ANNOVAR是由王凯老师编写的一款用于SNP等变异位点注释的软件 (2),在注释软件(Annovar, SnpEff, VEP-Variant Effect Predictor)中相对引用较高。ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。 给定一个包含染色体,起点,终点,参考核苷酸与检测核苷酸序列, ANNOVAR可以进行如下的功能注释:
PL/SQL Developer是一个集成开发环境,专门面向Oracle数据库存储程序单元的开发。如今,有越来越多的商业逻辑和应用逻辑转向了Oracle Server,因此,PL/SQL编程也成了整个开发过程的一个重要组成部分。PL/SQL Developer侧重于易用性、代码品质和生产力,充分发挥Oracle应用程序开发过程中的主要优势。
PL/SQL 工具的安装可以看我的这个文章: PL/SQL 数据库连接工具的下载、安装与使用,PL/SQL 工具的激活
拿到测序数据,通过GATK等其他分析软件找到突变位点后,我们最想知道的就是这个位点存在于哪个基因?是有义突变还是无义突变?是否引起了编码氨基酸的变化?它在人群中的频率是多少?如果是做疾病研究的话,我们也很想知道这个位点的突变是否是有害突变等很多问题。没关系,这些问题annovar软件都可以帮你解答,下面我将详细介绍下annovar软件的下载,安装以及具体使用方法。
这里省略Oracle数据库和PL/SQL Developer的安装步骤,注意在安装PL/SQL Developer软件时,不要安装在Program Files (x86)目录下,不然无法启动PL/SQL Developer。
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。
Oracle 开放源代码项目 这是无数个可扩展、使用以及构建于 Oracle 技术的开放源代码项目中的一个简短的示例。如果您有自己喜欢的开放源代码项目未在此处列出,请在 OTN 会员服务论坛中告知我们。 TOraTora 是用于 Oracle 的工具包,旨在帮助数据库管理员或数据库应用开发人员。包括 PL/SQL 调试程序、突出语法主题的 SQL 工作表、数据库浏览器以及一整套数据库管理员工具。cx_OracleDBATools用 Python 编写的跨平台工具,用于执行数据库管理员任务,如启动、终止和创建
*** PL/SQL的使用几乎贯穿于整个Oracle 的学习过程,也是作为一个初级开发人员必须掌握的重要知识点。
什么是编程,编程说到底就是对于数据的操作,数据包括数据库存储的和自己定义的变量常量等等数据,对他们进行逻辑化的处理
ANNOVAR 是一款变异位点注释软件,提供了多方位的注释功能,支持多个物种,是最受欢迎的注释软件之一。
在世界编程语言排行榜里,PL/SQL 一直稳稳占据着前二十的位置。尽管我不是 Matthew Symonds,也与 Softwar 这本书无关,但我依然花费了大量的精力在研究 PL/SQL 的历史上。“Oracle 7 架构非常领先,并像 Sybase 数据库一样,Oracle 7 可以使用全新而优雅的 PL/SQL 编程语言进行编程” ,这也是我为什么会写下关于 PL/SQL 历史的文章的原因。
Oracle是甲骨文公司的一款关系型数据库管理系统,是目前最流行的客户/服务器(CLIENT/SERVER)或B/S体系结构的数据库之一。系统的可移植性好,使用方便,功能强,适用于各类大,中,小环境,是一种高效,可靠性好的,适应高吞吐量的数据库。但对于开发人员来说,一般考虑团队实际情况,选择一种第三方工具,也就是所谓的Oracle数据库管理工具。下面我们为大家讲一讲8种常用的Oracle数据库管理工具。
因为SQL只能访问、操作数据库,却不能进行程序设计,而Oracle PL/SQL是一种高级数据库程序设计语言,该语言专门用于对ORACLE数据库进行访问,并且可以进行过程处理。 注:在 PL/SQL中只能用 SQL语句中的 DML 部分,不能用 DDL 部分,如果要在PL/SQL中使用DDL(如CREATE table 等)的话,只能以动态的方式来使用。 1. DML(data manipulation language)数据操纵语言:比如SELECT、UPDATE、INSERT、DELETE等操作,主要用来对数据库的数据进行一些操作 。
本系列为 CMU 15-445 Fall 2022 Database Systems 数据库系统 [卡内基梅隆] 课程重点知识点摘录,附加个人拙见,同样借助CMU 15-445课程内容来完成MIT 6.830 lab内容。
