xlsx文件,是2007,2013,2016版本的Excel文件,R语言中可以通过openxlsx包进行读取。
最傻的方法:一个个导出呗,导到不同的excel表格中。但是问题来了,我要模拟10组参数,每个参数有5个表格,这样做的话会产生50个表格!这多让人头大。
rownames(a) #查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...dim(a)#几行几列
一般情况下我们需要分析的数据都是存储在文件中,那么利用 R 分析数据的第一步就是将输入读入 R 语言。如果分析的数据是记录在纸质载体上,还需要将数据手动录入,然后保存为一个文件。在 R 中分析文件一般是文件文件,通常是以逗号分隔的 csv 文件,如果数据本身包含逗号,就需要使用制表符 tab 分隔的文件。有些情况下还有需要处理其他统计软件生成的文件,例如 Excel 生成的 xlsx 格式文件等。R 可以很方便地读写多种格式文件。
上一节课我们熟悉了R语言中的各种数据类型,帮大家复习一下,这些数据类型包括了向量(vector)、矩阵(matrix)、数组(array)、数据框(data.frame)和列表(list),还提到了因子(factor)。这些数据类型在我们运用R语言解决实际问题的时候都非常有用,在上节的例子中我们是在R里面直接生成的数据,但是实际数据分析中,如何快速灵活的读取和处理多种格式的外部数据呢?这节课的主要内容,我们就来讲讲R语言中数据的读取。
偶尔我们会遇到将多个sheets合并为一个的需求, 但是如果有几十个sheets合并起来既容易出错又麻烦, 有些时候文档内格式还不统一, 所以用代码跑就对了.
最近,星球内有位老师问了一个问题,之前我写了一篇博客(Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式),老师说他的数据和我的一样,却报错了:
这里有三个cluster,接下来找其marker基因,并合并成大的dataframe
readxl软件包使从Excel到R的数据获取变得容易。与许多现有软件包(例如gdata,xlsx,xlsReadWrite)相比,readxl没有外部依赖性,因此在所有操作系统上都易于安装和使用。它旨在与表格数据一起使用。
上篇原创推文使用了geopandas进行了房价分布的地图推文教程,本期我们将使用绘图功能更加强大的ggplot2 以及其推展包进行地图绘制和图表美化工作,主要涉及的知识点如下:
本教程是针对The more mindfulness practice, the more post‐trauma stress symptoms? Trait mindfulness and PTSS during the COVID‐19 pandemic文献的结果复现。
实际上,R 中有大量的内置数据集可用于分析和实践,我们也可以在R 中创建模拟特定分布的数据。而在实际工作中,数据分析者更多时候面对的是来自多种数据源的外部数据,即各式各样扩展名的数据文件,如 .txt、.csv、.xlsx、.xls 等。不同扩展名的文件代表不同的文件格式,这常常会给分析者带来困扰。
简介 多元统计分析:多维标度 MDS 分析 案例 各地区工资水平的多维标度分析 library(openxlsx) Case12 = read.xlsx("../Res/mvcase5.xlsx", "Case12", rowNames = T) head(Case12) 📷 image-20201212193858279 # isoMDS 需 MASS library(MASS) D = dist(Case12) mds = isoMDS(D, k = 2);mds 📷 image-20201212
如何快捷地将前六列的内容直接转换为数值型,还不需要赋值一个新向量跟最后一列拆开?(同一个表中直接转换,前六列数值,最后一列字符)
想要实现一个功能, 将不同的数据写入一个Excel中, 不同的数据对应不同的sheet表, 看了一下R语言, 找到的解决方法如下.
https://github.com/jokergoo/ComplexHeatmap
由于 X-squared=118.1,p-value<0.001,所以 拒绝原假设 H_0,接受 H_1,认为因素A和因素B不独立,
有些人可以成功,也有很多人各种报错,这里介绍一下常见的问题以及解决方法。帮到别人,记录一下,能帮到更多的人,毕竟:
ggballoonplot(气球图)可用于多分类数据的可视化展示,其中每个单元格都包含一个点,其大小反映了相应组件的相对大小。
发表论文一般需要三步,写,投,改。好不容易定好了题,好不容易算完了数据,好不容易改完了稿,却不知道如何选择最适合自己的期刊,实在有一些可惜。因此,对本领域发文情况做一次检索是非常必要的。
计算Fisher线性判别函数。 首先将数据集 、 、 、 、和合并协方差阵 输入:
今天做了下因子分析中的东东,本来想找一些公共网站的数据,限于时间和要做一些数据整理,时间来不及,就找了一个现成的数据源。
解决的痛点,安装一个R包时,需要一行命令,安装很多R包就需要很多命令。另外,安装前,如果想要判断是否已经安装了,又要更多的命令代码。
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作为专业人员,要不断的学习新事物,多多读书思考,克服浮躁情绪,才可以让自己的内心清澈如池水。不断的注入活水(新知识),才能滋润心灵焕发神采,才能达到比较高的境界!
