miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库，该数据库中收录了来自200多个物种，接近4万个miRNA的信息，是最全面的miRNA数据库，网址如下 http://www.mirbase.org...软件预测的结果, 对应的数据库如下 DIANA-MICROT MICRORNA.ORG MIRDB RNA22-HSA TARGETMINER 该数据库是免费下载的，ftp地址如下 ftp://mirbase.org.../pub/mirbase/CURRENT/ mirbase数据库还可以为新发现的miRNA指定名称，首选在线提交你的novel micoRNA 的序列，格式如下 ?
研究miRNA的同学们应该都听说过或者用过miRbase这个数据库（http://www.mirbase.org/）。里面提供了285个物种中已知的所有miRNA信息。...因此我们可以在miRbase的下载页面去下载相应物种的miRNA信息。 ? 但是对于那些不常研究的物种，估计很少有人知道他们物种缩写是什么。那有没有这么一张表，能告诉我们所有物种的缩写呢？...方法有两个 miRbase官网下载 ? ? 打开是这样的，包括物种缩写，拉丁文全名，界门纲目科属种都能查到，最后还有物种id号。是不是so easy！ ? 2....BiocManager::install("mirbase.db") library(mirbase.db) write.table(toTable(mirbaseSPECIES),file = "organism.txt
本发明涉及转录组测序领域，具体涉及一种在miRBase数据库中无本物种参考miRNA数据的miRNA测序的数据分析方法。...技术实现要素： 为了克服现有技术所存在的上述缺陷，本发明的目的在于提供一种基于miRBase数据库的无参的miRNA数据分析方法。...为了实现本发明的目的之一，所采用的技术方案是：一种基于miRBase数据库的无参的miRNA数据分析方法，包括如下步骤： 步骤一，文件准备步骤： 准备并读取config文件，读取后生成相应的shell脚本...过滤序列用于后续分析； 步骤三，sRNA分类注释步骤： 将去重后的序列与Rfam数据库进行blast比对，筛选出碱基错配数小于2的结果，注释出其中的非编码RNA序列， 将其余的小RNA序列与miRBase...作为示例的，将其余的小RNA序列与miRBase数据库中该物种的miRNA成熟体序列进行Blast比对，筛选出碱基错配数小于2的结果，注释为已知的miRNA序列，同时计算测到的miRNA表达量，进行表达模式分析
#加载mirbase.rds文件，里面保存了人的所有miRNA的成熟体ID和miRNA名字 load("mirbase.rds") 其实，前面小编就用视频给大家介绍过，如何使用Excel来提取人的所有的...接下来小编就给大家讲讲如何使用R来从miRBase数据库中下载人的最新的miRNA注释信息，然后使用R来出来提取所有的miRNA的ID号。对miRBase这个数据库还不了解的小伙伴，请猛戳下面链接。...☞miRBase数据库介绍及miRNA数据下载 #miRBase数据库中人的miRNA的注释文件 link="https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/genomes/hsa.gff3...=",fixed=F),"[",2:3)))) #将miRNA的ID号和名字保存到mirbase.rds中 saveRDS(human_mirs,file="mirbase.rds") #读取mirbase.rds...中的内容，可以赋给任意变量名 mirbase=readRDS("mirbase.rds") #查看前几行 head(mirbase) 这段代码中用了saveRDS和readRDS这样一对函数来保存和读取数据
noncoding RNA database 3 fRNAdb: functional RNA database 4 Rfam: database of noncoding RNA families 5 miRBase...: microRNA database 可检索公开发表的miRNA序列和注释信息 可获得和下载miRNA的发卡和成熟序列 可下载miRBase中所有序列和注释 -用户可以注册提交新miRNA,可命名...可以通过miRBase连接到microCom获取预测的靶基因 ps，顺便安利一个关于miRNA的不错的网站tools4mirs The miRBase database is a searchable...Each entry in the miRBase Sequence database represents a predicted hairpin portion of a miRNA transcript
☞miRBase数据库介绍及miRNA数据下载 如果我们要使用这套数据，做差异表达分析，然后再去预测miRNA的靶基因的时候，问题就来了。...现在绝大多数的miRNA靶基因预测软件使用的都是最新版本的miRbase数据库中miRNA的名字，绝大多数的miRNA名字都会带-3p或者-5p。...我们需要使用的是miRbase converter这个工具。 把你需要转换的miRNA的名字贴到下面的对话框中，选择相应的miRbase版本号，点击submit，就大功告成了。...参考资料： ☞GEO数据库数据检索方法（一） ☞GEO数据库数据检索方法（二） ☞GEO数据库数据页面介绍（三） ☞零代码差异表达分析工具：GEO2R ☞GEO芯片数据差异表达分析 ☞miRBase
首先我们去miRbase（http://www.mirbase.org/ftp.shtml）数据库下载目前所有物种的miRNA成熟体序列文件mature.fa。...关于miRbase的介绍可以参考☞miRBase数据库介绍及miRNA数据下载☜。
这个包是基于miRbase数据库的。 由于数据库不断的增长和变化，miRNA的名称可能在不同的版本中有不同的名称，甚至不再被列为有效的miRNA。...键类型“MIMAT”是主表，包含所有支持的miRBase版本的所有记录。以前缀“VW-MIMAT”开头的键类型被称为SQL views。...你可以理解为不同的版本，例如，键类型“VW-MIMAT-22.0”是来自“MIMAT”表的SQL views，它只保存来自miRBase版本22.0的记录。...我们可以看到，结果返回了不同miRBase版本中加入的所有miRNA名称。参数columns = "*"表示返回所有列。...当然，除了用注释包以外，我们可从数据库找那个下载所有的miRNA信息文件，下面是地址： ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/ ? 下载后打开文件是这样的。
ID=gene2;Dbxref=GeneID:102466751,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;Name=MIR6859-1;description=microRNA...ID=rna3;Parent=rna2;Dbxref=GeneID:102466751,miRBase:MIMAT0027619,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;gbkey...ID=id16;Parent=rna3;Dbxref=GeneID:102466751,miRBase:MIMAT0027619,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;gbkey...ID=rna4;Parent=rna2;Dbxref=GeneID:102466751,miRBase:MIMAT0027618,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;gbkey...ID=id17;Parent=rna4;Dbxref=GeneID:102466751,miRBase:MIMAT0027618,HGNC:HGNC:50039,miRBase:MI0022705;gbkey
