本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程,适用于window系统32位和64位系统,PyMOL 有2.1,2.3和2.4等版本。...为什么选择Pymol,因为它是强大的分子可视化软件,具有诸多优点:1高质量科学论文发表图形2动画制作3文档文件和会话文件并存4鼠标操作与命令行操作5免费的开放源码。....whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl,对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4....下载并安装pymol包 根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载,放在某个磁盘根目录。在这里,我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl。...找到pymol程序 打开运行pymol.exe ?
所以如果需要在Linux上安装PyMol,就只能在Github上面下载源码进行编译构建。 但是经过数番尝试,在编译过程中会遇到不少问题,尤其是在手动构建netcdf的时候,总是提示无法构建。...在经过多个平台的检索之后,最终发现在Anaconda的库中有一个名为pymol-open-source的包,详情可见参考链接2。这个包就是PyMol的开源版本,但是网上几乎很难找到这个包的相关信息。...1001 pymol-open-source conda-forge/linux-64::pymol-open-source-2.5.0-py39hc95a48e_6 pyqt...即可打开PyMol的界面。...总结概要 这篇文章主要介绍在Linux平台下安装开源版PyMol的简单方法。由于官方主要提供商业版的安装方法,而提供whl安装包的平台也只有Windows系统下的编译包。
网络地址: 1:https://pymol.org/2/ 2:https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page 3:https://github.com/search?...q=pymol 4:https://sourceforge.net/projects/pymol/
找到一个Pymol作图的图库网站https://pymolwiki.org/index.php/Gallery 上面有各种Pymol制作的精美的图形 比如: ?
Pymol简介 ---- Pymol是一款操作简单,功能强大的分子以及蛋白的可视化软件,由薛定谔公司研发,科研人员可以从官网申请最新教育版本,同时pymo的开源版(https://github.com/...本次选用版本为pymol 2.3.0,直接从官网申请的教育版本。 ---- 1:界面 pymol界面分为菜单栏,命令行框,以及蛋白操作界面,蛋白展示界面。 ?...---- 2:Pymol 操作 内容:导入蛋白,并显示不同的形态。...---- 3:Pymol蛋白动画制作 These make you look like a master of PyMOL....pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程翁,此处教授一个简单的DEMO,方便入门。
本次的目的是,使用pymol对蛋白结构进行align,结果可以通过肉眼观测或者RMSD进行量化。 ?
##材料 蛋白:1STP 软件:PyMOL(TM) 2.3.0 (Edu) ##目的 使用pymol展示蛋白中的氢键 ##步骤 ###1:蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB
目的: >使用pymol制作可以用于展示的动画,这个取决于你要展示什么,这个教程会尽可能的遍历所有操作,先以命令行走一遍,然后以操作界面鼠标点击走一遍。...命令行操作介绍: >pymol作为一个通用性很高的分子可视化软件,同时支持鼠标界面操作以及命令行界面操作。首先介绍命令行操作,这个会快一些。 ?...初始化 reinitialize #设置一个储存对象的matrix_mode,一个电影时间线, set matrix_mode, 1 set movie_panel, 1 #获取2jep蛋白文件,不更新pymol
/pymol-open-source),可以直接从网站上下载,但是版本较老。...本次选用版本为pymol 2.3.0,直接从官网申请的教育版本。 1:界面 pymol界面分为菜单栏,命令行框,以及蛋白操作界面,蛋白展示界面。 ?...2:Pymol 操作 内容:导入蛋白,并显示不同的形态。...3:Pymol蛋白动画制作 These make you look like a master of PyMOL....pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程,此处教授一个简单的DEMO,方便入门。
简单的记录一下pymol的使用,就当是今天的笔记了。...首先下载和安装的过程就一笔带过了 首先演示用pymol打开一个.pdb文件 这里我已经本地下载好一个7qbb.pdb的文件 用记事本打开就是如下图所示 点击pymol的file->open 然后在弹出的窗口选择我们要使用的...如果想知道该蛋白质的序列(sequence) 则点击: 就会出现蛋白序列 我们可以往后滑 就可以看到完整的序列 DMS 就是杂原子(不是唯一性的配体) V1B就是配体 0就是水 那么我们接下来继续使用pymol...制作一张图片 首先去掉水分子和杂原子 并且背景色设置为白色 一次选中 1 2 3 然后就会在pymol的右侧发现有sele这个对象 sele代表了select 也就是我们选中的区域 sele的右边还有五个按钮
>直接看成图比较好理解 ######步骤: >命令行操作: >先贴一个链接:https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?
