本期继续介绍蛋白质组学搜库软件之 MaxQuant 1.参考文献 The MaxQuant computational platform for mass spectrometry–based shotgun...proteomics （值得细细的阅读） 2.推荐理由 Free and easy 3.简介 MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据...对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞离解(HCD)和电子转移离解(ETD)所产生的串联光谱可以很容易地用MaxQuant进行分析。...MaxQuant使用target-decoy搜索策略以估计和控制假阳性。 ?...Protein groups ：有些蛋白质非常相似，在MaxQuant中，为了避免蛋白质水平上的识别计数过高，并使定量信息明确。通常这些蛋白含有特定蛋白的异构体，也可能是来自不同基因座的同源蛋白质。
早期也分享过蛋白质组学数据处理教程，目录如下： 蛋白质组学第1期-认识基础概念 蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据 蛋白质组学第3期-蛋白质组学的三大元素 蛋白质组学第4期 文章搜库过程复现 蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant...再介绍 蛋白质组学第6期 搜库软件之 MaxQuant 结果数据介绍 蛋白质组学第7期 复现文章数据- 预处理之Perseus 的使用 蛋白质组学第8期 文章复现之数据处理 蛋白质组学第9期 文章数据分析之差异蛋白筛选和功能分析...蛋白质组常见的搜库软件： MaxQuant：MaxQuant 是一个定量蛋白质组学软件包，专为分析大型质谱数据集而设计。它专门针对高分辨率 MS 数据。支持多种标记技术以及无标记量化。...MaxQuant 是免费的，可以从这个站点下载。下载内容包括搜索引擎 andromeda，它集成到 MaxQuant 以及用于检查原始数据和识别和量化结果的查看器应用程序。
img 1）细胞一：OVCA429 点击Maxquant 打开一个窗口，先导入第一种细胞的6个样本，命名实验为每个样本的名字，这样最后定量的结果会输出每个样本的定量信息。 ?...2）细胞二: OVISE 重新开一个Maxquant的搜库文件，导入数据 ? 然后设置参数，参数设置和上期一样。 1）增加数据库 ? img 2）设置定量信息，修饰信息等，本文都是采用默认参数。
（2）将上述两个fasta文件合并成一个文件，格式仍然是fasta格式 （3）在Maxquant中加库： ? 4. 搜库参数 除了设置了LFQ，其他都是采用默认参数。...参考文章 The MaxQuant computational platform for mass spectrometry–based shotgun proteomics 已经放在微云盘 （1）Precursor
the Mevalonate Pathway at the Post-transcriptional Level》 理清文章思路 总结蛋白质组学部分的流程 标出所用的软件及需要下载的内容 2.下载软件：MaxQuant...网址：https://www.maxquant.org/ 下载 ?
ProVision: https://provision.shinyapps.io/provision/ 数据类型 在介绍这个工具使用之前，需要明白的是，我们在公共测序平台下载的原始数据首先需要使用MaxQuant...MaxQuant是一个免费的界面化的质谱定量工具，操作还是很简单的。 proteinGroups 文件类似于 RNA-seq 当中的 Count 文件。
对于蛋白质谱的差异表达数据分析，我们之前介绍过 [[ProVision-蛋白质谱分析工具]] 这个基于的 MaxQuant 软件定量之后的 proteinGroup 数据来进行差异分析的工具。...https://bioinformatics.erc.monash.edu/apps/LFQ-Analyst/ 数据类型及算法 和 ProVision 一样，LFQ-Analyst 分析的数据也是来自于 MaxQuant
比较小鼠胎盘发育过程的转录组和蛋白质技术测量的基因表达变化的差异 蛋白质组学数据分析环节 原始数据是公开的： Raw data files and MaxQuant search results have...得到的ID也需要转换： The Ensembl IDs provided by MaxQuant were converted to Mouse Genome Informatics (MGI) symbols
早期也分享过蛋白质组学数据处理教程，目录如下： 蛋白质组学第1期-认识基础概念 蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据 蛋白质组学第3期-蛋白质组学的三大元素 蛋白质组学第4期 文章搜库过程复现 蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant...再介绍 蛋白质组学第6期 搜库软件之 MaxQuant 结果数据介绍 蛋白质组学第7期 复现文章数据- 预处理之Perseus 的使用 蛋白质组学第8期 文章复现之数据处理 蛋白质组学第9期 文章数据分析之差异蛋白筛选和功能分析
利用以上的数据，作者使用MaxQuant来分析和寻找质谱当中的LncRNA编码的肽段。最终作者一共鉴定出29, 526个ncRNA相关的肽段。
中国科学 : 生命科学 , 2015. 3.理论基础 方法一 基 于离子流色谱峰(extracted ion current, XIC)的定量算 法（MaxQuant） ?...（Maxquant) 方法二 谱图计数（Spectral Counting）方法。 一个蛋白对应的二级谱图数目越多，丰度越高 4.流程 ?
，对蛋白组学定量那块比较感兴趣，正好看到一个R包-MSstats，其可用来对DDA，SRM和DIA的结果进行蛋白差异分析，这R包发表于2014年，那时来说还是很不错的（还在不断更新维护），并且其还支持Maxquant...从第一个函数MaxQtoMSstatsFormat（用于将Maxquant查库结果文件转化为其标准输入格式）起就遇到了一个槛，由于其需要一个annotation文件（感觉类似于甲基化芯片分析的Champ...本以为后续应该可以比较正常的进行下去了，结果在第二个对输入数据进行处理的函数dataProcess就开始不停的报错，我本以为是我测试数据的问题，结果换了好几批数据后才觉得，可能是我的数据跟其认为的maxquant
我们也有一下简单的基础介绍，目录是： 蛋白质组学第1期-认识基础概念 蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据 蛋白质组学第3期-蛋白质组学的三大元素 蛋白质组学第4期 文章搜库过程复现 蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant...再介绍 蛋白质组学第6期 搜库软件之 MaxQuant 结果数据介绍 蛋白质组学第7期 复现文章数据- 预处理之Perseus 的使用 蛋白质组学第8期 文章复现之数据处理 蛋白质组学第9期 文章数据分析之差异蛋白筛选和功能分析
并不预示一定存在相应的功能性基因 mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应 翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现 3.蛋白质组学工作流 样品上质谱，获得Raw data(质荷比+强度） 使用MaxQuant
mzID(f) id ##mzR包 id1 <- openIDfile(f) fid1 <- mzR::psms(id1) head(fid1) 至于如何查库，一般会用一些专门用于查库的软件，如：PD，Maxquant
前面我们分享的是： 蛋白质组学第1期-认识基础概念 蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据 蛋白质组学第3期-蛋白质组学的三大元素 蛋白质组学第4期 文章搜库过程复现 蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant...再介绍 蛋白质组学第6期 搜库软件之 MaxQuant 结果数据介绍 蛋白质组学第7期 复现文章数据- 预处理之Perseus 的使用 蛋白质组学第8期 文章复现之数据处理 蛋白质组学第9期 文章数据分析之差异蛋白筛选和功能分析
例如，DO-MS利用MaxQuant进行估计，通过可视化距离峰值的偏移长度的分布实现优化过程(图a-c)。 图a-c分别比较了肽积聚时间不同对MS得到的肽分子数目造成的影响。
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