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miRNA数据库荟萃,研究miRNA的看过来!

如今的生物学研究已经离不开生物信息学的辅佐,这里老谈给大家介绍目前研究miRNA的一些在线数据库,看看它们是如何帮助你们在摸爬滚打中找准方向的。...这些数据库中既有“进口”冲锋枪miRbase,又不乏“国产”战斗机starbase。每一个数据库的功能又不尽相同,既有分子间相互作用的预测,又有对已报道实验结果的总结和整合。...——by老谈 1、starBase:   一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA...,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。...网址:http://mirdb.org/miRDB/ 16、RNAhybrid: 一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。

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航母级miRNA数据库

前几天有小伙伴问关于 miRNA数据库,由于 miRNA 相关的数据库太多了,要是分开介绍的话估计要好久好久。...幸好,有人已经把 miRNA 相关的数据库整理好了,我们只需要基于自己的目的进行查找就可以找到相对应的数据库,然后进行使用就行了。...miRNA的功能 在研究 miRNA 之前,我们肯定是要对 miRNA 的功能进行简单的介绍的,这里本来应该有一个简单的综述的,这个贴心的数据库自己做了一个精美的关于miRNA功能的视频,我们只需要观看这不到五分钟的视频就可以知道具体...miRNA 的功能了,由于视频是youtube上的,一般人看不了,所以我们就搬运过来,后期添加了简单的字幕。...由于miRNA用到最多的是靶点预测,所以这里我们就选择miRNA相关的靶点预测看一下如果筛选数据库。我们在这里点击: "Target Prediction"。

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miRNA富集分析数据库

写在前面 对于miRNA而言。其功能的预测基本都是通过其影响的基因来进行来讲总结的。随着关于miRNA的研究过多,目前也有了关于miRNA功能注释的数据库也越来越多。...同样的这个数据库也可以做ORA以及GSEA两种。 ? 这里需要注意的是:对于ORA而言,我们输入的就是想要分析的miRNA即可。对于GSEA的分析,miRNA的输入前后是有一定顺序的。...选择物种以及输入想要分析的miRNA。这个数据库一个支持包括人类在内的10个物种的分析 ? 4。选择想要分析的数据库以及关于差异结果的定义。 ? 在以上的全部选择完成后,就可以获得结果了。 2.2....同样的关于miRNA ID也是。所以这个数据库提供了不同版本ID转换 ? 3.2 成熟体和前体转换 前面也提到过,miRNA分为前体和成熟体。有时候我们在进行前体分析的时候,想要知道其成熟体是什么。...数据库使用场景 由于数据库使用针对场景比较明确。所以如果我们在研究miRNA的过程当中,在经过了第一步的miRNA的筛选之后,可以使用这个数据库来进行miRNA的功能预测。。

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HMDD:miRNA相关疾病数据库

HMDD是一个手工收集整理的miRNA与疾病相关联的数据库,最新版本为V3.0,网址如下 http://www.cuilab.cn/hmdd 共包含1102个miRNA基因,850种疾病,32281个miRNA...通过Browse功能,可以从miRNA和disease两个角度出发,查看该数据库中的内容 1. miRNA hsa-let-7的结果示意如下 ?...处理miRNA和疾病之间的关联,利用文献中的数据,还整理出了miRNA对应的靶基因数据,并提供了miRNA-target gene的网络图,既可以分析单个miRNA的调控网络,也支持某种疾病中的miRNA...蓝色节点代表gene, 其他颜色的节点代表miRNA, 绿色表示该miRNA在患病者中上调,红色代表下调,灰色代表不确定miRNA的表达趋势,红色连线代表负调控作用,绿色连线代表正调控作用。...该数据库的数据是可以免费下载的,通过该数据库,我们可以快速得到miRNA和疾病之间的关联。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

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miRcode:人类miRNA结合图谱数据库

TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件,对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。...为了更加方便的进行miRNA的研究,针对人类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用,比如mRNA, lncRNA等,并将结果整理成了数据库,方便大家的使用与学习...在预测miRNA结合位点时,采用的是TargetScan v6定义的miRNA family, 同一个family下的miRNA具有相同的结合位点类型,示意如下 ?...通过检索功能可以方便的检索数据库中的信息,检索框如下所示 ? 可以根据基因类别,结合位点保守性以及在转录本上的分布对结果进行过滤和筛选,检索结果示意如下 ?...随着Gencode, targetscan等数据库的不断更新,目前看来,该数据库中的内容显得过于老旧,但是其分析的思路仍然值得借鉴。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

