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文章标题:《Comprehensive single-cell transcriptomic and proteomic analysis reveals NK cell exhaustion and unique tumor cell evolutionary trajectory in non-keratinizing nasopharyngeal carcinoma》
问题:在多发性骨髓瘤(MM)中 NK 细胞的细胞毒性降低。潜在的分子机制尚不清楚。
最近在分析观测数据的因果关系时,发现一个很好用的工具包——CausalDiscoveryToolbox(以下简称Cdt),功能齐全,轻松上手因果发现。 下面简单整理下该工具包的原理+用法。
参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分,包括淋巴系(T,B,NK细胞)和髓系(单核,树突,巨噬,粒细胞)的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的 fibro 和endo进行细分,并且编造生物学故事的。
我们设计一个翻转k的算法 head -> n1 -> n2 ... nk -> nk+1 => head -> nk -> nk-1 .. n1 -> nk+1 return n1 那么我们只要接着对这个方法传入n1即可,重复调用这个方法,直到遇到null
给学徒们收集整理了几套带GitHub源代码的文献图表合辑,让优秀者一点一滴拆解开来分享给大家。(全部的代码复制粘贴即可运行,欢迎尝试以及批评指正)
肿瘤内刺激树突状细胞(SDC)在刺激细胞毒性T细胞和诱导抗肿瘤免疫反应中起着重要的作用。 了解调节它们在肿瘤微环境(TME)中的丰度的机制可以揭示新的治疗机会。作者发现,在人黑色素瘤中,SDC的丰度与细胞因子FLT3LG基因的瘤内表达有关。FLT3LG主要由淋巴细胞产生,尤其是小鼠和人类肿瘤中的自然杀伤(NK)细胞。在小鼠TME中,NK细胞与SDC形成稳定的结合,小鼠NK细胞的遗传和细胞消融表明:FLT3L的产生在调节肿瘤中SDC的丰度方面发挥重要作用。虽然抗PD-1‘检查点’免疫疗法主要以T细胞为靶点,但作者发现NK细胞频率与人肿瘤中保护性SDC、患者对抗PD-1免疫治疗的反应性以及提高总体生存率有关。作者的研究表明,固有免疫SDC和NK细胞共同作为T细胞定向免疫治疗的良好预后工具,这些固有细胞是增强T细胞肿瘤反应所必需的,表明这一轴是新疗法的靶点。
强直性脊柱炎 (AS) 是脊柱关节炎 (SpA) 的一个分支,其特点是长期不明原因的风湿性炎症。目前的诊断系统倾向于将SpA分为两类:外周SpA(主要影响四肢,与银屑病、炎症性肠病或先前感染有关)和轴向SpA(主要影响脊柱,如AS)。文章使用 10X 单细胞 RNA 测序分析了来自 AS 患者和健康受试者的外周血单个核细胞 (PBMC),用来探索免疫细胞群的异质性和两者之间的细胞毒性差异。
在运营业务中,绝大多数公司会面临恶意注册,恶意刷接口,恶意刷券等流量问题,此类问题的常规解决方案都是拍定单位时间内的ip访问上限次数、qps上限次数等等,会存在误伤、频繁修改阀值等问题。
按下不同的按键分别发出不同的音阶,分别可以发出以下音阶:低3,低4,低5,低6 ,低7;中1,中2,中3;中4,中5,中6,中7;高1,高2,高3,高4。
自然杀伤细胞(Natural killer cells, NK cells)是一种效应性淋巴细胞,在人体抗肿瘤过程中发挥重要作用,但是,仍然有一些肿瘤细胞能够逃避机体NK细胞的攻击,逐步发生发展,侵袭转移,严重危害人体健康,其机理有待进一步探讨。
英文标题:Natural Killer Cells Control Tumor Growth by Sensing a Growth Factor
固有免疫系统和自然杀伤(NK)细胞的激活一直是癌症免疫疗法研究的关键。北卡罗莱纳大学教堂山分校的Andrew Wang教授报道了一种基于纳米颗粒的三特异性NK细胞接合剂(nano-TriNKE)平台,该平台可以靶向表皮生长因子受体(EGFR)过表达的肿瘤,并促进NK细胞的募集和激活以根除这些肿瘤细胞。而且,纳米接合剂可以递送细胞毒性化疗药物以进一步提高其治疗功效。
