展开

关键词

Cytoscape插件7:MCODE

MCODE,Molecular COmplex Detection 发现PPI网络中紧密联系的regeions,这些区域可能代表分子复合体。 总之MCODE可以发现PPI网络中相互作用的Dense region。这主要基于connection data,其中很多已经被证实是complex。这个函数不会被因高通量技术带来高假阳性影响。 MCODE也可以对感兴趣的dense区域进行提取并可视化,这点很重要,因为现有的工具比如spring不能对大的网络进行操作(spring不能大于2000个nodes)。 vertex weighting ,vertex就是nodecomplex prediction可选择性地加工以过滤或添加pro(基于一定标准) MCODE使用vertex weighting计算,这是基于

2.6K20

​cytoscape的十大插件之二--MCODE插件

下面是cytoscape讲师的笔记一、MCODE插件关于网络构建,PPI+MCODE两者结合似乎已经成了标配。那么如何掌握它也就成了入门生信的必修课题! 插件下载:下载安装的插件方法都一样,都是通过点击 Apps→App Manager在 Search 中输入所需要的插件:mcode。 点击 Apps载入MCODE,会弹出上方窗口In Whole Network是作用当前整个网络的意思,如果想分析个别节点,观察与其连接的网络,就需要一开始选择那个节点,再点击MCODE,选择会自动跳到From 非常详细,有各个网络的节点,边以及基因的信息三、总结MCODE插件一般在文章中有两种使用规律:可以利用MCODE插件求出子网络,将分数最高的网络里面全部基因当作hub gene也有不少文章是用Cytohubba 求hub gene,MCODE插件求出的结果做下游的富集分析 ?

2.2K30
  • 广告
    关闭

    50+款云产品免费体验

    提供包括云服务器,云数据库在内的50+款云计算产品。打造一站式的云产品试用服务,助力开发者和企业零门槛上云。

  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    System Generator系列之使用MCode进行建模控制

    中间留着的空白区就是用于今天的核心,用于和M代码进行链接的模块即MCode,所在菜单为:Xilinx BlocksetIndex,如下:? 将其添加到自己的模型文件中,先不用连接,需要自己编辑好M文件后再使用,双击MCode模块,然后点击Edit M-File:?然后会在MATLAB的代码编辑区打开默认的M文件:? 然后将代码保存到与模型文件同一文件夹下面,然后可以关掉之前打开的xlmax.m,并且在MCode这个模块中点击Browse:? 在弹出的界面选择刚刚保存的state_machine.m,点击OK保存并关闭,然后在模型文件下可以看到此时的MCode已经只有一个输入和输出端口,并且名字已经变成刚刚创建的函数名,如下所示:? xl_state 以及Percision也都还有其他用法,可以自行对MCode使用help进行研究。

    18820

    Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析

    之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法,那么在我们得到network图之后,还可以进行深一步分析,今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析 首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE,在Cytoscape官网或者软件的APP里都能找到。?下载好后,我们可以打开一个现有的network。 安装好后我们可以在APP中可以看到MCODE增强包?这个network是我之前准备好的,外圈为细菌,内圈为真菌。然后直接用MCODE分析就好了。参数可以按照自己选择自行设置。大部分文章都是默认值。??

    3.2K3227

    System Generator从入门到放弃(四)-利用MCode调用MATLAB代码

    System Generator从入门到放弃(四)-利用MCode调用MATLAB代码----文章目录System Generator从入门到放弃(四)-利用MCode调用MATLAB代码一、利用MCode ----一、利用MCode调用MATLAB代码1、简介  本设计是利用MCode设计一个有限状态机(FSM),从而实现一个序列检测器。   PS:在MCode属性编辑器中,可以使用Browse按钮引用本地M-code文件(state_machine.m)。  在MCode Properties Editor单击 OK按钮。   4.1 MCode block特性  MCode用于在Simulink环境下执行MATLAB函数。MCode的名称与管脚即为函数名称与函数接口。 MCode经常用于实现一些简单的算法功能、有限状态机和控制逻辑。

    42120

    cytoscape的cytohubba及MCODE插件寻找子网络hub基因

    接下来使用cytohubba及MCODE插件对其进行模块筛选。 13使用MCODE插件(以下引自https:www.jianshu.comp17a0ba0ced3c),MCODE,Molecular COmplex Detection,发现PPI网络中紧密联系的regeions 总之MCODE可以发现PPI网络中相互作用的Dense region。这主要基于connection data,其中很多已经被证实是complex。这个函数不会被因高通量技术带来高假阳性影响。 JOJO觉得吧,这个MCODE就是一个算法工具,可以将网络图中的一些关键蛋白模块提取出来。 19同样,用MCODE处理后提取关键子网络。?203.那么写了这么多,做了这么多,到底我们做出来的子网络是个什么呢,cytoscape给我们带来了什么便利?

