本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程，适用于window系统32位和64位系统，PyMOL 有2.1，2.3和2.4等版本。...为什么选择Pymol，因为它是强大的分子可视化软件，具有诸多优点：1高质量科学论文发表图形2动画制作3文档文件和会话文件并存4鼠标操作与命令行操作5免费的开放源码。....whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4....下载并安装pymol包 根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载，放在某个磁盘根目录。在这里，我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl。...找到pymol程序 打开运行pymol.exe ?
所以如果需要在Linux上安装PyMol，就只能在Github上面下载源码进行编译构建。 但是经过数番尝试，在编译过程中会遇到不少问题，尤其是在手动构建netcdf的时候，总是提示无法构建。...在经过多个平台的检索之后，最终发现在Anaconda的库中有一个名为pymol-open-source的包，详情可见参考链接2。这个包就是PyMol的开源版本，但是网上几乎很难找到这个包的相关信息。...1001 pymol-open-source conda-forge/linux-64::pymol-open-source-2.5.0-py39hc95a48e_6 pyqt...即可打开PyMol的界面。...总结概要 这篇文章主要介绍在Linux平台下安装开源版PyMol的简单方法。由于官方主要提供商业版的安装方法，而提供whl安装包的平台也只有Windows系统下的编译包。
网络地址： 1:https://pymol.org/2/ 2:https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page 3:https://github.com/search?...q=pymol 4:https://sourceforge.net/projects/pymol/
找到一个Pymol作图的图库网站https://pymolwiki.org/index.php/Gallery 上面有各种Pymol制作的精美的图形 比如： ?
Pymol简介 ---- Pymol是一款操作简单，功能强大的分子以及蛋白的可视化软件，由薛定谔公司研发，科研人员可以从官网申请最新教育版本，同时pymo的开源版（https://github.com/...本次选用版本为pymol 2.3.0，直接从官网申请的教育版本。 ---- 1：界面 pymol界面分为菜单栏，命令行框，以及蛋白操作界面，蛋白展示界面。 ?...---- 2：Pymol 操作 内容：导入蛋白，并显示不同的形态。...---- 3：Pymol蛋白动画制作 These make you look like a master of PyMOL....pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程翁，此处教授一个简单的DEMO，方便入门。
本次的目的是，使用pymol对蛋白结构进行align，结果可以通过肉眼观测或者RMSD进行量化。 ?
##材料 蛋白：1STP 软件：PyMOL(TM) 2.3.0 （Edu） ##目的 使用pymol展示蛋白中的氢键 ##步骤 ###1：蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB
目的： >使用pymol制作可以用于展示的动画，这个取决于你要展示什么，这个教程会尽可能的遍历所有操作，先以命令行走一遍，然后以操作界面鼠标点击走一遍。...命令行操作介绍： >pymol作为一个通用性很高的分子可视化软件，同时支持鼠标界面操作以及命令行界面操作。首先介绍命令行操作，这个会快一些。 ?...初始化 reinitialize #设置一个储存对象的matrix_mode，一个电影时间线， set matrix_mode, 1 set movie_panel, 1 #获取2jep蛋白文件，不更新pymol
/pymol-open-source），可以直接从网站上下载，但是版本较老。...本次选用版本为pymol 2.3.0，直接从官网申请的教育版本。 1：界面 pymol界面分为菜单栏，命令行框，以及蛋白操作界面，蛋白展示界面。 ?...2：Pymol 操作 内容：导入蛋白，并显示不同的形态。...3：Pymol蛋白动画制作 These make you look like a master of PyMOL....pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程，此处教授一个简单的DEMO，方便入门。
简单的记录一下pymol的使用，就当是今天的笔记了。...首先下载和安装的过程就一笔带过了 首先演示用pymol打开一个.pdb文件 这里我已经本地下载好一个7qbb.pdb的文件 用记事本打开就是如下图所示 点击pymol的file->open 然后在弹出的窗口选择我们要使用的...如果想知道该蛋白质的序列(sequence) 则点击： 就会出现蛋白序列 我们可以往后滑 就可以看到完整的序列 DMS 就是杂原子(不是唯一性的配体) V1B就是配体 0就是水 那么我们接下来继续使用pymol...制作一张图片 首先去掉水分子和杂原子 并且背景色设置为白色 一次选中 1 2 3 然后就会在pymol的右侧发现有sele这个对象 sele代表了select 也就是我们选中的区域 sele的右边还有五个按钮
>直接看成图比较好理解 ######步骤： >命令行操作： >先贴一个链接：https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?
