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详解 Python 批量下载基因序列

对于分析比对多个基因序列文件时的工作量说多了都是泪。比如，老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。...自动获取基因序列数据 0. 如果没有安装 Biopython 的小伙伴，执行以下代码安装。...pip install biopython 如果还不熟悉Python环境的小伙伴，参考之前发的文章：搭建 Python 高效开发环境：Pycharm + Anaconda 1....利用 Nucleotide 数据库来查询所有 oct4 基因的序列数据，为了展示基础的流程，这里采用逐条下载的方式 from Bio import Entrez,SeqIO # 参数设置 Entrez.email...= "your_email@163.com" Entrez.tool = "getGeneSeqScript" # 查询 oct4 基因的在 Nucleotide 中的总数 hd_egquery

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python脚本根据抗病基因ID和所有基因的bed文件鉴定抗病基因簇

of predicted resistance genes in the Brassica oleracea pangenome 这个论文里提供了一个python脚本脚本的链接 https://github.com...，获得抗病基因的id列表，然后根据基因组的gff格式注释文件可以获得所有基因的bed文件。...one other resistance gene within 10 upstream or 10 downstream genes using a Python 3 script 某个抗病基因的上游或者下游...10个基因如果存在其他抗病基因，那么就是一个抗病基因簇，这个定义也不是固定的，不同论文里定义基因簇的方法也不太一样这个python脚本里面获取某个基因上下游的基因用到的是通过python的os模块调用...sets = results return sets 这段代码里有一个符号 |= 查了一下暂时也没看懂是什么意思目前的状态是能够简单修改脚本，换成自己的数据也能跑一个简单的小例子 python

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您找到你想要的搜索结果了吗？

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Python 自动化提取基因 CDS

2 Python 实现 BaimoTools.py #!.../usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # @Author : Baimoc # @Email : baimoc@163.com # @Time...3 使用示例 1 数据介绍示例数据为新冠病毒的基因组 genbank 文件，文件中包含：两个基因组：LC553263.1 和 LC553262.1 一个基因组会有多个基因，下面是它的基因组结构：...S 基因 CDS 区域： ?...下一步更新其他基因特征提取，及格式转换功能。

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Python 获取 NCBI 基因名 SSL 证书异常？

即想要通过 Python 在线获取某个转录本对应的基因 symbol 时，发现出现 SSL 无法获取本地证书：unable to get local issuer certificate (_ssl.c...')) File "/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1229, in request...encode_chunked) File "/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1224...=server_hostname) File "/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/ssl.py", line 412, in...wrap_socket session=session File "/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/ssl.py

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在Python里进行基因集富集分析

这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python...It’s used for convenient GO enrichments and produce publication-quality figures from python....如一个GO term 对应的多个基因，一个kegg pathway对应的多个基因 gene set library，多个相关的gene set 。...对于一个输入基因集合，富集分析通过计算分析哪些注释gene set 显著存在于输入基因集合中。例如：GO 富集分析中，查看哪些GO terms 显著存在于输入基因列表中。...description，工作运行描述 outdir；输出目录 background：背景基因可以是一个背景基因列表或者一个背景基因数目又或者Biomart dataset name. cutoff

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Python 自动化提取基因的 CDS

文章目录一、环境准备及背景介绍二、Python 实现三、使用示例数据介绍 1、提取单个基因CDS 2、提取多个基因CDS 2、提取全部基因CDS 一、环境准备及背景介绍 Python 开发环境...：搭建 Python 高效开发环境： Pycharm + Anaconda Biopython 序列处理：生物信息中的 Python 02 | 用biopython解析序列示例 Genbank 数据：...下载链接 Genbank 数据介绍：生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列目录结构： ?...二、Python 实现 BaimoTools.py #!...genbank 文件，文件中包含：两个基因组：LC553263.1 和 LC553262.1 一个基因组会有多个基因，下面是它的基因组结构： ?

