课题组主要采用第一性原理和分子动力学两种工具研究材料的基本性质，为设计具有特定功能的器件提供前期基础。
專 欄 ❈Pytlab，Python 中文社区专栏作者。主要从事科学计算与高性能计算领域的应用，主要语言为Python，C，C++。熟悉数值算法(最优化方法，蒙特卡洛算法等）与并行化 算法（MPI,OpenMP等多线程以及多进程并行化）以及python优化方法，经常使用C++给python写扩展。 blog：http://ipytlab.com github：https://github.com/PytLab ❈— 前言 本文为作者对其开源项目VASPy的说明文章。VASPy是一个纯Python编写的处
6 月 30 日，全球反洗钱和打击资助恐怖主义（AML/CFT）措施的标准制定者——金融行动特别工作组（FATF）发布了一份关于其加密资产指南的应用情况报告。该报告的发布标志着 FATF 于 2019 年首次发布的《加密资产和加密资产服务提供商（VASP）指南》已经经历了三个年头。
最近，张英峰博士发布了国产量子化学程序Amesp。为了进一步降低程序使用的门槛并弥补一些功能上的短板，我们尝试为Amesp增加一个接口程序——PyAmesp，通过ASE (Atomic Simulation Environment)调用Amesp进行理论计算，实现Amesp与ASE的集成与“联姻”。本文将给出PyAmesp的安装过程，并对ASE做简要介绍，随后展示利用ASE调用Amesp进行结构的优化与过渡态的计算。（注：本文适合具备一定Python和ASE基础的读者，如果您对ASE及其使用方法不熟悉，可以登录ASE官网https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/获取更多信息。）
Alerta是一个Web应用程序，用于合并和删除来自多个监视系统的警报，并在单个屏幕上显示它们。Alerta可以与许多被人们广泛熟知的监控工具集成，如Nagios，Zabbix，Sensu，InfluxData Kapacitor等等。
背景： 本人在公司的平台部门工作，我们部门写出的代码都是编译成.a文件，定期发布版本到各个产品，现在老大要求我负责每周向公司的某个产品发布lib。发布lib的步骤大概就是自动化的兄弟给我提供一个归档的版本号、lib的标签号(对应我们平台的代码)和产品适配的标签号(对应产品代码，我们的.a文件会定期提交到这个svn下)，然后我根据这个信息，操作svn，定期把适配中指定标签下的指定的两个文件夹导出到归档目录下，然后在归档路径下创建记录这次发布信息(lib、适配各包含哪些标签、版本信息)的文档，还有就是创
在日常的计算化学研究中，我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上，从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面，这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱（红外、拉曼）的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认；另一方面，在反应机理研究的过渡态计算中，通过对虚频振动的观察，我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例，与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地，Q-Chem也有一个配套的IQmol程序（免费、开源）可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外，一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。
N6-甲基腺嘌呤(m6A）是分布最为广泛且保守的RNA修饰。在人类细胞中，目前在近7000个蛋白编码RNA和noncoding RNA中发现了大约10000个m6A修饰位点。作为转录后调控的重要途经之一，m6A修饰影响着RNA剪切，降解，pre-miRNA产生和蛋白翻译等各个阶段，并且在癌症的产生和进程中也起着重要的作用。
