做PCA的函数有很多,但是一直没有搞清楚他们的差别。正好最近有看到一篇公众号在说这个事情,我顺便也总结一下。
大家好,很高兴可以和大家一起来继续学习机器学习,这几天时间,我着重研究了下主成分分析法,不过因为其数学推理实在有些过于繁琐和复杂,我也没太搞得太清楚,如果在文章当中出现了什么错误,也请各位多多指教.
综述:主成分分析 因子分析典型相关分析,三种方法的共同点主要是用来对数据降维处理的 从数据中提取某些公共部分,然后对这些公共部分进行分析和处理。
1、关键点 综述:主成分分析 因子分析典型相关分析,三种方法的共同点主要是用来对数据降维处理的 从数据中提取某些公共部分,然后对这些公共部分进行分析和处理。 #主成分分析 是将多指标化为少数几个综合指标的一种统计分析方法 主成分分析是一种通过降维技术把多个变量化成少数几个主成分的方法,这些主成分能够反映原始变量的大部分信息,他们通常表示为原始变量的线性组合。 2、函数总结 #R中作为主成分分析最主要的函数是princomp()函数 #princomp()主成分分析 可以从相关阵或者从协方差阵做主成分分析
PCA 是一种较为常用的降维技术,PCA 的思想是将n维特征映射到k维上,这k维是全新的正交特征。这k维特征称为主元,是重新构造出来的k维特征。在 PCA 中,数据从原来的坐标系转换到新的坐标系下,新的坐标系的选择与数据本身是密切相关的。其中,第一个新坐标轴选择的是原始数据中方差最大的方向,第二个新坐标轴选取的是与第一个坐标轴正交且具有最大方差的方向,依次类推,我们可以取到这样的k个坐标轴。
今天做PCA分析时,发现了这个ggord包,绘图很给力。利用官方的文档,学习一下。这其中,我又将PCA相关的分析方法和作图汇总了一下:
na.action:一个函数,指定缺失数据的处理方法,若为NULL,则使用函数na.omit()删除缺失数据。
主成分分析(Principal Component Analysis,PCA),是考察多个变量间相关性的一种多元统计方法,基本思想[1]就是在保留原始变量尽可能多的信息的前提下达到降维的目的,从而简化问题的复杂性并抓住问题的主要矛盾。最后筛选出的几个替代原始数据的变量被称为主成分,它们是原始变量的线性组合,关系图如下:
主成分分析试图在保证数据信息丢失最少的原则下,将多变量的截面数据集进行最佳综合简化,简单地说就是根据多个指标之间的联系,选出它们的某种线性组合,从而化为少数几个综合指标。
> install.packages("devtools",repo="http://cran.us.r-project.org")
PCA(Principal Component Analysis),即主成分分析方法,是一种使用广泛的数据降维算法。详细的概念可以参照https://zhuanlan.zhihu.com/p/37777074 一般将多个样本降维就可以得到二维的分布,相似的样本成为一群,但有时候我们想知道哪些特征导致了这样的分群。 这里我们主要讨论怎么样用R实现以及提取我们需要的特征: 用R实现PCA有多个方法: prcomp() and princomp() [built-in R stats package], PCA() [FactoMineR package], dudi.pca() [ade4 package], and epPCA() [ExPosition package]
我发现写作这个事情也非常遵循楞次定律,上学期一旦开始了越写越停不下来,但是过春节停一段时间后,越不写越难以重新开始。整理了不少东西可以写作,但是每次都被懒癌打败,不知不觉又一个多月没更了。
如果不对数据进行scale处理,本身数值大的基因对主成分的贡献会大。如果关注的是变量的相对大小对样品分类的贡献,则应SCALE,以防数值高的变量导入的大方差引入的偏见。但是定标(scale)可能会有一些负面效果,因为定标后变量之间的权重就是变得相同。如果我们的变量中有噪音的话,我们就在无形中把噪音和信息的权重变得相同,但PCA本身无法区分信号和噪音。在这样的情形下,我们就不必做定标。
今天我们将要学习R语言进阶中最重要的统计内容---主成分分析,它在我们的研究中几乎是无处不在,应用最广的就是将主成分放入回归模型进行拟合,用于矫正相关的混杂因素。
去掉数据集中关联性不大和冗余的数据,确保不出现过度适应的前提下降低计算的成本,需要对特征进行无损规约,数学上叫降维。广泛用于模式识别、文本检索以及机器学习领域,主要分为两类,特征提取和特征筛选,前者是高维数据投影到低维空间,后者是特征子集代替原始特征集,包括特征分级和特征筛选,分级是找到优化后的特征子集。特征提取可以分成线性抽取和非线性抽取两种方法,前者是试图找到一个仿射空间能够最好的说明数据分布的变化,后者对高维非线性曲线平面分布的数据非常有效。线性特征的抽取方法:
