miRNA的研究起步很早，最早发现的miRNA是线虫中的let-7 和lin-4，随着越来越多的miRNA被发现，为了方便学术交流，有科学家提出了一套统一的命名规范，对应的文献如下 A uniform...，第一个三字母缩写表示miRNA来源的物种，比如hsa代表human, mmu代表mouse;第二个字段为miR,代表成熟的miRNA;第三个字段位数字，代表miRNA发现的顺序。...对于miRNA前体, 只需要miR替换成mir就可以了，比如hsa-mir-1290; 对于来自同一个miRNA前体的两个成熟miRNA, 分别用-5p和-3p的后缀表示，比如hsa-miR-12-5p...以上这些就是一个miRNA命名的基本规则。...miRBase数据库是miRNA研究最基本的参考数据库，在该数据库中，miRNA前体用mir加数字表示， 编号用MI 表示，如hsa-mir-122, 编号为MI00042;成熟miRNA采用miR加数字标识
如今的生物学研究已经离不开生物信息学的辅佐,这里老谈给大家介绍目前研究miRNA的一些在线数据库，看看它们是如何帮助你们在摸爬滚打中找准方向的。...——by老谈 1、starBase： 一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA...，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。...网址：http://mirdb.org/miRDB/ 16、RNAhybrid： 一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
一般传统的做法是先预测miRNA的靶基因，然后把这些靶基因再拿去做GO和KEGG富集分析，把富集到的结果作为miRNA的功能注释。这个方法同时也适用于lncRNA和circRNA的功能注释。...前面小编也开了一个专栏，专门给大家介绍过miRNA靶基因预测 ☞miRNA靶基因预测 ☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 今天小编给大家介绍一个工具，可以直接对miRNA进行功能注释...其实前面小编也给大家介绍过这个工具的其中一个功能，MiRBase converter，用来对miRNA的名字进行转换 ☞不同版本miRNA名字相互转换 1.首先打开miEAA这个工具，选择Run MiEAA...选择miRNA成熟体还是前体，一般我们应该用miRNA来做分析。点击Next step2. 选择分析的类型，这里支持两种。一种是富集分析，一种是类似于GSEA的分析。...选择物种，并把要做分析的miRNA列表贴进去。这里我们选人，然后将前面☞R代码TCGA差异表达分析得到的107个差异表达的miRNA贴进去，点击Next。 step 4.
图中带颜色的部分是miRNA/miRNA* duplex, miRNA*是成熟miRNA的不完全互补链，在导入RNA沉默复合体中会被降解。...由图中可以看出不管是miRNA还是miRNA*在其3‘端都有2个碱基的突出，因此这个特征可以作为另一个miRNA的评判标准；同时我们还能够看到miRNA/miRNA* duplex里是含有由于碱基不匹配而造成的突起...，所以这个也是miRNA的一个评判标准；最后我们还看到miRNA/miRNA* duplex是存在错配的，通过查阅文献得知miRNA/miRNA*最多允许5个错配。...1. miRNA/miRNA* duplex在其3‘端有两个碱基的突出并且miRNA的前体长度不大于300nt。 2. 成熟的miRNA序列以及miRNA*序列只能由sRNA-seq来确定。...4．比对到预测前体上的sRNA-seq reads必须有75%的比例是精确的来自成熟的miRNA或者miRNA*，这些reads包含在miRNA和miRNA*序列上有一个错配的reads。
MicroRNA（miRNA；miR）与肿瘤的发生、发展密切相关，在多种肿瘤中异常表达。控制癌症相关miRNAs的表达有望成为新一代药物模式，用于晚期癌症的治疗。...2021年6月，来自日本的科研人员在《Journal of Human Genetics》发表综述文章，总结了与各种癌症病理相关的肿瘤相关miRNA及其在癌症miRNA治疗中的临床应用。...致癌的miRNA (OncomiR) 癌症中OncomiR的异常高表达通过直接与多个肿瘤抑制基因结合而下调这些mRNA的表达，从而导致癌细胞的生长、移动和转移。...通过对人类miRNA库的功能筛选和miRNAs的表达分析，研究团队发现了多个参与了多种癌症病理过程的TS-miRs。...miRNA疗法的另一个优势是可以在短时间内合成制剂所需的TS-miR。未来，通过化学修饰合成核酸和优化药物传递系统（DDS），预计miRNA疗法的发展将快速推进。
seed 序列配对主要考虑三种类型：7 mer-1a(miRNA 的第 2-7nt 与靶基因互补配对, 而且 UTR 上与 miRNA 1nt 互补配对的位置是 A）；7 mer-m8 (miRNA 2...-8nt 与靶基因完全配对)；8 mer (miRNA 2-8nt 与靶基因完 全配对,而且 UTR 上与miRNA 1nt 互补配对的位置是 A)。...主要包括如下几部分： Site Type 8 mer > 7 mer-m8 > 7 mer-1a； 3' pairing contribution：除了与 miRNA seed 区域配对，与 miRNA12...其中 miRNA 的序列文件转换为如下格式（任意一种均可）： 格式 1：包含四列，分别是：miRNA 家族、物种 ID、miRBase 的 ID、成熟的 miRNA 的序列。...pairing ：miRNA 与 UTR 互补配对的区域 mature miRNA sequence ：成熟的 miRNA 序列 miRNA family：miRNA 家族 ?