可变剪接调控基因RBFOX1以2.7 million的长度超过之前文献报道的最长基因CNTNAP2 (智力语言损伤相关基因)。RBFOX1编码的蛋白倒不长，只有397个氨基酸，可见其内含子区特别长。
今天为大家介绍的是一篇使用图神经网路快速评估有机分子在金属上的吸附能量的论文。在异质催化中进行建模需要对吸附在表面上的分子的能量进行广泛评估。这通常通过密度泛函理论来实现，但对于大型有机分子来说，这需要巨大的计算时间，从而损害了该方法的可行性。在这里，作者设计了GAME-Net，一种用于快速评估吸附能的图神经网络。GAME-Net在一个平衡的化学多样性数据集上进行训练，其中包含了具有不同官能团的C分子，包括N、O、S和C芳香环。该模型在测试集上的平均绝对误差为0.18电子伏，并且比密度泛函理论快了6个数量级。应用于生物质和塑料中，预测的吸附能误差为0.016电子伏每个原子。该框架为催化材料的快速筛选提供了可用工具，特别适用于传统方法无法模拟的系统。
问题现象 wget eisc.cn/file/shell/docker-install.sh 或者curl访问网站失败，出现证书问题。 解决问题的根本办法（升级内核）： ---------------------------------------------- #!/bin/bash uname -r # 查看当前内核，-r 或 -a rpm --improt https://www.elrepo.org/RPM-GPG-KEY-elrepo.org
Cisco 7600系列Supervisor Engine 720-3BXL（Sup 720-3BXL）是Cisco 7600系列路由器的第三代Supervisor引擎。它能够提供硬件加速IPv4、IPv6和多协议标签交换（MPLS）等可扩展增强服务，以满足服务供应商和企业客户的不断提高的数据要求。Cisco Sup 720-3BXL集成了高容量的交叉交换矩阵，每个插槽可以提供40Gbps的容量，总系统容量高达720Gbps。
不久之前，CZ 转发的一则社交媒体报道引发了网友的热烈讨论。根据 CoinDesk 的报道，Binance 在贯彻 KYC（Know Your Customer）之后损失了 90% 的用户，同时也让 Binance 减少了数十亿美元的收入。
1.手动安装，2.脚本自动安装 1.手动安装 yum install -y ntpdate # 安装时间工具 timedatectl set-timezone Asia/Shanghai # 设置时区：亚洲/上海 systemctl restart ntpdate # 重新启动ntp systemctl enable ntpdate
运维工种对于自动化的强烈需求已经显露无疑——作为一个古老的技术工种，在几台、几十台服务器时尚可人肉维护，面对云计算时代动辄上百上千的服务器，单凭人肉维护显然束手无策。想像一下诸如谷歌、阿里云的上万台服务器，如果单凭人工维护恐怕运维就会成为人员需求量最高的工种，没有之一。 在Devops备受推崇的时代，即使开发也难免要接触到一些运维工作。所以今天为大家整理了一些自动化运维的学习资源，希望能够给大家提供一些帮助。作为一名运维工程师，这些只是可能是你的必备，作为一名非运维技术人员，不妨记录下来，有需求之后再行
说明： 1、操作前，务必优先看此贴里面的基础例子，先将WIFI连接到路由器上，这样才可以访问外网： https://www.cnblogs.com/armfly/p/11307803.html
16S条码试剂盒里含有12 对 条形码和5´末端标签的特异性16S引物，可以直接用来pcr，比通用的pcr条码试剂盒少了个末端制备的过程。后面AI软件可以进行barcode的样品拆分。条码和5´末端标签有助于在无连接酶的情况下连接快速测序接头。
本文旨在为关键高性能计算应用程序提供最新的性能基准数据。现代高性能计算数据中心是解决世界上一些最重要的科学和工程挑战的关键。NVIDIA®Tesla®加速计算平台为这些现代数据中心提供了业界领先的应用程序，以加速高性能计算和人工智能工作负载。特斯拉V100从根本上改变了数据中心的经济性，以更少的服务器、更少的功耗和更低的网络开销实现了突破性的性能，从而节省了总成本5 - 10x。