汇总如下: 1:PyMol注册的问题 去PyMol官网,找EDU版本下载 Buy license,选择Student/Teacher进行申请下载 ?...2:license可用时间 每个license可用周期为一年,过期重新申请 3:一个edu license支持人数 没有计算过,应该可以支持很多 4:edu版本不可用撤销功能 6:邮箱接收到PyMol发过来的邮件后...答案: 这个是默认文件格式的打开方式,你可以全部注册,也可以选择其中一两个文件格式注册,注册完成之后,你下一次打开此文件时,会默认使用PyMOL打开
######目的: >了解pymol的基本指令 原始网址:https://pymolwiki.org/index.php/Biochemistry_student_intro > ######步骤...#初始化 reinitialize #确定工作目录 cd C:\Users\DIG\pymol #联网状态下获取蛋白,就是fetch PDBid fetch 1lep #给蛋白上色,给蛋白中的A链上黄色
首先说明一点,这个使用的是PyMol的edit模式,可以编辑蛋白质以及核酸以及化学物质,当然画的有点丑,而且制作这张图我使用了大约30mins(额,就是比较复杂操作),所以,这次并不会全部讲解完成。
这块插件免费、开源,下载后可以在本地任意操作平台(Win、Linux和Mac)上使用。...下面是各个操作系统下PyMOL的安装方法: A)商业版 前往 https://pymol.org/2/ 下载适合你的PyMOL安装包,Windows和Mac系统下都很好操作,说一下Linux的情况。...将PyMOL安装包下载到Linux之后,需要先解压。然后打开一个终端窗口,进入解压后得到的pymol文件夹,输入 chmod +x pymol ./pymol 就可以开启PyMOL程序了。...的时候,则需要先加载pymol的环境然后运行pymol conda activate pymol pymol B.2) 在Linux下 在Linux的不同发行版中,我们可以利用系统自带的包管理工具一键安装开源版的...结语 PyVibMS作为一款免费、开源的PyMOL可视化插件诞生于2019年,笔者希望通过这篇文章能给广大的计算化学研究者对PyVibMS提供最直观的介绍,笔者也将倾听各位用户的反馈,对PyVibMS做及时的更新升级
pymol-基本操作-1
(4)1htp_protein显示surface,颜色为marine,透明度80%,背景为白色
读取pymol,显示sequence 将24-26号氨基酸改为β折叠 alter 24-26/, ss='S' rebuild 类似的代码还有如下,将不同的序列部分改为helix,loop
vista系统默认是关闭telnet的(由于不安全),须要开启。cmd->telnet (2)login:newuser
软件下载 UCSF Chimera为免费软件,最新版本为Chimera-1.15,可根据电脑系统选择下载,可支持Win、Mac和Linux系统。...下载链接如下:https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html 下载完成后全部默认安装即可 基本操作 UCSF Chimera的基本操作与PyMOL大致相同...可以发现突变之后,其周围氨基酸残基(GLU270)与配体之间的氢键距离发生了改变 输出图片 按照如下操作,可将图片保存成png、jpg、tiff等格式 UCSF Chimera下载免费,安装简单,输出图片较为美观...与PyMOL相比操作较为复杂(如选择残基时需要同时操作键盘和鼠标),但UCSF Chimera做点突变时相比 PyMOL功能更强大,可以自动调整点突变后周围其他氨基酸结构的变化。
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