然而这些数据来自不同的组织和团队，由于缺乏统一的数据管理和组织，这些数据在发表之后就没有再利用了，为了提高数据利用率，促进肿瘤研究的发展，Oncomine的开发团队收集了各种来源的肿瘤相关的芯片数据，用标准化的分析流程处理这些数据...，数据分析的结果通过web服务查询和可视化，对应的文章链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1635162/ 数据库的网址如下 https:...//www.oncomine.org/resource/main.html 该网站只对科研工作者免费开放，需要学术邮箱注册对应的账号。...该数据库中主要收录了以下两种类型的肿瘤芯片数据 mRNA expression DNA copy number 每批芯片数据用dataset表示，所有芯片数据对应的肿瘤类型和样本数示意如下 ?...通过Oncomine数据库，可以方便的探究肿瘤相关的DNA拷贝数和基因表达谱数据。
常用的数据库就是GEO了，但是使用GEO还要一个一个数据集找，这样又很浪费时间。所以有没有简单的方法呢？...今天就给大家介绍一个汇总了多个癌种，多个数据集的综合性分析基因表达和临床相关性的数据库：oncomine(https://www.oncomine.org/)。...由于这个数据库还是很重要使用起来也是很简单的，所以这里就从注册账号开始，很详细的介绍一下这个数据库的功能吧。 1....检索时Oncomine会自动显示P值最小的结果。 页面最下方显示数据来源。如上图中所选择的分析来源是GEO数据库中的GSE13911研究。...我们要注意的是Oncomine中的共表达不能对多个研究进行比较（Meta分析）。
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。...差异分析最好的工具就是ONCOMINE和R语言分析GEO或TCGA数据库的数据。 ? ONCOMINE数据库的全景热图和散点图是最常见的。怎样才能做出文章能用的类似图形呢？...这里涉及很多步骤，比如注册ONCOMINE数据库（已经介绍），怎样搜索做出ONCOMINE数据库的全景热图（这次介绍），怎样使用PPT做表做图。这里，我们选取数据少点的举例作图，掌握方法是关键。...当然，oncomine数据库的功能很多，转录水平的差异分析只是其中的一部分功能而已。在实际运用中，如何通过海量数据的分析，获得想要的结果，仍然值得我们探索。 ? 愿与果友们一起成长。
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...先用Oncomine数据库做mRNA水平的差异全景，肿瘤不区分亚型。 ?...再用Oncomine数据库的对比操作，分析常见肿瘤亚型的差异表达，只列出表达有差异的组别（p2）。...GEPIA分析显示，BRCA（浸润性乳腺癌）中仅有E2F1、E2F2和E2F8具有显著差异；但实际上，Oncomine分析结果中E2F1、E2F2、E2F3、E2F5、E2F7和E2F8在乳腺癌中均有表达的差异...差异表达的临床意义通过KM Plotter数据库的OS、FP、PPS、DMFS来展示，这也是生信分析的必须条件。
在肿瘤研究中，Oncomine是非常重要的样本数据库，它整合了GEO、TCGA和已发表的文献来源的RNA和DNA-seq数据，是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台，且自带分析和统计功能...然而有个非常不幸的消息——“高开低走”的Oncomine数据平台已于2022年1月17日终止服务。正所谓长江后浪推前浪，虽然Oncomine悄然离场，但是更多的数据平台正雨后春笋般的出现。...今天小编含泪给大家总结了常用医学公共数据库，含临床数据库、生信数据库。...生信数据库 一.Meta databases 元数据库，合并不同来源的相关数据以更新的或更加方便的形式提供新的数据，通俗的讲就是数据库的数据库，代表性的数据库主要有以下几个： 1.ConsensusPathDB...ArrayExpress与Geo数据库类似，里面都存储了大量的芯片表达数据，对于数据库挖掘的学员们来说，ArrayExpress是一个不可或缺的数据库。
导语 Oncomine是肿瘤领域经典的样本数据库，可以对表达数据进行简单的处理分析，计算基因表达特征，以及聚类基因集模块，并自动从数据中进行生物学功能分析。...数据库中下载一些对应疾病的测序数据去进行进一步验证，那么这样一套流程下来还是很费力的，今天小编就给大家介绍一个十分方便的肿瘤数据库--oncomine。...Oncomine数据库目前已经收录了715套数据集包括86733个样本，在目前的肿瘤研究中，如果需要进行数据分析，oncomine可以算是最优先的选择。...PS：oncomine数据库对于科研工作者是免费开放的，需要大家用所在学校或研究所的个人邮箱去进行注册方可使用，系统会发送账号密码过来，使用邮件提供的账号密码登陆后，会提示修改密码。...小编总结 总的来说，oncomine数据库的使用是很方便的，通过简单的点击操作就可以进行多种多样的分析，通过从oncomine数据库中挖掘一些潜在的风险基因可以作为大家科研工作的前期基础，也可以使用数据库对我们的一些结果进行验证
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...差异表达部分，作者也是采用oncomine+TIMER双验证，三线表放在补充数据里。...前面说过，对于单基因的差异分析，尤其是与肿瘤浸润免疫细胞表型相关的分析，芒果建议采用这种方法，确实做到统筹兼顾，有局部聚焦（oncomine）和全局通览（TIMER）的神奇效果。 ?...在分析LAYN表达与各种肿瘤生存率的相关性时，作者采用PrognoScan数据库和km plotter数据库（prognoscan+km plotter）双验证的模式，增加数据的可信度和说服力。...个人认为，生存分析仍然以km plotter数据库为主，就像差异分析以oncomine为主。这只是个人偏好，果友们可以自行选择。 ?