(Genome_build: hg19, miRBase v.20 human miRNA hairpins) The miRDeep2 package (default parameters) was.../pub/mirbase/CURRENT/hairpin.fa.gz ## 28645 readswget ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/mature.fa.zip...## 35828 reads wget ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/hairpin.fa.zipwget ftp://mirbase.org/pub.../mirbase/CURRENT/genomes/hsa.gff3 ##wget ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/miFam.dat.zipgrep sapiens...本文选择的是SHRiMP这个小众软件，起初我并没有在意，就用的bowtie2而已，参考基因组就用了miRBase数据库下载的人类的参考序列。
其中 miRNA 的序列文件转换为如下格式（任意一种均可）： 格式 1：包含四列，分别是：miRNA 家族、物种 ID、miRBase 的 ID、成熟的 miRNA 的序列。...格式 2：包含三列，分别是：miRBase 的 ID、成熟的 miRNA 的第一到第七位的序列、物种 ID。 ? ? ?...其中标题各列的含义如下： Gene ID：基于 ID Species ID：物种 ID Mirbase ID：miRbase 中 miRNA 的 ID Site Type：配对类型（8mer、7 mer-m8
1.miRbase http://www.mirbase.org/ 2.miRDB http://www.mirdb.org/miRDB/policy.html 3.miRanda http://www.microrna.org
这些数据库中既有“进口”冲锋枪miRbase，又不乏“国产”战斗机starbase。每一个数据库的功能又不尽相同，既有分子间相互作用的预测，又有对已报道实验结果的总结和整合。...网址：http://starbase.sysu.edu.cn/ 2、miRbase： 众所周知的microRNA基因注释数据库。...目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。 ...网址：http://mirbase.org/index.shtml 3、ChIPBase: 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA
seq_address.txt -p 4 -g /foo/bar/Genome/Human/UCSC/hg38/Sequence/BowtieIndex/Genome -m /foo/bar/Database/Human/miRBase..._21/miRbase_21 -r /foo/bar/Database/Human/rRNA_db/human_rRNA -t /foo/bar/Database/Human/GtRNAdb/hg19-...download_seq/ -p 4 -g /foo/bar/Genome/rat/UCSC/rn6/Sequence/BowtieIndex/Genome -m /foo/bar/Database/Rat/miRBase..._21/miRbase_21 -r /foo/bar/Database/Rat/rRNA_db/rat_rRNA -t /foo/bar/Database/Rat/GtRNAdb/rn5-tRNAs -
fastx_toolkit fastqc conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y sra-tools 2.下载相应数据库数据 miRbase.../reference #nohup wget ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/hairpin.fa & #nohup wget ftp://mirbase.org.../pub/mirbase/CURRENT/mature.fa & #gunzip hairpin.fa.gz #gunzip mature.fa.gz #不知为何，笔者这边一直出现连接失败...MI0000001 是 miRBase 数据库中对应的唯一 ID。 Caenorhabditis elegans 是该序列的来源物种。...文件,放到reference文件夹中 nohup wget ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/genomes/hsa.gff3 & # 如果网络不好，就直接手动下载
个氨基酸)的转录本； 和swiss-prot蛋白数据库比对，挑选没有比对上的转录本或者采用CPC软件预测蛋白编码潜能，挑选预测结果为non-coding的转录本，取两种方法的并集作为候选的lncRNA; 和miRBase...所有预测的lncRNA， 又分为以下两类 high confidence low confidence 和swissport没有比对结果，CPC软件预测为non-coding, 没有比对上miRBase
RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库，整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息，旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照...，网址如下 https://rnacentral.org/ 目前最新版本为v10, 整合了来自miRBase v22和LNCipedia 5.0版本的最新数据，同时新增了reads mapping和GO
而miRNA是基于miRbase v22数据库（http://www.mirbase.org/index.shtml#opennewwindow）进行注释。...GSE28100的平台是Agilent-021827人miRNA微阵列（V3）（miRBase释放12.0 miRNA ID版本）。
，包含 924 mature mam- malian microRNA probes (including 677 human micro- RNA sequences)（现在miRBase数据库收录了...见：http://www.mirbase.org/ ） 使用主成分分析和支持向量机建模，拿到 minimal 5- element classifier (hsa-miR-210, hsa-miR-182
例如：DDX12P——“DEAD/H-box helicase 12, pseudogene” 非编码 RNA 关于非编码 RNA 的命名有兴趣的可以查看 HGNC 之前的综述[2] MiRNA miRBase...non‐coding RNA genes | The EMBO Journal: https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/embj.2019103777 [3]: miRBase...: https://www.mirbase.org/ [4]: GtRNAdb: Genomic tRNA Database: http://gtrnadb.ucsc.edu/
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