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oncomirdb:肿瘤相关的miRNA数据库

miRNAmiRNA调控原癌基因或者抑癌基因 该miRNA与肿瘤的表型或者细胞过程相关 而且必须是文献中有对应的实验手段验证的过的,才会收录到该数据库中。...目前,该数据库共收录了328个miRNA和对应的829个靶基因。...通过首页的search菜单,可以根据miRNA ID, 肿瘤类型,组织类型等多种字段进行检索,以乳腺癌为例,检索结果如下所示 1. table 在表格中给出了肿瘤相关的miRNA,靶基因,功能,对应的文献等信息...2. network 将该肿瘤中miRNA和靶基因的调控关系以网络的形式进行展现,示意如下 ? 蓝色节点代表miRNA, 黄色节点代表对应的靶基因。...该数据库中收录的miRNA与肿瘤的关系,都有对应的文献支持,在研究肿瘤相关的miRNA时,非常值得参考。 ·end·

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MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库

有科学家发现,SNP位点可以通过影响miRNA,从而引起疾病的发生与发展,所以研究miRNA相关的SNP位点是非常有意义的。...MirSNP数据库就是一个存储了miRNA相关SNP位点的数据库,网址如下 http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/ 该数据库中包含两种miRNA相关的SNP位点...发生导致了miRNA结合区域更加稳定,break代表SNP发生会导致失去了miRNA结合位点,decrease代表SNP发生导致miRNA集合区域稳定性下降。...这个数据库依赖的miRBase, dbSNP数据库的版本示意如下 ?...在现在看来,版本都比较旧了,但是它的分析思路仍然值得参考,我们可以利用新版本数据库中的信息,自己整理出miRNA相关的SNP位点信息。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

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TCGA数据库miRNA数据下载与整理

TCGA官网:https://portal.gdc.cancer.gov/ 至于使用教程,可阅读之前的文章:TCGA数据库使用教程。...miRNA_ID:miRBase v21数据库中收录的miRNA名称 read_count:miRNA原始reads数,用于表达定量; reads_per_million_miRNA_mapped:每百万...然后我们就可以进行后续的分析了,比如: 差异分析:一文就会TCGA数据库基因表达差异分析。 与临床数据结合的分析:一个R脚本解决某类功能基因(比如m6A甲基化)临床预后模型分析流程.等。...此外,TCGA数据库中处理直接下载的miRNA-Seq之外,Gene Expression Quantification里面的RNA-Seq数据中也有非编码RNA的数据,比如lncRNA等。...我也把TCGA数据库33个Project的RNA-Seq转录组数据都处理好了,后续会介绍怎么处理

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dbDEMC:肿瘤中差异表达的miRNA数据库

为了探究miRNA在肿瘤发生与发展中的角色,有过去的几十年间,有很多的文章和数据陆续发表,通过整合公开发表的数据,dbDEMC的开发团队提供了一个在线网站,可以方便的查询在某种肿瘤中特定miRNA的表达趋势...,网址如下 http://www.picb.ac.cn/dbDEMC/ 该数据库目前收录了2224个miRNA, 36种肿瘤,73种肿瘤亚型,209个miRNA在肿瘤中的表达谱数据,示意如下 ?...通过Search功能,可以针对特定的miRNA进行检索,只需要输入miRNA的ID即可,检索框示意如下 ? 检索结果如下所示,给出了相关的GEO编号,肿瘤类型,细胞系,上下调趋势等信息 ?...勾选最后一列的单选框,通过View miRNAs按钮,可以查看具体的miRNA列表。...通过该数据库,可以方便的检索已有的miRNA在肿瘤领域的相关研究,不论是前期调研,还是后期根据自己的数据进行验证,都非常的有用。

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TCGA数据库miRNA数据下载与整理(2)