6月16日，腾讯量子实验室与清华大学物理系在北京签署合作备忘录，双方就功能材料数据库、机器学习辅助的材料计算方法、材料虚拟筛选云平台等领域展开探讨，达成合作。清华大学物理系段文晖院士与腾讯量子实验室负责人、腾讯杰出科学家张胜誉共同签署了合作备忘录，清华大学物理系徐勇教授、腾讯量子实验室专家研究员郝少刚、腾讯科学技术协会张谦秘书长等参与了签署仪式。 近年来，腾讯持续加大基础科学研究投入，人工智能（AI）、大数据（Big Data）和云计算融合的 ABC2.0 核心技术布局逐渐完善，建立了人工智能、量子
早期研究报道，tiRNAs通过血管生成素（ANG）切割成熟tRNA产生，而tRFs来源于Dicer或ANG切割成熟tRNA或tRNA前体。根据成熟或前体tRNA转录本中的裂解位点，可以分为以下几类：
现在的数据挖掘文章越来越难了吗，本篇文章影响因子只有1分，但是图表内容其实还挺全的，「下面咱们解析一下看看这篇低分文章干了什么」。
本系列的三篇推文已经推送完成，小编其实只是担任了一个搬运工。通过这三篇文章，我们能够对国内的理论化学方法的研究有个大概的了解。国内很多课题组的方法和软件在自己的领域常常可以处在世界领先地位，但是大部分软件都需要借助国外的软件平台来实现。原文作者也建议，我们应该开发一个具有自主知识产权的计算化学软件平台，整合国内外的各种先进计算方法，并且要方便大家在此基础上开发新的计算方法。
香港证券及期货事务监察委员会(简称证监会)13日发布《有关声称向投资者提供回报的虚拟资产安排的声明》，证监会表示观察到，尽管先前已发出投资者警示，且近期虚拟资产业界发生多宗事件，但虚拟资产平台向香港投资者提供虚拟资产「存款」、「储蓄」、「收益」或「质押」服务(虚拟资产安排)的情况仍续见盛行。
就在全世界的科学家们争相做实验的同时，有人为最近韩国科研团队「常温常压超导」研究提供了理论方面的支持。
能够做二分量赝势SODFT计算的程序里[1]，用的比较多的大概就是“西北大学化学系”[2]和“淘宝猫”[3]了，因为这两个程序的SODFT都有解析梯度，能够做结构优化。如果把平面波程序也算上，还有VASP。
论文系权英完（Young-Wan Kwon）教授未经其他作者允许情况下擅自上传，团队已向arXiv申请撤稿。
如文献[1]所指出，不同PBC-HF程序之间的严格对比是不可能的，原因包括不同的实现方法、不同的优化水平、不同的license类型等。本文对比了几个PBC-HF程序对金刚石3-21G的计算结果。结果先列在下表里，后文再稍微做点分析。其中Gaussian、CRYSTAL和PySCF的结果是笔者算的，MPQC的结果来自文献[1]，未给出Gap和
“众星捧月”。上榜项目让NVIDIA在最新的HPC TOP500榜单中显得格外亮眼——或者准确地说，是在“榜单背后”。
本文为万向区块链“融合创新”系列行业研究报告。作者：万向区块链首席经济学家邹传伟博士。万向区块链在第六届区块链全球峰会开始前的这段时间内，不定期推出“融合创新”系列行业研究报告，带领大家提前解读在新基建和数字化迁徙背景下，区块链如何与其它技术融合发展，发挥信息基础设施应有的作用。点击阅读原文，可了解第六届区块链全球峰会详情。
PCR可以算得上是各生物实验室的标配技术了。无论是基因定量、克隆、组装、突变、测序……都离不开基于PCR的实验。目前，PCR相关试剂、耗材及仪器已经发展得相当成熟，包括聚合酶以及缓冲液的优化，使得扩增能力、保真度和兼容性均得到极大的提高。因此我们不再需要像过去一样，分散部分注意力用于摸索热循环条件、调整反应体系各底物的浓度等。也就是说，整个PCR实验条件，基本可以模板化，而不需每做一个实验都从头开始摸条件。 然而PCR实验中，有一个环节是厂家无法帮我们优化的，那便是引物设计。本文第一部分将以人EGFR基因为
还是使用CCDS记录文件吧，CCDS 数据库旨在确定一组核心的人类和小鼠蛋白质编码区域，这些区域具有一致的注释和高质量。人类数据更新到了2018 年 ，包括了 33397 个 CCDS IDs，共 19033 个 Gene 。
一开始去真正接触HTTPS是由于在上线小程序的时候，小程序官方限定接口必须需是https协议，后面就去弄了腾讯云的云服务器，还有免费的https证书等，跟着官方的教程去配置https等等，让我知道：
