MCODE,Molecular COmplex Detection 发现PPI网络中紧密联系的regeions，这些区域可能代表分子复合体。 总之MCODE可以发现PPI网络中相互作用的Dense region。这主要基于connection data，其中很多已经被证实是complex。这个函数不会被因高通量技术带来高假阳性影响。 MCODE也可以对感兴趣的dense区域进行提取并可视化，这点很重要，因为现有的工具比如spring不能对大的网络进行操作（spring不能大于2000个nodes）。 vertex weighting ，vertex就是node complex prediction 可选择性地加工以过滤或添加pro（基于一定标准） MCODE使用vertex weighting计算
中间留着的空白区就是用于今天的核心，用于和M代码进行链接的模块即MCode，所在菜单为：Xilinx Blockset/Index，如下： ? 将其添加到自己的模型文件中，先不用连接，需要自己编辑好M文件后再使用，双击MCode模块，然后点击Edit M-File： ? 然后会在MATLAB的代码编辑区打开默认的M文件： ? 然后将代码保存到与模型文件同一文件夹下面，然后可以关掉之前打开的xlmax.m，并且在MCode这个模块中点击Browse： ? 在弹出的界面选择刚刚保存的state_machine.m，点击OK保存并关闭，然后在模型文件下可以看到此时的MCode已经只有一个输入和输出端口，并且名字已经变成刚刚创建的函数名，如下所示： ? xl_state 以及Percision也都还有其他用法，可以自行对MCode使用help进行研究。
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下面是cytoscape讲师的笔记 一、MCODE插件 关于网络构建，PPI+MCODE两者结合似乎已经成了标配。那么如何掌握它也就成了入门生信的必修课题！ 点击 Apps载入MCODE，会弹出上方窗口 In Whole Network是作用当前整个网络的意思，如果想分析个别节点，观察与其连接的网络，就需要一开始选择那个节点，再点击MCODE，选择会自动跳到 http://baderlab.org/Software/MCODE/UsersManual ? 非常详细，有各个网络的节点，边以及基因的信息 三、总结 MCODE插件一般在文章中有两种使用规律： 可以利用MCODE插件求出子网络，将分数最高的网络里面全部基因当作hub gene 也有不少文章是用Cytohubba 求hub gene，MCODE插件求出的结果做下游的富集分析 ?
之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法，那么在我们得到network图之后，还可以进行深一步分析，今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析 首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE，在Cytoscape官网或者软件的APP里都能找到。 ? 下载好后，我们可以打开一个现有的network。 安装好后我们可以在APP中可以看到MCODE增强包 ? 这个network是我之前准备好的，外圈为细菌，内圈为真菌。然后直接用MCODE分析就好了。参数可以按照自己选择自行设置。
MCODE 今天开始连载的第一大神器--MCODE，在庞大基因（蛋白）网络中进行聚类构建功能模块 MCODE 主要作用是在庞大基因（蛋白）网络中进行聚类构建功能模块。 MCODE的原理 图E、F、G（*doi:10.3390/ijms18091898*)便是通过MCODE在D网络中聚类构建出的模块。 原理（不愿意看原理，可以跳过） MCODE是通过对网络图中的各个节点的计算节点信息 包括自身在内的邻居接点子图neighbors及其密度density，以该点为种子节点所能扩展出的最大k值的K-core 举个~~MCODE的运用 Cytoscape最方便的地方在于它有很多的插件，这些插件可以通过官网上下载（App），导入cytoscape，也可以直接在cytoscape上下载（App manager） 那怎么运用MCODE了，我们先在cytoscape安装好MCODE,打开一个基因网络。
