网络地址： 1:https://pymol.org/2/ 2:https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page 3:https://github.com/search?...q=pymol 4:https://sourceforge.net/projects/pymol/
Pymol简介 ---- Pymol是一款操作简单，功能强大的分子以及蛋白的可视化软件，由薛定谔公司研发，科研人员可以从官网申请最新教育版本，同时pymo的开源版（https://github.com/...本次选用版本为pymol 2.3.0，直接从官网申请的教育版本。 ---- 1：界面 pymol界面分为菜单栏，命令行框，以及蛋白操作界面，蛋白展示界面。 ?...---- 2：Pymol 操作 内容：导入蛋白，并显示不同的形态。...---- 3：Pymol蛋白动画制作 These make you look like a master of PyMOL....pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程翁，此处教授一个简单的DEMO，方便入门。
找到一个Pymol作图的图库网站https://pymolwiki.org/index.php/Gallery 上面有各种Pymol制作的精美的图形 比如： ?
本次的目的是，使用pymol对蛋白结构进行align，结果可以通过肉眼观测或者RMSD进行量化。 ?
##材料 蛋白：1STP 软件：PyMOL(TM) 2.3.0 （Edu） ##目的 使用pymol展示蛋白中的氢键 ##步骤 ###1：蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB
目的： >使用pymol制作可以用于展示的动画，这个取决于你要展示什么，这个教程会尽可能的遍历所有操作，先以命令行走一遍，然后以操作界面鼠标点击走一遍。...命令行操作介绍： >pymol作为一个通用性很高的分子可视化软件，同时支持鼠标界面操作以及命令行界面操作。首先介绍命令行操作，这个会快一些。 ?...初始化 reinitialize #设置一个储存对象的matrix_mode，一个电影时间线， set matrix_mode, 1 set movie_panel, 1 #获取2jep蛋白文件，不更新pymol
/pymol-open-source），可以直接从网站上下载，但是版本较老。...本次选用版本为pymol 2.3.0，直接从官网申请的教育版本。 1：界面 pymol界面分为菜单栏，命令行框，以及蛋白操作界面，蛋白展示界面。 ?...2：Pymol 操作 内容：导入蛋白，并显示不同的形态。...3：Pymol蛋白动画制作 These make you look like a master of PyMOL....pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程，此处教授一个简单的DEMO，方便入门。
简单的记录一下pymol的使用，就当是今天的笔记了。...首先下载和安装的过程就一笔带过了 首先演示用pymol打开一个.pdb文件 这里我已经本地下载好一个7qbb.pdb的文件 用记事本打开就是如下图所示 点击pymol的file->open 然后在弹出的窗口选择我们要使用的...如果想知道该蛋白质的序列(sequence) 则点击： 就会出现蛋白序列 我们可以往后滑 就可以看到完整的序列 DMS 就是杂原子(不是唯一性的配体) V1B就是配体 0就是水 那么我们接下来继续使用pymol...制作一张图片 首先去掉水分子和杂原子 并且背景色设置为白色 一次选中 1 2 3 然后就会在pymol的右侧发现有sele这个对象 sele代表了select 也就是我们选中的区域 sele的右边还有五个按钮
>直接看成图比较好理解 ######步骤： >命令行操作： >先贴一个链接：https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?
汇总如下： 1：PyMol注册的问题 去PyMol官网，找EDU版本下载 Buy license，选择Student/Teacher进行申请下载 ?...2：license可用时间 每个license可用周期为一年，过期重新申请 3：一个edu license支持人数 没有计算过，应该可以支持很多 4：edu版本不可用撤销功能 6：邮箱接收到PyMol发过来的邮件后...答案： 这个是默认文件格式的打开方式，你可以全部注册，也可以选择其中一两个文件格式注册，注册完成之后，你下一次打开此文件时，会默认使用PyMOL打开
本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程，适用于window系统32位和64位系统，PyMOL 有2.1，2.3和2.4等版本。...什么是pymol： PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。....whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4....下载并安装pymol包 根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载，放在某个磁盘根目录。在这里，我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl。...找到pymol程序 打开运行pymol.exe ?
