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Science | SARS-CoV-2和SARS-CoV受体结合域中高度神秘保守的抗原表位

;CR3022同时使用重链和轻链上所有六个互补决定区(CDRs)与SARS-CoV-2的RBD作用(图1),在抗原表位上的28个残基(CR3022所覆盖的残基),有24个(86%)在SARS-CoV-...,其中最主要的差异是在SARS-CoV的N370位点存在N-glycosylation位点,N-glycan sequon(NxS/T)使得在残基372出现不同的氨基酸,SARS-CoV是苏氨酸而...作者测试CR3022在体外微量中和试验是否可以中和SARS-CoV-2和SARS-CoV,发现CR3022在最高浓度400 条件下无法中和SARS-CoV-2,该结果可以解释CR3022对SARS-CoV...SARS-CoV-2与SARS-CoV具有相同的宿主受体ACE2,CR3022的抗原表位与ACE2结合位点不重叠(图3),这意味着CR3022和SARS-CoV的机制不依赖于直接阻断受体结合;事实上,...总之,论文分析了SARS-CoV-2如何被体液免疫反应靶向,并发现了SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的共同保留的抗原表位,虽然CR3022在体外试验不能中和SARS-CoV-2,但在体外试管无中和活性且在生物体内可以起到辅助作用的病毒抗体例子有很多

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    EBioMedicine | SARS-CoV-2抗体发现流程整合基于人工智能的表位预测

    SARS-CoV-2和抗体(nAb)开发的前所未有的速度就体现了这种可行性。自COVID-19大流行开始的几个月内,全球多个机构就启动了多项临床试验,以评估nAbs的效果,并逐步获得市场授权。...在活体的SARS-CoV-2感染的仓鼠模型实验显示,选定的nAbs混合物的效果低于预期。...方法流程 图 1 本研究的主要目标是建立一个抗SARS-CoV-2和抗体库,这些抗体可以用于对COVID-19患者进行被动免疫,特别是那些抗体产生受损的患者。...在HEK293T细胞中进行克隆和小规模重组生产后,从398种克隆的抗体,有249种抗体通过ELISA显示能够与SARS-CoV2 S1蛋白结合,188种抗体能够中和带有源自武汉SARS-CoV-2的刺突蛋白的囊泡病毒性疱疹病毒基因报告病毒...对UZGENT_A3和UZGENT_G5抗体进行基准测试 图 3 图 4 在随后的体外和体内实验,将它们与Regeneron公司的临床相关REGN-COV2混合物的抗体REGN10933(casirivimab

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    Science | 初步的SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂在小鼠显示功效

    研究人员使用X-ray晶体学方法揭示了SARS-CoV-2主要蛋白酶的结构,设计了与该靶标结合并阻止病毒复制的抑制剂。该工作发表在2020年3月20日的《Science 》上。 ?...作为对由SARS-CoV-2病毒引起的COVID-19大流行作出反应持续努力的一部分,研究人员使用X-ray晶体学方法揭示了SARS-CoV-2主要蛋白酶(SARS-CoV-2,Mpro)的结构。...他们专注于这种蛋白酶,因为它在加工从病毒RNA翻译的多蛋白起着重要作用。...在研究主要蛋白酶的结构的基础上,研究人员优化了现有冠状病毒的抑制剂,以开发化合物13b,后者是SARS-CoV-2主要蛋白酶的有效阻断剂。...他们进一步在小鼠测试了其主要的抑制剂化合物,发现吸入耐受性良好,并且小鼠未显示任何不良反应。研究人员建议,由于尚不知道具有类似裂解特异性的人蛋白酶,因此这类抑制剂不太可能具有毒性。 ?

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    . | 用深度学习预测SARS-CoV-2的进化

    通过分析现有的SARS-CoV-2变异,MLAEP准确地推断了抗原进化轨迹上的变异顺序,与相应的采样时间相关联。...作者的方法在免疫功能受损的COVID-19患者和新出现的变异(如XBB1.5)识别出了新的突变。 随着感染病例数量的增加和SARS-CoV-2在全球范围内传播,病毒基因组中出现了新的突变。...截至2022年4月,已经在全球禽流感数据库(GISAID)识别并上传了超过一百万个病毒基因组变异。这些突变通常涉及对SARS-CoV-2特性的改变。...在这项工作,作者提出了基于现有数据和方法构建的MLAEP,用于预测整个RBD区域中的组合突变,该区域具有高抗原演化潜力。...在每一代,使用训练好的模型评估候选序列的适应性。然后,通过选择具有更高适应性的候选序列,以更高的概率培育下一代(图1c)。

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    机器学习算法笔记系列之深入理解主成分分析PCA-Python实现篇

