鼠中的...该数据库提供了下载功能，分别提供了传统实验和高通量两种手段分析的lncRNA靶基因文件，对应以下 两个文件 lncRNA_target_from_low_throughput_experiments.xlsx...通过该数据库，不仅可以查询lncRNA的靶基因信息，还学到了研究lncRNA靶基因的思路。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！

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mirna预测靶基因结果怎么看_基因预测

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 前两篇介绍了4种靶基因预测软件的下载与安装，以及数据的准备过程。本篇将正式开始进行靶基因的预测, 并对4种个软件的结果进行整理,最终得到4软件结果的交集。...靶基因预测 1、miRanda miranda file1 file2 [options..] miranda的使用需要准备两个文件，file1是miRNA序列的fasta文件，file2是mRNA序列的...miranda test.txt total_reverse_CDS201703.txt -out out.txt grep '>>' out.txt > miranda_result.txt 第一条命令是进行靶基因预测...结果整理 miranda结果 targetscan结果 RNA22结果 PITA结果 以上是4种软件靶基因预测结果, miRNA和靶mRNA名称在前两列中, 并且以制表符tab分隔, 我希望从文件中提取前两列的信息...从结果可以看到,4种软件的交集结果有8763条,意味着测试的miRNA在总转录本中有8763条潜在的靶位点,记住是靶位点,不是靶基因,因为一个基因可能在多个miRNA中有靶位点.

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综合性miRNA靶基因预测数据库

写在前面 对于miRNA靶基因的预测而言，目前有很多数据库都可以做。这些数据库的区别基本上在于纳入的数据量以及预测的算法不同。预测的结果总是有一些不同的，所以也就导致各个数据库的结果可能不是很一样。...我们在做miRNA调控基因预测的时候，经常需要寻找很多个数据库来预测，进而取交集来说明结果的稳定性。...数据类型输入 这个数据库提供了多种数据输入的方式，可以满足我们对于miRNA靶基因预测的各种需求。 1.输入相关想要预测的ID来获得miRNA调控信息。...这里输入的ID包括：miRNA、基因、lncRNA、circRNA、小分子物质、转录因子、表观遗传调控因子、假基因。 ?...2.提供基因的表达数据，从表达矩阵开始到差异表达再到miRNA调控网络一起做完。 3.提供miRNA的q-PCR的结果，分析差异表达的miRNA顺带的预测其靶基因。

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如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库)

miRWalk2.0数据库的新特性： 结果归纳总结了13种不同的miRNA-mRNA预测数据库的信息 根据不同的miRNA结合位点：启动子，CDS，5'和3'-UTR，线粒体基因组提供miRNA-mRNA...预测 可以根据“自定义数据集”功能，以下载自定义目标列表 提供经过实验验证的miRNA-mRNA相互作用 提供外部数据库链接以收集更多信息和注释数据 miRWalk2.0数据库操作演示 （1）通过mRNA...基因名预测miRNA-mRNA相互作用关系： 在mRNA的情况下，用户可以使用以下ID来输入：基因symbol（例如GAS2），EntrezID（例如10608），EnsemblID（例如ENSG00000148935...目前支持靶位点在基因的5UTR，CDS，3UTR 三种数据，但是一般miRNA的靶位点在3UTR区域，所以下载3UTR即可。 ?...点击3UTR，我们看到有两个3UTR可供下载，根据标题可以看出第一个为来自miRwalk数据库本身算法的预测结果，第二个为来自其他12个miRNA-mRNA相互作用预测数据库的结果。 ?

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LncTarD: lncRNA-靶基因调控机制分析神器重磅来袭！

不久前，为小伙伴们推送了神器LnCeVar（详情点击：LnCeVar：高逼格的lncRNA相关ceRNA分析神器），今天，再来一个LncRNA研究的数据库！ ?...虽然lncRNA与疾病的关联已受到广泛关注，但目前缺乏数据库预测lncRNA介导的靶基因调控机制、关键下游靶基因以及与疾病相关的lncRNA的重要生物学功能。那么，今天的神器就是为了解决这些问题的！...首先显示的是基于TCGA/GEO数据集的靶基因和lncRNA差异表达情况表。 ? 各种肿瘤中靶基因(CTNNB1)差异表达的箱线图。 ?...最后是lncRNA-靶基因表达关系的散点图，在热图中单击具体癌症类型后即可显示。 ? 三、浏览器检索功能 点击“Browser”，在左上方选择具体疾病，药物，lncRNA，靶基因和调控机制。 ?...网络的可视化更加直观地显示疾病中lncRNA-taget的调控网，包括lncRNA,调控靶基因的机制，靶基因，其影响的生物学功能和相关药物。 ? 当然也可以以水平或垂直的网络图进行展示。 ?

