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PubMed专题:(一)如何精准高效地进行文献搜

PubMed(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的,基于WEB的生物医学信息 ,它是NCBI Entrez整个查询中的一个。 PubMed来源为MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher等,其核心为MEDLINE(一个,包含来自 说到PubMed,就不得不提下另一与其紧密联且强大的——PubMed Central(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/)——存储了文献的全文,且每天增加1000 缩小:包含更精确的文章,的更少。 ? 评价 此功能用于帮助查找评价和类似文章。它将您的搜词与引文确定为评价,荟萃分析,临床试验评论,循证医学,共识发展会议和指南相结合。

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使用biopython查询NCBI

NCBI网站是最常用的生物信息之一,集成了pubmed,genebank等子。最简便的用法当然是直接在网站上,为了方便,NCBI提供了自己的,称之为Entrez。 E-utilities是由8个小程序组成的工具集,能够将符合语法规则的URL转换为对应条件,并返回结果,是Entrez和NCBI的接口,biopython也提供了对应的功能 ESearch 该方法用于特定的,提供名称和的关键词即可,用法如下 >>> handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="cnv-seq") ID获取对应的clinvar中该基因上包含的突变位点的信息。 EGQuery 该方法用于项在各个到的条目,用法如下 >>> handle = Entrez.egquery(term="biopython") >>> record = Entrez.read

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    MeSH: NCBI主题词

    之前介绍 [[PubMed-使用指南]] 的时候提到了。PubMed是基于 ATM 的。而 ATM 主要是把关键词映射到 MeSH 。 所以今天就介绍一下关于 MESH 主题词 MeSH : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh 主题词 医学主题词 (Medical Subject Headings Mesh MeSH 是按照层级结果来储存主题词的。首先 MeSH 主要分成了 19 个大类。 在每个大类下面,都会有具体的其他的小类。比如疾病分类当中:就包括多个物种疾病的名称。 pubmed pubmed 当中通过主题词可以找到更准确更全面的文献。在 pubmed 当中有一个"MeSH Terms"的选项。 通过这里的和在所有区域结果还是不一样的。 快速了解某一个结果的内容 在之前介绍的 [[PubTator-pubmed注释高亮]] 当中,我们提到的对于结果的高亮可以让我们快速的了解这个文字当中有哪些相关的疾病/基因等等。

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    PubMed专题:(番外篇)MeSH搜

    MeSH如何与文献扯上关?熟练的主题分析师查期刊文章,并为每个最适合的MeSH分配,通常为10到12个。应用MeSH词汇表可确保文章按主题一编入引,无论作者、研究单位是什么。 ? (部分对应的缩写表) 简而言之,这是为了解决医学用语中常见问题——同1个概念对应的多种描述方法,因此,PubMed给每一个概念分配了一个医学主题词,当测到这个概念的其他同义词时,会对应到之前已经分配的 两种方式,一是搜框左侧选择MeSH,进而输入主题词搜;二是点击MeSH Database,进入,进而搜。 三、MeSH搜 其大体流程为,使用MeSH查找MeSH,接着找副标题,然后单击PubMed构建器中的“添加到搜构建器”。 (如果你需要搜组合概念,只需要在公式框中已经出现关于第一个主题词的公式后,重复第一个主题词的添加步骤,默认以逻辑关“AND”连接两个主题词,这时再Search PubMed你将得到两个或多个主题词相关内容的交集

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    R语言批量处理Pubmed文献信息

    PubMed作为最流行的文献。本身提供了很多供用户使用的功能,关键词筛选机制。今天给大家介绍一个在R中进行PubMed挖掘的工具包RISmed。 另外一个包则是主要进行对pubmed的结果进行进一步的标准化和拆分,主要涉及有摘要英文文本分词、词频计的功能,摘要内文本基因名的频率计的功能。 关键词的功能。 需要用到函EUtilsSummary(),其中query参指的是需要的关键词,关键词的规则和在PubMed中的一致;db指的是在MCBI中 的,当然不限于PubMed;retmax用于设置最大获取量 然后是相关的基因的频率展示: 至此我们对PubMed中的122451篇文献的摘要进行了分词和基因频率的展示。 欢迎大家学习交流!