我前面有一篇介绍TCGA数据库miRNA数据的下载与整理的文章【TCGA数据库miRNA数据下载与整理】,在这篇文章中,我们下载的数据是 miRNA Expression Quantification...这个和前文【TCGA数据库miRNA数据下载与整理】中一样的。 这里读入其中一个文件: filepath <- dir(path ="....利用这个ID,我们加载前面通过文章【TCGA<em>数据库</em>:<em>miRNA</em>数据下载与整理】得到的数据。提取该病人的RPM数据。当然,个别<em>miRNA</em>可能会有点出入,值没多大区别。...如果你想偷懒,那么你可以在一些<em>数据库</em>中直接下载,比如:GDAC Firehose<em>数据库</em>,以及UCSC<em>数据库</em>【UCSC<em>数据库</em>下载TCGA数据需要注意的细节】,但从UCSC下载的数据和我们前面处理的一样,是...代码在文章【TCGA<em>数据库</em>:<em>miRNA</em>数据下载与整理】,以前付费过的,你回复文章中的关键词,重新获取。

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miRNA命名规范

miRNA的研究起步很早,最早发现的miRNA是线虫中的let-7 和lin-4,随着越来越多的miRNA被发现,为了方便学术交流,有科学家提出了一套统一的命名规范,对应的文献如下 A uniform...,第一个三字母缩写表示miRNA来源的物种,比如hsa代表human, mmu代表mouse;第二个字段为miR,代表成熟的miRNA;第三个字段位数字,代表miRNA发现的顺序。...对于miRNA前体, 只需要miR替换成mir就可以了,比如hsa-mir-1290; 对于来自同一个miRNA前体的两个成熟miRNA, 分别用-5p和-3p的后缀表示,比如hsa-miR-12-5p...以上这些就是一个miRNA命名的基本规则。...miRBase数据库miRNA研究最基本的参考数据库,在该数据库中,miRNA前体用mir加数字表示, 编号用MI 表示,如hsa-mir-122, 编号为MI00042;成熟miRNA采用miR加数字标识

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mir2disease:miRNA相关疾病数据库

mir2disease是由哈尔滨工业大学开发的miRNA相关疾病数据库,网址如下 http://www.mir2disease.org/ 该数据库包含了349个miRNA, 163种疾病,3273个miRNA...对于miRNA在疾病组织中的失调,给出了以下3种模型 miRNA位于致病的基因组位点,比如杂合性缺失LOH区域等,有研究发现,miR-15和miR-16位于13号染色体的13q14区域,在慢性淋巴B细胞白血病中...,该染色体区域会缺失,导致这两个miRNA的表达量缺失或下调。...对于miRNA与疾病关联的每条记录,会给出miRNA ID, 疾病名称,检测方法,miRNA靶基因信息和对应的文献,和HMDD数据库的整体架构非常类似。 支持通过以下3种方式对数据库进行检索 ?...该数据库是免费下载的,提供了miRNA靶基因,相关疾病等信息,示意如下 ? 相比HMDD, 该数据库中收录的miRNA与疾病的关联信息会少一点,但是仍然是一个非常实用的数据库

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miRCancer:肿瘤相关的miRNA表达谱数据库

miRCacner是一个肿瘤相关的miRNA数据库,通过收集和整理文献,给出肿瘤相关的miRNA以及对应的表达趋势,网址如下 http://mircancer.ecu.edu/index.jsp 通过Browse...功能,可以查看该数据库中的记录,示意如下 ?...对于每种肿瘤,列出了相关的miRNA以及在患病者中的表达趋势,还给出了对应的文献,点击miRNA的链接,可以在mirBase数据库中查看miRNA的详细信息,点击对应的文献可以跳转到pubmed。...可以根据miRNA的名字或者肿瘤的名字进行检索。该数据库是免费下载的,每个版本数据量示意如下 ?...当分析某种肿瘤的miRNA数据时,通过该数据库,可以快速检索得到已有的肿瘤相关miRNA的研究结果,因为给出了miRNA的表达趋势,可以和自己的miRNA数据相互印证。

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LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库

有非常多的文献报导指出,lncRNA可以作为miRNA sponge, 从而与miRNA发生相互作用。...LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools...其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的,实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。...点击每篇文献右边的下拉菜单, 可以查看具体的lncRNA与miRNA相互作用区域信息,示意如下 ? 给出了互作区域的染色体位置和对应的基因组区域,还有检测的方法。...通过这个数据库,我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息,但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式,只支持refseq Id,ensembl