汇总如下： 1：PyMol注册的问题 去PyMol官网，找EDU版本下载 Buy license，选择Student/Teacher进行申请下载 ?...2：license可用时间 每个license可用周期为一年，过期重新申请 3：一个edu license支持人数 没有计算过，应该可以支持很多 4：edu版本不可用撤销功能 6：邮箱接收到PyMol发过来的邮件后...答案： 这个是默认文件格式的打开方式，你可以全部注册，也可以选择其中一两个文件格式注册，注册完成之后，你下一次打开此文件时，会默认使用PyMOL打开
######目的： >了解pymol的基本指令 原始网址：https://pymolwiki.org/index.php/Biochemistry_student_intro > ######步骤...#初始化 reinitialize #确定工作目录 cd C:\Users\DIG\pymol #联网状态下获取蛋白，就是fetch PDBid fetch 1lep #给蛋白上色，给蛋白中的A链上黄色
首先说明一点，这个使用的是PyMol的edit模式，可以编辑蛋白质以及核酸以及化学物质，当然画的有点丑，而且制作这张图我使用了大约30mins（额，就是比较复杂操作），所以，这次并不会全部讲解完成。
这块插件免费、开源，下载后可以在本地任意操作平台(Win、Linux和Mac)上使用。...下面是各个操作系统下PyMOL的安装方法： A）商业版 前往 https://pymol.org/2/ 下载适合你的PyMOL安装包，Windows和Mac系统下都很好操作，说一下Linux的情况。...将PyMOL安装包下载到Linux之后，需要先解压。然后打开一个终端窗口，进入解压后得到的pymol文件夹，输入 chmod +x pymol ./pymol 就可以开启PyMOL程序了。...的时候，则需要先加载pymol的环境然后运行pymol conda activate pymol pymol B.2) 在Linux下 在Linux的不同发行版中，我们可以利用系统自带的包管理工具一键安装开源版的...结语 PyVibMS作为一款免费、开源的PyMOL可视化插件诞生于2019年，笔者希望通过这篇文章能给广大的计算化学研究者对PyVibMS提供最直观的介绍，笔者也将倾听各位用户的反馈，对PyVibMS做及时的更新升级
（4）1htp_protein显示surface，颜色为marine，透明度80%，背景为白色
pymol-基本操作-1
读取pymol，显示sequence 将24-26号氨基酸改为β折叠 alter 24-26/, ss='S' rebuild 类似的代码还有如下，将不同的序列部分改为helix，loop
vista系统默认是关闭telnet的（由于不安全），须要开启。cmd->telnet （2）login:newuser
软件下载 UCSF Chimera为免费软件，最新版本为Chimera-1.15，可根据电脑系统选择下载，可支持Win、Mac和Linux系统。...下载链接如下：https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html 下载完成后全部默认安装即可 基本操作 UCSF Chimera的基本操作与PyMOL大致相同...可以发现突变之后，其周围氨基酸残基（GLU270）与配体之间的氢键距离发生了改变 输出图片 按照如下操作，可将图片保存成png、jpg、tiff等格式 UCSF Chimera下载免费，安装简单，输出图片较为美观...与PyMOL相比操作较为复杂（如选择残基时需要同时操作键盘和鼠标），但UCSF Chimera做点突变时相比 PyMOL功能更强大，可以自动调整点突变后周围其他氨基酸结构的变化。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
