理解微生物生态学可以说是当代生态学面临的最引人注目的挑战之一。理论在微生物生态学中的应用严重不足。...此外，现有理论的应用将为生态学家提供机会来检验生态学原理的真正普遍性，并创造一个跨越所有有机体的合成生态学(synthetic ecology)。...我们考虑微生物是否以及在哪里需要新的理论来加强或取代现有的生态学理论。我们还确定了微生物生态学家在应用定量生态学理论时所面临的概念和实践挑战。...生态物种概念 大多数生态学理论都依赖于物种概念：种群生态学计算物种内的个体，而群落生态学和宏观生态学计算物种的数量。 物种最常见的定义是由Mayr倡导的生物物种概念。...微生物群落的不活跃将影响其生态学的许多方面，包括种群动态和多样性，这使生态学理论的应用变得复杂，而生态学理论通常侧重于活的和活跃的个体。 关于种子库在植物生态学中的作用的现有理论可能是适用的。
在生态学的背景下，宏观生态学的许多基本模式经常在生态学之外的系统中被观察到。...框1.中性理论的语义 “中性理论”一词在生态学中被广泛用来表示不同的意思，导致了误解。...如果一位细胞生物学家为所有生态学提出了一种复杂的基于细胞的解释，生态学家不会立即服从，并开始在细胞水平上思考我们所有的研究；细胞生物学家应该证明，那些更复杂的(一旦扩展到群落水平)解释比更简单的生态框架对我们有更多的好处...在最近的一个统一框架中，漂变被命名为生态学中的四个关键过程之一，其他的过程是物种形成、选择和扩散。...Ecol. 79, 1215–122 作为集成生态学和进化的工具 中性理论的另一个可能用途是近似宏观进化模式，这样做可能有助于将生态学和进化论结合起来，这是现代生物学的一个关键目标。
本研究利用生态学中的未被检测到的物种的概念，估算了古代文化领域欧洲几个世纪以来所遭受的损失。 作者所获得的估计不仅证实了史书上已有的假设，而且揭示了迄今未被注意到的地理差异性。...这个结果与生态学中的发现一致，岛屿上的群落均匀度确实更高。
摘要： 过去的20年空间显式模型(spatially explicit models，SEMs)在生态学中的应用得到了极大的发展。...然而空间隐式模型(spatially implicit models，SIMs)在生态学中起着主导作用，它只考虑空间效应而不明确空间位置，具有更简单、适用范围更广的优势。...背景 对模式和尺度的理解是生态学的核心问题(Levin 1992)。 生态学中的模型沿着一个可以被称为实用理论的轴线发展。使用模型类型有很大的不同，这取决于所提出的问题是更理论化还是更实用化。...为了进一步说明SEMs的优点，接下来选定几个了生态学领域进一步举例。例子略过。 植被格局 植被格局是近年来生态学研究中最受关注的空间模型之一。讨论了两种主要模式类型:植被群落结构和植被空间结构。...高营养水平种群 种群生态学是一个高度数学化的领域。模型阐明了生活史和环境的各种因素如何影响种群动态。
基础生态学研究充满乐趣，并且是自然世界管理的重要理论工具。2013年英国生态学会创立100周年时，为了展望未来的工作重点，曾向全球生态学家征集并总结了100个最重要的生态学基础问题。...因此，这100个问题根据对生态科学的重要性而筛选出来，列出了生态学面临的一系列重要问题，重点放在基础科学上。下面我们回顾这100个最重要的生态学基础问题。 进化与生态学 1....生态学方法 90. 其他学科已运用的理论中有哪些可以但尚未被运用于生态学？反之亦然？ 91. 我们如何最好地开发和利用经验模型系统来理解自然系统? 92. 过去的生态学预测曾有多成功？为什么？...已发表的生态学错误本质是什么？这些错误将如何影响学术理解与政策制定？ 94. 我们对生态学的理解是如何受到出版物中的偏见影响的? 95. 什么新技术最能促进生态学的理解? 96....如何整合多尺度和类型的监测（从区域到全球的观测）来产生稳健的生态学推断？ 97. 在什么程度上被广泛研究的生态学模式（物种-丰度分布、物种-区域关系等）是统计学的结果而不是生态学过程？ 98.
与其说是一本书，不如说是博士生论文，它的名字叫做Understanding the Cellular Ecology of Mtb Granulomas Usi...