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利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因

通常在分析peak区域对应的靶基因时，会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域作为候选的靶基因范围，本文介绍下如何利用bedtools来对peak与TSS区域的overlap情况进行分析，从而得到靶基因...得到物种对应的TSS位点信息 以hg38为例，通过UCSC的FTP服务可以得到物种对应的refFlat文件，链接如下 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/...在原始文件中是没有第一行的标题的，我手动添加的标题是为了方便描述每列的含义，从该文件中可以得到TSS位点信息。 2....运行bedtools window bedtools windows和intersect的功能类似，都是用于求两个区间A和B的交集，只不过window会在A区间的上下游加上一个可以自定义的长度之后，再与...TSS上下游的区间，快速得到peak对应的靶基因。

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miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库

miRDB通过MirTarget这个软件预测了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，并将其整理成了数据库，网址如下 http://www.mirdb.org/ 该数据库中涵盖的物种如下 huaman...mouse rat dog chicken 每个物种相关的miRNA和靶基因数量统计如下 ?...除了提供软件预测的靶基因结果外，该数据库还做了一个文献整理的工作，将报导了miRNA前体或者成熟miRNA功能的相关文献收集整理，汇总形成了一个miRNA功能数据库，称之为FuncMir, 该数据库包含了人和小鼠这两个物种中的...该数据库提供了下载功能，可以方便的下载数据库中的所有信息，示意如下 ?...miRDB本质上是一个软件预测的miRNA靶基因数据库，如果只看这一个数据库，结果的假阳性率会比较高，最好的做法是结合多个软件预测或者数据库的结果，类似miRWalk数据库的思路，来弥补单一软件算法的不足之处

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miRNA-target序列比对结果展示

前面小编也给大家介绍过miRNA与靶基因结合的几种方式，具体可以参考前面的文章 ☞miRNA 靶向预测软件targetscan ☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇...关于这个数据库的详细视频介绍可以参考 ☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 1.2 找到感兴趣的基因，点击Sites in UTR 1.3 截图保存，miRNA-target序列比对信息...2.miRNA-lnRNA 我们使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-lncRNA之间的序列比对图。...ENCORI这个数据库我们前面已经做过了很详细的介绍 ☞RNA相互作用神器——ENCORI ☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 ☞R下载合并ENCORI RBP（RNA binding...protein）靶基因数据 ☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 2.1 打开ENCORI数据库，选择miRNA-lncRNA 2.2 输入感兴趣的miRNA的名字，点击搜索。

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急性髓系白血病的lncRNAs表观遗传图谱

接下来，我们通过顺式和反式调控网络预测了这些lncRNAs调控的下游靶基因，发现124个候选基因与这些lncRNAs相关。...结论：本研究首次利用DNMT3A R878H条件性敲入小鼠模型预测AML中受DNMT3A突变调控的特异性lncRNA。有6个候选基因与DNMT3A突变相关，预后差。...≥2 ORF＜300bp Pfam，CPC ,CNCI去除具有蛋白编码能力的转录本 转录本类型：i u x 4.lncRNA靶基因预测 选择距离小于10kb的不含lncRNA的基因作为顺式调控的靶基因。...分析一文就够（单机版+R语言版） 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 接着去预测差异表达的lncRNA的靶基因。...通过差异lncRNA预测调控的靶基因，然后分析差异表达的靶基因，进而发现与预后相关基因。

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叫一声lncRNA你敢答应么

根据其与功能基因的相对位置，可以分为天然反义转录本(NAT)，基因间区lncRNA和内含子lncRNA。 ? lncRNA 的研究目前来看已经逐渐从一个极火的状态逐渐有归于平静的趋势。...目前已知的功能主要有如下几个： 能被加工产生小分子RNA，如miRNA 对组蛋白进行修饰，介导染色质重塑调节基因表达 作为miRNAs诱饵，抑制miRNA 对其靶基因的调控 作为mRNA的天然反义转录本...TESTCODE score 和hexamer usage bias来判断转录本编码能力 http://rna-cpat.sourceforge.net/ Pfam 蛋白结构域注释 通过和已有的蛋白数据库进行比对...http://rnaplonc.cp.utfpr.edu.br/about.php 靶基因预测 基于距离：根据基因组具体情况，lncRNA附近5k(50k)以内的基因可以考虑做为lncRNA 的靶基因。...lncRNA和靶基因在序列上可能存在不完全的序列相似性，根据最小自由能原理，计算标准化结合自由能(normalized binding free energy,ndG）来预测靶基因。

