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多个数据集整合神器-RobustRankAggreg

4个GEO数据集 你也可以很轻松的分析这几个数据集:GSE7476, GSE13507, GSE37815 and GSE65635 ,然后作者就使用了RobustRankAggreg对这4个数据集的差异分析结果进行整合 pathogenesis and therapy strategy of hepatocellular carcinoma 就是下载了3个GEO数据集,走差异分析,并且使用RobustRankAggreg进行整合 circRNA芯片整合 几百篇文章我们就不用一一解读啦,反正都是独立的数据集自己做自己的差异分析,然后把多个数据集的差异基因拿去使用RobustRankAggreg进行整合。 RobustRankAggreg说明书 这个RobustRankAggreg超级简单,有意思的是居然并不在bioconductor列表哦,可能是因为它最开始并不是为生物信息学领域的数据分析而创造的吧 aggregateRanks 一般来说,正常R的函数,都是可以通过问号来调取其帮助文档的,aggregateRanks函数也不例外。

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单细胞转录组整合分析——seurat

Seurat是一个分析转录组数据的R,我们之前的推文对其进行过描述: Seurat 学习笔记 该于去年新推出了整合功能。 步骤如下: 数据预处理 作者把单细胞数据放在了SeuratData等一系列中,如果你的网速不行,可以直接到网页下载数据。 selection.method = "vst", nfeatures = 2000, verbose = FALSE) } 整合 3个胰岛细胞数据集 整合三个数据集作为参考,并使用FindIntegrationAnchors函数识别锚点。 pancreas.integrated <- IntegrateData(anchorset = pancreas.anchors, dims = 1:30) 现在我们得到了seurat对象——一个整合后的表达矩阵

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    python

    python 简介 官网解释是一种通过使用"虚线模块名称"来构建Python的模块命名空间的方法。 看完这句话可能对还没有太多的印象或理解,在使用pycharm中,我们也很容易发现,创建的选项很多,例如文件夹和python package,那么他们的区别就是,包下有__ init __.py 文件, 的使用 如何使用规范导入 结合模块来说,就是多个模块功能的结合体。 需要注意的是,python3中如果包下没有 __ init __.py文件,import不会报错,而在python2中,包下一定要有该文件,否则报错。 ('from __init__.py') # 结果 from __init__.py '''发现导入执行了__init__.py下的输出语句''' 在python3中,导入和导入文件夹的区别就是

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    Python

    Python 用于将一组模块归并到一个目录中,此目录即为,目录名即为报名 是一个有层次的文件目录结构,它定义了一个由模块和子组成的Python应用执行环境 基于Python在执行模块导入时可以指定模块的导入路径 _init_.py文件 _init_.py可包含python代码,但通常为空,仅用于扮演初始化的挂钩、替目录产生模块命名空间以及使用目录导入时实现from * 行为的角色 模块的顶层执行及被导入 一个模块文件可以同时支持顶层执行 py_modules:各模块名称组成的列表,此些模块可能位于的根目录下,也可能位于某子目录中(subpkg1.modname): packages:各子名称的列表 大体分为两类:元数据信息和中的内容列表 4完成打包 在要发布的容器目录中执行“python setup.py sdist --format= ”命令 // 目标 //可以为sdist指定格式(--format=):zip/gztar/ :获取特定命令支持使用的格式 pip,esay_install 安装python setup.py install 步骤:build and install: build定制: python setup

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    Python创建,导入

    Python》一节中已经提到,其实就是文件夹,更确切的说,是一个包含“__init__.py”文件的文件夹。 不过,这里向该文件编写如下代码:'''http://c.biancheng.net/创建第一个 Python '''print('http://c.biancheng.net/python/') 可以看到 由此,我们就成功创建好了一个 Python 。 创建好之后,我们就可以向中添加模块(也可以添加)。 Python的导入 通过前面的学习我们知道,其实本质上还是模块,因此导入模块的语法同样也适用于导入。 ("http://c.biancheng.net/python/") 程序执行结果为: http://c.biancheng.net/python/ 另外,当直接导入指定时,程序会自动执行该所对应文件夹下的

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    Python|闭

    02 闭 当函数lazy_sum返回了一个函数sum后,外部函数lazy_sum的变量还被内部函数或返回的新函数sum引用,这被称为闭。 但是,闭时,返回的内部函数却可以引用其外部的函数中的临时变量和参数。 03 闭例子 """ lazy sum """ def lazy_sum2(mylist): tmp=10 def sum(): return reduce(lambda = lazy_sum2([1,3,5,7]) print(sumfun()) #16 print(tmp) #10 可以看到lazy_sum2函数内的tmp临时变量可以被内部函数sum引用 总结:闭具有延迟加载特性

