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    R语言中的批处理函数

    在R语言中,apply系列函数作为批量处理函数,可以循环遍历某个集合内的所有或部分元素,以简化操作。这些函数底层是通过C来实现的,所以效率也比手工遍历来的高效。...apply族函数分别有apply函数,tapply函数,lapply函数,mapply函数。每一个函数都有自己的特点,在处理不同类型的数据可以选用相对应的函数。...apply族函数分别有apply函数,tapply函数,lapply函数,mapply函数。每一个函数都有自己的特点,在处理不同类型的数据可以选用相对应的函数。...apply函数一般有三个参数,第一个参数代表矩阵对象,第二个参数代表要操作矩阵的维度,1表示对行进行处理,2表示对列进行处理。第三个参数就是处理数据的函数。apply会分别一行或一列处理该矩阵的数据。...也就是说tapply函数就是把数据按照一定方式分成不同的组,再在每一组数据内进行某种运算。 ? 4.mapply函数 mapply函数主要是对多个列表或者向量参数使用函数. ?

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    R语言中的循环函数(Grouping Function)

    R语言中有几个常用的函数,可以按组对数据进行处理,apply, lapply, sapply, tapply, mapply,等。这几个函数功能有些类似,下面介绍下这几个函数的用法。...lapply返回的结果和传入的List的结构相同,传入多少个Item,返回的也是多少个Item。...Mapply 这是对多个数据(multivariate)进行sapply处理,只是调用是参数位置有所变化,先把函数放前面: mapply(运算函数,函数的参数,第一个传入参数,第二个数据…,SIMPLIFY...: a<-1:5 b<-2:6 c<-5:1 现在我们要求a,b,c中的对应各位数进行m3函数的运算,也就是把a,b,c的第一个数做运算,然后把a,b,c的第二个数做运算,然后第三个数~~~这时候就用mapply...很方便: mapply(m3,a,b,c) [1] 10 24 36 40 30 OK,就这么简单,实现了对应的各位元素的运算。

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    R语言实现基因序列的匹配和比对

    我们对字符串都很熟悉,那么面对大量的测序序列字符串,我们如何对其进行处理分析,获得最终的结果。在R语言中有学者专门针对字符串的处理开发了对应的包,命名为Biostrings。...rndSeq <- function(dict, n) { paste(sample(dict, n, replace = T), collapse = "") } set.seed(0) # 用mapply...和rndSeq函数获取5条序列(字符串): DNA.raw mapply(rndSeq,list(DNA_BASES), rep(20, 5)) names(DNA.raw) 的参数as.prob如果为TRUE那么所得的值就是频率,如果FALSE那么为个数。 示例如下: ? 另一种特殊的用法可能会更有用: ?...接下来看我们的实例: mi0 <- matchPDict(pdict0, chr3R) ? 注:我们上面所提到的所谓模式也就是指的序列的reads。 3. PWM() 位置频率矩阵计算。

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    稀疏数组如何帮助我们节省内存,提升性能

    什么是稀疏矩阵 稀疏矩阵是指矩阵中大部分元素为零的矩阵。在实际应用中,很多矩阵都是稀疏的,比如网络图、文本数据等。由于矩阵中存在大量的零元素,因此稀疏矩阵的存储和计算都具有一定的特殊性。...然而,需要指出的是,这种方式在存储值时可能会有一些不太高效的方面,因为它会占用大量的存储空间来保存没有实际内容的单元格。...下图为将稀疏数组转化为数组的形式: 稀疏矩阵具体的插入,删除,搜索,访问的代码: import java.util.HashMap; import java.util.Map; class SparseMatrix...{ private int rows; private int cols; private Map matrix; public SparseMatrix...String key = row + "," + col; return matrix.getOrDefault(key, 0); } } 在上述代码中,定义了一个 SparseMatrix

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