生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，更新速度不一，软件的安装是一个令人头大的事情。
本系列教程将完整的讲解整个Linux相关的知识，这是楼主学完兄弟连的Linux教程之后重新对Linux知识体系的整理。个人感觉兄弟连的Linux教程可以很好的入门，从最基础的知识开始，对于一个完全不懂Linux系统的人，相信在看完整个系列教程之后，都能对Linux有一个完完全全的了解。那么废话不多说，本篇博客作为整个教程的第一讲，我们就先来对Linux有个简单的整体介绍。
虽然使用其他工具也能将Kali Linux安装到U盘，但是经测试，成功率很低。而且一般是刻录后还需要其他操作以避免刻录为Kali Linux安装盘。借助虚拟机将Kali Linux安装到U盘是最为简单便捷的方法。故本文提供借助虚拟机将Kali Linux安装到U盘教程。
下面通过一个例子来演示以上 3 个命令的具体用法。首先，我们新建一个 demo.txt 文件并打开，键入一行内容，例如：
关于Java、Python这两个目前“斗”的最狠的编程语言，我相信很多人都并不陌生，每一个拿出来将都是长篇大论，所以我就长话短说，希望帮助你在未来的编程生涯中，有一些帮助。
CentOS7 的防火墙配置跟以前版本有很大区别，CentOS7这个版本的防火墙默认使用的是firewall，与之前的版本使用iptables不一样
vim 有三种模式，注意：这三种模式有很多不同的叫法，我这里是按照鸟哥的linux书中的叫法。
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正文: 今天为大家分享一篇文章“宝塔面板卸载方法，如何删除残留文件！”宝塔面板是目前比较火热的Linux服务器面板，管理网站非常轻松简单，但是有很多人想更换面板，卸载宝塔，并删除残留文件，如何操作那？下面我们就详细为大家讲解。
vi编辑器是Linux系统新安装时都自带的代码编辑器，但其不具有主动的以字体颜色辨别语法的正确性的功能
启动新服务器时，会创建一个默认帐户命名为root。此用户具有完整系统的访问权限，应仅用于管理任务。作为根用户，这个账户对你的系统都没有限制，虽然root用户管理权限很强，但是它不够安全。
GNU nano，简称nano，是大多数Linux发行版的基本内置编辑器。GNU nano是一个小巧友好的文本编辑器. 与基本的文本编辑相比，nano提供许多额外的特性，例如：交互式的查找和替换，定位到指定的行列，自动缩进，特性切换，国际化支持，以及文件名标记完成。本教程中，我们将介绍一些帮助您入门的基本知识。
Clam AntiVirus（ClamAV）是免费而且开放源代码的杀毒软件，软件与病毒码的更新皆由社群免费发布。目前ClamAV主要是使用在由Linux、FreeBSD等Unix-like系统架设的邮件服务器上，提供电子邮件的病毒扫描服务。ClamAV本身是在文字接口下运作，但也有许多图形接口的前端工具（GUI front-end）可用，另外由于其开放源代码的特性，在Windows与Mac OS X平台都有其移植版。
由于换行符（为不可见字符），在 Windows 为 CR+LF（Carriage-Return+Line-Feed：回车加换行），而在 Linux/Unix 上为 LF（换行）。因此在linux 编辑的文本，在windows 显示会是没有换行的。
图片高频Linux命令的学习：一、显示当前路径pwdprint working directory 显示当前路径二、创建指令mkdirmake directory 创建空目录三、显示列表指令ls 显示列表，不管是目录还是文件都能显示四、 删除指令rm根据操作对象可分为三类（1）删除文件rm（2）删除空目录rmdir（3）删除非空目录rm-r 这三个命令后面要跟上要删除的目录名rm-rf/权限高的人使用这个代码会将服务器清空，是（3）命令的改进-r 递归，多级目录一并删除-f 强制删除，没有任何提示五
Alias是一个自定义快捷方式，用于表示一组命令或使用特定选项运行的单个命令。只需要一个字符，我们就可以使用Alias来执行经常使用的进程。
linux 命令行概述 生信星球linux 基础操作 显示当前路径-pwd pwd 路径显示为：/home/username 创建空目录-mkdir mkdir project #存放文件 命令为mkdir；project为空目录的名称; #注释，帮助理解 显示列表-ls ls 可以看删除后命令是否执行，当前目录下还有哪些子目录 删除—rm rm 1.txt #删除文件 rmdir project #删除空目录 rmrm -r src #删除非空目录 -r #多级目录一并删除≈删除整个文件夹 -f #
本文内容需要一台已经设置好可以使用sudo命令的非root账号的Ubuntu服务器，并且已开启防火墙。没有服务器的同学可以在这里购买，不过我个人更推荐您使用免费的腾讯云开发者实验室进行试验，学会安装后在购买服务器。
是个操作系统（OS） 类似Windows这种，但是简单，占地方小指令易操作，可以同时连通多个服务器
2016年10月19日，披露了Linux内核中的权限提升漏洞。该漏洞被昵称为Dirty COW，因为底层问题是内核处理写时复制（COW）的方式。Dirty COW已经存在了很长时间 - 至少自2007年以来，内核版本为2.6.22 - 所以绝大多数服务器都处于危险之中。
怎样登陆服务器？——xshell(windows用户)，需要账号密码IP及网络四大条件
windows用xshell，操作流程：https://www.jianshu.com/p/8a340b103a41（生信星球）
功能：为文件或目录改名或将文件由一个目录移入另一个目录中。该命令如同DOS下的ren和move的组合。
tar和gzip提供一个标准界面，用于在Linux上创建存档和压缩文件。这些实用程序占用大量文件，将它们一起保存在存档中，并压缩存档可以节省空间。tar不会自己压缩文件，与gzip结合使用，可以压缩归档文件以减少磁盘空间。生成的归档文件具有文件扩展名tar.gz，有时称为“tarball”。
