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1. c6--环结构补氢

PDB(Protein Data Bank)是一种最常用于存储蛋白质结构的文件。而我们在研究蛋白质构象时,往往更多的是考虑其骨架,因此在很多pdb文件中直接去掉了氢原子。但是在我们构建蛋白质力场时,又需要用到这些氢原子。因此这个流程就变成了,在预测蛋白质构象时,不考虑氢原子,然后在力场构建的步骤去添加氢原子。由于氢原子的位置相对其连接的重原子来说,是相对比较固定的,而且最低能量位置也比较容易找到。因此常见的策略是,先在大致合理的位置补充上氢原子,再通过能量优化算法去优化氢原子的位置,使其处于一个更加合理的最终位置。而我们得到了这个氢原子的最终位置和重原子的位置之后,就可以对该蛋白质进行分子动力学的演化。本文主要介绍上述提到的,为蛋白质分子在大致合理的位置添加氢原子的算法。

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