一般选择in whole network，我们也可以选择我们感兴趣的区域 from selection。在advanced option里调整K-Core，我个人的理解是K值越大，模块数量会变少，而核心节点所处的子网络结构也越不容易受损，能看出核心模块及节点。然后点击analyze current network。
在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。
Identification of differentially expressed and methylated genes associated with rheumatoid arthritis based on network: Autoimmunity: Vol 53, No 6 (tandfonline.com)
最好的挣钱方式是钱生钱，怎样钱生钱呢，钱生钱可以通过投资，例如买股票、基金等方式，有人可能说买股票基金发财，我没这样的命和运气。买股票基金靠的不只有命运和运气，更多靠的是长期的经验和对股票基金数据的分析，今天我们使用scrapy框架来js逆向爬取某证信数据平台的国内指数成分股行情数据。
一般做完差异基因，或者使用其他方法找到想要的biomarker时，想要知道这些基因的调控网络，或者哪些基因在调控网络中处于核心位置，比较常见的方法就是wgcna或者mcode、Cytohubba。这篇主要介绍mcode和Cytohubba。
System Generator是Xilinx公司进行数字信号处理开发的一种设计工具，它通过将Xilinx开发的一些模块嵌入到Simulink的库中，可以在Simulink中进行定点仿真，可以设置定点信号的类型，这样就可以比较定点仿真与浮点仿真的区别。并且可以生成HDL文件，或者网表，可以在ISE中进行调用。或者直接生成比特流下载文件。能够加快DSP系统的开发进度。
在前面的4期中，我们分别给大家讲解了网络图的构造、 STRING 数据库、Cytoscape 软件的安装以及使用，链接如下：
老样子，先打开System Generator，启动MATLAB完成后，再打开Simulink进行仿真模型的设计，再添加以下的一些基本模块：
MCODE,Molecular COmplex Detection 发现PPI网络中紧密联系的regeions，这些区域可能代表分子复合体。 根据给定的参数，分离dense regions，这相对其他cluster方法有其优点，因为其他的方法很少考虑网络的其余部分。总之MCODE可以发现PPI网络中相互作用的Dense region。这主要基于connection data，其中很多已经被证实是complex。这个函数不会被因高通量技术带来高假阳性影响。分子复合体预测很重要，因为这可以提供功能注释的另一个水平。因为sub-units of a molecular complex通常情况下，功能代表同一个生物目标分子，对一个未知pro的预测（作为复合体一部分），对这个pro的注释也增加了可信度。 MCODE也可以对感兴趣的dense区域进行提取并可视化，这点很重要，因为现有的工具比如spring不能对大的网络进行操作（spring不能大于2000个nodes）。
有一个业务需求，需要将用户 ID（数值型 >=10000000）映射为一个唯一且不重复的长 6 个字符的邀请码，用于邀请新用户注册。可以不用通过邀请码反推对应的用户 ID 是什么。
问题描述 [Dialer]it will appear different behaviors after long press the menu to exit split screen 操作步骤 1.Enter dialer 2.there is no recent items 3.long press the recent key to enter the split screen,then long press the recent again to exit the split,it
本节讲解如何讲讲代码（Matlab、HDL、C/C++）导入到 System Generator 并使用。
不过，好在我有一千多学员，一百多个学徒，给他们安排的作业就是写这些简单软件操作指南，这样就弥补了我写不来太基础教程的弱点。
视频（B站）或点击阅读原文： https://www.bilibili.com/video/BV1rD4y1272a?p=10 (B站还有更多cytoscape教程) 示例数据可从https://gi
之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法，那么在我们得到network图之后，还可以进行深一步分析，今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。
今天跟大家分享的是2020年2月发表在SCIENTIFIC REPORTS（IF：3.998）杂志上的一篇文章，在文章中作者利用GEO数据集，鉴定腰背痛的DEGs，然后通过功能注释、富集分析以及PPI网络构建，筛选到重要基因生物标志物，并通过各种生物信息学程序对其进行识别和分析。
状态码：0=错误，1=成功，2=机器码已绑定，3=软件已到期，9=软件不存在，8=数据异常，-1=激活码已封禁
如果我们对所有的代码进行合理的拆分，将首屏和非首屏的代码进行剥离，将业务代码和基础库代码进行拆分，在需要某段代码的时候再加载它，下次若再需要用则从缓存中读取...
