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DegePrime:寻找最高覆盖的简并引物

研究使用一种weighted randomized combination的算法,寻找最高覆盖的简并引物。...在引物的设计过程中,较高的简并有利于较高的覆盖率,但也可能导致非特异性扩增。因此,简并引物设计需要权衡特异性和覆盖(敏感性)。...本文开发的DegePrime可以对MC-DPD问题进行近似求解,且得到的引物覆盖高于之前软件HYDEN。 ? DegePrime得到覆盖高于HYDEN。...新引物与宏基因组结果基本一致,且新引物丰高于老引物。...1表示只输出每个序列中都有核苷酸的列); 第二步,主程序DegePrime.pl进行引物设计,输入引物长度及简并(满足2^i * 3^j,i和j为整数),并输出覆盖及相应简并信息。

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    如何简单计算PHP网站是否已经最高负载

    现在说一下怎么简单计算你的项目最大能支撑的访问(以 nginx+php-fpm 为例)。...(当然这是理想情况下,不过用来判断大致的负载情况够了) 如何知道机器 php-fpm 进程数 首先我们需要查看 php-fpm 的配置文件,需要查看以下几个参数。...pm.max_children:静态方式下开启的 php-fpm 进程数量 pm.start_servers:动态方式下的起始 php-fpm 进程数量 pm.min_spare_servers:动态方式下的最小...php-fpm 进程数 pm.max_spare_servers:动态方式下的最大 php-fpm 进程数量 因此如果你的机器设置为静态,那么 php-fpm 进程数取 pm.max_children...原创文章采用CC BY-NC-SA 4.0协议进行许可,转载请注明:转载自:如何简单计算PHP网站是否已经最高负载

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    用Python来比较简历和职位匹配

    那么这里发挥Python的实用性功能,我们用来帮你计算你的简历和哪份岗位匹配最高。...一、原理我们以一个最简单的原理,就是你的简历上出现的工作技能和岗位上需求技能的关键词匹配最高,那么就认为这个岗位最适合你。当然这是一个基于这个简单原理给出的预测。...本文以最简单比较好理解的余弦相似,用python实操如何比较两段文字的相似。二、python实操我们使用numpy来演示两段文档的余弦相似2.1 文档向量化在此之前,我们需要对文字进行分词处理。...test_cosine()这里就得到求职者1 对岗位1 和岗位2的相似为0.18和0.07求职者2 对岗位1 和岗位2的相似为0.31和0.69那么我们认为求职者1去找岗位1的相似高,求职者2取找岗位...2 的相似高。

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    使用Faiss进行海量特征的相似匹配

    背景 我们不妨想象下面的几个例子: 输入一张商品的图片,从商品库中匹配出相似的商品,这是以图搜图的一个例子; 输入一小段音乐,从音乐库中匹配出对应的音乐出,这是MIR的一个例子; 输入一张人脸,从人脸底库中匹配出对应的人...,这是1:N 人脸识别的一个例子; 像这样的例子还有很多,事实上,以神经网络对样本进行特征的提取,然后在海量的特征库里进行特征相似的搜索/比对/匹配,已经是AI技术落地的一大领域。...Faiss就是Facebook维护的一个高效的特征相似匹配和聚类的库。 本文将从最基本的特征比对说起,然后落脚到我们为什么需要Faiss,以及Faiss上提供的在特征比对之外的功能。...blob/master/examples/a_resnet_project/test_emb.py 假设我们现在要在db里放入7030张图片的特征来作为我们的特征库,之后,待搜索的图片就和该特征库来做相似匹配...让Faiss进行更快的检索:IVF IndexFlatL2的暴力L2距离匹配是最基本的用法。

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    php utf-8编码 正则匹配中文

    unicode里面 中文的区域的0x4e00-0x9fa5 在java或者js这种已unicode编码处理字符串的编程语言中 /^[\u4e00-\u9fa5]+$/就可以判断一个字符串是否全部为中文 那么php...中 字符的编码根据页面而定 页面是gbk的 字符编码就是gbk的 utf-8也同理 之前有一个表达式 “/^[\x80-\xff]+$/” 仅仅可以匹配是否含有非ascll字符 而汉字只是其中一个比较小的区域...不太精确 由于我的页面编码是utf-8的 于是把js的表达式搬到php中来 提示PCRE不支持”\u”和其他乱七八糟的一大堆东西 后来查资料了解到 php的正则有一种叫做字符组的东西 用\x...又提示”\x”表达式后的数字太大 又查了资料 了解到可以使用修正模式”u” 让程序把后面当成unicode字符处理 于是改成了”/^[\x{4e00}-\x{9fa5}]+$/u” 测试成功 所以php...下正则匹配中文的表达式是 “/^[\x{4e00}-\x{9fa5}]+$/u” 这个仅适用于utf-8编码

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    微服务架构: 人脑与工具间最佳、最高效的匹配工作模式

    但真正的重点是: 微服务的架构,可大幅的降低以往产品(系统),在人为介入时的架构设计、需求分析、设计、开发、测试上的复杂,而可降低因人为介入所产生的错误与风险。...当然,“复杂、错误、风险、不灭定律”;产品(系统)自身的复杂、错误、风险,不会因微服务而降低。...但是,微服务提供了另一种的思维,提供了另一种的解决方案;将产品(系统)自身的复杂、错误、风险,由以往过度依赖人类行为的解决方式,转变为由 “运维工具”,来解决,来承担。...微服务架构正试着引领着我们,找出人脑与工具间最佳、最高效的匹配工作模式。” 欢迎大家来试试……

