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Nr数据库子库构建

Nr数据库,全称为Non-RedundantProtein Sequence Database,即包含了GenPept、Swissprot、PIR、PDF、PDB以及RefSeq Database中序列的蛋白质数据库 # 检查下载的数据库是否完整 for i in {00..55};do md5sum -c nr. 2.提取对应类群序列,自行进行构建本地nr数据库子库 方法1: blastdbcmd -db nr -entry_batch sequence.seq -out - | pigz -c > blastdbcmd.nr .3193.fa.gz 方法2: # 提取preformatted nr数据库中的所有序列 blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f" 若下载的为nr.gz(fasta格式),即非提前构建好的nr数据库,需要在本地使用makeblastdb或diamond makedb进行本地数据库构建 参考资料 [1] http://www.chenlianfu.com

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从NT_NR数据库中提取子库

1 首先下载NCBI的taxonomy数据库 下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2 下载NCBI的TaxonKit软件,http://bioinf.shenwei.me 3 下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux系统也是直接解压,即可使用 4 (选择性步骤)NCBI taxonomy数据库下还有 accession2taxid库,这个库里面也有蛋白以及核酸的accession以及对应的分类id,但是经过尝试,采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少,很可能是该库的accession与NT/NR 库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #从taxonomy数据库中的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号

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    从NT_NR数据库中提取子库

    那么就有一个问题,如何选择去除污染的数据库呢? 思来想去,还是从NT库入手,打算把NT库所有动物的序列或者所有小鼠的序列提取出来,做成一个子库,用来去除宿主污染。 下面是一些步骤 1 首先下载NCBI的taxonomy数据库 下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2下载NCBI的TaxonKit软件,http taxonkit 3下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux系统也是直接解压,即可使用 4 (选择性步骤)NCBI taxonomy数据库下还有 accession2taxid库,这个库里面也有蛋白以及核酸的accession以及对应的分类id,但是经过尝试,采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少,很可能是该库的accession与NT/NR 库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #从taxonomy数据库中的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号

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    java中nr的区别 原

    回车”(Carriage Return)和“换行”(Line Feed)这两个概念的来历和区别。  在计算机还没有出现之 前,有一种叫做电传打字机(Telet...

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    5G--NR NSA定向切换

    当前 NSA 组网模式, 如果锚定小区优先级不是最高, 则存在 NSA 终端无法及时占用锚定小区的问题,例如中移 FDD1800 为锚定小区, 但是由于多频组网...

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    NR与LTE时隙对齐配置

    其他带宽按照上述方法可以计算得到,15M为1024点,10M带宽为1024点,5M为512点 NR时隙结构配置: NR侧时隙配置配置为8:2时隙配比(只支持LTE的子帧配比为SA2的情况,不支持子帧配比为 LTE侧D频段特殊子帧配比配置为SSP7(10:2:2)时,NR配置为SS54(6:4:4)。 LTE侧D频段特殊子帧配比配置为SSP6(9:3:2)时,NR配置为SS56(4:6:4)。 LTE侧D频段特殊子帧配比配置为SSP5(3:9:2)时,NR配置为SS518(6:18:4)。 NR帧偏置配置 LTE侧D频段配置小区级帧偏置类型为TL_FrameOffset_SA2_SSP5(TL双模SA2+SSP5帧偏置)时,NR配置为70728。 侧设置为92160,当不为0时NR侧设置为X-307200+92160(当L为285768时对应NR为70728,当L为277560时对应NR为62520,当L为275952时对应NR为60912)。

    1.1K21

    lncRNA组装流程的软件介绍本地化NR数据库|按物种拆分

    下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 NR数据库包含了所有物种分类的蛋白序列数据,目前NR数据库大约83G大小,由于注释数据运行时间和数据库大小几乎呈集合级增长,另外防止其他物种序列影响注释结果 ,因此在NR数据库建库时可以根据NCBI提供的物种分类号文件对NR数据库序列进行分类 具体提取方法如下: step1:数据准备 因为数据文件有点大,所以建议使用 ascp 加速哦 # 下载NR数据库 蛋白数据库中提取Homo sapiens的蛋白质序列 # 获取人类taxid taxonkit list --ids 9606 --indent "" > human.taxid.txt # 构建一张表 库索引 # 方法 1:使用上面下载的nr库解压后makeblastdb构建数据库 makeblastdb -in ~/database/test/nr -dbtype prot -out nr # 方法 makedb建库索引 nohup diamond makedb --in /home/data/lihe/database/blastDB/nr_human/nr_human.fa -d nr_human

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    NR-3GPP协议清单汇总

    3GPP TR 23.799 下一代系统架构研究 3GPP TR 38.801 NR无线接入架构和接口研究 3GPP TR 38.802 NR物理层研究 3GPP TR 38.803 NR射频(RF)共存研究 3GPP TR 38.804 NR无线接口协议研究 3GPP TR 22.261 5G系统的服务需求 3GPP TS 38.300 NR和NG-RAN总体描述 3GPP TS 38.304 空闲模式下的用户设备(UE)过程 3GPP TS 38.340 多连接总体描述 3GPP TS 38.101-1 UE MAC层协议规范 3GPP TS 38.322 RLC层协议规范 3GPP TS 38.323 PDCP层协议规范 3GPP TS 37.324 E-UTRA与NR

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    SA组网NR到LTE互操作参数

    参数取值范围:0~7,255,当该参数取值为255时,表示NR小区不会重选至E-UTRAN小区。 非同频测量RSRP触发门限:异频/异系统小区重选测量触发门限。 异系统切换触发事件类型:参数取值为EVENT_B1(B1事件)时,基于覆盖的NR到LTE的切换只取决于邻区的服务质量;当该参数取值为EVENT_B2(B2事件)时,基于覆盖的NR到LTE的切换取决于本小区和邻区的服务质量 当该开关打开时,启动NG-RAN至EUTRAN系统间业务移动性算法,UE可从NR小区重选/切换/重定向回E-UTRAN系统;当该开关关闭时,关闭NG-RAN至EUTRAN系统间业务移动性算法。

    1.3K21

    NR 5G SSB介绍

    SSB包含了PSS,SSS,PBCH 同步信号和PBCH块(Synchronization Signal and PBCH block, 简称SSB),它由主...