    6.3K30

    聊聊逆向爬取数据

    参数到headers中,运行结果如下图所示:我们发现在headers中添加mcode参数就可以获取到数据,那么问题来了,mcode参数的值没有规律可言,而且每次刷新网页,mcode的值都会发现改变,怎么办好呢 ,这时我们可以通过js逆向来找出mcode值的生成方式。 寻找加密参数位置打开开发者模式,点击右上角三个小点,选择Search,搜索mcode,如下图所示:搜索结果如下图所示:我们发现有三个js有mcode参数内容,那该怎么办呢,这时我们可以精确一点搜索,在mcode 后面就英文状态的:,这时就只剩下第一个js了,双击该js文件,如下图所示:在该js文件中,我们搜索mcode,返回的结果有75个那么多,该怎么办呢,这时我们发现在mcode上面一部分与我们要爬取的url ,最后返回mcode

    7620

    PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络

    在之前的文章中,我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块,其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。 MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一,在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件,可以方便的对网络进行聚类。 cytoscape 是一个功能强大的网络可视化软件,除了基本的可视化之外,通过各种插件,还可以轻松的实现各种数据分析,插件的下载地址如下http:apps.cytoscape.org众多插件中,也可以看到MCODE 这个文件可以直接导入cytsocape软件,通过File->Import->Network->File, 将该文件导入,导入之后,通过Apps->MCODE, 启动MCODE插件,在控制面板,可以看到下图 通过MCODE插件,我们可以方便的得到复杂瓦格的PPI网络中潜在的各个子网,但是后续还是要集合功能注释,比如KEGG,蛋白复合物数据库的注释等,对结果进一步解读和筛选。

    57310

    寻找核心基因+子网络

    一般做完差异基因,或者使用其他方法找到想要的biomarker时,想要知道这些基因的调控网络,或者哪些基因在调控网络中处于核心位置,比较常见的方法就是wgcna或者mcode、Cytohubba。 这篇主要介绍mcode和Cytohubba。mcode示例:?PPI 网络构建及 Hub 基因挖掘由术语富集网络子网分析可知,本文获取的基因集在癌症相关通路上富集较多,与癌症的发生和发展有一定的关系。 MCODE 分数由低到高。 从 3 个子网分别选取 MCODE 分数最高的基因,分别为 CXCL8、ERBB2 和 CYCS,将此作为该模块的 Hub 基因。 Hub 基因相关的网络信息见表 3。?? mcode得到子网络通过file里面的import network from file选项,选择刚刚从string数据库得到的文件?点击apps里面的mcode,按照默认设置即可。?

    82522

    从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹(5)

    很简单,通过Cytoscape的插件,其中最常用的两个是 MCODE 和 Cytohubba。话不多说,我们直接切入正题,操练起来。? Step2:安装插件前面我们刚说了,MCODE 和 Cytohubba 插件可以帮我们快速锁定核心基因,那么怎么安装这两个插件呢? Step3:运行插件Cytohubba 和 MCODE 的使用都非常简单,我们逐一演示。 MCODE使用在 Apps 中点击 MCODE,然后会在控制面板(不知道哪里是控制面板的,请看我们的上一期内容:从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹(4))中出现 Mcode这一面板,点击 Analyze Current Cytohubba的使用Cytohubba 的使用也比较简单,但是相对于 MCODE 来说,Cytohubba 提供了更多的算法来对基因的重要性或者说核心程度进行排序。

    63520

    android recent key长按事件弹起触发最近列表故障分析

    我们先看下短按事件,在按下的时候,判断是否有键值mCode!=0,如果是,模拟按键,发送一个按键。 首先判断mCode! 我们再来看长按事件,在按下的时候,判断是否有键值mCode!=0,如果是,模拟按键,发送一个按键。 首先判断mCode! B在recent 的 KeyButtonView.java里面,up有段代码,判断了是否有mCode,如果有,则会在长按后在释放按键时触发send,而如果没有mCode,则没有动作,因此我们可以修改此处的