在生态学中最具争议的问题 有哪些？ 关于生态与进化，科学家们已经探讨了数百年，然而至今在很多核心问题上仍难以达成共识。...所调查的生态学问题一共有22个，大致按照争议的大小进行排序，并根据问卷回答用颜色标识了投票来源：浅蓝色-专家、蓝色-知道一些、深蓝色-知道一点。 1. 在热带地区种间交互更强、更特异化 2....这次调查反应的一个重要信息是，如果你关注的某个生态学问题其观点被分成两个对立的阵营，那么这可能只是专家们的观点差异。而即使是在最具争议性的问题上，大部分被调查者的观点也几乎从不呈双峰分布。...总之几乎所有的生态学观点，都是存在争议的，至少在专家中是这样的。这也意味着，你在研究中所提出的任何观点，都有可能有专家来反对。
虽然稀有生物圈已经成为微生物生态学的主要模式，但它也反映了生态学的基本模式之一--物种丰度分布(SAD)普遍不均衡的性质。SAD是研究最深入的共性和稀有模式之一。...此外，SAD是生物多样性理论和宏观生态学的核心，其目的是了解空间和时间尺度上的丰度、分布和多样性模式。...它是由最新的、成功的和统一的生物多样性理论之一：最大熵生态学理论(METE)预测的。在生态学中，METE表示生态格局的预期形式是在给定的一组约束条件下以最多方式出现的形式。...但尽管取得了成功，METE还没有用微生物数据进行测试，目前还不清楚它是否能预测微生物SAD，这是生物多样性宏观生态学理论的关键要求。...生态学家研究微观和宏观生物群落的方式有根本的不同。
published: 03 January 2019 Abstract 采用机器学习automated content analysis (ACA)的方法收集了过去40年发表在33个顶级期刊的84841篇文章，分析生态学研究的发展趋势...微生物生态学、遗传学、生物地球化学、管理和政策的研究都相对增加。 提出三个问题： 研究都包含哪些主题； 这些主题如何变化； 由基础研究/综述，考察哪些主题被高估或低估。...https://feilab.shinyapps.io/Ecol_Concepts/ PS：发现一篇很有意思的文章，来自于ecoinformatics 赖江山：生态学研究都在用哪些R程序包也是对文献进行收集
我们的目标是使BRT（提升回归树）模型应用于生态学数据，并解释结果。 本教程的目的是帮助你学习如何在R中开发一个BRT模型。 示例数据 有两套短鳍鳗的记录数据。...> p <- predict(grids, lr005, > plot(p) ---- 本文摘选《R语言生态学建模：增强回归树（BRT）预测短鳍鳗生存分布和影响因素》
基因组解析宏基因组学改变了我们研究未培养的微生物的能力，并导致了分类学、微生物生态学、生物地球化学和进化生物学方面的发现。...在微生物生态学家深入挖掘宏基因组提供的新信息的同时，微生物组的宏基因组分析将通过DNA和RNA测序技术的改进继续发展。...克服方法上的挑战将继续增加我们对微生物分类学、功能、生态学和进化的理解。 参考文献 Taş N, de Jong AE, Li Y, Trubl G, Xue Y, Dove NC.
旨在指出目前土壤微生物生态学研究的主流方法存在的不足之处，并为进一步深入认识土壤功能提供一些思路。 本文是我阅读后对自己感兴趣的几个点进行了总结。 摘要 我们对土壤的认识在很多方面都存在不足。...// Considering soil complexity: scales, spatial heterogeneity and temporal dynamics // 当前土壤微生物生态学的方法局限性本身就对我们探索土壤功能提出了挑战
宝藏公众号 小明的数据分析笔记本 ▼ 简介：公众号主要分享： 1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子； 2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记； 3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记...生信补给站 ▼ 简介：生信补给站，主要使用R、Python来解决“科研中”的涉及到的数据处理、统计检验、模型构建，图表可视化以及“生信分析”中常见图表的绘制。 生态R学社 ▼ 简介：作者Mr....专注于生态学文献分享以及文献中方法在R中的实现。每篇推文都将永久免费提供示例数据与实现代码，争取让从事生态学领域相关工作的科研人员轻松复现顶级文章中的统计方法，内容简洁易懂，大家快来围观吧！
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该结果适用于群落生态学、差异丰度和监督学习的分析方案，同时支持系统发育方法，如UniFrac和系统因子分析。
2020中科院SCI期刊分区： 生物学（1区）-生态学（1区，13/168）； 生化与分子生物学（1区，40/297）； 进化生物学（2区，6/50） 主编： Shawn Narum, 美国爱达荷大学/...生态学平均IF百分位一直保持在90%以上，生化与分子生物学和进化生物学在85%以上。 ? 引用数量： 2019年平均每篇文章被引中位数4，综述被引中位数10, h-index 115。...该杂志是一个传播这些资源的工具，目标受众是在进化、生态学和保护领域的研究人员。MER文章旨在促进研究解决这些领域的相关问题。...Ecology & Evolution接收描述性的和仅与被研究的分类单元有关而没有解决生态学中更广泛适用性问题的论文。...关键词： 分子生态学、生物学、生物技术、生物技术方法、生态学、环境、真菌、遗传、遗传工程、遗传学、昆虫、哺乳动物、分子生物学、分子遗传学、植物生态学、植物种群生物学。
https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/2041-210X.13115
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