Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外,其他都是需要付费购买的。目前从网络上下载的Edu版的pymol有很多功能限制,对于要发表文章需要图片渲染等高级功能的用户来说极为不便。本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程,适用于window系统32位和64位系统,PyMOL 有2.1,2.3和2.4等版本。Window系统的pymol运行需要依赖python环境,PMW模块。 什么是pymol:
https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/soupir.html
我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件,我在前面提到过,我也上传到了网盘,有2个版本,一个2.2,一个2.4,前面说安装时需要安装2.0序列的Python,这是针对2.2版本的pyMOL,如果你安装2.4版本,需要安装Python3.7。我用的是2.4的版本,有点喜新厌旧啦。
Docking非原生配体 在前面的例子中,AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎原生的构象,验证了这一预测方法的准确度。下面,我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦,来展示如何寻找小分子在蛋白内的结合位点。这个过程可以进一步地凝练和扩展作为“虚拟筛选(virtual screening)”的步骤。 重复上述步骤执行docking 获取nelfinavir.pdb:为教程提供的pdb文件(可从1OHR.pdb获得) 按照上述步骤对配体文件进行预处理获得pdbqt格式文件。
或者通过命令cd F:\AutoDock来实现,这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。
简介: 使用Chimera进行vina的对接,本来是想使用,ADT或者pymol进行vina的对接,结果ADT的界面太丑(严重影响了我的心情?),中间还可能莫名的发生某些错误,而Pymol的第三方插件
>使用pymol制作可以用于展示的动画,这个取决于你要展示什么,这个教程会尽可能的遍历所有操作,先以命令行走一遍,然后以操作界面鼠标点击走一遍。
PyMol由 Warren L. DeLano所创造,目前由薛定谔公司所维护,是结构生物学方面重要的可视化软件之一,简单易上手。大家所熟知的PyMol已经于3月12日进行了一次更新,此次版本为PyMol 3.0,之前的PyMol2 版本仍然会得到薛定谔的支持。PyMol 3.0 支持全平台,可以直接从官网下载安装,并且申请学术版本license,此处不再赘述。
分子对接(Molecular Docking)理论 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。 分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。分子对接的思想起源于Fisher E的”钥匙和锁模型”,主要强调的是空间形状的匹配。但配体和受体的识别要比这个模型更加复杂。首先,配体和受体在对接过程中会由于相互适应而产生构象的变化。其次,分子对
A:1,rdkit+Knime;2,随便一个文本编辑器,打开,编辑就可以,用记事本打开 剪切出来-再粘贴到新文件就好了
Pymol是一款操作简单,功能强大的分子以及蛋白的可视化软件,由薛定谔公司研发,科研人员可以从官网申请最新教育版本,同时pymo的开源版(https://github.com/schrodinger/pymol-open-source),可以直接从网站上下载,但是版本较老。所以,根据需求选择版本进行下载。
– 开源版本:https://sourceforge.net/projects/pymol/
在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。
来,先看原网攻略:https://pymolwiki.org/index.php/Jupyter
Emm,想错了 竟然忘掉了要抓重点 PyMol中cmd指令很多,常用的写一下就好 我又不是遍历hhh alter web:https://pymolwiki.org/index.php?title=
我应该先把pymol cmd的指令汇总放在这里 https://pymol.org/pymol-command-ref.html alias 描述: “alias”将常规使用的命令输入绑定到新的comman关键字。 简而言之,这个指令可以设置一个快捷方式,以便运行某些复杂的指令 使用 alias 快捷名字, 复杂指令 参数 name = 字符串: 新的关键词 command = 字符串:用分号分隔的复杂命令的字符串输入。 案例 alias my_scene, hide; show ribbon, polym
PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具,也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营,软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印,商业版要收费,但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容,可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol,但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol,就只能在Github上面下载源码进行编译构建。
文件格式解释 PDB文件 (详细格式描述) 基本信息部分 HEADER记录: 包括分子的分类、提交日期、PDB ID TITLE记录: 为该结构的描述,如果有多行,除第一行外,其它行有连续的数字标示。 COMPND记录: 包含分子数目、名字、链特征、分子是如何获得的等。 SOURCE记录: 大分子的生物或化学来源 KEYWDS记录:关键字 EXPDTA记录:实验信息 JRNL记录:文献引用信息 REMARK记录:更为丰富的记录信息 HEADER HYDROLASE (ACID PROTEINASE)
步骤如下,3nss-->Action-->align-->to molecule-->5nwe
