网络地址： 1:https://pymol.org/2/ 2:https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page 3:https://github.com/search?...q=pymol 4:https://sourceforge.net/projects/pymol/
找到一个Pymol作图的图库网站https://pymolwiki.org/index.php/Gallery 上面有各种Pymol制作的精美的图形 比如： ?
首先说明一点，这个使用的是PyMol的edit模式，可以编辑蛋白质以及核酸以及化学物质，当然画的有点丑，而且制作这张图我使用了大约30mins（额，就是比较复杂操作），所以，这次并不会全部讲解完成。...（2）builder模块 建造模块，我们可以使用此模块进行建造，建造三维的物质结构，支持化学物质，蛋白质以及核酸，同时也支持几种不同的构象变化。 操作： ?...结尾： 就这样，制作制作就是使用这两个模块，大家可以试试，如何使用。 so，就这样，Happy New Year。
目的： >使用pymol制作可以用于展示的动画，这个取决于你要展示什么，这个教程会尽可能的遍历所有操作，先以命令行走一遍，然后以操作界面鼠标点击走一遍。...命令行操作介绍： >pymol作为一个通用性很高的分子可视化软件，同时支持鼠标界面操作以及命令行界面操作。首先介绍命令行操作，这个会快一些。 ?...初始化 reinitialize #设置一个储存对象的matrix_mode，一个电影时间线， set matrix_mode, 1 set movie_panel, 1 #获取2jep蛋白文件，不更新pymol...# 停止电影 mstop #导出，先下载ffmpeg https://ffmpeg.zeranoe.com/builds/ #保存为MPEG格式 File→Save Movie As→MPEG #使用这个网站转化为
简单的记录一下pymol的使用，就当是今天的笔记了。...首先下载和安装的过程就一笔带过了 首先演示用pymol打开一个.pdb文件 这里我已经本地下载好一个7qbb.pdb的文件 用记事本打开就是如下图所示 点击pymol的file->open 然后在弹出的窗口选择我们要使用的...如果想知道该蛋白质的序列(sequence) 则点击： 就会出现蛋白序列 我们可以往后滑 就可以看到完整的序列 DMS 就是杂原子(不是唯一性的配体) V1B就是配体 0就是水 那么我们接下来继续使用...pymol制作一张图片 首先去掉水分子和杂原子 并且背景色设置为白色 一次选中 1 2 3 然后就会在pymol的右侧发现有sele这个对象 sele代表了select 也就是我们选中的区域 sele
（4）1htp_protein显示surface，颜色为marine，透明度80%，背景为白色
在介绍之前，先简单介绍一下这个软件，虽然前面我们简单的使用，但没有过多介绍，这里就简单介绍一下，具体细节上的东西，需要你不断使用，才能熟悉。下面是软件界面。 ?...1.设定工作目录，打开文件 打开PyMOL软件，设置我们的工作目录。 ?...，这里我给大家找到了一个文本教程。...http://pymol.chenzhaoqiang.com/ ，对作者的贡献表示感谢。...至于美化，这里远远不够，就得去自己好好研究这个软件怎么使用了，反正上面的教程也挺详细的，后续在介绍另外一个软件VMD。 参考： http://pymol.chenzhaoqiang.com/
Pymol简介 ---- Pymol是一款操作简单，功能强大的分子以及蛋白的可视化软件，由薛定谔公司研发，科研人员可以从官网申请最新教育版本，同时pymo的开源版（https://github.com/...本次选用版本为pymol 2.3.0，直接从官网申请的教育版本。 ---- 1：界面 pymol界面分为菜单栏，命令行框，以及蛋白操作界面，蛋白展示界面。 ?...---- 2：Pymol 操作 内容：导入蛋白，并显示不同的形态。...---- 3：Pymol蛋白动画制作 These make you look like a master of PyMOL....pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程翁，此处教授一个简单的DEMO，方便入门。
用途 >Align常常在结构生物学以及虚拟筛选中使用，当对不同的蛋白结构并对其进行比较时，我们就可以使用align比较蛋白结构，查看两者之间的差异，这个结构上的差异有一个量化的指标就是RMSD。...本次的目的是，使用pymol对蛋白结构进行align，结果可以通过肉眼观测或者RMSD进行量化。 ?...移动选择的对象状态，默认全状态 target_state = 整数：目标选择的对象状态， 默认全状态 transform = 0/1: 是否做叠加，默认1 Alignment Objects : >可以使用
##材料 蛋白：1STP 软件：PyMOL(TM) 2.3.0 （Edu） ##目的 使用pymol展示蛋白中的氢键 ##步骤 ###1：蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB
/pymol-open-source），可以直接从网站上下载，但是版本较老。...本次选用版本为pymol 2.3.0，直接从官网申请的教育版本。 1：界面 pymol界面分为菜单栏，命令行框，以及蛋白操作界面，蛋白展示界面。 ?...2：Pymol 操作 内容：导入蛋白，并显示不同的形态。...3：Pymol蛋白动画制作 These make you look like a master of PyMOL....pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程，此处教授一个简单的DEMO，方便入门。
>直接看成图比较好理解 ######步骤： >命令行操作： >先贴一个链接：https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?
