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miRBase物种名缩写

研究miRNA的同学们应该都听说过或者用过miRbase这个数据库(http://www.mirbase.org/)。里面提供了285个物种中已知的所有miRNA信息。 因此我们可以在miRbase的下载页面去下载相应物种的miRNA信息。 ? 但是对于那些不常研究的物种,估计很少有人知道他们物种缩写是什么。那有没有这么一张表,能告诉我们所有物种的缩写呢? 方法有两个 miRbase官网下载 ? ? 打开是这样的,包括物种缩写,拉丁文全名,界门纲目科属种都能查到,最后还有物种id号。是不是so easy! ? 2. BiocManager::install("mirbase.db") library(mirbase.db) write.table(toTable(mirbaseSPECIES),file = "organism.txt

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mirbase数据库简介

miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库,该数据库中收录了来自200多个物种,接近4万个miRNA的信息,是最全面的miRNA数据库,网址如下 http://www.mirbase.org 软件预测的结果, 对应的数据库如下 DIANA-MICROT MICRORNA.ORG MIRDB RNA22-HSA TARGETMINER 该数据库是免费下载的,ftp地址如下 ftp://mirbase.org /pub/mirbase/CURRENT/ mirbase数据库还可以为新发现的miRNA指定名称,首选在线提交你的novel micoRNA 的序列,格式如下 ?

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    1️⃣ 序列获取(2):RNA序列获取

    noncoding RNA database 3 fRNAdb: functional RNA database 4 Rfam: database of noncoding RNA families 5 miRBase : microRNA database 可检索公开发表的miRNA序列和注释信息 可获得和下载miRNA的发卡和成熟序列 可下载miRBase中所有序列和注释 -用户可以注册提交新miRNA,可命名 可以通过miRBase连接到microCom获取预测的靶基因 ps,顺便安利一个关于miRNA的不错的网站tools4mirs The miRBase database is a searchable Each entry in the miRBase Sequence database represents a predicted hairpin portion of a miRNA transcript

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    miRNA注释包:miRBaseVersions.db

    这个包是基于miRbase数据库的。 由于数据库不断的增长和变化,miRNA的名称可能在不同的版本中有不同的名称,甚至不再被列为有效的miRNA。 键类型“MIMAT”是主表,包含所有支持的miRBase版本的所有记录。以前缀“VW-MIMAT”开头的键类型被称为SQL views。 你可以理解为不同的版本,例如,键类型“VW-MIMAT-22.0”是来自“MIMAT”表的SQL views,它只保存来自miRBase版本22.0的记录。 我们可以看到,结果返回了不同miRBase版本中加入的所有miRNA名称。参数columns = "*"表示返回所有列。 当然,除了用注释包以外,我们可从数据库找那个下载所有的miRNA信息文件,下面是地址: ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/ ? 下载后打开文件是这样的。

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    GFF文件格式简介

    ID=gene2;Dbxref=GeneID:102466751,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;Name=MIR6859-1;description=microRNA ID=rna3;Parent=rna2;Dbxref=GeneID:102466751,miRBase:MIMAT0027619,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;gbkey ID=id16;Parent=rna3;Dbxref=GeneID:102466751,miRBase:MIMAT0027619,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;gbkey ID=rna4;Parent=rna2;Dbxref=GeneID:102466751,miRBase:MIMAT0027618,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;gbkey ID=id17;Parent=rna4;Dbxref=GeneID:102466751,miRBase:MIMAT0027618,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;gbkey

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    miRNA 靶向预测软件targetscan

    其中 miRNA 的序列文件转换为如下格式(任意一种均可): 格式 1:包含四列,分别是:miRNA 家族、物种 ID、miRBase 的 ID、成熟的 miRNA 的序列。 格式 2:包含三列,分别是:miRBase 的 ID、成熟的 miRNA 的第一到第七位的序列、物种 ID。 ? ? ? 其中标题各列的含义如下: Gene ID:基于 ID Species ID:物种 ID Mirbase ID:miRbase 中 miRNA 的 ID Site Type:配对类型(8mer、7 mer-m8

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    miRNA几大常用的数据库

    1.miRbase http://www.mirbase.org/ 2.miRDB http://www.mirdb.org/miRDB/policy.html 3.miRanda http://www.microrna.org