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重复一篇3分左右纯生信文章（第一部分）

2.2 lncRNA差异表达谱 首先，从TCGA数据库下载PDAC 基因表达谱的raw count（level3）数据，我们通过基于来自GENCODE数据库的注释文件将表达谱中的相关特征注释为lncRNA...2.4WGCNA与目标预测的加权共表达网络构造 我们使用加权基因共表达网络分析（WGCNA）分析了整合的网络，其可以使得能够描述相关模式基因表达谱。...我们还通过mRNA和lncRNA网络预测了5个lncRNA的靶基因。 2.5功能富集分析 首先使用加权共表达网络（WGCNA）挑选lncRNA的靶基因。...靶基因的Go富集分析的P值设定为P 1。使用Cytoscape软件显示符合统计学标准的的富集结果。...2.6用GEO数据验证差异表达的lncRNA 为了验证来自TCGA数据库的差异表达的lncRNA，我们尝试从GEO数据库筛选PDCA的mRNA数据集。

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使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果

前面我们分享了：microRNAs靶基因数据库哪家强，提到了综合了12个网页工具的miRWalk，以及整合了7个工具的miRSystem，但是最后我们仍然是推荐R包multiMiR作为提取miRNA的预测靶基因结果的解决方案...miRNA的靶基因重合度还挺高的!...再看看它与miRSystem网页工具结果的差异 进入 http://mirsystem.cgm.ntu.edu.tw/ ,粘贴我们的 值得注意的是,该工具顺便对靶基因进行了生物学功能数据库的注释 ?...可以看到预测的靶基因是836个,有趣的是我们明明输入的是小鼠的miRNA,理论上靶基因应该是小鼠的,但是这个网页工具似乎是把人和鼠的基因模糊处理了. ?...（因为不是这个领域，所以我并不清楚，不同数据库结果的30%左右的一致性是好还是坏） 既然是预测，就不可能多个工具完全一致，所以目前主流的做法是，选择5个以上数据库支持的靶基因作为该miRNA的最后列表。

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4个发育时间点的总共12个鸡转录组测序样本的长非编码RNA的鉴定

ORF ，去除ORF大于300nt的转录本 区分mRNA和lncRNA ：CNCI,CPC ,CPAT Pfam Scan(v1.3) lncRNA靶基因预测与注释 筛选候选lncRNA上下游100kb...的编码基因 RNAplex 通过预测反义lncRNA和mRNA之间的互补结合来寻找lncRNA靶基因。...文章进行了如下所示的两个推断： ? 通过顺式功能预测确定了20116个lncRNAs的11398个靶基因，通过互补结合预测确定了479个lncRNAs的365个靶基因。...3.肌内前体脂肪细胞分化过程中差异表达基因的研究 转录组的标准分析，比较容易复现，基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可； 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够 解读SRA数据库规律一文就够...（今晚八点） 其他： 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 3种缺失值情况需要区别对待 这个文章是使用WGCNA来预测lncRNA的靶基因。

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Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库

在生物信息学中，对于基因功能的挖掘，通常的做法就是利用GO和KEGG等功能数据库，但是这些数据库中都是蛋白编码基因的功能，为了利用这些数据库中的信息，我们需要在lncRNA与mRNA之间建立起联系，常见的思路有以下几种...通过lncRNA和mRNA之间的相互作用 很多文献和数据库中都有报道的lncRNA与mRNA之间相互作用，也可以通过软件来预测二者之间的结合，通过lncRNA的靶标mRNA, 来研究lncRNA的功能...通过lncRNA与mRNA的共表达 通常认为共表达基因集参与同一通路，或者受到同样的调控，具有相似的生物学功能，利用表达谱数据寻找与lncRNA共表达的mRNA,从而来研究lncRNA的功能。...Co-LncRNA通过分析查找与lncRNA共表达的mRNA,构建lncRNA与mRNA之间的共表达网络，并通过共表达的mRNA对应的GO和KEGG来研究lncRNA的功能，该数据库的网址如下 http...该数据库中的数据是免费下载的，通过该数据库，我们不仅可以查找已有的lncRNA与mRNA的共表达分析结果，还可以对自己的数据进行共表达分析。