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宏基因组基因预测

一、基因预测 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation，prokka 是一个命令行软件工具，可以在一台典型台式机上在约 10 分钟内充分注释一个细菌基因组草图...它产生标准兼容的输出文件以进行进一步分析或者在基因组浏览器中查看。...J.err sh prokka.sh 选项参数： --outdir：输出结果目录 --prefix ：输出结果前缀 --metagenome：标记，输入数据为宏基因组序列...，包括 gff 和序列，可用 igv 直接查看 gbk Genebank 格式，来自 gff fna 输入 contig 核酸文件 faa 基因的氨基酸序列 ffn 基因的核酸序列 sqn 用于提交的序列...sqn 的描述，用于 tbl2asn 生成 sqn 文件 tbl 特征表，用于 tbl2asn 生成 sqn 文件 err 软件运行错误日志 log 软件运行日志 txt 统计结果 tsv 所有注释基因特征表格

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DnaFeaturesViewer: python里用来画基因结构的模块

image.png 可以提供gff 格式或者 genbank 格式注释文件，也可以手动输入基因各个特征的位置试着运行其中的一个例子 ?...可视化展示还有其他更丰富的功能，有时间再来探索欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学...、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！...接下来是为了凑字数申请原创的一些内容这个链接有许多关于python 做生物信息的内容，其中有一个简易版本的基因组浏览器，争取把代码实现一遍 http://dmnfarrell.github.io/

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基因日签【20211214】基因如何开启

2021 12/14基因日签基因如何开启 .壹. 关键概念一些转录因子可能在复制叉之后与组蛋白竞争结合DNA。 .贰. 关键概念一些转录因子可识别“封闭”染色质中的靶标以起始转录。...关键概念基因组被边界元件（绝缘子）分成多个结构域。 .肆. 关键概念绝缘子可阻断染色质修饰从一个结构域向另一个结构域扩散。

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（宏）基因组编码基因预测

基因预测是指通过对组装的基因组序列进行分析，根据已知生物的基因结构知识或数据库序列来识别其所包含的基因等功能区域。...编码基因预测，就是识别基因组序列上所包含的蛋白质编码区域（Coding sequence，CDS），通过在基因组序列上寻找开放阅读框（Open Reading Frame，ORF）实现。...基因的从头预测方法依据人们对已知基因结构特征的认识，如启动子区的TATA box、密码子偏好性等，采用统计学方法，如隐马尔可夫模型、决策树方法、神经网络分析法等，对基因组作基因预测。...基因组分析中使用了GeneMarkS预测编码基因，在宏基因组则使用MetaGeneMark。...需要注意的是，真核生物基因结构与原核生物完全不同，其基因预测原理也不相同，通常我们使用原核生物基因预测工具预测宏基因组序列，获得的均为原核生物基因。 END

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BioMart下载多个基因的同源基因

引言上期介绍了怎么通过Ensembl网站下载单个基因的同源基因序列，这期顺着上期的留言介绍一下怎么通过Ensembl网站下载多个基因的直系同源基因，用到的工具是Ensembl网站的Biomart功能。...03 输入查找基因接下来就是输入要查找的基因，这里我们随机选取了10个与乳腺癌相关的基因，基因列表如下所示： ?...然后我们先对输入基因的属性进行配置，这里我们只勾选中基因ID以及基因名字，具体页面如下所示： ?...05 结果导出最后点击左边上方的Results，就会得到输入基因的直系同源基因结果，然后点击Go选项就可以对直系同源基因结果进行导出，具体页面如下所示： ? 导出结果如下所示： ?...这样我们就得到了这10个基因在其他3个物种里面的直系同源基因，可以看到只有BCAR1和BRMS1L这两个基因在其他三个物种里有同源基因。

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基因注释

基因注释记录下自己对RNA-seq基因注释的学习,并对Drop-seq软件包中的注释模块进行代码研读什么是基因注释一句话概况注释:找到与reads有overlap的基因片段,并进行标记这里reads...指bam文件中的每一行数据,即测序下机文件fastq与参考基因组进行比对之后生成的数据,其中记录了每条read在参考基因组中的位置,有起始位置和终止位置,表示一段区间基因注释文件记录了每个基因片段在参考基因组上的位置...,也是一段区间,因此与bam文件结合,通过find overlapping我们可以查找到每条read属于哪个基因片段,将其标记在bam格式的tags中,这对后续的生信分析是有帮助的基因注释文件 GTF.../GFF格式是基因注释的常用格式 GTF是Gene Transfer Format的缩写,其文件由九列数据组成,以tab分割,示例如下: seq_id source type start end score...正负链可以作为过滤条件,假如一条read与多个基因有overlap,可以根据方向是否相同过滤掉部分基因 attributes.