前言:主要是从理解降维和用R实现降维这两个层面上来阐述,具体的算法还需要感兴趣的小伙伴另外了解。
本文分析的技术数据来源知乎,三大问题搜索:“单身理由”,“单身的好处”,“为什么越来越多的人选择单身”。
我们阅读量破万的综述:RNA-seq这十年(3万字长文综述)给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战:
与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。 1、聚类 常用的包: fpc,cluster,pvclust,mclust 基于划分的方法: kmeans, pam, pamk, clara 基于层次的方法: hclust, pvclust, agnes, diana 基于模型的方法: mclust 基于密度的方法: dbscan 基于画图的方法: plotcluster, plot.hclust 基于验证的方法: cluster.stats 2、分类 常用的包: rpart,party,randomFo
rpart,party,randomForest,rpartOrdinal,tree,marginTree,
与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。 1、聚类 常用的包: fpc,cluster,pvclust,mclust 基于划分的方法: kmeans, pam, pamk, clara 基于层次的方法: hclust, pvclust, agnes, diana 基于模型的方法: mclust 基于密度的方法: dbscan 基于画图的方法: plotcluster, plot.hclust 基于验证的方法: cluster.stats
长途电话通话时长 决定, 这5个指标是总量指标,说明一个城市的电信业务规模和电信通信业务发展水平
作者:谢佳标 中国R语言大会讲师,高级数据分析师,8年以上数据挖掘建模工作实战经验 https://ask.hellobi.com/blog/xiejiabiao/4288 利用主成分分析构造你个人的股市指数,然后分析你的私家指数和该股市常用官方股票指数的相关性。 接用ML_for_Hackers-master 书中的数据。 > prices<-read.csv("stock_prices.csv") > prices[1,] Date Stock Close 1 2011-05-25
之前我们在十七讲,将主成分分析的原理和计算过程了解了一遍,今天我们用工具R来实现这一模型.由于R软件中有多个函数可以处理这件事情,所以我们选用两个主要的来实现,一个是R自带的函数princomp和fa
主成分分析法是数据挖掘中常用的一种降维算法,是Pearson在1901年提出的,再后来由hotelling在1933年加以发展提出的一种多变量的统计方法,其最主要的用途在于“降维”,通过析取主成分显出的最大的个别差异,也可以用来削减回归分析和聚类分析中变量的数目,与因子分析类似。
原文:http://www.flybi.net/blog/dataman/3073 作者 : 面包君 我爱数据分析网创始人,阿里招聘&资深数据分析,动漫爱好者 R语言也介绍到案例篇了,也有不少同学反馈说还是不是特别明白一些基础的东西,希望能够有一些比较浅显的可以操作的入门。其实这些之前在SPSS实战案例都不少,老实说一旦用上了开源工具就好像上瘾了,对于以前的SAS、clementine之类的可视化工具没有一点感觉了。本质上还是觉得要装这个、装那个的比较麻烦,现在用R或者python直接简单安装下,导入
1.基于线性模型所建立的排序方法叫做线性排序(linear ordination),以主分量分析(Principal components analysis,PCA)为主。
注意事项:在主成分分析中变量的数量不得大于样本数量;如果样本量小于变量数,但是样本量足够大,那么也可以通过抽样实现主成分分析。
之前小编给大家推荐过一个支持 R 语言的交互式图形库 Plotly ,不知道大家有没有试试用它画图呢,如果你觉得 Plotly 提供的代码还是有些冗长,那么可以看看今天这个 R 包—— autoplotly[1],它能帮你一行代码实现可视化。