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    (11)Python

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    python那些

    python那些 OS OS模块提供了一些对文件或文件夹的操作,下面我们介绍一些常用的命令: 文件重命名: os.rename('小闫笔记.txt','小闫笔记plus.txt') 删除文件: os.remove

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    python】闭

    ref https://www.programiz.com/python-programming/closure https://www.geeksforgeeks.org/python-closures As seen from the above example, we have a closure in Python when a nested function references a value The criteria that must be met to create closure in Python are summarized in the following points. # Output: 15 print(times5(3)) # Output: 30 print(times5(times3(2))) others 一般来说,当对象中只有一个方法时,这时使用闭是更好的选择 所有函数都有一个 closure属性,如果这个函数是一个闭的话,那么它返回的是一个由 cell 对象 组成的元组对象。cell 对象的cell_contents 属性就是闭中的自由变量。

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    Python

    在这个例子中,我们在函数lazy_sum中又定义了函数sum,内部函数sum可以引用外部函数lazy_sum的参数和局部变量,当lazy_sum返回函数sum时,相关参数和变量都保存在返回的函数中,这种称为闭( 闭 注意到返回的函数在其定义内部引用了局部变量args,所以,当一个函数返回了一个函数后,其内部的局部变量还被新函数引用,所以,闭用起来简单,实现起来可不容易。 等到3个函数都返回时,他们引用的变量i已经变成了3, 因此,最终结果为9 返回闭时要牢记的一点就是:返回函数不要引用任何循环变量,或者后续会发生变化的变量。 如果一定要引用循环变量怎么办?

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    python

    这里主要讲解我对于闭的理解,不太深入,浅谈浅谈哈 1、说到闭我就想先说函数名与变量之间的区别 def test(name): def test_in(): print(name print("函数test") print(t) t = test t() #输出结果 普通变量t 函数test 这样就就很通俗易懂了,可以看到,函数test也可以像变量一样可以赋值给使用 2、闭:通俗的说就是在嵌套函数中,内部函数使用了外部函数的变量,且外部函数的返回值为为内部函数,这样的函数称为闭 即,1)函数嵌套   2)内部函数使用外部函数的变量   3)外部函数的返回值为内部函数 return test_in ... >>> func = test("zhangsan") >>> func() zhangsan 再来看一下闭的其它例子: >>> def line_conf(a, > line2(5) 12 >>> line2(6) 14 在这里可以看到,line1 与 line2都都能保存外部函数变量 a,b的值,在我们需要直线的时候可以只传递一个参数就可以得出相应的结果 闭有效的减少了参数的数目

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    python:闭

    参考链接: Python  1.前言2.什么是闭3.看一个闭的实际例子:4.修改外部函数中的变量5.思考闭与其他函数的区别 ​ 假设我们需要做一个题目,是求y=kx+b这个一元一次函数在多个 他来了—-闭  第四种:闭  # -*- coding: utf-8 -*- # @Author  : summer def test(k, b):     def create(x):         2.什么是闭  # 定义一个函数 def test(number):     # 在函数内部再定义一个函数,并且这个函数用到了外边函数的变量,那么将这个函数以及用到的一些变量称之为闭     def 由此,我们可以看到,闭也具有提高代码可复用性的作用。  如果没有闭,我们需要每次创建直线函数的时候同时说明a,b,x。这样,我们就需要更多的参数传递,也减少了代码的可移植性。  3.闭能后完成较为复杂的功能。传递的是这个闭中的函数以及数据因此传递的是功能和数据。 4.对象能后完成最复杂的功能。传递的是很多数据+功能因此传递的是功能和数据。

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    python

    1,闭是嵌套在函数中的 2,闭是内层函数对外层函数的变量的引用(改变) 3,闭需要将其作为一个对象返回,而且必须逐层返回 闭包举例: def wrapper():     name = "ghl"     def inner():         print (name)     return inner 闭的作用:     #非闭函数,随着函数的结束临时空间关闭     python遇到闭,空间不会随着函数的执行完毕而消失,保存闭数据不会销毁

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    Python Python中的

    Python中的 什么是python与模块 就是文件夹,中还可以有,也就是文件夹 一个个python文件就是模块 的身份证 __init__.py是每一个python里必须存在的文件 如何创建 要有一个主题,明确功能,方便使用 层次分明,调用清晰 的导入 import 功能 将python中的某个(或模块),导入到当前的py文件中 用法 import package 参数 package :被导入的的名字 要求 只会拿到对应包下__init__中的功能或当前模块下的功能 模块的导入 form..import.. 功能 通过从某个中找到对应的模块 用法 form package import module 参数 package:来源的名 module:中的目标模块 举例: form animal import