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    PubMed使用指南(四): PubMed账号有啥用

    之前在介绍 PubMed 界面的时候,提到了在界面可以自定义筛选项(PubMed使用指南(三): 界面介绍)。如果要制定筛选项的话,就需要这注册一个 PubMed 账号。 这个账号其实是 NCBI 整个的账号。PubMed 里面只是其中的一部分。所以这个账号可以收集各个的信息。 账号使用 登陆到自己的账号之后,点击My NCBI可以看到 这个界面。 其中主要包括: 收集 (Collections) : 储存 NCBI 当中收藏的内容 记录 (Recent Activity): 查看整个 NCBI 的记录 筛选 (Filters): 自定义各个的自定义筛选结果 另外的收集,除了在 NCBI 里面所有的只要有 Save 选项都可以保存。例如在 [[gene-基因基本信息查询 | gene]] 当中保存TP53基因信息. 其中active代表激活了这个筛选项。这里只以 PubMed 构建自定义筛选选项。点击Manage Filters可以管理筛选项。

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    PubMed使用者指南(一)

    8.如何找到综述? 9.有没有工具可以帮助进行临床或查找医学遗传学信息? 10.我没有找到我想要的,PubMed是如何工作的? 11.结果是如何展示的? 12.如何显示一个摘要? 期刊框包括自动完成功能。 ? 2.要找到完整的期刊名称,请使用NLM目录,或鼠标滑过引文上的期刊标题缩写(可在摘要视图中找到)。 ? 点击PubMed主页上NCBI中的期刊。 3.随后的将被过滤,直到所选过滤器被关闭,或者直到你的浏览器被清除。 ? 最流行的过滤器默认包含在侧边栏中。 综述文章使用策略。 这些过滤器可能会排除一些尚未完成MEDLINE引过程的引用。 拥有全文 若要筛选结果,使其只包含包含全文链接、免费全文链接或摘要的引用,可以单击适当的选择。 引文状态子集 引文状态表示在PubMed中某篇文章的内部处理阶段(见PubMed Citation Status Subsets)。

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    PubMed使用指南(三): 界面介绍

    前面我们详细的介绍了 [[pubmed-使用指南#pubmed 关键词]] 以及 [[pubmed-使用指南#pubmed 高级]]。今天就来介绍 PubMed 结果页面都有哪些内容。 结果发送email 上面两个方法是把想要保存的文献直接保存在别的地方 PubMed 还可以Send To在线保存文献。 文献自定义展示 筛选栏 PubMed 的结果界面可以看到的文献的每年发表量汇总,也可以看到关于文献类型,发表日期,文献内容等方面的筛选选项。 比如结果和基因有关的文献,或者有 GEO 的文献。 至于如何制定自定义筛选项目,可以改天再聊。 相似性文献查找 而Related information则可以查看这个文献中的新和其他的关。例如的这个文献就是提到了 GEO 的高通量。直接点击就可以找到这个文献的 GEO

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    如何关注自己的研究方向

    在进行自己研究的同时,也要实时追踪根自己研究方向有关的文献。所以今天就来给大家介绍几个用来追踪自己研究方向的方法。 实时订阅 [[PubMed-使用指南]]提供了用来关注研究方向的方式。 机器学习方法订阅 除了以上基于Pubmed本身的研究热点订阅,我们之前介绍的[[Litsuggest-pubmed结果机器学习]]是一个基于机器学习的方法追踪最新文献的方式。 相比较而言,Pubmed订阅主要适用于有明确的研究方向的时候。但是定向的总是会对目标文献有一些遗漏的(比如可能某一篇文献没有使用我们的关键词)。 这个时候就可以使用[[Litsuggest-pubmed结果机器学习]]这类基于机器学习的方式来查看文献了。 对于[[Litsuggest-pubmed结果机器学习]]而言,首先还是需要有一些目标文献阅读基础的。只有有了自己感兴趣的文献了,那么基于这些感兴趣的文献训练出来的模型才算准确。

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    LitVar | 突变相关文章工具

    如果要研究某一个基因突变的话,那么首先肯定还是要查找一些突变相关的文献,使用最多的文献就是 pubmed 了。 如果觉得 pubmedj 的结果比较单调的话,那也可以尝试 [[PubTator-pubmed注释高亮]] 这个可以高亮显示疾病,基因信息的。 同时 也会显示结果对于疾病和化学物质的计。 会显示基于这一关键词的发表情况以及这个突变的基本信息。 同时在上面可以对发表的杂志,类型以及的位置进行筛选 另外点击variants可以查看的相关突变的具体信息。 就可以直接到 pubmed 或者 PubTator 里面查看了 突变相关 [[muTarget-突变对表达影响预测]] [[QBiC-突变对转录因子结合位点的影响]] [[Simple ClinVar