最近被奥密克戎刷屏了,想看下结构,结果发现,只有一张图片,没有相关的结构数据 📷 先从PDB库中获取,搜索关键词,Omicron PDB 官网:https://www.rcsb.org/ 检索结果,不是新冠的,李鬼 📷 然后使用GISAID查看,有结构,但是也是图片 https://www.gisaid.org/ 📷 忽然想想数据都有的话,可以手动尝试一下。 我采用了两种方式进行操作,一种的PyMol上直接突变,另外一种是使用AF2进行序列预测 突变删除都存在的情况下,我们只是选择了排名靠前的那一种,例如:
这个是默认文件格式的打开方式,你可以全部注册,也可以选择其中一两个文件格式注册,注册完成之后,你下一次打开此文件时,会默认使用PyMOL打开
2:https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page
简单的记录一下pymol的使用,就当是今天的笔记了。 首先下载和安装的过程就一笔带过了 📷 首先演示用pymol打开一个.pdb文件 这里我已经本地下载好一个7qbb.pdb的文件 用记事本打开就是如下图所示 📷 点击pymol的file->open 然后在弹出的窗口选择我们要使用的pdb文件 📷 📷 然后点击打开 📷 现在就是成功打开了这个pdb文件对应的蛋白质的结构 如果想知道该蛋白质的序列(sequence) 则点击: 📷 就会出现蛋白序列 📷 我们可以往后滑 就可以看到完整的序列 📷 D
stick,surface,hydrogen bonding究竟其准确的定义以及在3D上的呈现展示形式。
为了能够调整两个结构到同一个坐标体系,这个时候就需要使用Pymol软件中的align命令了,也可以使用鼠标来实现。选中需要被align的结构,在A选项的下拉选项卡中选择align,并依次选择“align—to molecule—1ywtA”。这样就成功的将模板坐标和需要补全的分子结构调整到了同一个坐标体系。
关于蛋白质结构的PDB文件,做分子对接,估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦。这里简单的介绍一下。
AutoDock 网站下载地址:http://autodock.scripps.edu/
最近发现了PPT的一个新功能,理解这个对PyMOL的动画制作有一定的好处,你们也能get到一个新的PPT使用技能
由于创建软链接这个事情,在算法开发的日常中使用到的并不是很多,因此本文也是做一个简单的回顾。这里我们使用的案例是通过TMalign这个蛋白质打分文件,在编译好可执行文件之后,可以使用建立软链接的方法快捷的使用该可执行文件。
1:https://www.rosettacommons.org/docs/latest/application_documentation/structure_prediction/loop_modeling/loopmodel
找到一个Pymol作图的图库网站https://pymolwiki.org/index.php/Gallery
###1:蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB官网下载文件,或者直接在命令行框中输入 fetch 1stp
UCSF Chimera是一个用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析工具。主要包括:密度图,超分子组合,顺序排列,对接结果,轨迹和构象整合。也可以生成高质量图像和动画。
Ubuntu系列弹性云服务器默认没有安装图形化界面,如果需要图形化界面,需要进行安装。
用PyMOL展示配体和受体相互作用的原子和氢键 为了简化展示过程,我们设计了一个pml脚本 (脚本内有很详细的解释),只需要修改脚本里面受体和配体的名字,然后在PyMOL的命令行界面输入PyMOL> run display.pml即可获得展示结果。当然这个脚本也可以使用程序generatePmlForHbond.py生成。 ############################################################ ###All one needs to do is repla
原始网址:https://pymolwiki.org/index.php/Biochemistry_student_intro >
pymol-基本操作-1
成药靶点中必定存在着能与药物结合的特异性结合位点。对某个靶点发挥活性的化合物在结构特征上必定有相似之处。这些化合物的最普遍的共有特性被定义为药效团(pharmacophore)
参考微信公众号:MoleDesign药物设计 http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1227#lastpost(ledock论坛) 1,下载安装文
随机选择一个,此时选择level1.0,出现一个新的object:emd_30047_mesh,且此时,主界面中显示电子密度图的mesh(别忘了提前把6m1h的mesh显示隐藏)
LigPlot是EMBL-EBI开发的软件,用于以2D方式展示分子对接结果,LIGPLOT,绘制蛋白质和小分子之间的相互作用;DIMPLOT,绘制蛋白之间的相互作用;Antibody plot,绘制抗原抗体之间的相互作用。其余软件还有PLIP和PoseViewer,我后续再补上。
读取pymol,显示sequence 将24-26号氨基酸改为β折叠 alter 24-26/, ss='S' rebuild 类似的代码还有如下,将不同的序列部分改为helix,lo
RosettaScripts: A Scripting Language Interface to the Rosetta Macromolecular Modeling Suite Fleishman SJ, Leaver-Fay A, Corn JE, Strauch EM, Khare SD, et al. (2011) RosettaScripts: A Scripting Language Interface to the Rosetta Macromolecular Modeling Suite. PLOS ONE 6(6): e20161. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0020161
首先说明一点,这个使用的是PyMol的edit模式,可以编辑蛋白质以及核酸以及化学物质,当然画的有点丑,而且制作这张图我使用了大约30mins(额,就是比较复杂操作),所以,这次并不会全部讲解完成。我们会讲解两个重点,细节操作,有时间会出。
A:蛋白质的螺旋结构可以按照不同的分类方法进行分类。以下是一些常见的螺旋结构分类:
纽约大学、纽约大学上海分校、AWS上海研究院以及AWS MXNet Science Team共同开源了一个面向图神经网络及图机器学习的全新框架,命名为Deep Graph Library(DGL)。
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