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从NT_NR数据库中提取子库

1 首先下载NCBI的taxonomy数据库 下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2 下载NCBI的TaxonKit软件,http://bioinf.shenwei.me...3 下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux系统也是直接解压,即可使用 4 (选择性步骤)NCBI taxonomy数据库下还有...accession2taxid库,这个库里面也有蛋白以及核酸的accession以及对应的分类id,但是经过尝试,采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少,很可能是该库的accession与NT/NR...库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #从taxonomy数据库中的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号

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    从NT_NR数据库中提取子库

    那么就有一个问题,如何选择去除污染的数据库呢? 思来想去,还是从NT库入手,打算把NT库所有动物的序列或者所有小鼠的序列提取出来,做成一个子库,用来去除宿主污染。...下面是一些步骤 1 首先下载NCBI的taxonomy数据库 下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2下载NCBI的TaxonKit软件,http...taxonkit 3下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux系统也是直接解压,即可使用 4 (选择性步骤)NCBI taxonomy数据库下还有...accession2taxid库,这个库里面也有蛋白以及核酸的accession以及对应的分类id,但是经过尝试,采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少,很可能是该库的accession与NT/NR...库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #从taxonomy数据库中的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号

    60540

    NR与LTE时隙对齐配置

    其他带宽按照上述方法可以计算得到,15M为1024点,10M带宽为1024点,5M为512点 NR时隙结构配置: NR侧时隙配置配置为8:2时隙配比(只支持LTE的子帧配比为SA2的情况,不支持子帧配比为...LTE侧D频段特殊子帧配比配置为SSP7(10:2:2)时,NR配置为SS54(6:4:4)。 LTE侧D频段特殊子帧配比配置为SSP6(9:3:2)时,NR配置为SS56(4:6:4)。...LTE侧D频段特殊子帧配比配置为SSP5(3:9:2)时,NR配置为SS518(6:18:4)。...NR帧偏置配置 LTE侧D频段配置小区级帧偏置类型为TL_FrameOffset_SA2_SSP5(TL双模SA2+SSP5帧偏置)时,NR配置为70728。...侧设置为92160,当不为0时NR侧设置为X-307200+92160(当L为285768时对应NR为70728,当L为277560时对应NR为62520,当L为275952时对应NR为60912)。

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    lncRNA组装流程的软件介绍本地化NR数据库|按物种拆分

    下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 NR数据库包含了所有物种分类的蛋白序列数据,目前NR数据库大约83G大小,由于注释数据运行时间和数据库大小几乎呈集合级增长,另外防止其他物种序列影响注释结果...,因此在NR数据库建库时可以根据NCBI提供的物种分类号文件对NR数据库序列进行分类 具体提取方法如下: step1:数据准备 因为数据文件有点大,所以建议使用 ascp 加速哦 # 下载NR数据库...蛋白数据库中提取Homo sapiens的蛋白质序列 # 获取人类taxid taxonkit list --ids 9606 --indent "" > human.taxid.txt # 构建一张表...库索引 # 方法 1:使用上面下载的nr库解压后makeblastdb构建数据库 makeblastdb -in ~/database/test/nr -dbtype prot -out nr # 方法...makedb建库索引 nohup diamond makedb --in /home/data/lihe/database/blastDB/nr_human/nr_human.fa -d nr_human

    1.5K20

    如何理解5G空口(NR)?

    在本文中,我将尝试讨论对未来的发展,并探讨5G NR的标准。 ? 如何预测5G的未来? 今天我们可以确定5G发展的三大支柱。首先是增强的移动宽带(eMBB),预计将能够使数据连接达到一个全新的高度。...无证频谱中的NR将带来全新的机遇? 简而言之,5G NR的设想是以更低的成本提供低延迟,高可靠性和安全性的服务。...Release 15正在规划中,NR的规范性工作将在该版本中得以出现。 一些初始5G NR要求如下: ?...在高通NR研讨会上,Juan Montojo举了一个有趣的“垂直共享”的例子,它始终倾向于高优先级运营商,但同时让主机访问次要资源。...令人兴奋但是,3GPP正在考虑在无证频谱中的NR实现,我相信这将带来非常广阔的市场机遇。

    1.1K50

    图解5G NR帧结构

    子载波间隔 与LTE(子载波间隔和符号长度)相比, NR支持多种子载波间隔(在LTE中,只有15 Khz这种子载波间隔)。 在3GPP38.211中,有关于NR子载波间隔类型的总结。...图1.1 NR支持的子载波间隔类型 (频域上,1个RB=12个子载波间隔) 时隙长度 如下图所示,时隙长度因为子载波间隔不同会有所不同,一般是随着子载波间隔变大,时隙长度变小。 ?...这种概念与传统的LTE TDD子帧配置相类似,但是又有很多不同点: 1、在NR时隙格式中,上下行业务是以符号作为转换点(在LTE TDD中,上下行业务是以子帧作为转换点) 2、与LTE TDD上下行子帧配置相比...,在NR时隙格式中,上下行符号配置类型更多(对于FPGA或者DSP工程师是来说,不是个好消息) 3、38.211-表4.3.2-3仅适用于具有SFI_RNTI的DCI(即DCI 2_0) 尽管所有时隙格式看起来都像

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