基于NK细胞的免疫疗法代表了克服癌症治疗瓶颈的一种有前途的策略。然而,由于肿瘤细胞表面的识别配体的下调,其治疗效果受到极大的限制,并且转化生长因子-β(TGF-β)会阻碍NK细胞介导的免疫反应。为了克服这些局限性,暨南大学陈填锋教授团队开发了一种纳米乳剂系统(SSB NMs)来共递送TGF-β抑制剂和硒代半胱氨酸(SeC)以达到增强的抗肿瘤效果。
为了证明如果 k 位计数器的例子中允许 DECREMENT 操作,那么 n 个操作的运行时间可能达到 Θ(nk),我们可以按照以下步骤进行:
基于自然杀伤细胞(NK)的免疫治疗的疗效与过继的NK细胞的存活效率有很大关系。然而,目前还没有有效的方法可以在体内过继免疫治疗过程中对NK细胞的活力进行监测。在此,福州大学宋继彬教授和福建医科大学孟超肝胆医院刘小龙教授开发了一种比率NIR-II荧光成像策略以实时对过继NK细胞在体内的生存能力进行定量示踪和可视化。
如果某个数 K 的平方乘以 N 以后,结果的末尾几位数等于 K,那么就称这个数为“N-自守数”。例如 3×92 2 =25392,而 25392 的末尾两位正好是 92,所以 92 是一个 3-自守数。
这是力扣的 206 题,难度为简单,解题方案有很多种,本文讲解我认为最奇妙的一种。
5、输入加数和被加数时,显示器上显示的数字要像平时用的计算器输入一样,即:每输入一个数字,原来显示的数字要往左移。
CD39可能作为膀胱癌(BC)潜在治疗靶点。抑制CD39能够抑制肿瘤生长和延长生存时间。通过单细胞测序发现CD39抑制介导了肿瘤微环境的改变。
如果某个数 K 的平方乘以 N 以后,结果的末尾几位数等于 K,那么就称这个数为“N-自守数”。例如 3×92
假设我们的词典中一共有 V 个词,Unigram Model就是认为上帝按照下面游戏规则产生文本的。
算起来就差nature杂志啦,而且都在针对于肿瘤相关单细胞数据集的挖掘。通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是:
我们知道,细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用,另一个通过细胞产生的可溶性小分子,即细胞因子。在单细胞数据分析中下游,有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互作用,就有人推荐我们做一个配受体分析。那什么是配受体?我们在文章Cell-Cell Interaction Database|| 单细胞配受体库你还在文章的附录里找吗?中提到配受体其实是细胞的特定蛋白,蛋白追溯到基因表达上就是基因对。
这里使用最经典的快慢指针解法,两个指针同时前进,慢指针一次走一步,快指针一次走两步,若链表存在环,则二者一定会有相遇的机会。若不存在环,则由于快指针走的比较快则会先到达空指针。
最近在复现一篇文章《A comprehensive single-cell map of T cell exhaustion-associated immune environ- ments in human breast cancer》,它配套的数据在 E-MTAB-10607 中可以看到。这篇推文主要记录了文献中的第一次降维聚类分群的命名的过程。
根据生信技能树发布的学徒作业:SingleR说是NK细胞你就相信了吗, 验证一下看真的是有这么多NK细胞
近日,国际著名期刊Advanced Science (IF=16.806) 报道了北京理工大学黄渊余课题组在功能化外泌体抗肿瘤治疗方面的研究进展,相关成果以“Conscription of Immune Cells by Light-Activatable Silencing NK-Derived Exosome (LASNEO) for Synergetic Tumor Eradication”为题在线发表。该工作第一作者为北京理工大学生命学院/前沿交叉科学研究院博士研究生张萌洁,通讯作者为北京理工大学黄渊余教授。
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让我想起来了另外一个COVID-19病毒感染病人的单细胞研究,发表在Cell Discov. 2020 May ,标题是:Immune Cell Profiling of COVID-19 Patients in the Recovery Stage by Single-Cell Sequencing,差不多是同一时间发表的哦!