R语言多元分析系列之一:主成分分析 主成分分析(principal components analysis, PCA)是一种分析、简化数据集的技术。它把原始数据变换到一个新的坐标系统中,使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上,第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上,依次类推。主成分分析经常用减少数据集的维数,同时保持数据集的对方差贡献最大的特征。这是通过保留低阶主成分,忽略高阶主成分做到的。这样低阶成分往往能够保留住数据的最重要方面。但是在处理观测数目小于变量数目时无法发挥作用,例如基
系列之一:主成分分析 主成分分析(principal components analysis, PCA)是一种分析、简化数据集的技术。它把原始数据变换到一个新的坐标系统中,使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上,第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上,依次类推。主成分分析经常用减少数据集的维数,同时保持数据集的对方差贡献最大的特征。这是通过保留低阶主成分,忽略高阶主成分做到的。这样低阶成分往往能够保留住数据的最重要方面。但是在处理观测数目小于变量数目时无法发挥作用,
今天我们看下文本挖掘在R语言中是如何被实现。文本挖掘作为自然语言处理的一个分支,主要目的是一个抽取有效、新颖、有用、可理解的、散布在文本文件中的有价值知识,并且利用这些知识更好地组织信息的过程。本次主要给大家介绍下tm包的使用。首先看下包的安装:
在现代组织管理中,员工的满意度对于组织的运行和绩效起着至关重要的作用。了解员工的满意度水平以及影响满意度的因素对于提高员工工作动力、维护组织稳定与发展具有重要意义。
上一篇中我们详细介绍推导了主成分分析法的原理,并基于Python通过自编函数实现了挑选主成分的过程,而在Python与R中都有比较成熟的主成分分析函数,本篇我们就对这些方法进行介绍: R 在R的基础函数中就有主成分分析法的实现函数princomp(),其主要参数如下: data:要进行主成分分析的目标数据集,数据框形式,行代表样本,列代表变量 cor:逻辑型变量,控制是否使用相关系数进行主成分分析 scores:逻辑型变量,控制是否计算每个主成分的得分 我们使用了R中自带的数据集USJudgeRating来
principal() 含多种可选的方差旋转方法的主成分分析 fa() 可用主轴、最小残差、加权最小平方或最大似然法估计的因子分析 fa.parallel() 含平行分析的碎石图 factor.plot() 绘制因子分析或主成分分析的结果 fa.diagram() 绘制因子分析或主成分的载荷矩阵 scree() 因子分析和主成分分析的碎石图
知乎ID:https://www.zhihu.com/people/herain-14
proc iml是SAS中的一个矩阵语言,它可以简化矩阵运算和自定义统计算法。proc iml的语法和DATA步骤有很多相似之处,但是proc iml的基本单位是矩阵,而不是观测值。proc iml可以在内存中高效地执行向量化的计算。
R中的做主成分分析(PCA)有很多函数,如R自带的prcomp、princomp函数以及FactoMineR包中PCA函数,要论分析简单和出图优雅还是FactoMineR的PCA函数(绘图可以搭配factoextra包)。
在PCA(Principal Component Analysis)分析中,常用的工具有EIGENSOFT工具的smartpca,GCTA工具的PCA模块和R包中做PCA分析的princomp函数或glPCA功能。EIGENSOFT工具只支持linux系统,从安装到使用都很复杂。GCTA工具支持不同平台(wins/linux/mac),常用于群体遗传相关分析。在群体遗传中,R包从读取vcf文件、PCA分析到可视化,对内存要求较高。
本文分为6个部分,分别介绍初级入门,高级入门,绘图与可视化,计量经济学,时间序列分析,金融等。 1初级入门 《R语言实战》,这是高涛、肖楠等翻译的一本书详细全面介绍了入门、图形、统计、回归、方差、功效分析、广义线性模型、主成分、因子分析、缺失值处理等。除此之外,还可以去读刘思喆的《153分钟学会R》。这本书收集了R初学者提问频率最高的153个问题。为什么叫153分钟呢?因为最初作者写了153个问题,阅读一个问题花费1分钟时间,全局下来也就是153分钟了 2高级入门 读了上述书籍之后,你就可以去高级入门阶段了
大家好,我是架构君,一个会写代码吟诗的架构师。今天说一说R语言笔记完整版[通俗易懂],希望能够帮助大家进步!!!
