大家学习到的通常是两个组的样本进行差异分析，然后走标准分析流程，火山图，热图，GO/KEGG数据库注释等等。...这些流程的视频教程都在B站和GitHub了，目录如下： 第一讲：GEO，表达芯片与R 第二讲：从GEO下载数据得到表达量矩阵 第三讲：对表达量矩阵用GSEA软件做分析 第四讲：根据分组信息做差异分析 第五讲...：对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集分析 第六讲：指定基因分组boxplot指定基因list画热图 第七讲：根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据 第八讲：PPI网络数据用...R或者cytoscape画网络图 第九讲：网络图的子网络获取 第十讲：hug genes如何找 但真实情况下，通常是有多个分组，这个时候就会有多种策略可供选择了。...比如拿某一组的样本与剩余其它组所有样本进行比较，这样的差异分析策略还是蛮流行的！我前面在生信技能树也写过教程：如果你的分组比较多，差异分析策略有哪些？
之前的推文中我们介绍了如何缩小基因集范围，拿到表达矩阵，这时想要初步查看所挑选基因集在分组中是否有差异，我们用箱线图和热图尝试一下。...(gp) #gp #tumor # 151 #此时TCGA中LAML的数据是没有normal样本的，不过我们还是把去除normal样本的代码走一遍 #去除normal样本，后面做的是生存结局的分组...lncRNA_target_expression_data.Rdata') save(n_t_exp,gp,file = 'output/rdata/0.expr.all.Rdata') } 箱线图生存分组差异检查...expression-of-choose-genes-boxplot' ggsave(filename = 'output/plot/step1_cgDif.pdf', width = 10,height = 5) 热图生存分组差异检查...，我们后续拿做了差异分析以后的代谢基因再来看。
求和函数 max() 求字段中 最大值 min() 求字段中 最小值 注意： 1.所有的分组函数都是对“某一组”数据进行操作的。 ...2.分组函数自动忽略NULL。 3.SQL语句当中有一个语法规则，分组函数不可直接使用在where子句当中。why???? 怎么解释？ ...having : having是对分组之后的数据进行再次过滤。 注意：分组函数一般都会和group by联合使用，这也是为什么它被称为分组函数的原因。...select ename,max(sal),job from emp group by job; 以上在mysql当中，查询结果是有的，但是结果没有意义，在Oracle数据库当中会报错。...Oracle的语法规则比MySQL语法规则严谨。 记住一个规则：当一条语句中有group by的话，select后面只能跟分组函数和参与分组的字段。
今天是日更的 108/365 天 上一章阿常给大家讲了MySQL 聚合函数，今天我们讲 MySQL 分组函数。...分组函数（GROUP BY语句），用来跟聚合函数结合，根据一个或者多个列对结果集进行分组。...FROM score LEFT JOIN student ON score.student_id=student.ID GROUP BY student_id; 执行以上实例，得到如下结果集： 到此，《MySQL...分组函数》就讲完啦，下节课阿常讲《MySQL HAVING 语句》。
group by (1) group by的含义:将查询结果按照1个或多个字段进行分组，字段值相同的为一组 (2) group by可用于单个字段分组，也可用于多个字段分组 select * from...1001 | 张三 | 26 | 男 | beijinghdq | +------+------+--------+------+------+------------+ 根据sex字段来分组...当group by单独使用时，只显示出每组的第一条记录 所以group by单独使用时的实际意义不大 group by + group_concat() (1) group_concat(字段名)可以作为一个输出字段来使用...， (2) 表示分组之后，根据分组结果，使用group_concat()来放置每一组的某字段的值的集合 select sex from employee group by sex; +------+...1001,1003,1004 | +------+--------------------+ group by + 集合函数 (1) 通过group_concat()的启发，我们既然可以统计出每个分组的某字段的值的集合
查看binlog过期时间，设置的时间为90天，这个值默认是0天，也就是说不自动清理，可以根据生产情况修改，本例修改为7天 mysql> show variables like 'expire_logs_days...-----------+-------+ | expire_logs_days | 90 | +------------------+-------+ 1 row in set (0.00 sec) mysql...将会new一个新文件用于记录binlog) 我们执行flush logs; mysql> flush logs; Query OK, 0 rows affected, 64 warnings (0.16...sec 如果binlog非常多，不要轻易设置改参数，有可能导致io争用，这时候可以使用purge命令予以清除: 将bin.000055之前的binlog清掉: mysql>purge binary logs...to 'bin.000055'; 将指定时间之前的binlog清掉: mysql>purge binary logs before '2017-05-01 13:09:51';
