https://www.nature.com/articles/s41559-022-01823-x#data-availability
继续我的qiime2图形界面q2studio学习笔记,之前已经获得了featuretable,现在对这个表做个统计。依旧是很简单的,选择featuretable--visualization-summarize table,这里是需要实验设计文件(metadata)的,最好放上,这里我就不放了。点run之后,很快就有结果了。
4.1号Nucleic AcidsResearch刊出了iTOL更新到V4版本的文章。
对于生信初学者而言,最大的困难是身边没有经验丰富的人给予指导。而ChatGTP的出现可能改变这一现状,学生可以自己作为导师,指导ChatGPT完成数据分析工作。
昨天我们讲解了进化树构建的数据下载以及利用mega进行数据的比对:进化树构建的基本过程(上)。今天我们就来讲解一下如何利用利用mega构建简单的进化树。
2.一个新工具:qiime tools cast-metadata,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types
虽说版本都更新到X了,但小编还是比较喜欢用MEGA7这个版本,从官网上下载即可。这个版本的界面是酱紫的。
目前已有许多软件算法可用于微生物基因组和宏基因组数据的系统发育研究,比如 PhyloPhlAn,PhyloSift,ezTree,GToTree,AMPHORA 等等。但绝大多数方法都或多或少的存在一些局限,例如现在还没有一种方法可以选择不同的基因组区域以进行最佳分类,也不能充分整合公共数据库进行分析。基于上述痛点,PhyloPhlAn 最近迎来了一次大升级,新版本不但对之前的版本完全重写还增加了很多新功能。
VCF2PopTree: a client-side software to construct population phylogeny from genome-wide SNPs
前几天有人问我R里面怎么做零模型。 有现成的函数,picante包的randomizeMatrix直接就搞定了。 我回复之后随便在网上搜了一下,意外发现竟然没有搜到相关的文章。 那就简单写写吧。
工具对应的github主页 https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis
https://www.nature.com/articles/s41559-022-01753-8
QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴来了!疫情仍在,学习的好时光呀,加油!这次更新有一些小的命令更改,已经把需要关注的重点更新突出显示。官方提醒下一次的更新发布是QIIME 2 2020.5,请持续关注更新。
地球上所有的生物都可以追溯到一个共同的祖先。任何较小的物种群也可以将其祖先追溯到共同的祖先,通常是最近的祖先。
APE:在R语言中分析系统发育和进化 (e.g. 在获得全基因组Alignment之后)
MEGA是一个用于多序列比对和可视化、以及构建系统发育树的免费程序。自1993年发布以来,MEGA共更新9个版本 (没有第八、九版),今年发布的MEGA 11为处理更大的数据集进行了优化。
NOVOPlasty 软件的配置文件是 lettuce2020/NOVOplasty.config.txt at master · popgenome/lettuce2020 (github.com)
多序列比对在保守区域鉴定,系统发育分析,motif识别等多个领域发挥重要作用,是生物信息数据分析必备的基础技能之一。Clustal是一款经典的多序列比对工具,支持DNA, RNA, 蛋白质的比对。官网如下
Minimal physicalism as a scale-free substrate for cognition and consciousness
大多数现代分类系统都是基于生物体之间的进化关系——即生物体的系统发育。基于系统发育的分类系统以反映我们对它们如何从共同祖先进化而来的理解的方式组织物种或其他群体。
随着生物信息的发展,生物信息学相关的文章近 10 年呈现大量增加的趋势。世间万物皆可比较,你有没有想过,生物信息发文章哪家强(山东技校找蓝翔)?
2、q2-dada2 denoise-paired增加了一个新的参数,使这种方法的用户能够控制最小长度的前进/反向重叠。此方法的的默认值12,和先前版本保持不变。
1.qiime tools validate这个命令现在可以确认.qzv文件的有效性了,而且会进行md5值的校验。
Finding groups of objects such that the objects in a group will be similar (or related) to one another and different from (or unrelated to) the objects in other groups
1月8日下午,微博网友为@水草199604突然爆料,称自己是浙江龙泉市疾控中心王淼若,要实名反映慈溪疾控中心范飞能等人剽窃其团队科研成果。
随着基因组和宏基因组的测序成本逐渐降低,直接获取环境中微生物的基因组变得越来越容易,大大促进了科学家们对微生物尤其是无法纯培养微生物的了解。当我们通过基因组测序或者宏基因组测序binning获得一个新的基因组时,我们如何判断其处于哪一个系统发育分支?也许搜寻其中的16S序列并与数据库进行比对是个可行的方法,然而宏基因组binning获得的基因组(bins)常常丢失16S序列。本文将介绍两个基于全基因组的系统发育分类工具PhyloPhlAn与GTDB-Tk。
前面我们使用 pyclone 分析了肿瘤样本的 clusters 结构,接下来我们进一步分析肿瘤进化,画一个鱼图,需要用到的工具是 citup 和 Timescape
提醒一下,我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发布 (QIIME 2 2020.8),但请继续关注更新。
该 SOP 基于 QIIME2 2020.2,学习之前建议先过一遍 QIIME2 “Moving Pictures” tutorial[1]。
OrthoMCL能做什么 Orthologs are homologs separated by speciation events. Paralogs are homologs separated by duplication events. Detection of orthologs is becoming much more important with the rapid progress in genome sequencing. OrthoMCL is a genome-scale algor
随着微生物生态的研究逐渐深入,病毒开始吸引科学家们越来越多的关注。原核生物的病毒很可能对微生物群落的结构和功能有着重要影响。近年来,人们通过生物信息学的方法在宏基因组中挖掘到大量的病毒序列。然而,由于病毒的基因组多样性很高且具有镶嵌性,缺乏普遍存在的保守基因,目前缺乏系统的病毒系统发育研究。由于很多情况下我们只能获得病毒的基因组序列而无法培养,基于系统发育的方法研究和分类病毒成了迫切需要。本篇文章则正是为了解决这个问题,尝试使用系统发育的方法构建一个可拓展的病毒分类谱系。
英文标题:Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing
https://github.com/anttonalberdi/hilldiv/wiki
尼克·查特(Nick Chater),应用认知科学研究所心理学系,沃里克考文垂大学,CV4 7AL,英国;
当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,一起成长。
【1】 Textual Backdoor Attacks Can Be More Harmful via Two Simple Tricks 标题:通过两个简单的技巧,文本后门攻击的危害可能更大 链接:https://arxiv.org/abs/2110.08247
【1】 StreaMulT: Streaming Multimodal Transformer for Heterogeneous and Arbitrary Long Sequential Data 标题:StreaMulT:面向异构任意长序列数据的流式多模式转换器 链接:https://arxiv.org/abs/2110.08021
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云