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还是用RSeQC对比对后转录数据一下质控

染色体大小文件: 只有两列纯文本文 Fasta文件参考基因 数据库文件根据参考基因版本自行选择下载,我这里要下载是hg19系列,下载地址如下: 希望读者能够明白,看教程一定要看规律,我为什么列出如此多...### 软件安装 虽然该软件使用命令非常多,但很多功能并不是用来诊断转录测序,所以不在我们考虑范围内。...下面是我们经常会用得到: 用 来统计总比对记录, , 表示多匹配位点, , , , 等. 可以看到比对效果非常赞,这个转录很成功!...RPKM_saturation.py   任何样本统计( )精度受样本大小( )影响,重抽样或切片是使用部分数据来评估样本统计量精度方法。...写在最后: NGS学分析流程每一个步骤都应该是有充分质量控制,主要是考虑到各个项目的实际情况可能会比较特殊,如果都走一样自动化,流水线流程,肯定是会有问题

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对比Excel,学习pandas数据透视表

Excel中数据透视表 ① 选中整个数据源; ② 依次点击“插入”—“数据透视表” ③ 选择在Excel中哪个位置,插入数据透视表 ④ 然后根据实际需求,从不同维度展示结果 ⑤ 结果如下 pandas...用pivot_table()数据透视表 1)语法格式 pd.pivot_table(data,index=None,columns=None, values=None,aggfunc...mean', margins=False,margins_name='All', dropna=True,fill_value=None) 2)对比...excel,说明上述参数具体含义 参数说明: data 相当于Excel中"选中数据源"; index 相当于上述"数据透视表字段"中行; columns 相当于上述"数据透视表字段"中列; values...案例说明 1)求出不同品牌下,每个月份销售数量之和 ① 在Excel中操作结果如下 ② 在pandas操作如下 df = pd.read_excel(r"C:\Users\黄伟\Desktop\

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对比Excel,学习pandas数据透视表

Excel中数据透视表 ① 选中整个数据源; ② 依次点击“插入”—“数据透视表” ③ 选择在Excel中哪个位置,插入数据透视表 ④ 然后根据实际需求,从不同维度展示结果 ⑤ 结果如下 pandas...用pivot_table()数据透视表 1)语法格式 pd.pivot_table(data,index=None,columns=None, values=None,aggfunc...mean', margins=False,margins_name='All', dropna=True,fill_value=None) 2)对比...excel,说明上述参数具体含义 参数说明: data 相当于Excel中"选中数据源"; index 相当于上述"数据透视表字段"中行; columns 相当于上述"数据透视表字段"中列; values...案例说明 1)求出不同品牌下,每个月份销售数量之和 ① 在Excel中操作结果如下 ② 在pandas操作如下 df = pd.read_excel(r"C:\Users\黄伟\Desktop\

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origin怎么多组柱状图_origin怎么对比数据

数据横坐标不是等间距时曲线绘制 用实验数据作图时,会遇到数据横坐标不是等间距情况,比如: X:1,3,4,8,9,12,… Y:10.2,10.5,11.4,11.8,10.9,10.2,…...如果只有一实验数据,则按照普通方法在Worksheet中分别输入X,Y值,然后用“线+符号”方式绘图即可。...Y2:13.2,13.5,14.4,13.8,13.9,13.2,… 这时如果将两数据X值放在一列里,则Y1和Y2会出现不连续情况,绘出曲线发生间断。...多图层下绘图——图层使用 1)两数据横坐标相差小,纵坐标相差大情况 2)横坐标相差大,纵坐标相差小情况 3)横坐标和纵坐标相差都大 图层建立如图2所示 图2 新图层建立过程 3....添加误差棒 (1)计算标准偏差,将所有数据输入Excel, 分别计算每组数据平均值 (2)将所有数据输入Excel,用公式“stdev”计算每组数据标准偏差 (3)将X轴数据,平均值,标准偏差输入origin

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数据分析利器 pandas 系列教程(四):对比 sql 学 pandas

作为 pandas 教程第四篇,本篇将对比 sql 语言,学习 pandas 中各种类 sql 操作,文章篇幅较长,可以先收藏后食用,但不可以收藏后积灰~ 为了方便,依然以下面这个 DataFrame...90 pandas 写法:and 符号 &,df[(df['sex']=='male') & (df['grade']>90)] 常见 pandas 错误写法: 由于 sql 思维惯性,把 & 写成...这样选择出来 dataframe,其 index 是不连续,因为 pandas 选择,连同原来 index 一起选择了,符合条件行,在原来 dataframe 中,index 几乎不可能连续...name,即只有 Bob、Alice 两人共六门成绩 左外连接 保留左表中 name 中出现而右表没有出现,同时对应右表 number 字段置空 右外连接 参见左外连接 全外连接 都置空 pandas...这四种连接对应 sql 及 pandas 写法如下表: 连接 sql pandas 内连接 select * from tb inner join right_tb on tb.name=right_tb.name