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这个网站提供了多种数据分析工具——增强子，非编码RNA转录信息等

对疾病代谢途径的识别、药物相关途径的分析和患者生存预测。在高通量转录组学、基因组学和代谢组学、计算代谢网络分析和分子生物学方法方面，采用独特的生物信息学方法组合。下面是他们开发的6个工具： ?...此外，SEanalysis是一个可定制的基因组浏览器，该服务器可在http://licpathway.net/SEanalysis.免费获得 TRlnc 人类转录调控的综合数据库lncRNA(TRlnc...此外，TRlnc提供了lncRNA转录调控区(启动子、增强子/超级增强子和染色质可及区)的详细(Epi)遗传信息，包括普通SNP、风险SNP、eQTL、连锁不平衡SNP、由模体预测的TF、由CHIP-SEQ...KnockTF TF敲除/敲除的全面的人类基因表达谱数据库(KnockTF)，该数据库提供了与TF敲除/敲除相关的人类基因表达谱数据集的大量可用资源，并以组织/细胞类型特定的方式注释TF及其目标基因。...KnockTF进一步提供了与靶基因的启动子、超级增强子和典型增强子结合的TF的详细信息。此外，还构建了TF差异表达基因网络，并用于对感兴趣的基因集进行网络分析，如子网络定位、拓扑分析和超几何富集。

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NAR再版 | 人类长非编码RNA知识库LncRNAWiki 2.0

LncRNAWiki 2.0大幅提升了系统框架，结构化展示了功能性lncRNA的10类共计41个主题的注释信息（基本信息、保守性、分子特征、临床关联、靶基因、调控因子、实验样本、生物学功能、CRISPR...为提供全面的lncRNA知识注释信息，LncRNAWiki 2.0整合了文献及16个专业数据库中的相关知识，并通过五个关键步骤实现标准化整合并确保注释内容的质量： （1）基于HGNC数据库中的symbol-alias...3．在线工具 为丰富lncRNA的功能注释，基于审编得到的lncRNA与上游调控因子、下游靶向基因的互作关系，以及与之共表达的mRNA，LncRNAWiki 2.0开发了lncRNA功能预测工具（https...主要是从生物学过程、分子功能、细胞组分以及通路角度对lncRNA的功能进行预测，用户可以下载预测的结果图以及对应表格。...用户可通过点击主页上的“Submit”按钮，注册个人信息并进入审编页面，对分子特征、临床关联、靶基因、调控因子、实验样本、生物学功能、CRISPR实验、文献等内容进行系统性审编。

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miRNA功能富集分析

一般传统的做法是先预测miRNA的靶基因，然后把这些靶基因再拿去做GO和KEGG富集分析，把富集到的结果作为miRNA的功能注释。这个方法同时也适用于lncRNA和circRNA的功能注释。...先找到lncRNA或者circRNA共表达的mRNA，然后去做功能富集分析，从而对lncRNA和circrRNA间接的做一个功能注释。...前面小编也开了一个专栏，专门给大家介绍过miRNA靶基因预测 ☞miRNA靶基因预测 ☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 今天小编给大家介绍一个工具，可以直接对miRNA进行功能注释...选择分析的类型，这里支持两种。一种是富集分析，一种是类似于GSEA的分析。前面也大家介绍过☞基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)。...上传参考数据集，这个是可选的，可以空着。这个跟基因做富集分析的background gene set是一个概念。如果不设置，默认会用所有的编码蛋白的基因作为background。

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全转录组的测序和芯片技术

全转录组不是全长转录组，全转录组说的是检测普通mRNA，加上 lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规 非编码基因，而全长转录组说的是测序的时候采取三代测序等技术这样可以把基因的转录产物的全部长度的碱基一次性测序到...那，为什么我们很少涉及到全转录组的数据分析，主要是因为它有 lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规 非编码基因，而众所周知，非编码基因的名声比较差，都知道很重要，但是它的重要性又不是直接证据...go和kegg等生物学数据库，如果是非编码基因需要先定位到它的靶基因，然后去给靶基因进行go和kegg等生物学数据库注释。...这个文章里面的每个样品的测序数据量并不多，就是常规的mRNA的转录组测序的数据量， 它并没有专门的去针对每个样品进行检测普通mRNA，加上 lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规 非编码基因得到独立的...，喉鳞癌（LSCC）和 ANM（癌旁正常黏膜） 组织的两个分组，可以获得差异表达的miRNA、circRNA、lncRNA、mRNA，预测关键分子主要参与的信号通路及生物学过程。

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