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...oncomine数据库的全景热图，散点图和差异表达三线图都有其内在的逻辑，在语言叙述的过程种，如何表达呢。 简单的表达概括，但是内容简单。...对于初次使用oncomine数据库的果友来说，不推荐，还是要写详细。...Oncomine Analysis (论文01） Oncomine gene expression array datasets (https://www.oncomine.org, an online...Oncomine database analysis (论文04） The ONCOMINE database (www.oncomine.org), an integrated online cancer
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。...生信论文36是单基因分析的生信论文，单纯生信数据库的数据分析，没有湿实验验证，但是可以发表在接近5分的期刊上，很多分析做得很棒，值得借鉴。我们对文章数据进行复现。 第一部分就是差异分析。...该论文使用的是oncomine+TIMER双验证，其中oncomine数据的展示还有三线图的结果。 ? ?...---------------复现-------------- oncomine数据 登陆oncomine官网。
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...差异表达部分，作者采用oncomine+三线表的方式。...总体分析，这篇论文的生信技能都是我们在公众号里面分享过的，其中以TIMER数据库的使用为主，难度并不大。在做差异表达的分析时，作者采用oncomine+UALCAN数据库双验证的方式。...我们已经分享过oncomine+GEPIA双确认，oncomine+TIMER双确认两种方式。关键是双确认总比单个数据库有说服力。 具体用哪两种组合，每个人都有自己的偏好，能说明问题就行。...，则首选oncomine+UALCAN。
目前，很多数据库可以做差异分析，从mRNA、protein到DNA都有。因为蛋白是功能的执行者，因此是做差异分析的首选。 oncomine数据库总结几乎所有肿瘤的数据，mRNA水平研究差异。...TIMER数据库对单基因的差异分析，尤其是与肿瘤浸润免疫细胞表型相关的分析，特别适用，可以做到统筹兼顾，有局部聚焦（oncomine）和全局通览（TIMER）的神奇效果。...不过，在做多基因或者家族基因分析的时候，是选择oncomine+GEPIA双验证模式，而是选择oncomine+TIMER双验证，可以具体问题具体分析。...上述数据库均是从mRNA水平研究表达差异，而人类蛋白组数据库（Human Protein Altas, HPA）则是主要从蛋白（也有mRNA）角度展示基因表达的差异，细胞和组织，健康和疾病，细胞系和临床样本...一般在论文中出现的是病理检测结果（IHC），特别是结合oncomine数据库，对基因在肿瘤和临近组织的表达进行对比展示。在前面的文章中，我们介绍过。结果展示如下。 ? 具体操作如下。
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...在做差异表达的分析时，我们已经分享过oncomine+GEPIA双确认，oncomine+TIMER以及oncomine+UALCAN双确认两种方式。关键是双确认总比单个数据库有说服力。...但是，个人经验来说，免疫浸润表型分析，首选oncomine+TIMER；相关性分析较多，尤其是涉及基因表达的相关性，基因表达与肿瘤分期的相关性，首选oncomine+GEPIA；若涉及基因组学如甲基化或者与病理分期的相关性...，则首选oncomine+UALCAN。...目前，UALCAN数据库增加了miRNA差异分析的功能，功能强大。 关于差异分析我们已经分享过，请参考以前文章。 差异分析，UALCAN做箱式图 UALCAN数据库最特殊的地方是甲基化分析。
我们前面说过，仅仅靠ONCOMINE数据库的数据，还很难发表论文。而且，ONCOMINE数据库的数据，是芯片或测序的结果，是从转录水平进行的检测。...而差异表达，最好是在蛋白水平，因此，对于ONCOMINE数据库分析得到的结果，最好进行蛋白水平的验证。 检测蛋白表达的方法很多，但是鉴于生信分析的特殊性，有条件去做WB和免疫组化当然是最好的。...数据库中，研究人员使用高度特异性的抗体（一般是多种抗体），用免疫组化（IHC）检测每种蛋白在64个细胞系、48种人类正常组织和20种肿瘤组织中的表达情况。...所以需要借助ONCOMINE数据库的数据。 ? 在肿瘤中组织中表达的情况总结。 ? 在脑中的表达。 ? 在各种血细胞和血浆中的表达。 ? 质谱技术检测 ? PEA分析 ?...如何用HPA数据库的数据，发表论文呢？ 一般在论文中出现的是病理检测结果（IHC），特别是结合ONCOMINE数据库的结果，对基因在肿瘤和临近组织的表达进行对比展示。具体操作如下。