新材料技术是我国制造业的“底盘技术”，在人工智能、云计算等信息技术的加持下，新材料的发现与设计、分析与计算迎来了哪些变化？8月26日，腾讯教育联合腾讯云、腾讯量子实验室、龙讯旷腾、NVIDIA共同举办云计算助力材料多尺度计算研讨会，邀请11位材料科学领域专家学者分享多尺度计算模拟与云计算领域的最新进展、技术及成果，推动多尺度计算模拟的理论发展和应用探索。 腾讯杰出科学家、腾讯量子实验室负责人张胜誉，龙讯旷腾CEO吕海峰，香港城市大学讲座教授张瑞勤，北京航空航天大学物理学院院长、教授吕广宏，中国科学院半导体
使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性“基因集”(i.e. gene signatures)的细胞。AUCell使用“曲线下面积”(Area Under the Curve，AUC)来计算输入基因集的一个关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。AUC分数在所有细胞的分布允许探索signatures的相对表达。
本文作者系Walt，关注SQL开发，Oracle、MySQL、PostgreSQL、TiDB等数据库，AWS、Azure、OCI等公有云计算架构和技术。
今天为大家介绍的是来自Prescient Design, Genentech团队的一篇论文。作者提出了VoxBind，这是一种基于评分的3D分子生成模型，该模型以蛋白质结构为条件。作者的方法将分子表示为3D原子密度网格，并利用3D体素去噪网络进行学习和生成。作者将神经经验贝叶斯的形式扩展到条件设置，并通过两步程序生成基于结构的分子：(i) 使用学习到的评分函数，通过欠阻尼的Langevin MCMC从高斯平滑的条件分布中采样噪声分子，(ii) 通过单步去噪从噪声样本中估计出干净的分子。与当前的最先进技术相比，作者的模型更易于训练，采样速度显著更快，并且在大量的计算基准测试中取得了更好的结果——生成的分子更加多样化，表现出更少的空间碰撞，并且与蛋白质口袋结合的亲和力更高。
在很久之前，为标准库添加同步原语。其中最重要的是 Mutex。因为操作系统已经为我们实现了很多同步原语，那么标准库只需要将它们包起来即可吗？答案是否定的。因为这样做不符合 Rust 的要求，它们是为 C 设计的。
大家好，我是邓飞，今天继续介绍《统计遗传学》这本书，本次介绍第五章：多基因得分（PGS），主要是综述介绍，具体的实操介绍要到八九十章节。
随着计算机的计算能力和运行规模的不断提升，基于第一性原理计算理论的计算材料学科越来越得到重视。但是一般来说这样的模拟需要对一个包含成千上万的原子、电子而言，所需的计算框架是非常复杂的，计算代价是相当昂贵的。比如为人所熟知的商用类型第一性原理计算框架 VASP 授权通常需要五六万人民币以上，而且在一个普通超算集群上计算一个完整的体系结构可能需要几周，甚至几个月。无论是软件授权成本，还是时间成本，都比较高昂。对于想学习和实践第一性原理计算的小伙伴而言，当然也有比较节省的方式。首先软件可以选用免费的开源第一性原理计算框架，比如说本文中即将介绍到的 CONQUEST，以及 ABINT，SMASH 和 QUANTUM ESPRESSO 等。
Wannier函数是周期性体系里和分子轨道对应的概念。很多固体物理教材都详细介绍了Wannier函数，如南京大学教材《固体理论》[1]的第八章。Wannier函数定义为Bloch函数的一个傅立叶变换：
早在十几年前，美国的一些企业已开始通过数字化运营来驱动业务增长，这样的角色如今被称为“增长黑客”（Growth Hacker）。而现在在传统的媒体业，也出现了类似的角色“增长编辑”（Growth Editor）。
第二代测序（Next-generation sequencing，NGS）又称为高通量测序（High-throughput sequencing），是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。我们都知道一代测序为合成终止测序，而二代测序开创性的引入了可逆终止末端，从而实现边合成边测序（Sequencing by Synthesis）。二代测序在DNA复制过程中通过捕捉新添加的碱基所携带的特殊标记（一般为荧光分子标记）来确定DNA的序列，现有的技术平台主要包括Roche的454 FLX、Illumina的Miseq/Hiseq等。由于在二代测序中，单个DNA分子必须扩增成由相同DNA组成的基因簇，然后进行同步复制，来增强荧光信号强度从而读出DNA序列；而随着读长增长，基因簇复制的协同性降低，导致碱基测序质量下降，这严格限制了二代测序的读长（不超过500bp），因此，二代测序具有通量高、读长短的特点。二代测序适合扩增子测序（例如16S、18S、ITS的可变区），而基因组、宏基因组DNA则需要使用鸟枪法（Shotgun method）打断成小片段，测序完毕后再使用生物信息学方法进行拼接。