给向量按照逻辑值取子集,scores>60输出结果是逻辑值(比较运算的输出结果是逻辑值
大家好,是不是有时候你画韦恩图的网页工具画出来的图特别丑,就像这样,标签都看不到,或者在圆圈里面:
因子旋转方法: - 正交旋转(Orthogonal Rotation) - 斜交旋转(Oblique Rotation)
下面给出五个元素两两之间的距离,试利用最短距离法、最长距离法和类平均法做出五个元素的谱系聚类,画谱系图并做出比较。
注意:这个数据使用了ensemble id作为基因名,后续需要换为gene symbol
批量处理后的数据暂无缺失值,若存在个别缺失值很正常,通常是因为数据源地址结构不是省+市+区县+街道格式,若数据源地址结构无明显规律,建议url代码中添加“&city”,运行过程中有啥问题,请私聊我可改进代码~
简介 步骤 1. Fisher 判别(线性判别) fd4 <- lda(G~x1+x2+x3+x4, d4_uni);fd4 print('------------------------------------') predict(fd4)$class # 预测结果 print('------------------------------------') ftab4 <- table(predict(fd4)$class, d4_uni$G);ftab4 # 判别矩阵 print('--------
大家好,我是邓飞,上一次,我们介绍如何根据显著性snp,使用bedtools根据上下游距离,根据gff文件注释基因。(使用bedtools进行gwas基因注释)
火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大;纵坐标为P value(P值),值越大差异越显著。得名原因也许是因为结果图像火山吧!
大家好,我是飞哥,很多时候,我们需要对Excel进行批量处理,毕竟,没有批量二字,就彰显不出程序员的气质。
有时候,我们会遇到Excel格式的基因型数据,这篇博文介绍一下如何手动转为plink格式。
很多同学也许会问,bar图有什么难的,我科研论文做第一张图就是bar图,so~so~easy。
oncoplot (瀑布图)经常出现在肿瘤研究中的Fig1 ,可以展示多种变异类型的全景图。
机器学习构建预后模型的文章很多,且越来越卷,动不动就是10种模型的101种组合,这个系列会逐一的介绍这些常用于预后模型变量筛选和模型构建的机器学习方法。
以项目的方式管理R代码和文件,可以很大程度规避 1)工作路径不对,2)找不到文件 ,3)代码和文件不对应 ,等常见的问题。
肿瘤分型分析是生信文章中的常客,大致是通过将基因的表达量进行聚类或者非负矩阵分解,发现新的亚型,然后对不同亚型的临床特征,免疫特征等进行比较分析,文章末尾简单的列了一些应用。
本篇,用书籍中的数据和结论,用R语言的一般线性模型和混合线性模型,做一下一年多点的联合方差分析的演示。
前面单细胞免疫组库VDJ|和Nature学STARTRAC,定量T细胞动态变化介绍了2018年NATRUE 文章中的STARTRAC方法,可以应用于单细胞免疫组库数据来揭示T细胞动态变化的分析。可以定量刻画T细胞的组织分布、克隆扩增情况、组织迁移和状态变化等。
现如今越来越多的用户偏爱线上交易,越来越少的人会选择去银行网点咨询,银行业要如何精准营销呢?相比传统的问卷调查,大数据金融科技可以更好地为银行赋能。
现在rio包支持读取multi object的文件例如(Excel workbook, .Rdata file, zip directory, or HTML file)
类似PCA的做法: 每组 变量 中 选择 若干代表性 综合指标(变量的线性组合),通过 研究 两组 综合指标 间关系 来反映 两组变量间 相关关系 即 线性组合 之间的相关关系 步骤:
能把学习的编程技能用在实际工作中,提升效率、解决痛点、释放生产力,个人觉得是学习编程技能ROI最高的回报,而非都要挤破头成为数据科学家、算法工程师,毕竟这些职业的门槛一直都在,但让工作更轻松却是任何一个职业都有的真实诉求。
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