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    生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

    EVEX在线查询(http://evexdb.org/)是一款以基因为对象,以PubMedPubMed Central中发表文章的摘要和全文为依的文本挖掘(text mining)。 由于结果都是以被的基因为中心,因此条理非常清晰,大家来感受下: 以小鼠Oct4基因为例,想知道与Oct4相互作用的基因有哪些?只需在EVEX上搜到小鼠Oct4基因。 ? 点开之后即进入结果,可以看到有四类基因,包括被Oct4调节的71个基因、能够调节Oct4的80个基因、与Oct4有结合的133个基因、以及与Oct4共同参与调节的1336个基因。 ? 以Oct4调节Nanog为例,点击Show more之后可以看到所有支持这一调节关的原文以及相应的PubMed链接。 ? 此外,EVEX还可以同时两个基因,这将显示这两个基因之间的调节关。以小鼠的Oct4和Nanog为例: ?

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    【收藏】40 个学术网站,满足科研文献需求!

    OA图书馆致力于让中国人可以免费获得高质量的文献,最早提供了很多的Open Access和资源,但是由于OA的资源比较分散并且存储格式不一,利用起来的非常不方便。 ,本是在美国PubMed的基础上,参考CiteScore期刊评价、泉方学术搜、德国的GoPubMed等整合开发的平台。 然后点击上图中本地Pubmed进入查询页面。 ? 26.NSTL开放学术资源网 http://oar.nstl.gov.cn/ 开放获取期刊集成是集期刊浏览、期刊两种功能为一体的开放式的期刊集成揭示与。 除一般外,用户可按学科进行快速分类浏览,也可以依OA期刊、核心期刊、NSTL订购期刊进行查找。该还对投稿及全文获取进行了很有效的指引。

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    除了pubmed, ncbi还有哪些

    对于医学生而言,我们要是查询文献的话,更多使用的还是pubmed而不是web of science这样的文献。关于pubmed,这个是属于NCBI旗下的一个文献网站。 ? 但,NCBI并不是只有pubmed。它是一个全面的医学信息。旗下包括了各种和医学研究相关的。 ? BioSystems汇总了类似于KEGG, GO等的信息,我们只需要输入关键词就可以查询和关键词有关的信号通路。 之后结果的呈现和pubmed类似。 同时在结果的右侧还可以看到一个对结果的汇总,里面提到了,到的结果来自于什么。 ? 其中可以看到类似KEGG这样的。 MedGen MedGen(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen/)是一个用来遗传性疾病有关的基因信息的

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    R语言网络爬虫之Pubmed API的使用

    查询文献你懂的,我认为Pubmed首选。当oncotarget杂志不再被Pubmed的收获,多少博士内心发慌,多少专家内心悔恨自己掏出的稿费。 当然,用好Pubmed不能仅限于利用网页界面去那么几个关键词,AND 或者 OR。今天我来给大家介绍一下Pubmed API是如何在R语言中运用自如的。 1. a. https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi 用来获取Pubmed ID 传递的参包括: db-的名称,我们当然是pubmed ; term-的关键词,其的条件用AND 或者OR进行隔开对应的关键词。 需要在关键词后面加 [gene]; usehistory-即是否记录为历史,参包括y (记录),n(不记录); RetMax-每一页所要列举的ID的量; RetStart-所要展示的当前的页面。

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    m6A总体评价介绍

    汇总 通过对昨天到的的20个得到的进行整理总结,我们发现一共有19个是和m6A相关(没有关是因为在摘要当中也提到了m6A,所以我们也就提取到了),在19个里面有一个已经停止使用了 下面就对这18个进行总结。 ? 由于我们在使用昨天使用pubmed的时候,的是所有在摘要当中出现网址同时满足命名方式的结果。 这些发表算法或者分析流程的文章,都会把自己写的代码上传于一个叫做github的网站。所以要我们其实在结果的网站当中发现带有github的结果,就知道这个是需要代码来进行操作的。 ? 这种的发展其实在我们之前APA事件汇总的上也是能看到这样趋势的,这次的这个m6A也是一样的。 ? 简单评价 通过对以上这些的总结,发现这样到的相对来说还是挺准确的。 所以大家以后想要目标的时候,可以试试在pubmed上直接文章的这种方法,具体的方法可以查看:科研如何查找 总体上我们对目前有的m6A的做了一个简单的汇总。

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    推荐一个pubmed文献分析网站!

