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基因注释:区间范围匹配

今天,有老师问我一个问题,如果从一个区间匹配到另一个的区间范围,并找出来。我觉得比较有代表性,就写篇博客总结一下。...「老师的需求如下:」 图1是SNP的上下游区间,图2是基因的上下游区间,想以图1为标准,将区间内有基因的行放到右边。...「换到基因注释的领域,看一下相关需求:」 1,显著性的SNP位点,取上下游50k的位点,作为候选的区间 2,将候选区间有基因的,匹配到SNP的右边 「处理注意:」 1,显著SNP在上下游区间时,可能会有交叉...数据描述 「SNP区间文件:」 这里,提取显著SNP的区间,提取三列信息:染色体,开始位置,结束位置: 共有6个SNP区间,其中第一个和第二个有重合,第五个和第六个有重合。...「注意,将gff格式整理为:染色体,开始位置,结束位置,基因信息; snp区间整理为:染色体,开始区间,结束区间」 可以实现的功能: 每个SNP区间内的基因 每个SNP全进内基因的个数 合并SNP区间内的基因

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Mysql索引原理(十三)」索引案例2-避免多个范围条件

什么是范围条件? 从EXPLAIN的输出很难区分MySQL是要查询范围值,还是查询列表值。 EXPLAIN使用同样的词“ range”来描述这两种情况。...对于范围条件查询,MySQL无法再使用范围列后面的其他索引列了,但是对于“多个等值条件查询”则没有这个限制。...,last_online列和age列,MySQL可以使用last_online列索引或者age列索引,但无法同时使用它们。...这个方法可以让 MySQL使用(active, sex, country,age)索引。 active列并不是完全精确的,但是对于这类査询来说,对精度的要求也没有那么高。...如果未来版本的MySQL能够实现松散索引扫描,就能在一个索引上使用多个范围条件,那也就不需要为上面考虑的这类查询使用IN()列表了。

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MySQL 加锁范围三——普通索引和普通字段

,相当于一个范围查询,仅仅会在非主键索引上加锁,加的还是间隙锁,前开后开区间; 在非主键唯一索引范围查询时,不是覆盖索引的时候,会对相应的范围加前开后闭区间,并且如果存在数据,会对对应的主键加行锁; 在非主键唯一索引范围查询时...2 普通索引 普通索引等值查询 —— 数据存在 mysql> begin; select * from t where c = 210 for update; 直接分析 data_locks 表意向锁...普通索引等值查询 —— 数据不存在 mysql> begin; select * from t where c = 211 for update; 直接分析 data_locks 表意向锁; 索引 idx_c...普通索引范围查询 mysql> begin; select * from t where c > 210 and c <= 215 for update; 对于锁住 idx_c 索引的 215 的前开后闭区间是可以理解的...; 普通索引范围查询,同样出现 next-key 查询下一个区间的 bug。

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MYSQL因IN的范围太大导致索引失效问题

mysql有个阈值,决定了阈值之下使用索引查询,而超过阈值,网上说当in的条件命中的数量超过30%时,索引失效,走全表扫描。  ...range:范围扫描(有范围索引扫描,相对于index的全表扫描,他有范围限制,因此要优于index) index:索引树扫描(另一种形式的全表扫描,只不过他的扫描方式是按照索引的顺序) ALL:全表扫描...当IN多个主键时: 结果:type:range,此时仍然走了索引,但是效率降低了。 当IN范围继续扩大时: 结果:type:all,没有走索引了,而是全表扫描。...结论:IN肯定会走索引,但是当IN的取值范围较大时会导致索引失效,走全表扫描。 原因是:mysql有个阈值,决定了阈值之下使用索引查询,而超过阈值则退化,优化器选择索引下潜。...MySQL优化器决定使用某个索引执行查询的仅仅是因为:使用该索引时的成本足够低。