单细胞数据完成差异分析后，可以根据结果进行后续的GO ,KEGG,GSEA富集分析，推荐使用clusterProfiler-R包，可参考 R|clusterProfiler-富集分析 clusterProfiler...,cluster_col = T, color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50)) 3, limma差异分析...和正常的转录组差异分析一样，构建分组信息 以及 比较矩阵，然后使用limma进行差异分析。...此处分析 注释出来的5种celltype 和 注释为unknown之间的差异GSVA结果。...分组文件因为是每个barcode的粒度，在metadata中构建分组列信息 #之前定义过分组信息 sce2@meta.data$group <- ifelse( grepl("MET",sce2@meta.data
前言 作者简介：友友们大家好，我是你们的小王同学 个人主页：小王同学 系列专栏：牛客刷题专栏 推荐一款非常火的面试、刷题神器牛客刷题 今天给大家带来的系列是：Mysql——分组统计...mysql 刷题 系列 牛客网 牛客网里面有非常多得面试真题 包含 java sql c++等多种语言实现 select语句 使用group by子句对列进行分组【先创建测试表】 select...column1 column2 column3 .....from table group by colum 使用having子句对分组后的结果进行过滤 select colum1 ，...最后小王同学再创建一个工资级别表 并插入数据 接着就到了 分组 的sql 语句 -- 显示 每个部门的平均工资和最低工资 select avg(sal),max(sal),deptno from...avg(sal)AS avg_sal,deptno from emp group by deptno having avg_sal <2000; 别名的效率相比于更高一些 以上就是小王同学带给大家带来的Mysql
语法: select 函数名 from book group by 分组； 例: 在book中有以下四组数据： num name price 1 test1-1 55 1 test1-2 45 2...test2-1 38 2 test2-2 42 这里存在2个分组: num=1 和 num=2 查询平均价格: select avg(price) from book group by num; ##...按照num分组来查询平均价格， 返回值为 avg(price) 50.000000 40.000000 按组查询总价: select sum(price) from book group by num...; #如果使用分组函数,不在分组函数的字段 必须存在于 group by 后 关键字: having 分组查询时需要用到筛选条件 需要用 having 关键字 例: select avg(price...) from book group by num having avg(price) > 40; ##这里是查询大于40的分组的平均price
前面给大家介绍了☞【R语言】rep函数的使用，今天我们来举几个数据分析中的应用，例如差异表达分析时，样本类型变量，我们就可以使用rep函数来生成。...我们在☞GEO芯片数据差异表达分析 中分析的GSE68840这套数据，一共有7个样本，分别是 "plx4032 sensitivity: Sensitive" "plx4032 sensitivity:...normal","tumor","tumor","normal","tumor","normal","tumor") 方法二、巧用因子，事半功倍 ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞【R语言】因子在临床分组中的应用...参考资料： ☞【R语言】rep函数的使用 ☞ GEO芯片数据差异表达分析 ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞【R语言】因子在临床分组中的应用
数据 求连续登陆的天数 CREATE TABLE `t_login` ( `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT, `name` varchar(255)
有两种方式可以获得mysql两个日期之间的差值，一种是使用TO_DAYS函数，另一种是datediff函数 select id, TO_DAYS(NOW()) - TO_DAYS(createTime
+R语言版） 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 针对不同表达量矩阵格式，里面有大量的包可以选择。...因为现阶段传统bulk转录组测序项目成为了标准品，无论大家在哪个公司测序都是几百块钱一个样品，简单的3分组的6个样品，就包括了定量和普通差异分析富集分析的服务，因为都是流程化的。...如果是多分组的比较，大概率是韦恩图展现异同点，而这个过程的前提也是先差异，然后交集。...最近看到了一个4个分组不做差异分析取交集，文章是：《Expression patterns and prognostic potential of circular RNAs in mantle cell...然后展现每个分组的合格的circRNAs交集，并没有差异分析： 并没有差异分析 学徒作业 根据文章里面提到的这个GSE159808数据集的分组： naive B cells (green; n =