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对比Excel,Python pandas删除数据框架中

标签:Python与Excel,pandas 删除列也是Excel中常用操作之一,可以通过功能区或者快捷菜单中命令或者快捷键来实现。...上一篇文章,我们讲解了Python pandas删除数据框架中行一些方法,删除列与之类似。然而,这里想介绍一些新方法。取决于实际情况,正确地使用一种方法可能比另一种更好。...准备数据框架 创建用于演示删除列数据框架,仍然使用前面给出“用户.xlsx”中数据。 图1 .drop()方法 与删除行类似,我们也可以使用.drop()删除列。...实际上我们没有删除,而是创建了一个新数据框架,其中只包含用户姓名、城市和性别,有效地“删除”了其他两列。然后,我们将新创建数据框架赋值给原始数据框架以完成“删除操作”。注意代码中双方括号。...重赋值 当数据框架只有几列时效果最好;或者数据框架有很多列,但我们只保留一些列。 如果我们需要保留许多列,必须键入计划保留所有列名称,这可能需要大量键入。

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对比Excel,Python pandas删除数据框架中

标签:Python与Excel,pandas 对于Excel来说,删除行是一项常见任务。本文将学习一些从数据框架中删除行技术。...准备数据框架 我们将使用前面系列中用过“用户.xlsx”来演示删除行。 图1 注意上面代码中index_col=0?如果我们将该参数留空,则索引将是基于0索引。...使用.drop()方法删除行 如果要从数据框架中删除第三行(Harry Porter),pandas提供了一个方便方法.drop()来删除行。...inplace:告诉pandas是否应该覆盖原始数据框架。 按名称删除行 图2 我们跳过了参数axis,这意味着将其保留为默认值0或行。因此,我们正在删除索引值为“Harry Porter”行。...这次我们将从数据框架中删除带有“Jean Grey”行,并将结果赋值到新数据框架。 图6

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pandas与SQL查询语句对比

pandas官方文档中对常用SQL查询语句与pandas查询语句进行了对比,这里以 @猴子 社群里面的朝阳医院数据为例进行演示,顺便求第四关门票,整体数据结构如下: import pandas...SELECT 从中选择“商品名称”,“销售数量”两列 SQL: SELECT "商品名称","销售数量" FROM cyyy LIMIT 5 PANDAS: df[['商品名称','销售数量']].head...WHERE 从中筛选出销售数量为3件销售记录 SQL: SELECT * FROM cyyy WHERE "销售数量" = 3 LIMIT 5 PANDAS: df[df['销售数量']==3].head...GROUP BY 在Pandas中可以使用groupby()函数实现类似于SQL中GROUP BY功能,groupby()能将数据集按某一条件分为多个,然后对其进行某种函数运算(通常是聚合运算)。...如统计每种药品销售记录数量 SQL: SELECT 商品名称,count(*) FROM cyyy GROUP BY 商品名称 PANDAS: df.groupby('商品名称').size().head

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Pandas数据右边数据合并到左边,如何

一、前言 前几天在Python最强王者交流群【FiNε_】问了一个Pandas数据处理问题。...问题如下所示:右边数据合并到左边 以time 其中左边时间序列短 右边时间序列长 粉丝自己写代码如下:pd.merge(df1, df2, how='left') 得到结果如下,有重复行: 二、实现过程...后来【隔壁山楂】还给了一个指导:你原始拼接表有重复行。...经过指导,这个方法顺利地解决了粉丝问题。 如果你也有类似这种数据分析小问题,欢迎随时来交流群学习交流哦,有问必答! 三、总结 大家好,我是皮皮。...这篇文章主要盘点了一个Pandas数据处理问题,文中针对该问题,给出了具体解析和代码实现,帮助粉丝顺利解决了问题。

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Pandas 中使用 Merge、Join 、Concat合并数据效率对比

来源:Deephub Imba本文约1400字,建议阅读15分钟在 Pandas 中有很多种方法可以进行DF合并。本文将研究这些不同方法,以及如何将它们执行速度对比。...让我们看一个如何在 Pandas 中执行连接示例; import pandas as pd   # a dictionary to convert to a dataframe data1 = {'...First_Class   60   1   Second_Class   30   2       Same_day   40   3 Standard Class   50 Merge和Join效率对比...PandasMerge Joins操作都可以针对指定列进行合并操作(SQL中join)那么他们执行效率是否相同呢?...但是,Join运行时间增加速度远低于Merge。 如果需要处理大量数据,还是请使用join()进行操作。 编辑:王菁 校对:林亦霖