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    图解5G NR帧结构

    子载波间隔 与LTE(子载波间隔和符号长度)相比, NR支持多种子载波间隔(在LTE中,只有15 Khz这种子载波间隔)。 在3GPP38.211中,有关于NR子载波间隔类型的总结。 图1.1 NR支持的子载波间隔类型 (频域上,1个RB=12个子载波间隔) 时隙长度 如下图所示,时隙长度因为子载波间隔不同会有所不同,一般是随着子载波间隔变大,时隙长度变小。 ? 这种概念与传统的LTE TDD子帧配置相类似,但是又有很多不同点: 1、在NR时隙格式中,上下行业务是以符号作为转换点(在LTE TDD中,上下行业务是以子帧作为转换点) 2、与LTE TDD上下行子帧配置相比 ,在NR时隙格式中,上下行符号配置类型更多(对于FPGA或者DSP工程师是来说,不是个好消息) 3、38.211-表4.3.2-3仅适用于具有SFI_RNTI的DCI(即DCI 2_0) 尽管所有时隙格式看起来都像

    1.3K11

    如何理解5G空口(NR)?

    在本文中,我将尝试讨论对未来的发展,并探讨5G NR的标准。 ? 如何预测5G的未来? 今天我们可以确定5G发展的三大支柱。首先是增强的移动宽带(eMBB),预计将能够使数据连接达到一个全新的高度。 无证频谱中的NR将带来全新的机遇? 简而言之,5G NR的设想是以更低的成本提供低延迟,高可靠性和安全性的服务。 Release 15正在规划中,NR的规范性工作将在该版本中得以出现。 一些初始5G NR要求如下: ? 在高通NR研讨会上,Juan Montojo举了一个有趣的“垂直共享”的例子,它始终倾向于高优先级运营商,但同时让主机访问次要资源。 令人兴奋但是,3GPP正在考虑在无证频谱中的NR实现,我相信这将带来非常广阔的市场机遇。

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    C++核心准则​NR.3:不要拒绝使用异常

    NR.3: Don't avoid exceptions NR.3:不要拒绝使用异常 Reason(原因) There seem to be four main reasons given for 的期望和保证(直到我们获得合同的语言支持) 原文链接 https://github.com/isocpp/CppCoreGuidelines/blob/master/CppCoreGuidelines.md#nr3

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    js nr 换行失败 :【white-space: pre-line;】${} Template Literals

    Template Literals:拼接字符串,包括变量,表达式,html templete

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    关于5G NR规范中CRC选择的几点看法 (CS IT)

    索引项CRC码,未检测错误概率,二进制对称信道,5G NR规范。 原文题目:Some comments about CRC selection for the 5G NR specification 原文:In this work the undetected error Index Terms—CRC codes, undetected error probability, Binary Symmetric channel, 5G NR specification. 关于5G NR规范中CRC选择的几点看法.pdf

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    比对NR库看看物种分布【直播】我的基因组88

    /NR$ du -h159G .$ ls -lh |tail |cut -d" " -f 5-10 22M May 31 17:18 nr.46.pin957M May 31 17:18 nr.46 nr.48.phr4.7M May 31 17:20 nr.48.pin228M May 31 17:20 nr.48.psq 虽然不需要自己下载nr库,也不需要自己建库,但是blast软件还是要下载的 ;blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询;blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询 ;tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询;tblastx:先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径及文件名 -db:格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应BLAST

    1.8K80

    LINUX中详解AWK内建变量FS,NF,NR,RT,RS,ORS,OFS

    }' test.txt 1 2 3 [~/AWK_learning]$ awk '{print $NR}' test.txt 111 444 777 下面我们在来看下,在内建变量执行中的相关问题: NR 表示从awk开始执行后,按照记录分隔符读取的数据次数,默认的记录分隔符为换行符,因此默认的就是读取的数据行数,NR可以理解为Number of Record的缩写。 在awk处理多个输入文件的时候,在处理完第一个文件后,NR并不会从1开始,而是继续累加,因此就出现了FNR,每当处理一个新文件的时候,FNR就从1开始计数,FNR可以理解为File Number of 90 guojia 99 96 92 现在要查看两个班级的所有成绩信息,并在每条信息前加上行号,则可以使用下面的awk指令; CodingAnts@ubuntu:~/awk$ awk '{print NR 来实现的,awk每读取一条记录,NR的值便加一。

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    C++核心准则​NR.5:不要使用两阶段初始化

    NR.5: Don't use two-phase initialization NR.5:不要使用两阶段初始化 Reason(原因) Splitting initialization into two 原文链接 https://github.com/isocpp/CppCoreGuidelines/blob/master/CppCoreGuidelines.md#nr5-dont-use-two-phase-initialization

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    C++核心准则​NR.4:不要坚持将每个类声明放在其自己的源文件中

    NR.4: Don't insist on placing each class declaration in its own source file NR.4:不要坚持将每个类声明放在其自己的源文件中 原文链接 https://github.com/isocpp/CppCoreGuidelines/blob/master/CppCoreGuidelines.md#nr4-dont-insist-on-placing-each-class-declaration-in-its-own-source-file

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