ASCII 编码为每个字符都分配了唯一的编号，称为编码值。在 Python 中，一个 ASCII 字符除了可以用它的实体（也就是真正的字符）表示，还可以用它的编码值表示。这种使用编码值来间接地表示字符的方式称为转义字符（Escape Character）。
可以理解为类似于windows和mac一样的操作系统，但是它不区分设备，据了解很强大，但具体强不强大，等我学学看。
最近有个科研课题需要在树莓派上做一系列验证，但是实验的程序是依赖OpenCV库的(最重要我们修改了库源码)，而在树莓派上编译OpenCV源码很费时间，因此我只好使用交叉编译的方法来编译源程序。刚开始我们觉着网上材料大片，这部分的问题应该不大。可到操刀干活的时候，我才发现网上很多方法不仅繁琐，而且有的甚至还不是那么一回事，没看到一篇完全适合我的情况的。于是，我花了一天半左右的时间，整理这些材料并结合一点TRIZ原理，完成了这项任务。现在分享一下我的方案总结，不过我的方案不尽完善，欢迎大家指点修正，帮助后人节省时间。
以下分享红旗Linux操作系统RedFlag Linux Desktop 9.0安装教程，你可以用Vmware、VirtualBox虚拟机、硬盘、U盘、光盘的方式来安装。本文以光盘的方式来演示安装RedFlag Linux Desktop 9.0全过程。
相信大部分人知道的OpenCV都是用C++来开发的，那为什么我推荐使用Python呢？
## 不需要安装任何东西，自带terminal，直接使用；或者使用界面更好看的iterms
systemd是最初由Red Hat Linux团队开发的Linux系统工具。它包括许多功能，包括用于启动和管理系统进程的引导系统。它目前是大多数Linux发行版的默认初始化系统。许多常用的软件工具（如SSH和Apache）都附带了systemd服务。
近年正是国内网络安全相关产业飞速发展的阶段，网络安全问题已经成为社会“热点中的热点”，对Kali Linux的研究也越来越热门。过去，几乎是高手才会涉及的Kali Linux，也成为了网信爱好者们争相学习的工具，从而受到了广大网络安全从业人员的喜爱。
Linux命令中有一些常用符号，看到时不一定好查询它们的功能和含义，这里列举一些常见的符号和解释，欢迎大家补充完善。
https://blog.csdn.net/Flag_ing/article/details/109508374
CentOS 7默认安装了Python 2.7，系统本身也使用它来启用系统命令例如‘yum’
Fish的全称是Friendly Interactive Shell，是一种替代性的shell，马上就可以使用，并可以提供自动建议，用已安装的手册页就可编程完成，是一种功能齐全、可读的脚本语言，并支持彩色文字。
sudo apt-get install build-essential libgtk2.0-dev libavcodec-dev libavformat-dev libjpeg62-dev libtiff4-dev cmake libswscale-dev libjasper-dev
开源界的图形图像处理项目openCV无疑是优秀的东西，无论对于专业的开发人员或是业余爱好者都非常具有魔力。网上很多教程都是VS2008下配置的，而我自打和VC6.0绝交后就再没怎么碰过Windows的相关开发平台了。本文是在CentOS6.0下OpenCV的安装配置手册，前段时间非了老半天劲儿，熬了N个不眠之夜，最终把所有问题均搞定了，最后运行出结果那一瞬间，那种心情是无法用语言形容的。今儿特此把过程写出来，为新人搭环境节约一些时间。好了，废话不多说。
Security Enhanced Linux是一个Linux安全模块，用于强制或基于角色的访问控制。SELinux默认与CentOS和Fedora打包在一起，可以以三种模式之一运行：禁用、允许或强制执行。
OpenCV的全称是Open Source Computer Vision Library，是一个跨平台的计算机视觉库。OpenCV是由英特尔公司发起并参与开发，以BSD许可证授权发行，可以在商业和研究领域中免费使用。OpenCV可用于开发实时的图像处理、计算机视觉以及模式识别程序。该程序库也可以使用英特尔公司的IPP进行加速处理。
为了学习使用Faster R-CNN,需要安装OpenCV +Python环境，之前已经在CentOS下安装好了python2.7。yum安装的opencv是2.0版本,安装了opencv-python，但python中import cv2仍会报错，无法满足需要。所以决定用编译方式安装opencv。
sudo apt-get install Python-dev python-numpy
从本节开始之后的几节将介绍关于Android NDK和OpenCV整合开发的内容，本节介绍Android NDK 和 OpenCV 整合开发的环境搭建以及人脸检测项目的运行测试。
OpenCV（Open Source Computer Vision Library）是一个开源的计算机视觉库，它提供了很多函数，这些函数非常高效地实现了计算机视觉算法（最基本的滤波到高级的物体检测皆有涵盖）。 OpenCV 使用 C/C++ 开发，同时也提供了 Python、Java、MATLAB 等其他语言的接口。如果你不了解 C/C++，请阅读《C语言教程》和《C++教程》。 OpenCV 是跨平台的，可以在 Windows、Linux、Mac OS、Android、iOS 等操作系统上运行。应用领域非常广泛，包括图像拼接、图像降噪、产品质检、人机交互、人脸识别、动作识别、动作跟踪、无人驾驶等。还提供了机器学习模块，你可以使用正态贝叶斯、K最近邻、支持向量机、决策树、随机森林、人工神经网络等机器学习算法。
最近在学点新东西，教程中主要也是在Linux中使用，对于我这个以前从未接触Linux系统的人来说，正好也是个机会掌握下LInux系统。这篇就是记录在Linux下安装OpenCV的笔记。
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