", "miRNA_region"), drop = FALSE] # 可改"reads_per_million_miRNA_mapped"为"read_count" # 假设你的数据框名为 data...# 对 miRNA_region 列分组，将其他列相加 summarized_data % group_by(miRNA_region) %>%...这里的值是对所有成熟体miRNA求和的结果。...如 TCGA数据库：miRNA数据下载与整理(2) | 夜风博客 文中所说, miRNA的前体可能对应多个成熟的miRNA, 因此还需要使用miRBaseVersions.db包对miRNA_region...本文的完整代码可在公众号回复关键词获得(请复制粘贴): TCGA-miRNA数据整理 引用 TCGA数据库：miRNA数据下载与整理(2) | 夜风博客 Codeium
miRNA长度在18bp-36b之间，非常的短，如果用这么短的reads比对整个基因组，肯定会有多个比对上的位置，在定量时，无法有效区分reads到底来自于哪一个miRNA,而且gtf文件中只会记录miRNA...为了准确对miRNA进行定量，mirdeep软件的开发者提出了这样一种思路，将reads 比对miRNA的前体序列，这样可以有效判断reads到底属于哪一个miRNA；其次，考虑到一个miRNA前体可以产生两个成熟的...miRNA,根据reads的比对位置来区分两个成熟的miRNA, 示意图如下 ?...在最开始研究miRNA的时候，发现一个miRNA前体可以产生两个小的RNA, 将其中表达量高的一个称之为mature miRNA, 将表达量相对较低的称之为star miRNA, 在后来直接将两个RNA...miRNA_precursor 接下来，将成熟的miRNA比对到miRNA前体上，代码如下 bowtie -p $threads -f -v 0 -a --best --strata --norc miRNA_precursor
最近看到某公司宣传他们的科研服务产品，是miRNA的芯片，而且文章居然是2011发表的，那个时候我还不知道生信是啥子。...(我一直以为自己足够老了) 该研究使用的是 CapitalBio 平台 (CapitalBio 公司) 芯片，非常清晰的研究思路； 60+88个肺鳞癌病人肿瘤组织和癌旁的miRNA芯片表达矩阵，数据集在...：GSE15008 芯片是 CapitalBio 平台 (CapitalBio Corp.)...miRNA靶向调控示意图 学徒作业 大家可以去tcga数据库下载肺鳞癌的miRNA芯片或者测序数据，走同样的诊断建模流程，看看得到的miRNA是否作者的5个miRNA有交叉。...这里面变量很多： 首先，两个队列的人群地域差异 其次，miRNA芯片和miRNA测序技术差异 还有，肿瘤组织和癌旁配对问题，两个组数据量问题 对大家来说，比较难的地方就是使用主成分分析和支持向量机建模。
前面小编就给大家简单介绍过 ☞GEO数据库数据检索方法（一） ☞GEO数据库数据检索方法（二） ☞GEO数据库数据页面介绍（三） ☞零代码差异表达分析工具：GEO2R ☞GEO芯片数据差异表达分析 我们经常从...就是miRNA芯片数据比较老，当时的对miRNA注释可能还没有分-3p和-5p。对这个概念还不太熟悉的小伙伴可以先去下面的视频。...现在绝大多数的miRNA靶基因预测软件使用的都是最新版本的miRbase数据库中miRNA的名字，绝大多数的miRNA名字都会带-3p或者-5p。...假设我们从GEO下载了一套miRNA的芯片数据，芯片平台是GPL6955。 我们可以看到这个芯片平台2008年就有了，里面的miRNA都长这样的，大部分都没有-3p和-5p，并且还有些带*号。...数据库介绍及miRNA数据下载
得益于NGS测序技术和生物信息学的发展，我们可以通过NGS测序数据识别新的miRNA，大大加快了miRNA的研究进程。...mirdeep2这个软件不仅可以对miRNA进行定量，也可以用于识别新的miRNA, 只需要有small RNA文库的测序reads和参考基因组的序列即可，步骤如下 1....根据reads和基因组比对的结果，预测novel miRNA 基本用法如下 miRDeep2.pl reads.fa genome_fasta reads_vs_genome.arf 软件的操作相当简单...parse_mappings.pl file_reads_vs_genome -a 0 -b 18 -c 25 -i 5 > dir_tmp/${parsed_arf}_parsed.arf 过滤之后的比对结果，用于预测miRNA...dir_tmp/${parsed_arf}_parsed.arf dir_tmp/precursors.fa dir_tmp/precursors.coords max_pre 将reaads与预测出的miRNA