前言 在http1的时代，比较常见的一种性能优化就是合并http的请求数量，通常我们会把许多js代码合并在一起，但是如果一个js包体积特别大的话对于性能提升来说就有点矫枉过正了。而如果我们对所有的代码进行合理的拆分，将首屏和非首屏的代码进行剥离，将业务代码和基础库代码进行拆分，在需要某段代码的时候再加载它，下次若再需要用则从缓存中读取，一来可以更好地使用浏览器缓存，再者就是可以提高首屏加载速度，很好提升用户的体验。 核心思想 业务代码和基础库的分离 这个其实很好理解，业务代码通常更新迭代很频繁，而基础库通常
就应该会纳闷，为什么拿到了差异基因并且注释后就结束了，明明大量的数据挖掘文章都有一个网络图并且找hub基因啊！
是一个打LuaJIT的题，远程环境带有一个web前端，主要作用应该就是给定指定的Lua代码，然后后端运行并返回输出结果：
今天分享一篇2019年12月发表于Aging-us的文章，标题是Screening, identification and validation of CCND1 and PECAM1/CD31 for predicting prognosis in renal cell carcinoma patients，影响因子为5.515；文章采用GSE数据集进行差异分析，cytoscape进行模块和hub基因的筛选，对筛选到的hub基因进行生存曲线绘制，其中8个基因与预后相关；在TCGA数据集进行基因表达水平比较，并进一步用实验验证（在补充材料中还利用了HPA数据进行病理切片上目的蛋白表达情况的展示，感兴趣的同学可以研究研究这个数据库哦）；此后，用GSEA对表达相关基因进行通路富集分析；
今天和大家分享的是19年11月发表在Annals of Translational Medicine (IF：3.297)杂志上的一篇文章，“DNA methylation-based prognostic biomarkers of acute myeloid leukemia patients”，本篇文章先对DNA甲基化和基因表达进行了差异分析，鉴定了急性髓细胞性白血病中的关键表观遗传基因。然后进行了KEGG和GO分析，PPI网络构建和模块分析，并使用SurvExpress分析获取得分最高模块的基因，构建了基于3个关键基因的预后模型，在癌症数据集中进行生存分析和风险评估。最后，用MethSurv分析探索了与AML生存相关的甲基化生物标志物。
作者在2020年七月发表在Medicine（IF=1.552）上的“Identification of key genes in calcific aortic valve disease by integrated bioinformatics analysis”，研究的疾病同样也是CAVD，文章所采用的三个数据集中，有两个正是本文(等会小编解读的这篇文章)所用数据集，两篇文章的思路大致一致，作者也来自同一单位！虽然在可视化上面作图不是用的同一套分析，但是这样的“风险规避”也太666了吧！
从零到壹：Cytoscape插件使用心得~MCODE篇 从零到壹：Cytoscape插件~wikipathway篇 生信干货~PPI蛋白网络~Cytoscape插件GeneMANIA
真的很感谢随风的投稿，让我觉得不是一个人在战斗，也欢迎大家积极投稿。分享知识，分享快乐，分享正能量与幸福
参考资料：https://mp.weixin.qq.com/s/itAuv86OsTHfBahUrk21DA
配置工具的参数配置区列出了与设备工作相关的所有参数项，每个参数项有【读取】和【修改】两个按钮，点击【读取】按钮获得设备的当前参数值，点击【设置】按钮将当前界面显示的值写入设备。
描述: 通过前面几篇双十一购物文章，也知道作者最近房屋装修已接近尾声了，趁着双十一入手一波家用电器，对于我这样收入不高的打工人，只能想办法能省则省，某天购买某电器时发现，直播间可以抢优惠券、半价、以及免单，我心♥动了，作为想省钱的资深IT民工必须跟进，根据直播间中活动提示只在当日20-24点，给蹲直播间中已下单人员抽取优惠，然而我比不上前面单身18年的手速了，一个都没抢到。
需求开始做之前，一定要研读SystemUI Navigation模块的代码流程！！！不要直接去网上copy别人改的需求代码，盲改的话很容易出现问题，然而无从解决。网上有老平台（8.0-）的讲解System UI的导航栏模块的博客，自行搜索。8.0对System UI还是做了不少细节上的改动，代码改动体现上也比较多，但是总体基本流程并没变。
Linux服务器通过ssh远程连接的时候，如果使用的是用户名+密码的验证方式，万一密码泄露或者密码过于简单被暴li破解，服务器的安全就得不到保障。由此，可以结合谷歌动态验证口令来为服务器再加一道安全防护门。此时，就算是用户密码被泄露，但没有动态验证口令也是无法登录服务器的。
metascape是一个web工具，提供了基因富集分析，蛋白质互作网络分析等多种功能，对应的文章发表在nature communications上， 链接如下
看懂文章：https://www.jci.org/articles/view/96060/figure/1 看其C子图里面的TRAF4基因在4个数据集的表达量，画出更漂亮的boxplot。