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基因过表达——融合基因过表达

因为融合基因过表达载体的构建与一般的克隆载体构建流程是一样的，只是在PCR引物设计上有所不同！所以这篇文章只说融合基因过表达引物设计，其他的与文章[基因克隆有这篇文章就够了]描述的相同。...2.融合基因过表达简介融合表达（fusion expression），指将外源蛋白基因与另一基因的3'端构建成融合基因进行表达，可使克隆化基因表达为融合蛋白的一部分。...之前的文章中的案例是用pCDH-CMV-MCS-EF1-copGFP载体（下图左），其实这个载体也带有绿色荧光标记基因，只不过这个基因和多克隆位点（MCS）并不连续，MCS引入的目的基因由CMV启动子启动...pEGFP-C1的EGFP基因位于MSC上游，而pEGFP-C1的EGFP基因位于MSC下游。仔细看图，碱基是3个3个的在一起，也就是一个密码子，我们引入基因后不能移码！...首先，我们在酶切位点后面先写上TNF基因的序列（如下图），由于EGFP基因在TNF基因的前面，在上游引物设计中，如果选择HindⅢ之间连上TNF基因，那么TNF基因在编码过程中就发发序列移码！

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宏基因组基因功能注释

前言此部分内容，均为《基因学苑》公众号付费资源的学习笔记。一、eggnog-mapper简介拼接完的宏基因组序列，进行基因预测，去冗余，最终得到宏基因组测序的基因组。...那么这些基因都有哪些功能呢?这就需要进行基因功能注释。基因功能注释就是将待查基因与已知数据库进行比对，如果比对上则认为二者为同源基因，执行相同的功能。...宏基因组中通常包括很多新发现的基因，无法比对上已知数据库。所以，在宏基因组研究中，一部分或者大部分基因无法注释得到功能属于正常现象。...这里我们使用 eggnog-mapper 工具来进行基因功能注释。eggnog-mapper 是一个非常方便的基因功能注释流程。...github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2 #安装eggnog-emapper conda create -n eggnog-mapper python

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Python生物信息学③提取差异基因

使用的数据集是GSE5583，来自于2006年的基因芯片结果，该芯片目的是提取野生型和HDAC1小鼠胚胎干细胞用于Affymetrix微阵列上的差异RNA。...每一行是一个基因，每一列是一个样本，这也是比较经典的芯片数据集 #查看数据维度data.shape 标准化常见的log2（）标准化 data2 = np.log2(data+0.0001)data2....#每个基因（行）wt样本的表达平均值wt = data2.loc[:, 'WT.GSM130365' : 'WT.GSM130367'].mean(axis = 1)wt.head() #每个基因（行）...查看基因差异的P值分布 from scipy import stats pvalue = []for i in range(0, number_of_genes): ttest = stats.ttest_ind

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Ensembl快速下载基因的同源基因序列

首先给大家简单介绍一下同源基因的概念，同源基因分为两种类型：直系同源（orthology）和旁系同源（paralogy）。...直系同源因物种形成（speciation）而被区分开（separated）：若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的；旁系同源的序列因基因复制（gene duplication...在红框中的搜索栏里输入想要查找的基因，这里我们输入人的MYH9基因，然后点击回车进入搜索结果界面，结果界面如下： ? ? 点击红框中的第一条搜索记录进入MYH9基因的信息界面，结果如下： ? ?...左边红色框中显示的是MYH9基因具体信息, 右边是对MYH基因位置、Gene ID、基因名字等一些简单信息的显示，而我们要找的同源基因信息就包括在左边的信息栏里，接来我们点击左边信息栏里的Orthologues...另外值得注意的是如果左边信息栏里的Orthologues或者Paralogues是灰色则说明该基因不存在直系同源基因或者旁系同源基因。