差异基因分析确实是人尽皆知了，不管是表达芯片还是RNA-seq测序拿到的表达矩阵，都可以走差异分析策略，哪怕是蛋白质组和代谢组拿到的矩阵，也是如此，其实图表没啥子区别。...差异分析，火山图，热图等等标准流程，基本上读一下我在生信技能树的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文 就明白了。...第一个数据是miRNA芯片， 22 newly diagnosed NPC patients and 25 healthy controls 芯片有2025 human miRNA probes....神奇的诊断模型 作者就直接拿这12个miRNAs来构建模型，discovery数据集就是miRNA芯片（22 newly diagnosed NPC patients and 25 healthy donors...诊断模型效果很好 因为是miRNA研究，所以文章里面有两个略显凑数的miRNA靶基因的网络图，很简单就可以使用cytoscape绘制。
前几天有小伙伴问关于 miRNA 的数据库，由于 miRNA 相关的数据库太多了，要是分开介绍的话估计要好久好久。...幸好，有人已经把 miRNA 相关的数据库整理好了，我们只需要基于自己的目的进行查找就可以找到相对应的数据库，然后进行使用就行了。...miRNA的功能 在研究 miRNA 之前，我们肯定是要对 miRNA 的功能进行简单的介绍的，这里本来应该有一个简单的综述的，这个贴心的数据库自己做了一个精美的关于miRNA功能的视频，我们只需要观看这不到五分钟的视频就可以知道具体...miRNA 的功能了，由于视频是youtube上的，一般人看不了，所以我们就搬运过来，后期添加了简单的字幕。...由于miRNA用到最多的是靶点预测，所以这里我们就选择miRNA相关的靶点预测看一下如果筛选数据库。我们在这里点击: "Target Prediction"。
写在前面 对于miRNA而言。其功能的预测基本都是通过其影响的基因来进行来讲总结的。随着关于miRNA的研究过多，目前也有了关于miRNA功能注释的数据库也越来越多。...选择输入的miRNA的类型。由于miRNA形成的过程中，主要产生两种形态，前体和成熟体，所以我们在输入的时候首先第一步就是来区分数据miRNA的类型 ? 2。选择富集分析的方式。...这里需要注意的是：对于ORA而言，我们输入的就是想要分析的miRNA即可。对于GSEA的分析，miRNA的输入前后是有一定顺序的。这个顺序可以是差异分析logFC的顺序也可以是相关分析的顺序等等。...同样的关于miRNA ID也是。所以这个数据库提供了不同版本ID转换 ? 3.2 成熟体和前体转换 前面也提到过，miRNA分为前体和成熟体。有时候我们在进行前体分析的时候，想要知道其成熟体是什么。...所以如果我们在研究miRNA的过程当中，在经过了第一步的miRNA的筛选之后，可以使用这个数据库来进行miRNA的功能预测。。进而来进一步寻找自己感兴趣的miRNA。
在前面我有文章介绍过生信中各种ID转换【文章:生信中各种ID转换】，我们可以通过各种基因注释包来转换各种基因ID，这里给大家介绍一下miRNA注释包：miRBaseVersions.db。...由于数据库不断的增长和变化，miRNA的名称可能在不同的版本中有不同的名称，甚至不再被列为有效的miRNA。这个注释包作为一个存储库，可以用于快速查找成熟的miRNA名称。...我们可以看到，结果返回了不同miRBase版本中加入的所有miRNA名称。参数columns = "*"表示返回所有列。...当然，除了用注释包以外，我们可从数据库找那个下载所有的miRNA信息文件，下面是地址： ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/ ? 下载后打开文件是这样的。