小伙伴们好呀！今天和大家分享的是一月份发表在Cancer Cell Int(IF:4.175)杂志上的一篇文章。作者利用公共数据库挖掘膀胱癌中的ceRNA机制，建立了一个膀胱癌相关的ceRNA调控网络。
今天给大家带来的是2020年3月发表在Annals of Translational Medicine（IF=3.297）杂志上的文章“Identification of key candidate genes and pathways revealing the protective effect of liraglutide on diabetic cardiac muscle by integrated bioinformatics analysis”。这篇文章通过简单的生信分析对经利拉鲁肽治疗的小鼠心肌进行DEGs筛选、功能富集分析并鉴定hub基因，最后选择了MRAS/MAPK信号通路进行实验验证，探究了利拉鲁肽对糖尿病心肌病的保护作用机制。
Metascape（http://metascape.org/） 是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中，以实现对基因或蛋白功能的认知。只需在Metascape网页几步简单的操作，就可以对大批量的基因或蛋白质进行注释、富集分析以及构建蛋白质-蛋白质互作网络。并且构建的蛋白互作网络还可以直接导出给Cytoscape使用，绘制美观、可发表的蛋白互作网络图。
有一个业务需求，需要根据用户 ID（数值型 >=10000000）生成一个唯一的长 6 个字符的邀请码，用于邀请新用户注册。
大侠好，欢迎来到FPGA技术江湖，江湖偌大，相见即是缘分。大侠可以关注FPGA技术江湖，在“闯荡江湖”、"行侠仗义"栏里获取其他感兴趣的资源，或者一起煮酒言欢。
前几天在Python白银交流群【上海新年人】问了一个地图截图的问题，问题如下：第一个问题：你们有啥办法把百度地图某个点1公里范围内截个图。第二个问题：第二是,我有四个相临的位置,4个地方能不能同时画4个1公里的大圆圈。像下图这样子,相邻地有4个圈，同时显示。
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组 信息数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。
networkD3是基于D3JS的R包交互式绘图工具，用于转换R语言生成的图为交互式网页嵌套图。目前支持网络图，桑基图，树枝图 (后续相继推出)等。 关于网络图的绘制，我们之前有5篇文章，可点击查看。 Cytoscape教程1 Cytoscape之操作界面介绍 新出炉的Cytoscape视频教程 Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现 也可以使用此文介绍的network3D绘制交互式网络图，输入数据与Cytoscape需要的数
R^2越大，越接近无标度网络，选择使R^2第一次到达0.8/0.85/0.9的β值
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 数据库-药店管理系统 选题背景 随着科技的发展、社会的进步以及人们生活水平的提高，在现代化的生活方式下，人们对生活各个方面的需求都在增加。快节奏的生活方式以及激烈的竞争所带来的压力也让人们的身体经常处于亚健康状态，对于健康的需求越来越迫切的现状，使得药店的经营管理越来越复杂。 工作人员在日常工作中需要处理的信息，不但在数量上逐渐增加，而且各种数据之间的相互关联及其加工整理的要求更为复杂。因此，药店药品信息处理必须更加迅速、准确无误，否则无法满足现代化管理的
参数配置工具 SETP 是专门为 VS 系列多通道振弦采发仪开发的软件程序，可完成设备内部所有参数的读取和修改工作，也可当做简单的通道数据读取工具来使用。
目前有在 Simulink 中开发完成后将其转换成 Verilog 语言并将其跑在 fpga 上面的需求，因此本文简要介绍了在 matlab 的 simulink 中使用 system generator 的方法。
今天给大家分享的是2020年Biomed Res Int （IF=2.197）上的文章“Exploring the Key Genes and Pathways in the Formation of Corneal Scar Using Bioinformatics Analysis”。在这篇文章中，作者通过分析数据集GSE6676中高表达TGF-β样本和野生型样本，得到差异表达基因，并对DEGs进行GO和KEGG分析，随后构建PPI网络，最后通过cytoHubba筛选核心基因。
tcpdump是linux命令行下常用的的一个抓包工具，记录一下平时常用的方式，测试机器系统是centos 7。
五一劳动节，连续五天，在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧，课程已经结束啦。文末有录播回放学习方式，以及配套授课资料！
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