接下来使用cytohubba及MCODE插件对其进行模块筛选。 13 使用MCODE插件（以下引自https://www.jianshu.com/p/17a0ba0ced3c）， MCODE,Molecular COmplex Detection,发现PPI网络中紧密联系的 总之MCODE可以发现PPI网络中相互作用的Dense region。这主要基于connection data，其中很多已经被证实是complex。这个函数不会被因高通量技术带来高假阳性影响。 JOJO觉得吧，这个MCODE就是一个算法工具，可以将网络图中的一些关键蛋白模块提取出来。 19 同样，用MCODE处理后提取关键子网络。 ? 20 3.那么写了这么多，做了这么多，到底我们做出来的子网络是个什么呢，cytoscape给我们带来了什么便利？
System Generator从入门到放弃(四)-利用MCode调用MATLAB代码 ---- 文章目录 System Generator从入门到放弃(四)-利用MCode调用MATLAB代码 一、利用 ---- 一、利用MCode调用MATLAB代码 1、简介 本设计是利用MCode设计一个有限状态机（FSM），从而实现一个序列检测器。 PS:在MCode属性编辑器中，可以使用Browse按钮引用本地M-code文件(state_machine.m)。 在MCode Properties Editor单击 OK按钮。 4.1 MCode block特性 MCode用于在Simulink环境下执行MATLAB函数。MCode的名称与管脚即为函数名称与函数接口。 MCode经常用于实现一些简单的算法功能、有限状态机和控制逻辑。
很简单，通过Cytoscape的插件，其中最常用的两个是 MCODE 和 Cytohubba。话不多说，我们直接切入正题，操练起来。 Step2：安装插件 前面我们刚说了，MCODE 和 Cytohubba 插件可以帮我们快速锁定核心基因，那么怎么安装这两个插件呢？ Step3:运行插件 Cytohubba 和 MCODE 的使用都非常简单，我们逐一演示。 MCODE使用 在 Apps 中点击 MCODE，然后会在控制面板（不知道哪里是控制面板的，请看我们的上一期内容：从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（4））中出现 Mcode这一面板，点击 Analyze Cytohubba的使用 Cytohubba 的使用也比较简单，但是相对于 MCODE 来说，Cytohubba 提供了更多的算法来对基因的重要性或者说核心程度进行排序。
参数到headers中，运行结果如下图所示： 我们发现在headers中添加mcode参数就可以获取到数据，那么问题来了，mcode参数的值没有规律可言，而且每次刷新网页，mcode的值都会发现改变， 怎么办好呢，这时我们可以通过js逆向来找出mcode值的生成方式。 寻找加密参数位置 打开开发者模式，点击右上角三个小点，选择Search，搜索mcode，如下图所示： 搜索结果如下图所示： 我们发现有三个js有mcode参数内容，那该怎么办呢，这时我们可以精确一点搜索 ，在mcode后面就英文状态的:，这时就只剩下第一个js了，双击该js文件，如下图所示： 在该js文件中，我们搜索mcode，返回的结果有75个那么多，该怎么办呢，这时我们发现在mcode上面一部分与我们要爬取的 加密数据和时间结合在一起，最后返回mcode。
在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。 MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。 cytoscape 是一个功能强大的网络可视化软件，除了基本的可视化之外，通过各种插件，还可以轻松的实现各种数据分析，插件的下载地址如下 http://apps.cytoscape.org/ 众多插件中，也可以看到MCODE 这个文件可以直接导入cytsocape软件，通过File->Import->Network->File, 将该文件导入，导入之后，通过Apps->MCODE, 启动MCODE插件，在控制面板，可以看到下图 通过MCODE插件，我们可以方便的得到复杂瓦格的PPI网络中潜在的各个子网，但是后续还是要集合功能注释，比如KEGG，蛋白复合物数据库的注释等，对结果进一步解读和筛选。
一般做完差异基因，或者使用其他方法找到想要的biomarker时，想要知道这些基因的调控网络，或者哪些基因在调控网络中处于核心位置，比较常见的方法就是wgcna或者mcode、Cytohubba。 这篇主要介绍mcode和Cytohubba。 mcode 示例： ? MCODE 分数由低到高。 从 3 个子网分别选取 MCODE 分数最高的基因，分别为 CXCL8、ERBB2 和 CYCS，将此作为该模块的 Hub 基因。 Hub 基因相关的网络信息见表 3。 ? ? mcode得到子网络 通过file里面的import network from file选项，选择刚刚从string数据库得到的文件 ? 点击apps里面的mcode，按照默认设置即可。 ?