对于初学R语言的人,最常见的方式是:遇到不会的地方,就跑到论坛上吼一嗓子,然后欣然or悲伤的离去,一直到遇到下一个问题再回来。当然,这不是最好的学习方式,最好的方式是——看书。目前,市面上介绍R语言的书籍很多,中文英文都有。那么,众多书籍中,一个生手应该从哪一本着手呢?入门之后如何才能把自己练就成某个方面的高手呢?相信这是很多人心中的疑问。有这种疑问的人有福了,因为笔者将根据自己的经历总结一下R语言书籍的学习路线图以使Ruser少走些弯路。 本文分为6个部分,分别介绍初级入门,高级入门,绘图与可视化
对于初学R语言的人,最常见的方式是:遇到不会的地方,就跑到QQ群、论坛上吼一嗓子,然后欣然or悲伤的离去,一直到遇到下一个问题再回来。当然,这不是最好的学习方式,最好的方式是——看书。目前,市面上介绍R语言的书籍很多,中文英文都有。那么,众多书籍中,一个生手应该从哪一本着手呢?入门之后如何才能把自己练就成某个方面的高手呢?相信这是很多人心中的疑问。有这种疑问的人有福了,因为笔者将根据自己的经历总结一下R语言书籍的学习路线图以使Ruser少走些弯路。 本文分为6个部分,分别介绍初级入门,高级入门
作者:唐源 摘自:统计之都(微信ID CapStat) 唐源,目前就职于芝加哥一家创业公司,曾参与和创作过多个被广泛使用的 R 和 Python 开源项目,是 ggfortify,lfda,metric-learn 等包的作者,也是 xgboost,caret,pandas 等包的贡献者。(喜欢爬山和烧烤 ) ggfortify 是一个简单易用的R软件包,它可以仅仅使用一行代码来对许多受欢迎的R软件包结果进行二维可视化,这让统计学家以及数据科学家省去了许多繁琐和重复的过程,不用对结果进行任何处理就能以 g
主成分分析(Principle component analysis, PCA)前面我们已经用两期教程跟大家讲过理论和实际绘图(在线主成分分析Clustvis和主成分分析绘图)。今天,我们就从PCA的数理统计层面入手,去讲讲完整的PCA应该怎么操作。
对于初学R语言的人,最常见的方式是:遇到不会的地方,就跑到论坛上吼一嗓子,然后欣然or悲伤的离去,一直到遇到下一个问题再回来。当然,这不是最好的学习方式,最好的方式是——看书。目前,市面上介绍R语言的书籍很多,中文英文都有。那么,众多书籍中,一个生手应该从哪一本着手呢?入门之后如何才能把自己练就成某个方面的高手呢?相信这是很多人心中的疑问。有这种疑问的人有福了,因为笔者将根据自己的经历总结一下R语言书籍的学习路线图以使Ruser少走些弯路。 本文分为6个部分,分别介绍初级入门,高级入门,绘图与可
本文分为6个部分,分别介绍初级入门,高级入门,绘图与可视化,计量经济学,时间序列分析,金融等。
本文作者: 唐源,目前就职于芝加哥一家创业公司,曾参与和创作过多个被广泛使用的 R 和 Python 开源项目,是 ggfortify,lfda,metric-learn 等包的作者,也是 xgboost,caret,pandas 等包的贡献者。(喜欢爬山和烧烤 ) ggfortify 是一个简单易用的R软件包,它可以仅仅使用一行代码来对许多受欢迎的R软件包结果进行二维可视化,这让统计学家以及数据科学家省去了许多繁琐和重复的过程,不用对结果进行任何处理就能以 ggplot 的风格画出好看的图,大大地提高了工
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