假定本地电脑中已经安装了Oracle 11gR2数据库和PL/SQL developer。
人类基因组测序数据分析得到的变异位点,如 SNV、INDEL 等,只是给出了位点信息,不便于解读。需要经过注释。注释主要包括基因定位、人群频率计算、进化保守性预测、蛋白功能影响预测等分析,才能用于遗传分析和解读。
关于pl/sql,可能大家熟悉而又陌生,熟悉是因为大家在工作中老是写sql,如果稍微改动一些,加入begin,end和控制结构,就是pl/sql了。:) 今天和大家简单讨论一下pl/sql。不谈技术细节,泛泛而谈。 我自己在以前的总结中提出了以下几个问题,自己来按照这个思路来解答一下,可能大家印象中的pl/sql和sql还是有很大的差别的。 说到pl/sql,不得不提到ada语言,因为pl/sql是基于ada语言来建模的,是美国国防部耗时20年研发成功的。 而且Ada语言是 美国国防部指定的 唯一的
工具获取地址:小蓝枣的资源仓库,提取码:dna4 解压后点击安装程序即可开始安装。
它执行的时候,你不会有什么感觉。commit在数据库编程的时候很常用,当你执行DML操作时,数据库并不会立刻修改表中数据,这时你需要commit,数据库中的数据就立刻修改了,如果在没有commit之前,就算你把整个表中数据都删了,如果rollback的话,数据依然能够还原。听我这么说,你或许感觉commit没什么用,其实不然。当你同时执行两条或两条以上的sql语句时,问题就出现了。举一个例子,你去银行转账,你转的时候银行的数据库会update你银行账户里面的数据,同时对另一个人得账户也进行update操作。
在项目中有时候需要我们自己制造一些数据来进行测试,这时我们如何进行更快的更方便的造数据呢?公司使用的数据库是Oracle11g,这里我们使用PL/SQL客户端连接Oracle数据库,PL/SQL支持数据的复制、粘贴,这样我们就可以利用excel或者文本编辑器,例如:Notepad++,进行数据制造。我们可以使用PL/SQL把数据样式复制到excel表格中,然后按照格式进行数据的大量制造。接下来就是如何再把数据导入到数据库中了。
PL/SQL(Procedure Language/SQL)程序语言是 Oracle 对 SQL 语言的过程化扩展,指在 SQL 命令语言中增加了过程处理语句(如:分支、循环等),使 SQL 命令语言具有过程处理能力。把 SQL 语言的数据操纵能力与过程语言的数据处理能力结合起来,使得 PL/SQL 面向过程但比过程语言简单、高效、灵活和实用。其基本语法结构为PL/SQL块。
在不安装oracle数据库的情况下使用pl/sql连接远程oracle数据库。
通过gene-based annotation 可以得到变异位点与基因之间的关系,除了与基因的关系之外,变异位点在基因组上某些特征区域的分布(比如转录因子结合区域,启动子区,增强子区等)更引人关注,这一功能通过region-based annotation 来实现。
前段时间,需要从异地一个测试数据库中将测试数据(一张表)导入本地库,表数据量大约500万,字段160多个,开始用了exp/imp方式,速度奇慢,不能忍,于是转而使用expdp/impdp方式。
PL/SQL Developer是一个集成开发环境,专门开发面向 Oracle 数据库的应用,通俗理解就是我们拿来可视化操作 Oracle 数据库的工具。
Oracle全称 Oracle Database 是甲骨文公司的一款关系型数据库管理系统,他在数据库领域是处于领先的地位的产品,可以说Oracle数据库系统是目前世界上流行的关系型数据库管理系统,系统的可移植性好,使用方便,功能强,适用于各类大,中,小环境,他是一种高效,可靠性好的 适应高吞吐量的数据库。
网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式:本地或web
PL/SQL Developer是一个集成开发环境,专门开发面向Oracle数据库的应用。PL/SQL也是一种程序语言,叫做过程化SQL语言(Procedural Language/SQL)。PL/SQL是Oracle数据库对SQL语句的扩展。