    参考链接: 使用Scikit-Learn在Python减少维度 Author: shizhixin  Blog: http://blog.csdn.net/shizhixin  Weibo:http:.../zhixinshi  Email: zstarstone@163.com  Date: 2016-04-19  Note: 本笔记是机器学习算法笔记系列之深入理解主成分分析PCA的实现篇,有自己写的Python...= np.cov(move_mean_sample,rowvar=0) my_cov_mat = my_cov(sampleDataSet) mat_cov = np.mat(np_cov) (eigV...对PCA做了实现,一方面由于Python处于学习,没有对PCA函数进行封装,应该参考skilearn建立一个PCA的类,类包含获取特征值,特征向量,数据重构等内容。...Python的实现仅仅为了演示PCA的处理过程,没有考虑到算法的通用性,比如选择降维的维度,对输入的样本进行维度要求等,没有优化代码。

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    bioRxiv | AI辅助设计针对SARS-CoV-2的表位疫苗

    较长的CoV基因组扩大了可用于适应性突变的序列空间,并且病毒用来与靶细胞结合的刺突糖蛋白可以相对轻松地适应,以利用不同物种细胞受体的同源物。...然后将该模型用于预测SARS-CoV-2蛋白质组肽段的免疫原性。分别根据“选择肽”和“选择HLA等位基因”部分描述的程序选择考虑进行分析的目标肽和HLA类型。...通过分析从不同的SARS-CoV-2分离物获得的8,639个完整基因组序列,然后将其翻译成蛋白质序列,计算出每个氨基酸位置的突变频率。...3.3毒性/耐受性结果 对SARS-CoV-2蛋白质组的每种肽进行了研究,以确定与参考人蛋白质组存在的肽缺乏相似性。...通过应用研究人员的方法,在SARS-CoV-2蛋白质组中发现了相当数量的高分T细胞表位,包括结构蛋白和NSP。选定的大多数表位在不同的SARS-CoV-2分离株均保守。

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    Python的单元测试与代码覆盖率:实践与问题解决

    Python,我们有很多强大的工具和库来进行单元测试和代码覆盖率分析。本文将向你分享在Python中进行单元测试和代码覆盖率分析的实践经验和一些常见问题的解决方案。...在Python,我们可以使用内置的unittest模块来编写单元测试,并通过运行单元测试来验证代码的正确性。...在Python,我们可以使用工具和库来进行代码覆盖率分析。其中一个常用的工具是coverage库。...() cov.save() cov.report() 在上面的示例,我们导入了coverage库,并创建了一个Coverage对象cov。...本文介绍了在Python中进行单元测试和代码覆盖率分析的实践经验和一些常见问题的解决方案。通过编写单元测试和分析代码覆盖率,我们可以提高代码的质量和稳定性。

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    Python进行单元测试

    Python编程语言,不仅仅在机器学习、数据分析等领域大放异彩,在web开发中等软件开发,使用者也越来越多。 ? 在软件开发,有一种被提倡的开发范式:测试驱动开发。...用Python进行单元测试 Python的单元测试,就是编写一个测试函数,在其中执行一小段应用程序,检验代码是否正确,如果有问题,会抛出异常。...要执行这个单元测试,则需将其保存为一个Python文件,然后执行该文件,就能完成测试过程。 在Python中有两个非常流行的单元测试框架,一个是标准库的unittest,另外一个是pytest。...用Python的assert语句实现断言,并辅之以pytest的方法,增强assert语句的表达,从而能输出更多的异常信息。...然后创建虚拟环境(关于虚拟环境,请参阅“Python虚拟环境”一文),并在虚拟环境安装pytest。

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    聊聊 Python 代码覆盖率工具 - Coverage

    Coverage命令 在项目根目录下,运行 coverage run 命令,生成 .coverage 文件,搜集被测试源代码覆盖率的信息 # 1、搜集被测代码覆盖率信息,保存到 .coverage 文件...用浏览器打开统计报告文件夹的 index.html 文件,其中: statements:代码总行数,不包含空行和注释行 missing:未执行的代码行数 coverage:代码覆盖率 ?...") unittest.TextTestRunner().run(suite) # 结束分析 cov.stop() # 结果保存 cov.save() # 命令行模式展示结果 cov.report...() # 生成HTML覆盖率报告 cov.html_report(directory='result_html') 4....最后 上面只是通过一个简单的 Python 方法结合 unittest 单元测试框架,展示了 Coverage 获取代码覆盖率统计报告的方法 实际项目中,更多应用场景是: Python自动化、Django

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    Python测试框架pytest(21)插件 - 单元测试覆盖率、随机执行用例

    Python测试框架pytest(21) 插件 单元测试覆盖率、随机执行用例 目录 1、pytest-cov(单元测试覆盖率) 1.1、安装 1.2、示例 2、pytest-random-order(随机执行用例...1.1、安装 在命令行运行以下命令进行安装: pip install pytest-cov 或者(使用国内的豆瓣源,数据会定期同步国外官网,速度快。)...4、生成html覆盖率报告 输入执行命令(参数 --cov --cov-report=html): pytest --cov --cov-report=html 运行结果: 执行完成后,会在项目的根目录下生成...2.1、安装 在命令行运行以下命令进行安装: pip install pytest-random-order 或者(使用国内的豆瓣源,数据会定期同步国外官网,速度快。)...通过传递 -p no:random_order 您将停止插件的注册,因此其钩子将不会被注册,并且命令行选项也不会出现在 --help

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