CX9020是倍福公司生产的PLC,运行Microsoft Windows Embedded Compact 7操作系统,广泛运用在运动控制领域。
官方github下载地址:https://github.com/gnosek/nginx-upstream-fair 我已经放到了百度网盘,可以直接下载
直方图均衡化的优点是能自动增强整个图像的对比度,但它的具体增强效果不易控制,处理的结果总是得到全局的均衡化的直方图.实际工作中,有时需要变换直方图使之成为某个特定的形状,从而有选择地增强某个灰度值范围内的对比度,这时可采用比较灵活的直方图规定化方法.直方图规定化增强处理的步骤如下:
低剂量计算机断层扫描 (LDCT) 筛查的应用显著提高了早期肺腺癌 (LUAD) 的检出率,表现为放射性亚实性结节 (SSN)。亚实性结节的肺腺癌 (LUAD) 表现出比实性 LUAD 更惰性的生物学行为,比如之前发现 SSN 的基因组具有相对较低的突变负荷和很少的拷贝数改变。肿瘤病变是由恶性细胞、各种类型的免疫细胞和基质细胞组成的复杂生态系统,因此解码 SSN 中肿瘤细胞与 TME 之间复杂的相互作用至关重要。
此文演示了一些与 Seurat 对象交互的功能。为了演示,我们将使用在第一个教程中创建的 2,700 个 PBMC 对象。为了模拟我们有两个复制的情景,我们将随机分配每个集群中一半的细胞自"rep1",另一半来自"rep2"。
癌症免疫治疗已经彻底改变了癌症治疗的方式,免疫治疗很大程度上依赖于对肿瘤微环境(TME)免疫景观的全面理解。单细胞转录组分析提供了一种方式,全方面研究这些肿瘤微环境(TME)中的免疫细胞。
绪论:加法原理、乘法原理# 分类计数原理:做一件事,有n类办法,在第1类办法中有m1种不同的方法,在第2类办法中有m2种不同的方法,…,在第n类办法中有mn种不同的方法,那么完成这件事共有N=m1+m2+…+mn种不同的方法。
create or replace procedure createTS(tname in varchar2)
前面我们展现了 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,然后呢,第二次分群的上皮细胞可以细分恶性与否,免疫细胞呢,细分可以成为: B细胞,T细胞,巨噬细胞,树突细胞等等。实际上每个免疫细胞亚群仍然可以继续精细的划分,以文章为例:
《实例》阐述算法,通俗易懂,助您对算法的理解达到一个新高度。包含但不限于:经典算法,机器学习,深度学习,LeetCode 题解,Kaggle 实战。期待您的到来! 01 — 回顾 前面推送中,我们介绍了高斯混合模型(GMM)的聚类原理,以及聚类求解的公式推导,如果您想了解这部分,请参考之前的推送: 机器学习高斯混合模型:聚类原理分析(前篇) 机器学习高斯混合模型(中篇):聚类求解 总结来说,GMM是非常好的聚类利器,它不光能给出样本所属的类别,还能给出属于每个类别的概率,进而转化成得分值,有时所属每个簇的得
\binom nk 表示二项式系数,其中 n 称作上指标 (upper index),而称 k 为下指标 (lower index)。
这是一篇肺癌的单细胞分析文献,在作者提供的python脚本中有大量的自定义函数可以值得学习。下面是文献资源:
对于长度为 n 的数组,我们需要对其进行 k 次分割。每次分割的期望时间复杂度是 O(n/k),因为每次分割我们将数组分成两个部分,一个部分的长度为 n/2,另一个部分的长度为 n/2 + k。对于这个分割,我们需要遍历 k 个元素并找到其正确的位置。因此,分割的期望时间复杂度是 O(k)。
最近有一个需求,某个需求的某个功能是获取QQ号码的头像,虽然QQ内部有方法能够获取到这个头像的URL,但是多一次请求总是会对性能有影响,所以最后搜索到了一种方法,只要只到对方的QQ号码,就可以拿到Ta的头像。
这两个方向都需要掌握基础的单细胞转录组数据集的降维聚类分群,如果这个环节有问题就会造成数据挖掘文章很尴尬,比如:2023的文章:《 Integrated analysis of single‐cell and bulk RNA‐sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 》,下载了数据集GSE162616里面的3个样品的单细胞数据,数据分析其实中规中矩,使用我们给大家的示范代码,三五分钟就可以出结果,但是我看到了它里面的NK细胞数量非常多,不太符合基础认知,如下所示:
这个是单细胞自身特性导致,它两个分组的细胞数量太多,大概率会导致p值过于显著,无限接近于0。我们以 SeuratData包里面的 pbmc3k 数据集举例说明:
二项分布的典型例子是扔硬币,硬币正面朝上概率为p, 重复扔n次硬币,k次为正面的概率即为一个二项分布概率。(严格定义见伯努利实验定义)
算法设计关于递归方程T(n)=aT(n/b)+f(n)之通用解法 在算法设计中经常需要通过递归方程估计算法的时间复杂度T(n),本文针对形如T(n)=aT(n/b)+f(n)的递归方程进行讨论,以期望找出通用的递归方程的求解方式。 算法设计教材中给出的Master定理可以解决该类方程的绝大多数情况,根据Master定理:o-渐进上界、w-渐进下界、O-渐进确界。 设a≥1,b>1为常数,f(n)为函数,T(n)=aT(n/b)+f(n)为非负数,令x=logba: 1. f(n)=o(nx-e),e>0,那
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