汇总如下： 1：PyMol注册的问题 去PyMol官网，找EDU版本下载 Buy license，选择Student/Teacher进行申请下载 ?...2：license可用时间 每个license可用周期为一年，过期重新申请 3：一个edu license支持人数 没有计算过，应该可以支持很多 4：edu版本不可用撤销功能 6：邮箱接收到PyMol发过来的邮件后...答案： 这个是默认文件格式的打开方式，你可以全部注册，也可以选择其中一两个文件格式注册，注册完成之后，你下一次打开此文件时，会默认使用PyMOL打开
本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程，适用于window系统32位和64位系统，PyMOL 有2.1，2.3和2.4等版本。...什么是pymol： PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。....whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4....下载并安装pymol包 根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载，放在某个磁盘根目录。在这里，我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl。...找到pymol程序 打开运行pymol.exe ?
######目的： >了解pymol的基本指令 原始网址：https://pymolwiki.org/index.php/Biochemistry_student_intro > ######步骤...#初始化 reinitialize #确定工作目录 cd C:\Users\DIG\pymol #联网状态下获取蛋白，就是fetch PDBid fetch 1lep #给蛋白上色，给蛋白中的A链上黄色
在经过多个平台的检索之后，最终发现在Anaconda的库中有一个名为pymol-open-source的包，详情可见参考链接2。这个包就是PyMol的开源版本，但是网上几乎很难找到这个包的相关信息。...它不仅仅是开源版，还几乎支持了全平台的使用，本文主要简单介绍一下这个包的安装和简单使用。...安装pymol-open-source 在本地的conda环境下，直接执行如下指令，即可自动完成安装： $ conda install -c conda-forge pymol-open-source...即可打开PyMol的界面。...其实在Anaconda的库中是有提供pymol的开源版本的，这里借这篇文章顺便推广一下。
pymol-基本操作-1
读取pymol，显示sequence 将24-26号氨基酸改为β折叠 alter 24-26/, ss='S' rebuild 类似的代码还有如下，将不同的序列部分改为helix，loop
大家所熟知的PyMol已经于3月12日进行了一次更新，此次版本为PyMol 3.0，之前的PyMol2 版本仍然会得到薛定谔的支持。...其中presets是我最喜欢的，其提供了一些默认显示模式以便使用，显示小分子位点，蛋白蛋白相互作用等等。...如果你使用PyMol的demo的Volume Rendering，3.0显示出现了问题。喜提鬼影特效一枚。...而PyMol3.0则经过了长期的使用，用户反馈之后，对整体的界面进行了更为友好的优化。 hhh其实我也经常把自己的pymol设置为这样，所以，基本共识是一致的。...PyMol 2 我自己设置的界面 PyMol 3 界面
方法（1）使用pymol的方法 pymol的下载安装使用方法在教程已经叙述过了 ?...方法（2）使用网页在线数据库的方法 https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/soupir.html ? 简单两步，就可以得到如下的结果 ?
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