[code]; ok { codeConCnt++ continue } mCode[code] = struct{}{} } if seedConCnt ! md5ConCnt int // md5 前 6 字节冲突次数 var codeConCnt int // 邀请码冲突次数 mSeed := make(map[uint64]struct{}) mCode } mSeed[md5Value] = struct{}{} code := GetInvCodeByUID(strconv.Itoa(uid), 6) if _, ok := mCode [code]; ok { codeConCnt++ continue } mCode[code] = struct{}{} } if md5ConCnt ! [code]; ok { codeConCnt++ continue } mCode[code] = struct{}{} } if codeConCnt !
Cytoscape网络图 Cytoscape教程1 Cytoscape之操作界面介绍 新出炉的Cytoscape视频教程 Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图 Cytoscape: MCODE 增强包的网络模块化分析 Cytoscape可视化物种分类树结构 Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析 Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
我们先看下短按事件，在按下的时候，判断是否有键值mCode！=0，如果是，模拟按键，发送一个按键。 首先判断mCode！ 我们再来看长按事件，在按下的时候，判断是否有键值mCode！=0，如果是，模拟按键，发送一个按键。 首先判断mCode！ B在recent 的 KeyButtonView.java里面，up有段代码，判断了是否有mCode，如果有，则会在长按后在释放按键时触发send，而如果没有mCode，则没有动作，因此我们可以修改此处的
很大，而used-twice又是首屏需要的，这个打包在首屏肯定不是很好，这里我们要将system和dbmanage页面的codemirror组件改为异步加载，单独打包，修改如下: // import MCode /component/MCode.vue"; //注释掉 components: { MDialog, MCode: () => import(/* webpackChunkName : "MCode" */'.. /component/MCode.vue') }, 重新打包下，可以看到 codemirror被抽离了，首屏代码进一步得到了减少,used-twice-app.js代码缩小了近150k。 ? ?
很大，而used-twice又是首屏需要的，这个打包在首屏肯定不是很好，这里我们要将system和dbmanage页面的codemirror组件改为异步加载，单独打包，修改如下: // import MCode /component/MCode.vue"; //注释掉components: { MDialog, MCode: () => import(/* webpackChunkName: "MCode" */'.. /component/MCode.vue') }, 重新打包下，可以看到 codemirror被抽离了，首屏代码进一步得到了减少,used-twice-app.js代码缩小了近150k。
卡密登录 登录使用 URL：/api/app/login Method：POST 请求参数 参数 类型 备注 safecode String 软件安全码 key String 卡密 mcode String 激活码已封禁 卡密退出登录 软件关闭时候调用 URL：/api/app/logout Method：POST 请求参数 参数 类型 备注 safecode String 软件安全码 key String 卡密 mcode
上调和下调的基因集中的六个最重要的图 3、PPI network（蛋白质-蛋白质相互作用网络）构建和模块分析 作者通过Metascape分析，构建了DEG的蛋白质-蛋白质相互作用网络并从中识别出三个MCODE PPI网络和3个MCODE模块 作者通过STRING执行PPI网络的构建。 PPI网络中有539个边和225个节点（PPI富集p<0.05）（图6A）。 作者通过Cytoscape从PPI网络中识别出六个MCODE模块（图6B–G）。 PPI网络和6个MCODE模块 4、重要基因的识别和分析 （1）识别 VENN 图显示， "Metascape_MCODE"， "Cytoscape_MCODE" 和 "Cytoscape_cytoHubba
Cytoscape插件教程小结 从零到壹：Cytoscape插件使用心得~MCODE篇 从零到壹：Cytoscape插件~wikipathway篇 生信干货~PPI蛋白网络~Cytoscape插件GeneMANIA
通过MCODE插件将上述两个PPI网络图分别导入Cytoscape软件中以构建模块，设置了Degree Cutoff=10，Haircut on, K-Core=2, Node Score Cutoff http://www.baderlab.org/Software/MCODE/UsersManual是MCODE的官方说明。 图6.MCODE中得分最高的模块 4.关键基因的生存分析 为了评估确定的预后标志物是否对预测患者的存活率有价值，作者将重点放在得分最高的模块中的基因上。
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