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GWAS分析后的基因注释:区间范围匹配

「老师的需求如下:」 图1是SNP的上下游区间,图2是基因的上下游区间,想以图1为标准,将区间内有基因的行放到右边。...「换到基因注释的领域,看一下相关需求:」 1,显著性的SNP位点,取上下游50k的位点,作为候选的区间 2,将候选区间有基因的,匹配到SNP的右边 「处理注意:」 1,显著SNP在上下游区间时,可能会有交叉...数据描述 「SNP区间文件:」 这里,提取显著SNP的区间,提取三列信息:染色体,开始位置,结束位置: 共有6个SNP区间,其中第一个和第二个有重合,第五个和第六个有重合。...「注意,将gff格式整理为:染色体,开始位置,结束位置,基因信息; snp区间整理为:染色体,开始区间,结束区间」 可以实现的功能: 每个SNP区间内的基因 每个SNP全进内基因的个数 合并SNP区间内的基因...合并SNP区间内基因的个数

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Mysql范围查询优化

如果没有唯一索引,优化器需要用索引或者索引统计信息中的信息来评估每种值对应的行数 With index dives, the optimizer makes a dive at each end of...在《高性能MySQL》里面提及用in这种方式可以有效的替代一定的range查询,提升查询效率,因为在一条索引里面,range字段后面的部分是不生效的(in后面的点查还能生效的,但是order by无效,...新版本MySQL在组合数超过一定的数量就不进行计划评估了,这可能导致MySQL不能很好的利用索引。...在MySQL5.7版本中将默认值从10修改成200目的是为了尽可能的保证范围等值运算(IN())执行计划尽量精准,因为IN()list的数量很多时候都是超过10的。...1点查或者走索引2排序) -- KEY `idx1` (`t1`,`t2`,`k`) -- KEY `idx2` (`t1`,`k`) -- 选哪个?

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mysql 前缀索引_MySQL前缀索引

有时候需要索引很长的字符字段列,这会增加索引的存储空间以及降低索引的查询效率,一种策略是可以使用哈希索引,还有一种就是使用前缀索引。...前缀索引是选择字符列的前n个字符作为索引,这样可以大大节约索引空间,从而提高索引效率。...前缀索引的选择性 使用前缀索引,在一些场景下可能使得重复的索引值变多,索引的选择性变低,查找时需要过滤更多的行,因此建立前缀索引也要考虑前缀的索引选择性不能太低。...MySQL 无法使用前缀索引做 ORDER BY 和 GROUP BY , 也无法使用前缀索引做覆盖扫描。...后缀索引 MySQL 没有提供后缀索引,事实上,一些业务场景对后缀匹配选择性更高,比如我曾经参与过的项目,手机的入网标示imei号,前缀都是86等固定的国家编号开头,这个时候可以将字符反转后存储,就可以建立选择性较高的前缀索引

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MySQL加锁范围分析

寻找答案: 带着这样的疑问,先查阅了mysql官方文档关于MySQL锁的章节,InnoDB本身支持3种锁: Record Locks:锁住表中的某一条记录 Gap Locks:锁住某个范围 Next-key...然后在网上搜索相关的资料,看看别人有没有遇到过这样的问题,在一篇关于MySQL加锁处理分析的blog中得到了启示,按照blog中组合七:id非唯一索引+RR的理论,gap锁的范围不仅跟被锁定的键有关,还跟主键有关...即每一条辅助索引记录同样还包含主键。...(priv_id=6,index_id=5)这条记录却插不进去的原因,因为本身(6,5)就在上述的gap锁区间范围之内。...=9)记录之间插入,由于为了防止幻读,为了不让满足index_id=6的记录再插入进去,因此那段区间就被加了锁,而不是别的区间