陶哲轩一直看好，ChatGPT将颠覆数学证明，而如今，AI在化学领域的潜力同样深不可测。
文章目录 核酸数据库 非编码RNA数据库 1.非编码小RNA数据库 2.长非编码RNA数据库： 3.非编码RNA家族数据库 4.非编码RNA序列数据库 蛋白质数据库 0.蛋白质信息 1.蛋白序列数据库 2.蛋白质结构数据库 3.蛋白组数据库 4.蛋白质功能域数据库 5.蛋白互作数据库 代谢数据库 1.代谢途径数据库 2.代谢组学常用数据库 3.表型数据库 序列比对 1.序列与数据库比对 2.多序列间比对 3.序列进化树分析 基因分析 0.基因信息 1.基因注释 2.基因功能预测： 3.基因结
Quantum Espresson （以下简称 QE）是一款基于平面波函数的开源第一性原理计算框架，其免费、易安装使用等优点受到了广大第一性原理计算研究人员的喜爱。QE 不仅支持 CPU 的并行高性能计算，还支持 GPU 计算。这看起来有点像是计算机专业里的深度学习框架，有完整的计算加速支持。另外，QE 与 VASP 的使用习惯类似度比较高，不管是输入文件还是赝势文件，都可以类比着使用。对于计算后的输出结果，QE 也有一套完整的工具链辅助用户完成一些常用的分析操作，比如寻找 k 路径、分析能带结构（Band Gap）等等。
大家好，我是邓飞，今天继续介绍《统计遗传学》这本书，本次介绍第四章：GWAS分析，主要是综述介绍，具体的实操介绍要到八九十章节。
Welcome to Dinosaurus Island! 65 million years ago, dinosaurs existed, and in this assignment they are back. You are in charge of a special task. Leading biology researchers are creating new breeds of dinosaurs and bringing them to life on earth, and your job is to give names to these dinosaurs. If a dinosaur does not like its name, it might go berserk, so choose wisely!
现在分子生物学技术依赖于大量的高质量gDNA。但是很多医学、生物样本由于原始样本量不足（如PGD样本、微小残留肿瘤组织）或质量不佳（如FFPE 样本、法医学样本）等原因，无法进行这些技术实验。
一，shell题记 不懂shell的程序员不是好程序员，学习shell是为了自动化，使用自动化可以非常有效的提高工作效率。没有一个大公司不要求linux的基本技能的，只是不同岗位要求掌握的程度不同。 二，shell简介 Shell本身是一个用C语言编写的程序，它是用户使用Unix/Linux的桥梁，用户的大部分工作都是通过Shell完成的。Shell既是一种命令语言，又是一种程序设计语言。作为命令语言，它交互式地解释和执行用户输入的命令；作为程序设计语言，它定义了各种变量和参数，并提供了许多在高级语言中才具
随着计算机的计算能力和运行规模的不断提升，基于第一性原理计算理论的计算材料学科越来越得到重视。但是一般来说这样的模拟对一个包含成千上万的原子、电子而言，所需的计算框架是非常复杂的，计算代价是相当昂贵的。比如为人所熟知的商用类型 第一性原理计算框架 VASP 授权通常需要五六万人民币以上，而且在一个普通超算集群上计算一个完整的体系结构（超过 1,000 个原子）可能需要几周，甚至几个月。无论是软件授权成本，还是时间成本，都比较高昂。对于想学习和实践第一性原理计算的小伙伴而言，当然也有比较节省的方式。首先软件可以选用免费的开源第一性原理计算框架，比如说本文中即将介绍到的 CONQUEST，以及 ABINT，SMASH 和 QUANTUM ESPRESSO 等。
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