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皮尔森相关系数(Pearson correlation coefficient)「建议收藏」

---- 机器学习中的应用 皮尔森(pearson)相关系数、斯皮尔曼(spearman)相关系数和肯德尔(kendall)相关系数并称为统计学三大相关系数。...pearson是用来反应俩变量之间相似程度的统计量,在机器学习中可以用来计算特征与类别间的相似度,即可判断所提取到的特征和类别是正相关、负相关还是没有相关程度。...Pearson相关系数的计算方法有三种形式,如下: 皮尔森相关系数是衡量线性关联性的程度,p的一个几何解释是其代表两个变量的取值根据均值集中后构成的向量之间夹角的余弦。...---- 代码实现 python实现公式3的代码: def pearson(vector1, vector2): n = len(vector1) #simple sums...pow-pow(sum1, 2)/n)*(sum2_pow-pow(sum2, 2)/n)) if den == 0: return 0.0 return num/den python

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数学建模学习笔记(十一)三大相关系数(pearson、spearman 和 kendall)

三大相关系数分别是pearson[皮尔森]、spearman[斯皮尔曼] 和 kendall[肯德尔] 反应的都是两个变量之间变化趋势的方向以及程度,其值范围为-1到+1,0表示两个变量不相关,正值表示正相关...三大相关公式参考:公式链接 翻阅资料,文字说明简直让人头晕雾绕,在此写下我对它们的简单理解,如有不正确的地方烦请指出 pearson相关系数是考察数据间的线性相关性,数值为[-1,1],1代表它们正线性相关...pandas代码: # coding: utf-8 import numpy as np import pandas as pd def Pearson(df): # 计算 Pearson 相关系数...np.random.randint(1, 100, 10), 'C': np.random.randint(1, 100, 10)}) print df print "Pearson..." print Pearson(df) print "Kendall Tau" print Kendall(df) print "Spearman:" print

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单细胞最好的教程(二):归一化

我们首先导入我们所需要的Python包,以及上一个教程分析所得到的anndata文件。...from scipy.sparse import csr_matrix analytic_pearson = sc.experimental.pp.normalize_pearson_residuals...|pearson'来完成皮尔森近似残差的计算,此时我们不需要输入target_sum,需要注意的是,当omicverse的版本小于1.4.13时,mode的参数只能设置为scanpy或pearson adata_pearson...=ov.pp.preprocess(adata,mode='pearson|pearson',n_HVGs=2000,) adata_pearson # Begin log-normalization...往期回顾 Python 单细胞分析教程(一):质量控制 Seurat对象内部结构 胎儿视网膜和干细胞来源的视网膜类器官的scATAC-seq发现细胞命运改变过程中的染色质变化 初探单细胞下游 duplicated

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Python数据处理从零开始----第三章(pandas)⑥相关性分析目录

目录 第三章(pandas) Python数据处理从零开始----第三章(pandas)①删除列 Python数据处理从零开始----第三章(pandas)②处理缺失数据 Python数据处理从零开始-...---第三章(pandas)③数据标准化(1) Python数据处理从零开始----第三章(pandas)④数据合并和处理重复值 Python数据处理从零开始----第三章(pandas)⑤pandas...可以使用诸如Pearson相关这样的标准方法来计算每个具有正太分布的两个变量之间的相关性。而秩相关是指使用变量之间序数的关联(而不是特定值)来量化变量之间的关联的方法。...].corr(method='pearson',data["x"]) method也可以指定spearman法和kendall法计算相关系数。...Spearman秩相关使用秩值而不是实际值来计算Pearson相关。Pearson相关性由两个变量中每个变量的方差或分布的标准化的协方差计算。

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利用协方差,Pearson相关系数和Spearman相关系数确定变量间的关系

所以下面我们来介绍Pearson相关系数。 Pearson相关 Pearson相关系数可用来总结两个数据样本之间线性关系的强度。...计算Pearson相关系数是用两个变量的协方差除以每个数据样本标准差的乘积。这是两个变量之间协方差的标准化,从中可以得出一个可解释的分数。 ?...运行这个示例,计算并打印出Pearson相关系数。 我们可以看到这两个变量存在正相关关系,相关性为0.8。这意味着高相关,因为高于0.5且接近1.0。 ?...可以用Pearson相关系数来评估两个以上变量间的关系。 这可以通过计算数据集中每一对变量之间关系的矩阵来实现。...如何通过计算Pearson相关系数,总结两个变量间的线性关系。 如何通过计算Spearman相关系数,总结两个变量之间的单调关系。

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基于用户的协同过滤python代码实现

在推荐算法概述中介绍了几种推荐算法的概念,但是没有具体代码实现,本篇文章首先来看一下基于用户的协同过滤python代码。 1 数据准备 本次案例中,我们使用用户对电影的打分数据进行演示。...2 Python代码实现 这里简述几个主要过程: 数据初始化 原始数据分别通过三列记录了用户、电影及打分,无法直接满足计算需要,因此这里我们首先要将原始数据转化为字典形式,记录每个用户与电影之间的关系。...########计算两个用户间距离 #pearson系数 def Pearson(self,user1,user2): sum_xy = 0 sum_x = 0...sqrt(distance))#这里返回值越小,相似度越大 #选择计算距离方式 def getDistance(self,user1,user2,type): if type == 'Pearson...': dis = self.Pearson(user1,user2) if type == 'Euclidean': dis

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初学数据挖掘——相似性度量(二)

def topMatchs(prefs, person, n=5, similarity=sim_pearson): scores=[(similarity(prefs, person,...其中涉及到Python的函数式编程,由于我也是才在学Python,所以在以后也会顺带解释相应的Python代码,topMatchs方法一共有四个参数,第一、二个参数是必传的参数,第三、四是选传的参数,如果不传入参数...,则传入其默认的值,注意第四个参数传入的是一个函数,所以将函数作为一个参数来进行传递也就是函数式编程,sim_pearson方法在上一篇中有相应代码,在本文末也有相应代码。...def getRecommendations(prefs, person, similarity=sim_pearson): totals = { } #与指定人(person)的相似度...以下方法在topMatchs方法的基础上直接根据相似度x加权值(对每个电影的评分)推荐电影 13 def getRecommendations(prefs, person, similarity=sim_pearson

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Spark机器学习库(MLlib)指南之简介及基础统计

基于Python语言使用MLlib,需要安装NumPy1.4及以上版本。...SPARK-14772: 修正Param.copy方法在Python和Scala API的不一致。...目前相关性方法有Pearson和Spearman。 Pearson和Spearman区别: 1.连续数据,正态数据,线性数据用person相关系数是最恰当的,当然也可以用spearman相关系数。...效率没前者高 2.上述任一条件不满足,就用spearman相关系数,不能用pearson相关系数。 3.两个定序测量数据之间也用spearman相关系数,不能用pearson相关系数。...spark.ml目前提供了Pearson卡方测试来验证独立性。 卡方检验是对每个特征和标签进行Pearson独立测试,对于每个特征值,都会通过(特征、标签)“数据对”进行卡方计算形成结果矩阵。

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