百味科研芝士的小伙伴们大家好啊~好久不见甚是想念，点赞在看养成习惯~我是你们的老朋友小木舟~ 众说周知Oncomine数据库是肿瘤研究的一大利器。...图为Oncomine上的基因表达图，说实话还是有点丑的~ 这时候聪明的小伙伴会发现，当把鼠标放在柱状图上的时候神奇的事情发生了。这不就我们需要的表达量数据吗？...对数据按【|】分隔符号进行分列~大功告成~回到Oncomine,查看样本类型的排序，做好标记即可！ ? ? ?...接下来打开你的Graphpad愉快的作图吧~ 今天就给大家介绍到这里了，元旦过后我们会陆续推出oncomine的教学课程，敬请期待！
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。...oncomine数据库的全景热图，散点图和差异表达三线图都有其内在的逻辑，在语言叙述的过程种，如何表达呢。 第一句阐释目的，引出oncomine数据库。 第二句阐释分析的对象（肿瘤和正常组织）。...database (https://www.oncomine.org/resource/login.html) was used....但是，写作不是抄袭，而是再创造，用自己的语言重新定义数据库的使用和数据呈现，因此不是一件轻松简单的复制、粘贴。 最后，别忘记引用文献。
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...前面，我们已经分享oncomine数据库做转录水平的差异分析，并推荐用oncomine+GEPIA双验证模式做差异分析。...鉴于最新发表的论文和肿瘤浸润免疫细胞表型的分析，个人认为oncomine+TIMER双验证也是不错的组合。...不过，在做多基因或者家族基因分析的时候，是选择oncomine+GEPIA双验证模式，而是选择oncomine+TIMER双验证，可以具体问题具体分析。 生信分析36 ? 生信分析37 ?...最后的评估模块其实是该数据库的特色。在掌握下载TCGA数据路数据的条件下，结合该数据库的这种功能，接近更高层次的论文。 ?
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...差异表达部分，作者没有用oncomine+GEPIA双验证模式，而是选择oncomine+TIMER双验证，三线表放在补充数据里。 ?...对于单基因的差异分析，尤其是与肿瘤浸润免疫细胞表型相关的分析，芒果建议采用这种方法，确实做到统筹兼顾，有局部聚焦（oncomine）和全局通览（TIMER）的神奇效果。...不过，在做多基因或者家族基因分析的时候，是选择oncomine+GEPIA双验证模式，而是选择oncomine+TIMER双验证，可以具体问题具体分析。...最后，作者利用GEPIA数据库的相关性分析功能，探究LAYN基因表达与免疫细胞分子标记表达的相关性，这是一种非常好的数据库结合分析，值得学习。 ?
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...差异表达部分，作者采用oncomine+TIMER双验证，三线表放在补充数据里。...前面说过，对于单基因的差异分析，尤其是与肿瘤浸润免疫细胞表型相关的分析，芒果建议采用这种方法，确实做到统筹兼顾，有局部聚焦（oncomine）和全局通览（TIMER）的神奇效果。 ?...这里作者应该是用PrognoScan数据库（km plotter数据库应该是写错了）做生存分析。...作者采用PrognoScan数据库和km plotter数据库（prognoscan+km plotter）双验证的模式，增加数据的可信度和说服力。
生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal...差异分析，无论是Oncomine，GEPIA，还是UALCAN、HPA数据库，都不需要R语言编写代码，容易上手，基本上一个星期甚至更短的时间就可以搞定，属于菜鸟级别生信操作。并没有想象中那么难。...生存分析数据库 Kaplan-Meier Plotter数据库（生存分析经典数据库，首选） http://kmplot.com/analysis/ ?...PrognoScan数据库（生存分析信息最全面的数据库，次选） http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html GEPIA（国人之光，相关性分析是特色...差异分析数据库 oncomine数据库（差异分析首选） https://www.oncomine.org/resource/main.html GEPIA数据库（共表达是特色） http://gepia.cancer-pku.cn
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