    42950

    记录使用 Golang mathrand 随机数遇到的坑

    10000000, 11000000 var seedConCnt int 种子冲突次数 var codeConCnt int 邀请码冲突次数 mSeed := make(mapstruct{}) mCode codeConCnt++ continue } mSeed = struct{}{} code := GetInvCodeByUID(strconv.Itoa(uid), 6) if _, ok := mCode ; ok { codeConCnt++ continue } mCode = struct{}{} } if seedConCnt ! , 11000000 var md5ConCnt int md5 前 6 字节冲突次数 var codeConCnt int 邀请码冲突次数 mSeed := make(mapstruct{}) mCode

    4120

    Java 8里的Predicate学习笔记

    java.util.stream.Stream; class Country{ private String mCountryCode; private int mRank; public Country(String mCode , int rank){ this.mCountryCode = mCode; this.mRank = rank; } public String getCode(){ return this.mCountryCode

    23710

    生信必备技能——Cytoscape

    二、课程目录Cytoscape 简介绘制:蛋白互作网络(string PPI)绘制:miRNA 调控网络插件:cytoHubba (关键基因)插件:MCODE (关键子网络)插件:stringAPP ( MCODE?5. stringAPP?6. BiNGO?

    58730

    如果RNA的预后分数被做过了!你可以试试这样

    通过MCODE插件将上述两个PPI网络图分别导入Cytoscape软件中以构建模块,设置了Degree Cutoff=10,Haircut on, K-Core=2, Node Score Cutoff http:www.baderlab.orgSoftwareMCODEUsersManual是MCODE的官方说明。 图6.MCODE中得分最高的模块4.关键基因的生存分析 为了评估确定的预后标志物是否对预测患者的存活率有价值,作者将重点放在得分最高的模块中的基因上。

    25720

    同一科室一批数据一套分析发2遍?

    PPI网络分析结果 作者随后使用Cytoscape中的MCODE插件进行模块分析(阈值:MCODE得分> 3和节点数> 4),并对模块中的基因进行通路富集分析。 MCODE检测到包含HLA-DPA1,HLA-DRA,HLA-DMA,HLA-DMB和CD74的重要蛋白质簇(图3A)。通路富集分析表明,这些基因主要参与抗原加工和呈递以及CAMs(图3B)。

    15810

    Vue打包优化之code spliting

    codemirror很大,而used-twice又是首屏需要的,这个打包在首屏肯定不是很好,这里我们要将system和dbmanage页面的codemirror组件改为异步加载,单独打包,修改如下: import MCode from ..componentMCode.vue; 注释掉 components: { MDialog, MCode: () => import(* webpackChunkName: MCode

    910100

    非肿瘤单基因这样挖掘可以轻松发3分+SCI!

    上调和下调的基因集中的六个最重要的图3、PPI network(蛋白质-蛋白质相互作用网络)构建和模块分析作者通过Metascape分析,构建了DEG的蛋白质-蛋白质相互作用网络并从中识别出三个MCODE PPI网络和3个MCODE模块作者通过STRING执行PPI网络的构建。PPI网络中有539个边和225个节点(PPI富集p

    30820

    Cytoscape结合实验验证发5分+SCI

    ,用GSEA对表达相关基因进行通路富集分析;研究思路• 差异分析,这里是在3个GSE数据集中进行差异分析后,取交集• PPI及significant module,利用STRING进行蛋白互作的分析,MCODE 对相关基因进行GSEA分析,联系上生物学功能;结果 1差异分析对3个GSE数据集进行差异分析后,取共有的差异基因(即相同阈值得到的基因列表取交集)共379个;在STRING中输入差异基因后得到蛋白互作关系,用MCODE

    77010

    network3D 交互式网络生成

    Cytoscape教程1Cytoscape之操作界面介绍新出炉的Cytoscape视频教程Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现也可以使用此文介绍的

    59250

    相关产品

    • 云服务器

      云服务器

      腾讯云服务器(CVM)为您提供安全可靠的弹性云计算服务。只需几分钟,您就可以在云端获取和启用云服务器,并实时扩展或缩减云计算资源。云服务器 支持按实际使用的资源计费,可以为您节约计算成本。

    相关资讯

    热门标签

    活动推荐

      运营活动

      活动名称
      广告关闭

      扫码关注云+社区

      领取腾讯云代金券