    今天就来在给大家介绍一个基于pubmed来进行分析的工具吧。 1. Pubreminer Pubreminer是一个基于pubmed结果来计分析的工具。我们只需要输入pubmed式。 同时也可以进行个性化选择,比如年限的限制。 ? 例如,我们这里在标题和摘要当中TCGA,同时想要查看一下2018年以后的文献都有哪些。 ? 通过之后,就可以返回到这些文章的计信息。 这个工具主要能对发表年限、发表杂志、关键词、主题词、发表类型进行计。 ? 利用这个工具其实也是可以进行投稿杂志筛选的。通过这样。我们发现利用TCGA发表的文献都有哪些。 ? 2. Search Workbench Search Workbench[https://searchworkbench.info/]是一个查、编辑和可视化PubMed结果的工具。 写在最后 以上就是我们对pubmed在线挖掘的工具。有兴趣的同学可以用一下哈。这类的工具,对于我们进行简单的文献挖掘还是很有帮助的。有需要的童鞋可以试一下的哈。

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    PubMed使用指南(二): 高级

    之前我们介绍了关于 PubMed 里面关键词的注意事项,以及使用 PubMed 的三个方法, 具体可见 [[pubmed-使用指南#pubmed 关键词]]。今天对高级进行一下说明。 这个时候会让选择两个式的关 (AND, OR, NOT)。 这里我们选择 AND 的关。 高级中提供了两种方式:“”和“添加到历史记录” “”: 直接跳转到具体的文献结果页面 "添加到历史记录": 不会返回文献内容而是在历史记录当中显示具体的结果 (式以及到的文献个 高级当中没办法输入 标题/摘要 关键词的默认范围是[all fields]。这样会文章的各个方面。但是有时候一篇文章可能只是在一句话当中提到了这个关键词。整个研究可能就关键词没有关。 具体原理可见: [[pubmed-使用指南#ATM 搜]] 历史记录使用场景 上面介绍了历史记录的基本操作。关于不同记录的联合使用主要还是用于制作复杂式。

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    基于Firefox的升级版PubMed,让你一眼看穿JCR分区、IF、引用情况

    简称Firefox,火狐)是由非营利组织 Mozilla开发的免费开源的Web浏览器,在 21 世纪初问世,是一款速度更快、设计更好的网页浏览器,目前用于Windows,macOS,Linux等主流操作 PubMed,是个NCBI旗下的专注于生物医药领域的学术权威性极高的文献。然而,它的文献搜、浏览界面的体验却难以让人满意。 2.Scholarscope 让JCR分区、IF、引用尽显 当完成Scholarscope插件安装完成后,就可以在PubMed上看到期刊的IF信息。 2.接着,点击scholarscope插件,选择“在线工具”,PubMed Filter生成器会依你的需要生成让PubMed可以识别的条件语言,操作如图。 ? 接着,即可搜到Sci-Hub脚本,点击“安装此脚本”,便跳转到脚本的安装界面,点击安装即可。 ? 那么,PubMed的JCR分区、IF、引用尽显,文献秒下的效果图就已实现,如下图。 ?

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    这可能是史上最全的常用学术网站

    每个都提供初级、高级和专业三种功能。高级功能最常用。 ,本是在美国PubMed的基础上,参考CiteScore期刊评价、泉方学术搜、德国的GoPubMed等整合开发的平台。 然后点击上图中本地Pubmed进入查询页面。 NSTL开放学术资源网 网址: http://oar.nstl.gov.cn/ 开放获取期刊集成是集期刊浏览、期刊两种功能为一体的开放式的期刊集成揭示与。 除一般外,用户可按学科进行快速分类浏览,也可以依OA期刊、核心期刊、NSTL订购期刊进行查找。该还对投稿及全文获取进行了很有效的指引。

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    好物分享18-科研巡礼02-科研第一课:学会搜

    2-了解领域,两款专业搜工具 生物医学的同学可以用:PubMed (nih.gov)[2]它是完全免费公开的。 综合领域的话,可以试试web of science[3]不过后者是收费的,如果你没有学校或机构账户,可以试试:这“四招”可免费使用科研利器 Web of Science - 知乎 (zhihu.com dissertation | Eportfolio = Action + Reflection (smileportfolio.blogspot.com)[6] 一般来说这种学位论文,都在各个高校自己的里 ,比如哈佛、加州等等。 Init=Yes&SrcApp=CR [4]这“四招”可免费使用科研利器 Web of Science - 知乎 (zhihu.com): https://zhuanlan.zhihu.com/

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