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    一篇文章学会miRNA-seq分析

    (Genome_build: hg19, miRBase v.20 human miRNA hairpins) The miRDeep2 package (default parameters) was /pub/mirbase/CURRENT/hairpin.fa.gz ## 28645 readswget ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/mature.fa.zip ## 35828 reads wget ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/hairpin.fa.zipwget ftp://mirbase.org/pub /mirbase/CURRENT/genomes/hsa.gff3 ##wget ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/miFam.dat.zipgrep sapiens 本文选择的是SHRiMP这个小众软件,起初我并没有在意,就用的bowtie2而已,参考基因组就用了miRBase数据库下载的人类的参考序列。

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    miRNA数据库荟萃,研究miRNA的看过来!

    这些数据库中既有“进口”冲锋枪miRbase,又不乏“国产”战斗机starbase。每一个数据库的功能又不尽相同,既有分子间相互作用的预测,又有对已报道实验结果的总结和整合。 2、miRbase:   众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。    网址:http://mirbase.org/index.shtml ?

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    RNAcentral:非编码RNA数据库

    RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库,整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息,旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照 ,网址如下 https://rnacentral.org/ 目前最新版本为v10, 整合了来自miRBase v22和LNCipedia 5.0版本的最新数据,同时新增了reads mapping和GO

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    GreeNC:植物lncRNA数据库

    个氨基酸)的转录本; 和swiss-prot蛋白数据库比对,挑选没有比对上的转录本或者采用CPC软件预测蛋白编码潜能,挑选预测结果为non-coding的转录本,取两种方法的并集作为候选的lncRNA; 和miRBase 所有预测的lncRNA, 又分为以下两类 high confidence low confidence 和swissport没有比对结果,CPC软件预测为non-coding, 没有比对上miRBase

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    一文解决TCGA任意肿瘤的差异lncRNA,miRNA,mRNA

    而miRNA是基于miRbase v22数据库(http://www.mirbase.org/index.shtml#opennewwindow)进行注释。 GSE28100的平台是Agilent-021827人miRNA微阵列(V3)(miRBase释放12.0 miRNA ID版本)。

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    这5个miRNA组成的肺鳞癌诊断基因集在tcga数据库能复现吗

    ,包含 924 mature mam- malian microRNA probes (including 677 human micro- RNA sequences)(现在miRBase数据库收录了 见:http://www.mirbase.org/ ) 使用主成分分析和支持向量机建模,拿到 minimal 5- element classifier (hsa-miR-210, hsa-miR-182

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    HGNC | 人类基因命名数据库

    例如:DDX12P——“DEAD/H-box helicase 12, pseudogene” 非编码 RNA 关于非编码 RNA 的命名有兴趣的可以查看 HGNC 之前的综述[2] MiRNA miRBase non‐coding RNA genes | The EMBO Journal: https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/embj.2019103777 [3]: miRBase : https://www.mirbase.org/ [4]: GtRNAdb: Genomic tRNA Database: http://gtrnadb.ucsc.edu/

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    基础科研不得不了解的实用数据库!

    miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php) miRWalk(http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/) miRBase (http://www.mirbase.org/) TargetScan(http://www.targetscan.org/) DIANA(http://diana.imis.athena-innovation.gr

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    详解人类基因在不同数据库中的ID

    NCBI gene symbol Ensembl gene ID UCSC gene ID KEGG gene ID 对于特定类型的基因,还会有自己的数据库 1. miRNA miRNA目前公认的是miRBase 数据库的ID,MIR21对应的miRBase的ID 如下 ?

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    miRNAseq数据分析这么多年了它的流程也没有固定

    那个时候举例使用的是bowtie2软件比对miRNA的reads到miRBase里面的miRNA序列文件,以及hg38参考基因组,两个策略。 比对miRNA的FASTA文件到人类参考基因组 删除属于annotations of tRNA or rRNA (RepeatMasker hg19)和 known miRNA hairpins (miRBase Because the shortest mature miRNA in miRBase v16 is 15 bp, we discarded any trimmed read that was shorter

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    LncCeRbase:人类lncRNA相关ceRNA数据库

    对于LncRNA, 提供了RNAcentral数据库的链接;对于miRNA, 提供了mirBase数据库的链接;对于Gene,提供了NCBI数据库的链接。

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