Python & Radar 雷达PPI (1) code #雷达图 2019090205-2019090210 点的雷达基本反射率 PPI # %% import cinrad from cinrad.io...cinrad.visualize import Section import matplotlib.pyplot as plt %matplotlib inline from cinrad.visualize import PPI...radius, data_dtype) #获取反射率数据 print(r) rl = list(f.iter_tilt(radius, 'REF')) # %% fig = cinrad.visualize.PPI...(r, dpi=75,add_city_names=bool) fig.plot_range_rings(radius, color='pink', linewidth=1.0)# 在PPI图上绘制圆圈...cinrad.visualize import Section import matplotlib.pyplot as plt %matplotlib inline from cinrad.visualize import PPI
构建PPI网络，我们需要一个基因列表，比如转录组分析得到的差异基因列表，然后到String网站上，进行检索，示意如下 ? 检索之后，下载tsv格式的结果文件，示意如下 ?...通过MCODE插件，我们可以方便的得到复杂瓦格的PPI网络中潜在的各个子网，但是后续还是要集合功能注释，比如KEGG，蛋白复合物数据库的注释等，对结果进一步解读和筛选。
PPI：生产价格指数 根据WIND给出的定义，PPI反映工业企业产品第一次出售时的出厂价格的变化趋势和变动幅度；PPI统计调查涵盖1638个基本分类的20000多种工业产品的价格。...PPI反映的是企业生产的意愿与能力，PPI上涨越快，表明企业生产的动力越强，供给越多。 PPI构成成分中，采掘、原材料等中上游企业占35%左右，这些企业大多有很强的周期性，其余都是下游加工企业。...CPI-PPI剪刀差 CPI和PPI分别从需求端和供给端/生产端描述了经济运行状况，逻辑上讲，由于企业最终要把它们的费用以更高的消费价格的形式转移给消费者，所以用PPI的变动预测CPI变动是有用的。...取2000年到2018年的CPI、PPI数据，可以看到，多数情况下，CPI与PPI差值稳定在一定范围内，但也出现多次CPI和PPI的走势背离的情况。 ?...其中，CPI、PPI是物价稳定方面的主要参考指标，CPI反映消费品的物价水平，PPI反映生产品的物价水平。CPI、PPI的同比变化率可作为通胀率的参考指标，为货币政策提供依据。
PPI和CPI本质上是一样的构成方法，只不过背后的东西不一样了。PPI其实是站在中游工业企业的角度来衡量物价。中游工业企业会用到的是钢铁、石油、煤炭等等这些原材料。...所以，PPI可以说是工业品价格的一个指标。 那么，怎么理解CPI和PPI的上行与下行的。...而PPI则在中国这一经济结构下显得更为重要。首先，我国直到目前，而且未来很长时间，也都将是一个制造业大国。这意味着，制造业的情况体现了整个国民经济的运行情况。...当PPI下行的时候，都是我国经济很艰难的时候，譬如08年金融危机；14、15年；08年。 PPI下行，往往意味着终端需求不足导致制造业需求不足、上游产能过剩，于是容易形成通缩的环境，造成债务危机。...所以，每次PPI下行的时候，央行都会出手。 PPI和CPI相对而言比较好理解，就是两个价格，只要知道区别就可以了，笔者也就不说那么多了。
该网站功很强大，本文只展示如何通过该网站构建PPI网络，首先，输入你的差异基因或者对应的蛋白列表。在下图中点击A list of genes or proteins ?...通过NetworkAnalyst, 我们可以方便的构建PPI网络，并进行module检测和功能富集分析。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
GeneMANIA 用来研究蛋白互作关系，你会发现PPI构建原来不是一个难事~~ GeneMANIA有个网站 经过一段时间的休整，继续Cytoscape app的更新。...在这一次介绍插件之前，我们先介绍一个网站，http://genemania.org/，主要是用来研究蛋白互作关系，你会发现PPI构建原来不是一个难事。...可以通过Export Results导出txt数据，可以通过Functions 找到这些基因富集的通路并把这些基因可以提取出来 还可以自己构建蛋白关系的背景数据，然后进行PPI分析，如此神器在手，...PPI构建及分析如此简单。
因为“像素量px = 像素密度ppi x 屏幕尺寸in”，同样是1英寸的屏幕，密度越大，像素越多，则单个像素的物理尺寸越小。 都是图片相关信息，图片体积和像素有什么关系？...ppi：像素密度（pixel per inch） 英寸屏幕上显示的像素量，密度单位。决定图片的物理显示尺寸，只有涉及到显示才有意义。值越大，显示越细腻。...**计算公式：**ppi=屏幕对角线上的像素量px/对角线长度inch = √（屏幕横向像素^2 + 屏幕纵向像素^2）/对角线长度。 为什么说ppi决定图片的物理尺寸？...一个手机的显示屏在出厂时就确定了PPI的值，PPI越大，显示越高清。图片的物理尺寸 = PPI * Px，通常一张图像的px确定，ppi越大，则它的物理尺寸越小。...所以为什么我们在高PPI的手机上，人眼看到的图像比低PPI的图形小。在设计行业，我们会针对高PPI的手机，设计更大像素的图像也是这个道理。
HPRD全称Human Protein Reference Database, 是一个专门存储人类蛋白质相互作用信息的数据库，和其他同类数据库相比，该数据库中存...