######目的： >了解pymol的基本指令 原始网址：https://pymolwiki.org/index.php/Biochemistry_student_intro > ######步骤...#初始化 reinitialize #确定工作目录 cd C:\Users\DIG\pymol #联网状态下获取蛋白，就是fetch PDBid fetch 1lep #给蛋白上色，给蛋白中的A链上黄色
首先说明一点，这个使用的是PyMol的edit模式，可以编辑蛋白质以及核酸以及化学物质，当然画的有点丑，而且制作这张图我使用了大约30mins（额，就是比较复杂操作），所以，这次并不会全部讲解完成。
（4）1htp_protein显示surface，颜色为marine，透明度80%，背景为白色
pymol-基本操作-1
读取pymol，显示sequence 将24-26号氨基酸改为β折叠 alter 24-26/, ss='S' rebuild 类似的代码还有如下，将不同的序列部分改为helix，loop
大家所熟知的PyMol已经于3月12日进行了一次更新，此次版本为PyMol 3.0，之前的PyMol2 版本仍然会得到薛定谔的支持。...PyMol 3.0 支持全平台，可以直接从官网下载安装，并且申请学术版本license，此处不再赘述。 我之前做过一些PyMol的教学，放在文后，自取。...绿标，开源版本： 黄标，PyMol 2: 蓝标，PyMol 3： 更新 整体界面更新较大，但是仍然可以快速上手。...PyMol 3.0 PyMol 2 3.0的启动界面取消了最上方的长条，其实我觉得这样挺好，因为本身用的也非常少，而且pymol上面有个命令行模块，下方同样有个命令行模块，显得多少有点冗余，这次删除了上面的...PyMol 2 我自己设置的界面 PyMol 3 界面
简介： Pymol中的蛋白显示状态mesh很重要，也就是网格显示 1:先看一下常规的mesh显示，此蛋白为6m1h ? 2:显示蛋白电子密度图，首先需要在pdb上下载相关的电子密度文件 ?...3:pymol直接打开文件，load ? 出现一个新的object，emd_30047 ? 4:emd_30047附件选择A-->mesh ?
来，先看原网攻略：https://pymolwiki.org/index.php/Jupyter 养成好习惯 我们都知道pymol有两种操作方式，一种是鼠标，一种是命令行，当然你如果把我使用sony手柄的那个算第三种的话...的功能是如此的强大，如何更加有效的使用 2.pymol自带的命令行工具，对于我来说简直是魔鬼，而且，对于一个三维可视化工具，命令行总感觉不如鼠标更有感觉 所以，我目前遇见的一个问题是，怎么去对比两个蛋白...pymol是个包，我用conda安装 所以，我们就可以 In [9]: import pymol2 ...: p1 = pymol2.PyMOL() ...: p1.start()....: p1.cmd.align('1AKE','1EN2') Out[9]: (3.6471645832061768, 42, 2, 3.824939250946045, 43, 21.0, 9) 将pymol...作为一个包导入，然后使用cmd对其进行调用，这样就舒服一点 至于cmd：https://pymol.org/pymol-command-ref.html
1.设定工作目录，打开文件 打开PyMOL软件，设置我们的工作目录。 ?...如果是从PDB网站上下载蛋白，如 1e8y.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白，点击菜单栏中的 File->Get PDB，或者通过fetch 命令下载，这在前面有介绍。...http://pymol.chenzhaoqiang.com/ ，对作者的贡献表示感谢。...我们用pymol打开result.pdb文件，在右下角处Selecting 处点击切换到Chains，然后选中蛋白质，在左上角sele处选择A，然后选择rename selection，然后在左上角的窗口处会弹出一行...参考： http://pymol.chenzhaoqiang.com/
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