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    Python Python的os

    Python的os os的文件与目录函数介绍 import os 函数名 参数 介绍 举例 返回值 getcwd 无 返回当前的路径 os.getcwd() 字符串 listdir path 返回制定路径下所有的文件或文件夹 os.makedirs('test3') # os.removedirs('test2/abc') # os.rename('test3', 'test3_new') # os.rename('test1.py', 'python_test1 test3'): os.rename('test3', 'test3_new') if os.path.exists('test1.py'): os.rename('test1.py', 'python_test1

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    spring boot dubbo配置(上古卷轴5基础整合)

    SpringBoot整合Dubbo3.0基础配置(dubbo-spring-boot-starter) 一、说明 众所周知,阿里早已把dubbo捐赠给了Apache,现在dubbo由Apache在维护更新 在浏览器看测试结果 七、打包测试 项目打包上线才是我们最终目的,所以我们需要测试打包后的效果 打包后的项目,只需要执行provider和consumer就可以了 关闭idea启动的工程,运行jar

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    Harmony整合不同细胞类型的单细胞数据

    然而,整合分析多种数据集极具挑战性。 背景介绍 今天小编为大家介绍一个整合并标准化多个单细胞数据集的RHormony。 (harmony) R使用 01 单细胞数据 单细胞的公开数据集大多来自于10X website,这里我们以Hormony自带数据集为例。 Harmony将扩展这些计数,运行PCA,最后执行数据整合。 06 整合两个或多个协变量 最后,Harmony可以整合多个协变量。为此,应该指定要积分的向量协变量。 #Seurat管道 seuratObject <- RunHarmony(seuratObject, c("dataset", "donor", "batch_id")) 小编总结 Hormony是一种整合多数据集的算法

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    Python:json扩展demjson使用

    python应用中,一般将列表或者字典等数据保存为json格式的字符串形式,以便后续使用。 json 在python中,有json这个,直接拿来用即可,已经安装好。 常用的命令就两个: json.dumps /json.dump : 将 Python 对象编码成 JSON 字符串 / 编码成json格式文件 json.loads /json.load: 解码python JSONDecodeError: Expecting value: line 1 column 51 解决办法 使用re字符替换的方式进行替换,但是发现其它部位也存在‘, 无法区分开 找到json的扩展demjson 对象 该功能相较于json而言具有格式化校验功能, 能够解决这种多出来的‘问题 import demjson d_s = "{'姓名': '张拨武', '性别': '男', '住址': "湖南省株洲县姚家坝乡南田桥村万和防组 的扩展太多太强大,需要不断积累 参考 https://www.runoob.com/python/python-json.html https://zh.wikipedia.org/zh-hans/JSON

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    python详解_python的使用场景

    python中一切都是对象,包括整型数据1,函数,其实是对象。 当我们进行a=1的时候,实际上在内存当中有一个地方存了值1,然后用a这个变量名存了1所在内存位置的引用。 相同的道理,当我们在python中定义一个函数def demo(): 的时候,内存当中会开辟一些空间,存下这个函数的代码、内部的局部变量等等。 在基本的python语法当中,一个函数可以随意读取全局数据,但是要修改全局数据的时候有两种方法: 1 global 声明全局变量 2 全局变量是可变类型数据的时候可以修改 在闭内函数也是类似的情况。 在内函数中想修改闭变量(外函数绑定给内函数的局部变量)的时候: 在python3中,可以用nonlocal 关键字声明 一个变量, 表示这个变量不是局部变量空间的变量,需要向上一层变量空间找这个变量。 在python2中,没有nonlocal这个关键字,我们可以把闭变量改成可变类型数据进行修改,比如列表。

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    Python 模块和

    (Package) ? python不是这种 概念 是一个 包含多个模块 的 特殊目录 目录下有一个 特殊的文件 __init__.py 名的 命名方式 和变量名一致,小写字母 + _ 好处 使用 import 3) 生成发布压缩 $ python setup.py sdist 注意:要制作哪个版本的模块,就使用哪个版本的解释器执行! ? 执行完毕之后,就会生成数据文件如下: ? 开发的 并且被 程序员广泛使用 的 Python / 模块 例如 pygame 就是一套非常成熟的 游戏开发模块 pip 是一个现代的,通用的 Python 包管理工具 提供了对 Python 的查找、下载、安装、卸载等功能 安装和卸载命令如下: # 将模块安装到 Python 2.x 环境 $ sudo pip install pygame $ sudo pip uninstall

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