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对比Excel,Python pandas数据框架中插入列

标签:Python与Excel,pandas 在Excel中,可以通过功能区或者快捷菜单中命令或快捷键插入列,对于Python来说,插入列也很容易。...我们已经探讨了如何将行插入到数据框架中,并且我们必须为此创建一个定制解决方案。将列插入数据框架要容易得多,因为pandas提供了一个内置解决方案。我们将看到一些将列插入到数据框架不同方法。....insert()方法 最快方法是使用pandas提供.insert()方法。...注意,此方法还可以通过向原始df添加一个新列来覆盖它,这正是我们所需要。但是,使用此方法无法选择要添加新列位置,它将始终添加到数据框架末尾。...图3 这样,我们可以根据自己喜好对列名列表进行排序,然后将重新排序数据框架重新分配给原始df。

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对比Excel,Python pandas数据框架中插入行

标签:python与Excel,pandas Excel中一项常见任务是在工作表中插入行,这可以通过Excel功能区命令或者右键快捷菜单或者快捷键来完成。...在Python中处理数据时,也可以将行插入到等效数据框架中。 将行添加到数据框架中 pandas没有“插入”功能,我们不能在想象工作表中右键单击一行,然后选择.insert()。...pandas内置函数不允许我们在特定位置插入行。内置方法只允许我们在数据框架末尾添加一行(或多行),有两种方法:append和concat。它们工作原理非常相似,因此这里将只讨论append。...图1 刚刚创建了一个5×3数据框架。现在,如果想向其中添加一行,可以使用append(),它接受下列项目之一:数据框架、序列或字典。为了更好地说明,让我们添加值为100一行。...图5:在pandas中插入行图形化演示 我们可以模仿上述技术,并在Python中执行相同“插入”操作。回到我们假设要求:在第三行(即索引2)之后插入一行。

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对比Excel,更强大Python pandas筛选

标签:Python与Excel,pandas 能够对数据进行切片和切分对于处理数据至关重要。...与Excel中筛选类似,我们还可以在数据框架上应用筛选,唯一区别是Python pandas筛选功能更强大、效率更高。...准备用于演示数据框架 同样,我们使用原来用过世界500强数据集。首先,我们将激活pandas并从百度百科加载数据。...此数据框架包括原始数据集中所有列,我们可以将其作为一个独立表(数据框架)使用,而不需要额外步骤(例如,如果我们在Excel中进行筛选后,需要将其复制到另一个工作表或删除其他行以使其成为“一个表”)...图2 发生了什么(原理) 了解事情究竟是怎么发生很重要,这将帮助我们理解如何在pandas上使用筛选。

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Day.5利用Pandas数据处理(二)

数据合并 使用Join()合并,合并方式是根据行和行进行合并。...# 使用join合并,着重关注是 行合并 import pandas as pd df1=pd.DataFrame({'Red':[1,3,5],'Green':[5,0,3]},index=list...时间序列分析主要目的是根据已有的历史数据对未来进行预测。经济数据中大多数以时间序列形式给出。根据观察时间不同,时间序列中时间可以是年份、季度、月份或其他任何时间形式,下面是如何创建时间序列。...for name,group in group_by_name: print(name)# 名字 共三 print(group)# 具体内容 ''' BOSS name...# 读取数据并观察 data = pd.read_csv('pandas_movie.csv') print('数据形状:', data.shape) # 数据形状: (5043, 28) #print

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利用 Pandas transform 和 apply 来处理级别的丢失数据

资料来源:Businessbroadway 清理和可视化数据一个关键方面是如何处理丢失数据Pandas 以 fillna 方法形式提供了一些基本功能。...虽然 fillna 在最简单情况下工作得很好,但只要数据数据顺序变得相关,它就会出现问题。本文将讨论解决这些更复杂情况技术。...这些情况通常是发生在由不同区域(时间序列)、甚至子组组成数据集上。不同区域情况例子有月、季(通常是时间范围)或一段时间大雨。性别也是数据中群体一个例子,子例子有年龄和种族。...文章结构: Pandas fillna 概述 当排序不相关时,处理丢失数据 当排序相关时,处理丢失数据 Pandas fillna 概述 ?...让我们使用前面的例子,但是这次,我们进一步将数据细分为年龄

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