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综合性miRNA靶基因预测数据库

写在前面 对于miRNA靶基因的预测而言,目前有很多数据库都可以做。这些数据库的区别基本上在于纳入的数据量以及预测的算法不同。预测的结果总是有一些不同的,所以也就导致各个数据库的结果可能不是很一样。...我们在做miRNA调控基因预测的时候,经常需要寻找很多个数据库来预测,进而取交集来说明结果的稳定性。...今天就给大家介绍一个收集了多个数据库来预测miRNA调控的数据库:miRNANet (https://www.mirnet.ca/miRNet/home.xhtml)。 ?...数据类型输入 这个数据库提供了多种数据输入的方式,可以满足我们对于miRNA靶基因预测的各种需求。 1.输入相关想要预测的ID来获得miRNA调控信息。...写在最后 基本上关于这个数据库的使用就这么多。有需要预测miRNA调控信息的,确实可以使用这个数据库来进行预测。

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如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库)

miRWalk2.0数据库的新特性: 结果归纳总结了13种不同的miRNA-mRNA预测数据库的信息 根据不同的miRNA结合位点:启动子,CDS,5'和3'-UTR,线粒体基因组提供miRNA-mRNA...预测 可以根据“自定义数据集”功能,以下载自定义目标列表 提供经过实验验证的miRNA-mRNA相互作用 提供外部数据库链接以收集更多信息和注释数据 miRWalk2.0数据库操作演示 (1)通过mRNA...-3p)或其他数据库miRNA基因编号(例如MIMAT0000271)。...点击3UTR,我们看到有两个3UTR可供下载,根据标题可以看出第一个为来自miRwalk数据库本身算法的预测结果,第二个为来自其他12个miRNA-mRNA相互作用预测数据库的结果。 ?...红色箭头代表miRNA信息,橙色箭头代表mRNA信息,蓝色箭头代表使用的数据库,绿的箭头代表最后有意义的数据库总数(默认是从高到底) (4)输入多个mRNA或者miRNA 可以上传miRNA或mRNA

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TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库

miRNA可以与mRNA结合,发挥转录后调控功能, 二者都是生物体内调控网络中的重要组成部分。 对于生物体内的调控关系,研究的比较多的是TF-mRNA, miRNA-mRNA之间的调控。...TF其实也是可以调控miRNA的转录过程的,而TransmiR就是一个从文献中整理得到的转录因子和miRNA之间调控关系的数据库,网址如下 http://www.cuilab.cn/transmir 在该数据库中...该数据库覆盖了多个物种中的TF-miRNA信息,各物种对应的数据量如下所示 ? 通过官网的Search功能,可以根据miRNA或者TF进行检索,示意如下 ?...点击对应的TF和miRNA, 可以查看详细信息,miRNA示意如下 ? 该数据库与HMDD是同一个团队开发的,所以在该数据中集成了miRNA相关的疾病信息。...根据TF对应的motif信息,查找潜在结合位点附近的miRNA。 该数据库的信息是可以免费下载的,通过该数据库,可以方便的研究TF-miRNA的调控关系。

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miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释

不过,哪怕是对人类来说,kegg注释的也仅仅是蛋白编码基因,但是如果你了解人类gtf文件,就应该是知道,里面有6万左右的基因,如果我们的差异分析,定位到了 lncRNA,假基因,miRNA的基因,其实就不能直接进行功能数据库注释...我们以miRNA为例,每个miRNA都是可以靶向调控数百甚至数千个蛋白编码基因,所以我们如果要对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释,就需要以靶向调控为桥梁。...前面我们介绍了两次关于miRNA的靶向基因的查询工具,分别是: microRNAs靶基因数据库哪家强 使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果 而且我们也多次讲解了go和kegg等功能数据库数据库注释...,见: 从基因名到GO注释一步到位 3大在线分析工具:Enrichr、WebGestalt、gprofiler与R包clusterprofiler的比较 所以,理论上你能够查询到miRNA的靶向基因,就可以用靶基因作为桥梁去进行数据库注释啦...其它功能数据库同样的注释流程哈!

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