关于OncoKB的介绍就不多说了，大家可以参考外显子（wes）panel数据分析OncoKB注释OncoKB数据库介绍及爬虫爬取位点用药信息NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总那么我们如何知道我们的单细胞数据能不能做...也就是说，单细胞空间数据结合OncoKB又会有怎么样的表演呢？...我们来看看OncoKB对于KRAS这个基因的信息（以结直肠癌为例，由于记录了260多条我们部分展示），数据是我爬虫下来的那么我们如果做结直肠癌的单细胞数据，KRAS这个基因的突变，包括Q22E、G12T...所有的OncoKB的全癌种突变信息放在下面，有条件的可以拿去研究,下面是示例。...所有的信息在系统整理10X单细胞空间数据中可检测到的有害突变位点（OncoKB）生活很好，有你更好
OncoKB收集了肿瘤发生发展相关的，具有临床意义的基因组变异信息，对于每个变异，提供了其对应的生物学效应，药物互作，预后和治疗意义等详细信息，对应的文章链接如下 http://ascopubs.org.../doi/full/10.1200/PO.17.00011 数据库的网址如下 http://oncokb.org/ 该数据库以基因为中心，提供了每个基因上的变异，相关肿瘤类型，实验证据等信息，示意如下...除了查询功能外，该数据库还提供了命令行工具，用于注释自己的基因组变异信息，支持SNV, CNV, 融合基因等信息的注释，该工具名为oncokb-annotator, 网址如下 https://github.com.../oncokb/oncokb-annotator 该数据库中的信息已经被整合到了cBioPortal中，可以帮助科学家们更好的开展肿瘤研究。
Date : [[2022-07-10_Sun]] 微信公众号 : 北野茶缸子 Tags : #杂志 1、OncoKB™ - MSK's Precision Oncology Knowledge Base...[1] 部分新闻报道如下：2021年10月7日，FDA批准将MSKCC的OncoKB部分数据库列为第一个被纳入公共人类遗传变异数据库的肿瘤突变数据库，这是FDA认可的第二个基因变异数据库，也是首个肿瘤体细胞突变数据库...选中基因后，即可以查看该基因所有证据等级的相关变异，比如：ABL1 (oncokb.org)[2] 以及使用药物： 在文章Standards and Guidelines for the Interpretation...夏天很适合吃卤牛肉啊： 参考资料 [1] OncoKB™ - MSK's Precision Oncology Knowledge Base: https://www.oncokb.org/ [2]...ABL1 (oncokb.org): https://www.oncokb.org/gene/ABL1 [3] TreeSize Free | JAM Software (jam-software.com
OncoKB 网址：oncokb.org/# OncoKB是由Memorial Sloan Kettering癌症中心（MSK）维护的全面的精准肿瘤学知识库，包含来自FDA，NCCN或ASCO，ClinicalTrials.gov
OMIM数据库、ClinVar数据库、InterVar数据库 、ClinGen数据库、GeneReviews数据库、HPO数据库、NCBI Gene数据库、UCSC Genome Browser、OncoKB...综合性肿瘤数据库OncoKB(https://www.oncokb.org/)OncoKB数据库介绍及爬虫爬取位点用药信息COSMIC(https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic
揭示神经母细胞瘤异质性图谱2024空间转录组分析方向和文献分享单细胞、空间、外显子多组学分析揭示了早期肺腺癌（LUAD）发展过程中上皮细胞的状态和转录组特征系统整理10X单细胞空间数据中可检测到的有害突变位点（OncoKB...）关于突变的数据库，非常多，对于基因突变到底对细胞产生了什么影响都有详细的说明，包括OncoKB、Clinvar等等，总结在NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总 我们首先来看单细胞空间突变的检测范围由于单细胞空间测序原理的限制...下来我们就需要了解我们的单细胞空间数据那些突变是可以检测到的有价值的突变，在文章系统整理10X单细胞空间数据中可检测到的有害突变位点（OncoKB）中，简单介绍了一个结直肠癌例子， 如果做结直肠癌的单细胞数据
NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总GATK的人类宿主的微生物检测流程PathSeq和在空转上的运用肿瘤突变负荷（TMB）及计算方法OncoKB数据库介绍及爬虫爬取位点用药信息外显子（wes）...panel数据分析OncoKB注释外显子（panel）数据分析的初步解读外显子（WES）panel分析基础篇没接触特检之前，形成了一些刻板印象，很多人说临检有前景，比科服强，但是比较累等等，当然也零零星星听过一些临检的内容什么的...cBioPortal、My Cancer Genome、Personalized Cancer Therapy、Clinical interpretations of variants in cancer、oncoKB...此外还有MSKCC的精准医疗肿瘤数据库(OncoKB)证据等级规则，参考文章OncoKB数据库介绍及爬虫爬取位点用药信息。如何看基因检测报告？
genomic alteration among the 40 targetable alterations in the curated precision oncology knowledge base (oncoKB...S5a OncoKB：由Memorial Sloan Kettering癌症中心（MSK）开发并维护的精准肿瘤学知识库。
其中使用了 [[OncoKB-肿瘤突变查询数据库]], [[SIGNAL-通路与PPI联合分析数据库]] 等多个数据库分析的结果 RNA相关数据库 在这个部分，总共发表了 3 个数据库。
OncoKB：https://www.oncokb.org/ OncoKB是一个精确的肿瘤学知识库，它注释了癌症中基因变异的生物学意义和临床信息(治疗、诊断和预后)。...目前，OncoKB的重点是收录癌症中的体细胞变异。计划扩大数据库，包括生殖系变种的注释。
call突变的流程我也分享过了，注意这是流程，跟脚本不是一回事外显子（WES）panel分析基础篇cfDNA（带UMI标签的fq数据--WES）的生信处理call突变流程肿瘤突变负荷（TMB）及计算方法OncoKB...数据库介绍及爬虫爬取位点用药信息外显子（wes）panel数据分析OncoKB注释外显子（panel）数据分析的初步解读NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总那么接下来，我们要分享的内容，就是空间数据和
Cell–Cell Interaction Database、综述文章 拿到Oncogenes and tumor suppressor genes（TSG）：来自Cancer Gene Census (CGC)、OncoKB
结合star fusion、EricScript和BreakFast算法，从RNA-Seq数据中调用基因融合和结构重排，并根据OncoKB注释过滤乘客事件。...04 治疗可行性 基于OncoKB评估了每种癌症类型的每个样本中的所有改变，区分标准治疗的可操作性(Levels 1 or 2)和研究治疗(Levels 3 or 4)。
ctDNA 阳性：即血液样本中检测到的突变，需要满足一定条件：在组织样本中也有检测到或者在 AMP/ASCO/CAP 以及 OncoKB 数据库注释为 level I/II 的突变 研究结果 基线血液样本
OncoKB OncoKB是由Memorial Sloan Kettering癌症中心（MSK）维护的全面的精准肿瘤学知识库，包含来自FDA，NCCN或ASCO，ClinicalTrials.gov和科学文献的专业指导方针和建议...OncoKB目前包含有关554种癌症基因特定改变的详细信息，还有1级（FDA批准）、2级（标准护理）的治疗信息，3级临床证据和生物学证据。
其中有146个以前未在CGI，OncoKb，COSMIC或CIViC数据库中记录的融合基因对。...六．临床关联 该研究通过将driver事件注释到临床注释数据库（CGI41，CIViC39和OncoKB40）来分析所有患者基于生物标记物治疗的机会。...图示:左图根据CGI，CIViC和OncoKB数据库中的数据，每种癌症类型中具有可能的候选可靶向突变的样本百分比。
为了使用临床相关性信息额外注释推荐的基因，作者将结果在OncoKB数据库进行比较分析。OncoKB通过五个类别的注释来评估基因的改变：治疗、预后、诊断、耐药性和FDA等级。...推荐基因的临床意义 将结果与MSK FDA批准的精确肿瘤学知识库OncoKB进行比较。
系统整理10X单细胞空间数据中可检测到的有害突变位点（OncoKB） 单细胞、空间、外显子解析TP53突变重构肺腺癌细胞图谱 多组学（单细胞、空间转录+蛋白、外显子、甲基化）揭示神经母细胞瘤异质性图谱
然后拿找到的基因去公共数据库里面进行知识库注释，比如 CGC , IntOGen , OncoKB , TCGA, and Vogelstein et al，这样自己找到的基因就可以分类讨论，其中： 有一些是
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