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    转-------CNN图像相似匹配 2-channel network

    其实我觉得,用“计算相似”这个词有点不合适,我觉得应该翻译为匹配程度。...因为文献所采用的训练数据中,如果两张图片匹配,输出值标注为y=1,如果两张图片不匹配,那么训练数据标注为y=-1,也就是说,这个训练数据的标注方法,根本就不是一个相似度数值,而是一个是否匹配的数值。...我们打个比方,有三样物体:钢笔、铅笔、书包,那么在训练数据中,就把钢笔和铅笔标注为y=1,而不是用一个相似度数值来衡量,比我钢笔和铅笔的相似我们把它标注为y=0.9……,所以说用于用相似这个词有点不合理...这样算法的最后一层直接是全连接层,输出神经元个数直接为1,直接表示两张图片的相似。...OK,经过上面的三次进化,网络最后的结构,也就是精度最高,paper最后的算法就是:2-channel+Central-surround two-stream+SPP 的网络结构,因为文献没有把这个网络的结构图画出来

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    NLP | 神经网络语义匹配技术

    NLP专栏 作者:百NLP 一、序言 文本匹配是自然语言处理中一个重要的基础问题,自然语言处理中的许多任务都可以抽象为文本匹配任务。...例如网页搜索可抽象为网页同用户搜索 Query 的一个相关性匹配问题,自动问答可抽象为候选答案与问题的满足匹配问题,文本去重可以抽象为文本与文本的相似匹配问题。...这表明,对文本匹配任务,不能只停留在字面匹配层面,更需要语义层面的匹配,不仅是相似匹配,还包括更广泛意义上的匹配。 针对前述问题,有各种改进工作。...而且可以直接建模非相似类的匹配问题。...此时,我们依据大数据下的统计分析,可以发现「汽车-蓝牙」的统计量得分最高,「自动-连接」次之,「蓝牙-自动」最小,那么依照设定的统计量阈值,我们就得到了基于 Bigram 粒度的输出。 ?

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    用机器学习来计算工作技能的匹配

    概述 此项目的主要内容是应用机器学习方法来判断简历中工作技能的匹配程度。一家机构向纽约数据科学研究院的学生陈述了此项目,他们希望找到合适的学生来完成项目。...虽然有其他方法来判断工作技能之间的语义相关,但机器学习技术带给我们更有趣和强大的结果。 II. 词向量 该机构为我们提供了大约250,000份简历的文本数据。...我们决定用Word2vec的词向量技术来评测清单中3000项技能的相似,这里假设简历的文本数据就是Word2vec的文本集合。...向量空间创建之后,我们下一步任务就是评估向量空间对工作技能相关的描述准确性。我们在向量空间使用聚类的方法,以评估词向量是否将工作技能聚集到对应的类别中。 a....使用聚类分析作为一个整体,我们可以发现除了刚才的词向量距离来测量”技能关联”之外的另一种方法。

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    网站关键字匹配不高怎么办?

    多数站长只用百指数来检测关键词搜索量,而忽略了百指数的其它重要功能,如特定行业的男女用户比例、地域分布、年龄分布、职业分布等。...通过查看百推广背后的关键词计划,可以确定百推广中的关键词数。一般而言,竞争的成本很高,程度也很高。完整的搜索和竞争指数可用于百推广。易选关键字,竞争力低,搜索流量小。...匹配强的关键字。...选择关键字时,我们需要确定自己网站的主题,如想做网站建设服务类型,就可以将相似的关键字作为网站建设的核心,如网站建设,匹配的关键字是网站制作、网站设计、网站开发等等,一个网站的关键字如果匹配不高,那就没有多少效果...,其实匹配不高,就是没有任何转化率可言,第二,关键字不具有可优化性,关键字匹配越高,网站的排名越好,转化好,价值也就越高。

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    PHP7 达到最高性能的几个建议

    原文出处: 惠新宸(@Laruence) PHP7 已经发布了,作为PHP十年来最大的版本升级,最大的性能升级,PHP7在多放的测试中都表现出很明显的性能提升,然而,为了让它能发挥出最大的性能,我还是有几件事想提醒下...Opcache 记得启用Zend Opcache,因为PHP7即使不启用Opcache速度也比PHP-5.6启用了Opcache快,所以之前测试时期就发生了有人一直没有启用Opcache的事情。...在php.ini中加入: opcache.file_cache=/tmp 这样PHP就会在/tmp目录下Cache一些Opcode的二进制导出文件,可以跨PHP生命周期存在。 5....来提升PHP,专门为你的这个项目提高性能。...首先在编译PHP的时候首先: $ make prof-gen 然后用你的项目训练PHP,比如对于Wordpress: $ sapi/cgi/php-cgi -T 100 /home/huixinchen

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    杂乱文本按”相似“进行匹配?Power Query实现不难!

    最近,碰到好多个在问怎么实现两列杂乱文本按“相似”进行匹配的问题。...最关键的是:“相似”怎么定义?目前,最常见的说法应该是:相同的字数越多,代表相似越高。...虽然就我的理解来看,这个定义并不是太可靠,但也许对于很多人来说,这个定义也能得到一些比较满意的匹配结果,所以,就搞一搞试试。...又或者说,对于你的数据来说,相似是怎么定义的?欢迎留言。 首先,看看要进行匹配的两列简单数据,如下图所示。...接下来排序,加索引固定排序结果: 最后,分组并修改代码提取相似最高的数据(每组第1行),如下图所示: 结果如下: 至此,整个操作过程完成,每一个步骤以及涉及的函数其实都不复杂

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