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Python日期范围按旬和整月以及剩余区间拆分

原文:Python日期范围按旬和整月以及剩余区间拆分 地址:https://blog.csdn.net/as604049322/article/details/135033118 小小明 昨天见到了一个比较烧脑的问题...']) 2023-3-1 2023-3-31 (2023, ['3月']) 2023-2-1 2023-4-5 (2023, ['2月', '3月', '4月1日-4月5日']) 整体思路: 将日期范围拆分为...首月、中间连续月、末月三部分 针对中间连续月直接生成月份即可 首月和末月都可以使用一个拆分函数进行计算 针对单月区间的计算思路: 将日期拆分为s-10,11-20,21-e这三个以内的区间 遍历区间,...自己和上一个区间都不是旬区间则进行合并 遍历合并后的区间,根据是否为旬区间进行不同的日期格式化 最终我的完整代码为: from datetime import datetime, timedelta...= end_date.year: raise Exception("日期范围不在同一年") data = [] month_end = get_month_end(start_date

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将数据归一化到任意区间范围的方法

将数据归一化到任意区间范围的方法 一般常见的数据归一化,是归一化到0~1,或者-1~1的区间,但在一些特殊场合下,我们需要根据实际情况归一化到其他任意区间,方法是: 将数据归一化到[a,b...]区间范围的方法: (1)首先找到样本数据Y的最小值Min及最大值Max (2)计算系数为:k=(b-a)/(Max-Min) (3)得到归一化到[a,b]区间的数据:norY=a+k(Y-Min)...: function [ y ] = normalization( x,ymin,ymax ) %NORMALIZATION 将数据x归一化到任意区间[ymin,ymax]范围的方法 % 输入参数x...:需要被归一化的数据 % 输入参数ymin:归一化的区间[ymin,ymax]下限 % 输入参数ymax:归一化的区间[ymin,ymax]上限 % 输出参数y:归一化到区间[ymin,ymax...计算最小值 y = (ymax-ymin)*(x-xmin)/(xmax-xmin) + ymin; end Matlab里有一个归一化函数normalize,对矩阵是按列归一化的: %按列归一化,任意归一化范围

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mysql前缀索引使用,Mysql:前缀索引索引

可以像普通索引一样使用mysql前缀索引吗?...解决方法: 如果你想一下,MySQL仍会给你正确的答案,即使没有索引…它只是不会那么快……所以,是的,你仍然会得到一个正确的答案前缀索引....前缀索引的排序不超出前缀的长度.如果您的查询使用完整索引来查找行,您通常会发现返回的行是按索引顺序隐式排序的.如果您的应用程序需要这种行为,那么它当然会期待它不应该期望的东西,因为除非您显式ORDER...并且,前缀索引不能用作覆盖索引.覆盖索引是指SELECT中的所有列恰好包含在一个索引中的情况(加上可选的主键,因为它也总是存在).优化器将直接从索引读取数据,而不是使用索引来标识要在主表数据中查找的行....标签:mysql,indexing,innodb 发布者:全栈程序员栈长,转载请注明出处:https://javaforall.cn/142503.html原文链接:https://javaforall.cn

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Mysql覆盖索引_mysql索引长度限制

只扫描索引而无需回表的优点: 1.索引条目通常远小于数据行大小,只需要读取索引,则mysql会极大地减少数据访问量。...2.因为索引是按照列值顺序存储的,所以对于IO密集的范围查找会比随机从磁盘读取每一行数据的IO少很多。...(innodb的二级索引在叶子节点中保存了行的主键值,所以如果二级主键能够覆盖查询,则可以避免对主键索引的二次查询) 覆盖索引必须要存储索引列的值,而哈希索引、空间索引和全文索引不存储索引列的值,所以mysql...如上图则无法使用覆盖查询,原因: 1.没有任何索引能够覆盖这个索引。因为查询从表中选择了所有的列,而没有任何索引覆盖了所有的列。 2.mysql不能在索引中执行LIke操作。...mysql能在索引中做最左前缀匹配的like比较,但是如果是通配符开头的like查询,存储引擎就无法做比较匹配。

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