虽然我一直讲解的GEO数据挖掘，都是基于mRNA这样的表达芯片，但实际上miRNA，lncRNA，甚至circRNA芯片也是大同小异的分析流程。...表达芯片的标准差异分析 表达芯片是目前应用最广泛的高通量技术啦，虽然大家接触的都是mRNA这样的表达芯片，但实际上miRNA，lncRNA，甚至circRNA芯片也接连成为科研热点。...该数据库识别与miRNA相关的疾病和circRNA的相互作用，然后计算circRNA与疾病相关的可能性。...近来研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用，称之为竞争性内源RNA（ceRNA），即能竞争性结合miRNA。...同时我们对所有差异表达的circRNA用高匹配值的miRNA靶标位点进行了标注，这将有利于对circRNA作为天然miRNA海绵功能的进行研究。 Arraystar公司circRNA芯片产品列表 ?
全转录组的芯片 我记得2019年讨论的全转录组学测序及数据分析还是8000一个样品，因为要获得差异表达的miRNA、circRNA、lncRNA、mRNA的4种信息，还得关联分析。...acc=GSE175962 GPL20712 Agilent-070156 Human miRNA [miRNA version] GPL21825 074301 Arraystar Human CircRNA...microarray V2 GPL26963 Agilent-085982 Arraystar human lncRNA V5 microarray 它就有3款芯片，组合起来也算是全转录组啦。...只不过是Agilent的芯片数据分析起来比较麻烦。...学徒作业 下载上面提到的GSE175962数据集的3个芯片表达量矩阵， 各自独立差异分析后，参考上面提到的两个《Molecular Cancer》杂志的文章对差异表达的miRNA、circRNA、lncRNA
HMDD是一个手工收集整理的miRNA与疾病相关联的数据库，最新版本为V3.0，网址如下 http://www.cuilab.cn/hmdd 共包含1102个miRNA基因，850种疾病，32281个miRNA...与疾病的关联数据，对于每个miRNA与疾病之间的关联，都有对应的文献，会给出pubmed ID。...通过Browse功能，可以从miRNA和disease两个角度出发，查看该数据库中的内容 1. miRNA hsa-let-7的结果示意如下 ?...处理miRNA和疾病之间的关联，利用文献中的数据，还整理出了miRNA对应的靶基因数据，并提供了miRNA-target gene的网络图，既可以分析单个miRNA的调控网络，也支持某种疾病中的miRNA...蓝色节点代表gene, 其他颜色的节点代表miRNA, 绿色表示该miRNA在患病者中上调，红色代表下调，灰色代表不确定miRNA的表达趋势，红色连线代表负调控作用，绿色连线代表正调控作用。
的靶基因，区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。...miRNA的候选发夹结构序列。...同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L-5(L为 miRNA总长)位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配不得多于两个。...和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。...RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间 形成二聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。
看到一篇文章提到了这个分析，作者下载了TCGA数据库的OV的Affymetrix HT HG-U133A arrays, n = 598表达矩阵和Agilent 8 × 15 K Human miRNA-specific...使用 Maximal Information Coefficient (MIC) 这个算法来计算计算MiRNA–mRNA表达相关性，这个算法来自于文献：D. N. et al.
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