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基因类型注释根据基因ID就好了

生物信息学数据库种类繁多，其中基因ID是很多人比较困惑的，尤其是很多产品居然还不是基因ID的问题，比如表达芯片是探针，所以我策划了一系列ID转换教程，见文末！...我的包里面有一个函数大家比较感兴趣，就是为什么可以根据基因ID拿到其染色体坐标呢？而且还可以得到其基因类型。...IDs, ID_type,out_file ='tmp.csv') 你可以指定ID_type，目前只能是选择 "ENSEMBL" or "SYMBOL"，然后这个函数就会为你进行ID转换及坐标，还有基因类型的注释...也在：芯片探针ID的基因注释以前很麻烦和：芯片探针序列的基因注释已经无需你自己亲自做了, 里面详细介绍了。...需要注意的是，这个函数的type参数，其实是有3个选择，这里我演示的是选择soft这个来源的基因注释信息。并不是所有的平台都是有soft注释，也不是所有的平台都被我的这个工具囊括哦。

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基于全基因组的基因家族分析（2）：SlNRAMP家族基因成员鉴定

1.找到你所感兴趣的基因家族番茄（Solanum lycopersicum），最喜爱的蔬菜水果之一。摘录维基百科最基本的介绍，详细了解番茄的起源，自行Google。...The plant belongs to the nightshade family, Solanaceae. 2.获取基因家族pfam number 进入官网https://pfam.xfam.org...利用hmmsearch进行基因家族初步筛选最基本的语法：hmmsearch Nramp.hmm protein.fa > out，一般我只用到这么简单的语法。...Nramp.hmm 是上一步下载到的文件 protein.fa是番茄全基因组蛋白序列文件 out是重定向的输出的文件找到的成员信息，可以看出来，初步找到了共10个NRAMP成员。...含有NRAMP结构域的基因

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关键基因和hub基因（生物网络角度）

写在前面这篇文章仍然来自几篇文章及自己平时的积累，主要阐述关键基因和hub基因。很多人误以为hub基因就是关键基因，甚至有人认为差异表达基因就是关键基因。...差异表达基因是两个group之间有统计学差异的gene，以芯片为例的话，几万个探针里可能差异的就1000个左右（当然根据设定阈值差异很大） hub基因，是degree高的gene，在基因表达网络中有高的连接度...并且hub基因的筛选有很大的人为因素，到底是取前5%还是10%没有具体要求，一般建议5%。也就是说这是一个很宽松的设定。关键基因，有人从hub里挑靠前的，有人从差异表达基因里挑p值大的。...到怎么才算关键基因？笼统来说，假如你这个基因被敲减，表型显著消失，那肯定是关键基因。但仅从生物信息分析角度怎么挑？...这里可以看出，hub基因是是在无尺度共表达网络中存在的，对应着degree，也就是说在GCN中。

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最小基因变化

一次基因变化就意味着这个基因序列中的一个字符发生了变化。例如，"AACCGGTT" --> "AACCGGTA" 就是一次基因变化。...另有一个基因库 bank 记录了所有有效的基因变化，只有基因库中的基因才是有效的基因序列。...（变化后的基因必须位于基因库 bank 中）给你两个基因序列 start 和 end ，以及一个基因库 bank ，请你找出并返回能够使 start 变化为 end 所需的最少变化次数。...如果无法完成此基因变化，返回 -1 。注意：起始基因序列 start 默认是有效的，但是它并不一定会出现在基因库中。...由于题目中给定的基因库的长度较小，因此可以直接在对进行预处理，找到基因库中的每个基因的合法变换，而不需要像方法一中每次都需要去计算基因的变化序列，我们将每个基因的合法变化关系存储在邻接表中，每次基因变化搜索只在

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