PPI网络由于蛋白的作用是相互的，所以通常归类为无向图。...对于PPI网络而言，其modules通常有以下两种生物学含义 protein complex 蛋白质复合体，由多个蛋白质共同组成复合体，然后发挥生物学作用。...所以得到网络之后，我们需要去识别communities，目前的有多种算法可用选择，在PPI网络中，常用的有以下算法 MCODE MCL Nwewan-Girvan fast greedy algorithm...在后续的文章中，会介绍相应的工具，来从PPI网络中挖掘信息。
PPI PPI：每英寸像素（英语：Pixels Per Inch，缩写：PPI），又被称为像素密度，是一个表示打印图像或显示器单位面积上像素数量的指数。...， 比如一个5寸手机,分辨率是1280*720,计算出来的ppi= 293. BPP: 色彩深度计算机图形学领域表示在位图或者视频帧缓冲区中储存1像素的颜色所用的位数，它也称为位/像素（bpp）。
这也诞生了 retina视网膜屏幕，后面讲 PPI 的时候再具体说。 DPI 和 PPI 前方高能，这两个概念比较容易搞混，新手常常难以区分，包括百度百科所给的概念都互相矛盾，属于难点。 ?...这会让没有真正理解像素或者 PPI 的人迷惑。 现在我还是拿 iPhone 6 的例子来说明到底 PPI 应该是个啥。...看到这里我相信应该大家都明白 PPI 道理是什么了吧。 DPI（Dots Per Inch）和 PPI（Pixels Per Inch）都描述了图像的分辨率（或清晰度），但它们不是同一件事。...或者你可以把我们刚推出来来的等式，如果是每平方英寸像素点个数就可以理解为 DPI，每英寸像素理解有 PPI。 PPI 越高，看起来越清晰。...参考文章： PPI vs. DPI: what’s the difference?
OmicVerse是用Python进行多组学（包括Bulk和单细胞分析）的基础框架。...在前面的教程中，我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程，详见：Python转录组学分析框架：Omicverse的安装以及差异分析 在本节教程中，我们将介绍如何使用omicverse...完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。...但Python中完成WGCNA分析相关的包仍是空白。我们根据WGCNA的原理，从底层上复现了原版WGCNA算法。...ppi.plot_network() 蛋白质相互作用网络 我们还可以使用ppi.G来获取蛋白质相互作用网络，该变量的格式为networkx，感兴趣的读者可以自行研究networkx包的相关分析。
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络，protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图，需要理解以下两个方面 1.
作者构建了一个蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)靶向药物相似性数据集，并提出了一个首次用于PPI抑制剂设计的深度分子生成框架，从种子化合物的特征生成新的类药性分子。...该框架使用与PPI抑制剂相关的关键特征作为输入，并为PPI抑制剂的从头分子设计开发深度分子生成模型。首次将针对PPI的抑制剂的定量类药性指标QEPPI用于PPI靶向化合物的分子生成模型的评估。...Kosugi 和 Ohue 开发了一种针对 PPI 抑制剂的定量估计的指标 QEPPI ，专门用于评估 PPI 靶向化合物。...相关的 PPI 专门针对 Bcl-2 家族蛋白，因为 Bcl-2 家族成员之间的所有相互作用都是通过 PPI。...研究人员探索了基于肽的 PPI 抑制剂设计和基于配体的 PPI 抑制剂设计。结果表明，生成的分子具有更好的 PPI 靶向药物相似性和药物相似性。
analysis of gene expression profiles of Inclusion body myositis”.在文章中作者利用GEO数据集，鉴定包涵体肌炎的DEGs，然后功能注释以及PPI...PPI网络总共涉及120个节点和764个边缘（图2）。 鉴定了通过PPI网络的连接度评估的Top10基因（表 3）。...图2.DEGs构建PPI network ? 表3. 连接度Top10hub基因 小结 作者利用GEO数据库，鉴定IBM的DEGs，然后进行GO、KEEGG富集分析来作功能注释。...此外，对PPI网络构建，筛选到可能的新靶标。...在构建PPI网络之后，选择了十个具有高度连接性的hub基因，即PTPRC，IRF8，CCR5，VCAM1，HLA‐DRA，TYROBP，C1QB，HLA‐DRB1，CD74和CXCL9。
Networks (RGDCN) Graph Neural Networks with Feature-wise Linear Modulation (GNN-FiLM) 训练和测试都仅需要一行命令，比如： python...train.py RGCN PPI python test.py trained_models/PPI_RGCN_2019-06-26-14-33-58_17208_best_model.pickle...当前一些GNN实现的任务例子： Citation networks python train.py MODEL Cora (or Pubmed or Citeseer instead of Cora)...PPI python train.py MODEL PPI python run_ppi_benchs.py ppi_results/ QM9 python train.py MODEL QM9 python...run_qm9_benchs.py qm9_results/ VarMisuse python train.py MODEL VarMisuse python run_varmisuse_benchs.py
今天小编奉上一部PPI制作教程，让我们一起细细咀嚼吧！...通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multiple proteins”，即多个蛋白的输入。...这样就做好了一张PPI图，但是看上去还是比较杂乱的，因此我们需要通过Cytoscape软件对PPI图进一步做美化处理。...点击“Apply”后出图，可以看见，这个图形简直是有了180度的变化了，像个文章中的PPI了。 此外，如果我们想要制作以某个蛋白为中心的PPI，如何去制作呢？...最终，一张以IL10为中心的局部PPI网络就形成了，这样的图是不是看上去能更加美观呢！
(vil, dpi=50) /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/cartopy/mpl/geoaxes.py:1598: UserWarning: The input.../opt/conda/lib/python3.7/site-packages/cartopy/mpl/geoaxes.py:1598: UserWarning: The input coordinates.../home/mw/.local/lib/python3.7/site-packages/cinrad/calc.py:110: RuntimeWarning: All-NaN axis encountered...cr = np.nanmax(r_data, axis=0) 1.2.5 透明图层设置 help(cinrad.visualize.PPI) Help on class PPI in module...cinrad.visualize.ppi: class PPI(builtins.object) | PPI(data: xarray.core.dataset.Dataset, fig: Union
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