最近接到粉丝提问，感兴趣的数据集做差异分析，发现很勉强，不好把握。因为我以前在生信技能树写过教程：PCA都分不开的两个组强行找差异是为何，所以征求我的意见。...第二步是分组&注释 ##分组 32个 group_list=ifelse(grepl('parthenolide',pd$characteristics_ch1.2),'treat','normal')...top1000_sd 热图也显示细胞系间差异比处理组间要强，所以估计可能是因为细胞系之间的批次效应影响过大，而弱化了处理前后的差异。 这三张图，见：你确定你的差异基因找对了吗？...如何检测是否存在批次效应：PCA图或者热图 PCA图：看组间中心点之间的距离，若离得远则说明分组间差异大，否则差异小 热图：每列代表样本，每行代表基因。观察色块间的颜色差别是否明显。...校正前后top200_DEG2热图比较，也发现弱化了组内差别，凸显出组间 这样，就可用新的矩阵和差异基因进行下一步分析了 总结 挖掘数据集前，务必做好PCA图与热图的检查，观察组间是否有差异，以此确定分组是否正确
还是昨天的问题，统计每周内问题小区连续出现天数，MySQL可以实现吗？答案是肯定的，就是过程很曲折。 数据库查询语言基本都是针对整列的，不像excel是单元格粒度的，要判断行与行之间的差异比较麻烦。...首先获取当前日期与一个较早的日期的差值 计算表中大于等于当前日期的行数 两个值求和，求和相等则为连续出现，否则为间隔出现 SQL 呼之欲出 mysql> select -> bc.cellid,...| 1 | +--------+--------+------+------+ 13 rows in set (0.00 sec) 得到了 diff 和 rows ，将两者相加，然后按照该列分组计数就是持续天数...，再加上周数，就是每周持续天数 完整代码如下: mysql> select -> bc.cellid, -> bc.cgi, -> count(*) as `con_days`,...获取了每周连续出现天数，感觉怎么样？
tip: 通过 desc 表名命令查看当前表信息 tip2: as 关键字可以为我们的字段或者表取别名 Mysql约束 顾名思义就是对表中的数据进行限定, 目的是保证数据的正确性, 有效性和完整性 主键约束...; there can be only one auto column and it must be defined as a key 联合主键 主键其实只能有一个, 如果在图形界面当中选择多个字段作为主键...如果我们没有给一个有默认约束的字段create_time值, 那么该字段会默认填充CURRENT_TIMESTAMP 分组查询GROUP BY 将数据按某个字段进行分组, 配合SUM, AVG, COUNT
前两天同事有个MySQL数据分组的需求，如下测试数据，需要找出每个name分组中create_date最近的记录， 需要注意的是，此处用的MySQL是5.6，最初是使用这条语句， select name...就会发现其中的问题，例如name=a最近的create_date应该是value=3的记录，name=d最近的create_date应该是value=10的记录， 用这条SQL得到的其实只是每个name分组中最先插入的记录...此时可采用分而治之的策略，先做排序，再做分组， select * from (select name, value, create_date, update_date from t1 order by... desc; 就会提示这个错， 如果是在Oracle，则会提示这个， 难道这是MySQL 5.6的特性？...t1 a where not exists (select * from t1 b where a.name = b.name and b.create_date > a.create_date); MySQL
大前提 假如你不懂mysql中“=”和“:=”的区别，需要去补习一下这两个知识的用法。 关于mysql中“=”和“:=”的区别，可以参考我的另外一篇文章。...一、不分组排序 1、普通排名：从1开始，按照顺序一次往下排(相同的值也是不同的排名)。 -- 方法一 select m....if(@p=score,@c,@r) as rank, @p:=score, @r:=@r+1 from mian62 m order by score desc )c 效果如下： 二、分组后排序...1、分组普通排名：从1开始，按照顺序一次往下排(相同的值也是不同的排名)。...rank, @p:=subject from mian62 m,(select @p:=0,@r:=0)r order by subject,score desc )a; 效果如下： 2、分组后并列排名
Mysql 查询最近90天数据 SELECT * FROM qs_study_user_credit_log WHERE is_valid=1 AND user_extend_id=1 AND create_time
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