OushuDB兼容PostgreSQL,允许使用除了 SQL 和 C 之外的其他语言编写用户定义的函数。这些其他的 语言通常被称作过程语言(Procedural Language, PL)。对于一个用过程语言编写的函数,数据库服务 器没有关于如何解释该函数的源文本的内建知识。因此,这个任务被交给一个了解语言细节的特殊处理 器。该处理器能够自己处理所有的解析、语法分析、执行工作,或者它可以作为一种PostgreSQL和编程 语言既有实现之间的“粘合剂”。就像任何其他 C 函数一样,处理器本身是一个编译到共享对象并且按需 载入的 C 语言函数。 在OushuDB的标准发布中当前有四种过程语言可用: PL/pgSQL、 PL/Perl、 PL/Python以及 PL/Java, 其中PL/pgSQL是默认安装可用的。 另外还有其他过程语言可用,但是它们没有被包括在核心发布中, 如PL/R等,我们可以在第三方开源网站来获取它们的源码。 接下来我们主要看一下 PL/pgSQL - SQL过程语言。 PL/pgSQL - SQL过程语言 PL/pgSQL 是 PostgreSQL 数据库系统的一个可加载的过程语言,它的设计目标是创建一种可加载的过 程语言,可以: 用于创建函数和触发器过程 为 SQL 语言增加控制结构 执行复杂的计算 继承所有用户定义类型、函数、操作符 定义为被服务器信任的语言 容易使用 除了用于用户定义类型的输入/输出转换和计算函数以外,任何可以在 C 语言函数里定义的东西都可以在 PL/pgSQL 里使用。比如,可以创建复杂的条件计算函数,并随后将之用于定义操作符或者用于函数索 引中。 一、概述: PL/pgSQL函数在第一次被调用时,其函数内的源代码(文本)将被解析为二进制指令树,但是函数内的表 达式和SQL命令只有在首次用到它们的时候,PL/pgSQL解释器才会为其创建一个准备好的执行规划,随 后对该表达式或SQL命令的访问都将使用该规划。如果在一个条件语句中,有部分SQL命令或表达式没 有被用到,那么PL/pgSQL解释器在本次调用中将不会为其准备执行规划,这样的好处是可以有效地减少 为PL/pgSQL函数里的语句生成分析和执行规划的总时间,然而缺点是某些表达式或SQL命令中的错误只 有在其被执行到的时候才能发现。 由于PL/pgSQL在函数里为一个命令制定了执行计划,那么在本次会话中该计划将会被反复使用,这样做 往往可以得到更好的性能,但是如果你动态修改了相关的数据库对象,那么就有可能产生问题,如:
在学校的时候虽说上过PL/SQL这门课,然并卵,只恨当时啊!工作关系,需要用到Oracle存储过程。我就简单看了一些教程,特此记录一下。
下图为 DB Time in Overall User Response Time
进行数据库审计时会记录审计对象中发生的插入、更新和删除操作,但是不会捕获更改的实际值。要扩展数据库审计,可使用基于值的审计,利用数据库触发器(事件驱动的PL/SQL 构造)来捕获更改的值。
默认情况下,PLSQL Developer登录后,Brower里会选择All objects,如果你登录的用户是dba,要展开tables目录,正常情况都需要Wait几秒钟,而选择My Objects后响应速率则是以毫秒计算的。 Tools菜单 –> Object Brower Filters,会打开Brower Folders的定单窗口,把“My Objects”设为默认即可。 Tools菜单–> Object Brower Folders,中把你经常点的几个目录(比如:Tables Views Seq Functions Procedures)移得靠上一点,并加上颜色区分,这样你的平均寻表时间会大大缩短,试试看。 /*设置方法:Tools菜单--Brower Folders,会打开Brower Folders的定单窗口,把“My Objects”移到最顶端即可。 同理,可以把你经常点的几个目录(比如:tables Views Seq Functions Procedures)移得靠上一点,并加上颜色区分,这样你的平均寻表时间会大大缩短,试试看。*/
此篇博客主要是讲述MySql(仅限innodb)的两阶段加锁(2PL)协议,而非两阶段提交(2PC)协议,区别如下:
目前一共包含7个脚本,若脚本的扩展名为“.sql”则表示该脚本为sql脚本,若脚本的扩展名为“.pl”则表示该脚本为perl脚本。 对于Oracle的SQL脚本而言,脚本DB_Oracle_HC_lhr_vxxx_10g.sql适用于Oracle 10g数据库,脚本DB_Oracle_HC_lhr_v6.0.8_11g.sql适用于Oracle 11g的数据库,脚本DB_Oracle_HC_lhr_v6.0.8_12c.sql适用于Oracle 12c及其以上版本,这3个脚本都是只读版本,这3个脚本只会对数据库做查询操作,不会做DML和DDL操作,这也是很多朋友所期待的功能。 脚本DB_OS_HC_lhr_v6.0.7.pl是perl脚本,执行后会对OS的信息进行收集,并且输出到html中。 脚本DB_MySQL_HC_lhr_v6.0.8.sql是MySQL脚本,执行后会产生MySQL的健康检查html报告,该脚本为只读脚本。 脚本DB_MSSQL_HC_lhr_v3.2.sql是SQL Server脚本,存在部分DDL和DML操作,执行后会产生SQL Server的健康检查html报告。
本系列以摘自《Database PL/SQL Language Reference》的PL/SQL代码例为主进行介绍。
oracle是非常强大的数据库软件,有很多朋友对oracle安装并不是很了解,因为除了安装还有一些变量需要设置,下面一起来看看oracle 11g安装图解,定能帮助你快速安装oracle 11g。
PL/SQL是ORACLE对标准数据库语言的扩展,ORACLE公司已经将PL/SQL整合到ORACLE 服务器和其他工具中了,近几年中更多的开发人员和DBA开始使用PL/SQL,本文将讲述PL/SQL基础语法,结构和组件、以及如何设计并执行一个PL/SQL程序。
Greenplum数据库于2015年由Pivotal公司开源,遵循Apache Licence 2.0协议,官方网站为:
以下测试实例均在Oracle11gr2下测试!!! 一、简介:每个Oracle数据库应该至少有一名数据库管理员(dba),对于一个小的数据库,一个dba就够了,但是对于一个大的数据库,可能需要多个dba分担不同的管理职责,以下是一个数据库管理员的工作职责: 1、安装和升级Oracle数据库 2、建库、表空间、表、视图、索引等常用的数据对象 3、制定并实施备份与恢复计划 4、数据库权限管理,调优,故障排除 5、对于高级dba,要求能参与项目开发,会编写sql语句、存储过程、触发器、规则、约束、包等 二、Ora
索引是若干数据行的关键字的列表,查询数据时,通过索引中的关键字可以快速定位到要访问的记录所在的数据块,从而大大减少读取数据的I/O次数,因此可以显著的提高性能
版权声明:本文为耕耘实录原创文章,各大自媒体平台同步更新。欢迎转载,转载请注明出处,谢谢
Annovar是一款对基因组数据进行注释的软件。所谓注释,可以这样简单理解:我们知道二代测序下机后的序列经过比对后,会得到一系列变异数据,这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变,至于这个改变会不会影响生物学功能,我们并不清楚。而注释就是将基因组的序列变异数据转化为我们更关心的生物学功能变化的信息。
在UCSC网站上,对于不同的参考基因组,提供了许多数据,这些数据中只要是提供了基因组区域的,理论上都可以用于annovar region-based annotation。在选择时,只需要根据目的选择对应的数据库即可。annovar 官方的文档中,给出了以下几种用法。
Perl (5.8.1 or above) MySQL Apache2 Bugzilla
PL/SQL是Oracle数据库中的一种嵌入式语言,其功能强大,可以进行存储过程和函数的编写,帮助开发者快速高效地处理数据库操作。
用PL/SQL Developer连接公司Oracle数据库,登录时出现如下错误信息:ORA-12154: TNS: 无法解析指定的连接标识符,(有时可能不会出现错误对话框,但也连不上,多试几次都会弹出如下图的错误对话框)。
这里我们来领略下Tom眼中的12个特性增强: #1 Even better PL/SQL from SQL, 直接在SQL中嵌入PL/SQL对象并运行,猜测可能优化了SQL engine 和 PL/S
编者注:本系列选择行业分析报告进行分享,关注“数据和云”公众号回复:下载 。可以找到下载链接。 中金公司在2022年6月发布了一篇报告:《中金数智中国之二:数据库商业市场五问五答》,在这里摘录其中一些观点和大家分享,详细报告可以下载阅读。 报告中提出五个问题并给出答案,摘要如下: 数据库市场呈现怎样的格局?关系模型向多模演进;云原生、NewSQL、数据湖仓等路线升温;云搅动市场格局。 数据库的中外差距在何处?集中式关系型数据库的中外差距更为显著。 数据库的国内投资方向有哪些?契合国产打破巨头垄断的破局之道,
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云